英荷之間有關殖民地的爭執，到1824年雙方簽訂蘇門答臘協定後才解決。根據該協定，荷蘭把它在印度的商館和馬六甲移交給英國，英國則把它在蘇門答臘的據點，如明古連等移交給荷蘭。荷蘭從英國手裡接管印尼後，根據荷蘭憲法的規定，印尼的最高統治權屬於荷蘭國王。爲了壓制印尼人對荷蘭重新統治的不滿，克服財政上的困難，荷蘭殖民者在政治和經濟方面，都採取了嚴厲的措施。對印尼封建蘇丹和土王，進一步剝奪他們的實權，只保留徒有其名的稱號，讓他們領取固定的薪俸，成爲殖民政府的工具。在經濟方面，繼續推行強迫供應制和實物地租，強制人民種植咖啡，恢復貿易壟斷，對過去封建領主同英國商人簽訂的租借土地的契約，一律宣佈無效。此外，殖民政府還實行了一系列名目繁多的苛捐雜稅，如在道路橋樑河口市場等處設立關卡，進行徵稅，甚至連懷抱的小孩過關卡，也要納稅。中國的軍隊佔領了蘇門答臘島後，基本上繼承了荷蘭的殖民政策，但適度減免了一些苛捐雜稅。
聶士成率軍打下蘇門答臘後，又迅速帶兵攻佔帝汶島，切斷了爪哇海的各個通道，將德國荷蘭法國剩下的艦隊封鎖在爪哇海。爲佔領爪哇，中國登陸部隊巡洋艦6艘驅逐艦15艘和搭乘陸軍的36艘運輸艦從東西兩面向爪哇島推進。
爪哇島，在荷屬印尼殖民地政治上和經濟上均處支配地位，雖然只是印尼的第四大島，但擁有全國人口的一半以上。所以荷蘭遠東艦隊司令海軍上將菲爾卡德魯和荷蘭海軍少將曼特沙爾特率領德國法國荷蘭聯合艦隊，其中巡洋艦5艘驅逐艦10艘企圖阻止中國的軍艦在爪哇上陸。
爭奪爪哇島的激烈戰鬥，在海上打響。那天傍晚，中國艦隊穿過荷蘭海軍的佈雷區。分成3艘巡洋艦在前面一字排開組成一道屏風，緊接着是一列，5艘驅逐艦。林泰曾指揮着另五艘巡洋艦出現在東面，帶着全部8英寸的大炮不斷來回擺動。在炮火最大射程即28000碼的邊緣線內，中國的軍艦就朝荷蘭旗艦“布里德羅德”號開火，重炮口爆發出大量赤褐色的火焰。
一顆幾百磅的炮彈呼嘯着衝進了“布里德羅德”號的甲板。發出巨大的爆炸和隆隆聲，接着在輪機艙引爆，炸死14人，大爆炸使8個鍋爐中，6個停止了轉動，戰艦像一隻受傷的鱷魚顫抖着，艦長菲爾茨少將趕緊指揮這艘巡洋艦退出戰鬥。荷蘭驅逐艦“克特斯爾特”號開始開炮還擊，一炮擊中了“蘇州”號的炮臺，“蘇州”號的桅杆也被打斷。
“蘇州”號艦長林永升大怒，指揮炮火還擊，猛烈的炮彈呼嘯着飛向“克特斯爾特”號，一顆魚雷砰地鑽進了“克特斯爾特”號，這艘船立即被炸成兩截。消失在了海水中。它旁邊的驅逐艦“伊莎白拉二世”號也遭到了暴雨般炸彈的轟擊，船的底部從充滿汽油的水面翹了起來。船身不斷搖擺着，直到輪船的上部碰到了25英尺深的海底，最終沉沒了。接着輪船停止了顫動，就像一隻巨大的停靠在海灘上的死鯨魚，靠近右舷的螺旋推進器突出在海面上。
一艘法國的軍艦“聖路易”號的前甲板中炮，燃起了熊熊大火：一枚炸彈穿過右舷在彈藥艙爆炸；另一枚則穿過甲板然後在底艙爆炸，引起了大火。戰艦一直在航行，但是艦首開始下沉並造成燃油外溢，大火吞沒了船的尾部，港口上冒起滾滾濃煙，這些油煙簡直令法國海軍窒息，死傷數百人。
戰鬥進行到午夜時分，中國的軍艦裝上了12枚超強威力的新式魚雷，全部發射了出去。荷蘭戰艦隨後陷入了一片火海之中。幾秒鐘之後，一聲爆炸振動了荷蘭“德島特科爾”號旗艦，然後一柱火光直衝夜空，在最後一次痙攣性的爆炸衝擊中，這艘荷蘭旗艦沉沒了，帶着荷蘭海軍上將菲爾卡德魯將軍和他的366名士兵。
西班牙“雷蒙德”號戰艦試圖通過介於爪哇和蘇門答臘島之間的巽他海峽，逃進印度洋。中國已經封鎖了那段海峽，並派部隊在巴達維亞附近的海岸線登陸，那裡是爪哇的首都。幾分鐘之後，一支中國艦隊趕來了，包括1艘巡洋艦和2艘驅逐艦，接下來發生的是一場簡短的一邊倒的交火。4枚魚雷擊中“雷蒙德”號撕開了它的船體，並炸沉了它。
爪哇海域的一場混戰，交戰結果，中國海軍擊沉荷蘭法國西班牙巡洋艦4艘，和6艘驅逐艦，俘虜一艘巡洋艦和四艘驅逐艦，己方損失巡洋艦一艘和一艘三艘魚雷艇，荷蘭海軍官兵死傷二千多人，中國贏得了爪哇島海戰的勝利。
在中國完全掌握制海權的情況下，王士珍的陸軍開始在爪哇南望地域上陸。在登陸之前，蔣百里的飛艇部隊對荷屬印度岸上的軍事目標實施了突擊，炮兵也進行了猛轟。老將聶士成指揮着軍隊搶先登陸，他身先士卒，親自上一線指揮，揮舞着指揮刀，一遍又一遍指揮着他的部下猛攻荷蘭士兵：“兄弟們，我們建功立業的機會到了劉永福佔領過古巴，劉六麻子攻佔了菲律賓，我們新軍不能讓人家瞧不起，一定要拿下爪哇島”
爪哇崎嶇不平叢林覆蓋的地區，好像是爲中國的軍隊準備的，中國的軍隊使用坦克和具有強大效力的步兵團開闢公路。當他們碰到一個荷蘭陣地，中國的坦克就會衝過去摧毀它，緊接着步兵就會佔領它。如果坦克遇到障礙物停下了，步兵就將進攻這個陣地。接近障礙物的時候，步兵就會衝下公路進入密集的灌木叢林中，或者進入沿着公路兩邊的紅樹林中。在坦克的行進過程中，騎兵經常在前面偵察情況。接着，當敵人被擊潰的時候，坦克軍團繼續對撤退的敵軍保持着壓力。中國各個軍種分工有序，勇猛無比。
荷蘭陸軍也節節敗退，三千多人退到叢林裡，但是，荷蘭軍隊最害怕的就是叢林，他們不堪忍受吸血的水蛭，或者是多刺的攀緣植物，更害怕爪哇島上的“吃人樹”，經常出現的混亂狀態，使他們的視線只能看到周圍幾英尺的範圍，晚上，黑暗降臨，叢林地區的恐怖，滲透進每個荷蘭敗軍的心中。大部分荷蘭士兵的腳上都纏着繃帶，他們把步槍和彈藥丟在一邊，不敢合上眼睛，飢餓和恐懼在他們心中蔓延。
中國的軍隊則士氣高昂，抓緊時間猛攻，在那一個星期裡，在反覆不斷的爆炸聲中，瓜哇島的街道上輸電線路一團一團散落在地，電線杆被炸得粉碎，已經膨脹的沒來得及清理的屍體，被不斷蔓延的大火劇烈燃燒着。宋教仁黃克強和部分光復會的會黨，也在荷蘭軍隊後方搗亂，組織華僑反抗荷蘭人，荷蘭人腹背受敵，苦苦支撐着。
在其他戰線，中國的軍隊也有序推進，喜訊一個接着一個。1904年1月14日，中國的軍隊攻下安汶島。接着，帝汶島處於能夠輕易打擊的範圍之內。在三天內，中國的軍內接連攻擊婆羅洲和西里伯斯島，這兩個島嶼的失陷指日可待。接着，中國陸軍在雅加達地域上陸，佔領雅加達，兩天後佔領泗水。1月25日，中國的軍隊攻下了巴達維亞，爪哇島唾手可得。
荷蘭印尼總督卡尼拉瓦爾，在要塞下面一間簡易的防空會議室裡，召開了最後的軍事會議。卡尼拉瓦爾將軍和他的助手尼班特爾少將，分析了荷蘭軍隊面臨的形勢，發現印尼已經沒有挽救的希望，靜靜地並且帶點悲哀氣氛。
卡尼拉瓦爾在2月4日，作了一個艱難的決定，他對尼班特爾少將說：“我們別無選擇，只能向中國人投降了。”
尼班特爾少將點點頭說，“戰爭對我們來說，已經是噩夢我們是該回老家了。”
2月5日上午7點30分，天已經大亮了，卡尼拉瓦爾帶着荷蘭的將領，舉着白旗，帶着最後的兩千荷蘭士兵投降，中國的軍隊的炮擊便停止了。聶士成召集了其他將領，接受了荷蘭人的投降。在收降的儀式上，中國士兵們情緒高昂，唱着新國歌，“巍巍崑崙，凝視華夏大地，滔滔江河，孕育古老文明，黎民當家作主，帝王離我們而去……堯舜時代，先人告誡，民有五族，不能分離……”熱烈的場面，就像當年鄭成功收復了臺灣
在莊重肅穆的受降儀式中，王士珍等中國將領們靜靜地舉起了簡陋的酒杯，面朝北京所在的方向，齊呼：“萬歲”
第二天，王士珍率軍在爪哇島上登陸，荷蘭正式放棄了他們的東印度羣島，結束了他們在這個羣島上300年的統治，爪哇島上最後的一條消息，通過一家無線電臺傳回了荷蘭：“現在，我們被擊敗了，下一個美好的時代再見。”
不到兩個月的時間，中國就攻佔了印度尼西亞，把荷蘭人趕出了南洋。最後，荷蘭政府花了相當於六百萬銀元的荷蘭盾，把荷蘭戰俘贖回了國，印度尼西亞基本上成了中國和英國的地盤，中國又多了一個工業原料基地，還有衆多的廉價勞動力，工業化的基礎更加牢固了。
在中國人的文化典籍裡，爪哇島是個遙遠縹緲之地，比如要說記性差，就說“早就忘到爪哇國去了”，印尼的最主要的城市雅加達萬隆三寶壟泗水日惹等都在這個島上，鄭和七次遠洋航海，每次都到訪印尼羣島，足跡遍及爪哇蘇門答臘加裡曼丹等地，給當地人留下了友好的印象，其中三寶壟市還是紀念鄭和的“三保大人”得名，所以爪哇當地人對中國的軍隊的到來，沒有多大的恐懼感，一直到中國對當地實行鐵血統治
中國的軍隊佔領了整個印尼之後，李經述派人去把朱爾典找來，開始跟英國政府談收回香港的事情，他決定打鐵趁熱，收回香港。
香港主要有三大部分的面積，分別是：香港島約81平方公里；九龍半島約47平方公里；新界及262個離島約共976平方公里。當時，香港島和九龍半島界限街以南地區割讓給英國。加上南洋一帶海域遼闊，島嶼衆多，港灣叢錯，海盜大肆猖獗，經常出沒海上，掠奪往來商船，殺害船上商旅。自馬六甲馬來西亞婆羅洲蘇門答臘以至菲律賓的蘇祿島等地，無不有海盜活動其間，造成商業往來的極大危害。自1820年起，英國即不斷地派遣其海軍協助東印度公司的商船隊對之徵剿，所以英國遠東艦隊在亞洲是長期存在的，實力不弱。當時，中國海軍的實力跟英國也有差距，而且中國的工業化還要靠英國支持，所以，李經述並不想和英國人開戰。
李經述提出以島換島，收回香港，他對朱爾典說：“犯中華者，雖遠必誅。不過，中國人民一向愛好和平，中國政府準備以蘇門答臘的棉蘭，來換取香港還有英國在中國的租界，你看怎麼樣？棉蘭靠近馬六甲海峽，陸地面積相當於將近30個香港。”
棉蘭是由棉蘭小村發展而來的城市，1903年種植園興起後，是當時蘇門答臘北部的菸草橡膠椰子油棕等農產品集散地和加工中心，工業有煉油紡織椰油橡膠製品捲菸等，設有種植園油田和鐵路管理局貨棧及與之緊密聯繫的國內外銀行機構，其外港勿老灣是優良港口，面積有26510平方千米。當時香港也還不發達。所以這筆交易對英國政府來講，也是划算的。英國駐華大使朱爾典想試探了一下中國政府收回香港的決心，問道：“總統先生，這筆買賣雖然划算，但要是英國政府不答應呢？”
李經述哈哈大笑，“中國已估計到了可能出現的各種情況不過，我相信最壞的事情不可能發生。以英國現在中國的利益，別說是一個香港，就是一百個香港也換不回來。而且，現在整個南洋地區，還需要中英兩國攜起手，共同維護其穩定和繁榮呀。”
朱爾典說：“大總統說得對，我們中英兩國，現在和今後，合作的機會一定很多。我這就去給倫敦發電報。你等我的好消息。”
1904年7月1日，中國海軍第六艦隊的八艘巡洋鐵甲艦，正式進駐香港，中國的五色國旗在香港的天空高高飄起，英國的米字旗徐徐降落。這一天，中國對香港恢復行使主權，在駐港部隊嘹亮的國歌聲中，舉國歡慶，中國結束了滿清政府長達六十年的屈辱外交，中國人民不僅從此真正站起來了，還挺直了腰桿
這一次中國出兵南洋，不僅順利攻佔印度尼西亞，還順帶將德國法國的勢力趕出了中國，而且還收回了澳門和香港，李經述總統的威望在國內日益高漲，一言九鼎，紐約時報還稱讚他爲“東方的拿破崙”