馬尾之戰，對比中法雙方，不管是武器裝備，還是軍艦噸位，都是法軍佔據明顯優勢。福建水師能夠在這樣不利的情況下，重創侵略者，趕跑法國艦隊，理應是大功一件。但是朝中的慈禧太后卻不這麼認爲，她知道再讓主戰派繼續得勢，恭親王一系必將坐大，這是她絕不容許發生的。
於是，在慈禧太后的暗中授意下，醇親王（慈禧的妹夫）的門生上了一份奏摺。奏摺上說：福建水師全軍覆沒，致使南方海防空虛，朝廷再建水師又要花費巨資，造成今天這種局面，都是因爲恭親王等人好戰喜功所致。如果不擅自開釁，就不會造成中法兩國的戰爭局面。
這份奏摺就誅心了，現在的局面是外國洋鬼子千方百計地想從中國身上撈油水，不是中國不惹事就能天下太平。就好比有個流氓混子想欺負你，他一定會想盡辦法來找你麻煩，不管你怎麼忍讓，這個流氓混子還是會欺負你。所以，忍讓根本不能解決問題。你想要流氓混子不來欺負你，忍讓這個辦法行不通。那你能怎麼辦呢？辦法只有一個，就是比他強。假如你去練拳，能夠一拳打暈這個流氓混子，那他欺負你的時候就會心懷顧忌了。假如你有幾個朋友能爲你打架，那流氓混子就不敢來了，至少他不敢一個人來。假如你告訴父母，正巧你父母認識公檢法的朋友，那你父母一個電話，這個流氓混子就絕不敢動你半個指頭。假如你努力學習，在校表現良好，獲得各種競賽獎勵，這個流氓混子要是欺負你，被曝光到社會，他馬上就會面臨牢獄之災。
所以，想要別人不敢欺負你，就要自強！而不是忍讓！
恭親王被彈劾，主戰派自然不會坐視，紛紛站出來指責主和派，不該內部鬥爭，應該一致對外。“以忍讓求和平”是婦人之見，這種幼稚的想法在現實中根本不成立。
本來朝會之上，大家都可以暢所欲言。但是這句“婦人之見”把慈禧太后徹底激怒了，下朝之後慈禧在自己的宮裡，自言自語的大罵了很久。慈禧一邊咬牙切齒的大罵主戰派大臣們，一邊調集人馬。當天夜裡，慈禧令醇親王調集京營，加強戒備。第二天慈禧下懿旨：撤換全部軍機大臣。
停奕訢親王雙俸，命他“家居養疾”；寶鋆原品休致，李鴻藻、景廉降二級調用；翁同龢革職留任，退出軍機處，仍在毓慶宮行走。
命左宗棠“家居養疾”，不再擔任對法作戰欽差大臣；
調劉銘傳去川西康巴地區，編修地方史，不再擔任臺灣巡撫（臺灣地區最高軍政長官）；
批准馮子材致仕（退休），不再擔任滇桂提督（雲南廣西部隊首長）；
調劉永福任膠東總兵，黑旗軍不得離開駐地（奪取劉永福兵權）。
1884年，慈禧這次政變，史稱：甲申易樞
這下子，大清朝沒人再主戰了。
清廷不主戰，法國可不會罷戰。1884年6月，法國國會批准對華戰爭款項，組建更大規模的遠征軍，目標直指北京！
1884年10月，法國遠征軍抵達安南（越南），會同法國駐安南殖民軍，水陸齊發，進攻黑旗軍駐地——越南山西府。法軍以艦炮和哈齊開斯機槍摧毀了扶沙要塞，步兵趁勢掩殺，衝上黑旗軍的河堤陣地。河堤陣地是山西府防禦陣地的關鍵，黑旗軍和法軍在此展開了反覆爭奪。河堤陣地幾經易手，白天被法軍佔領後，黑旗軍在夜間又迂迴到河堤陣地後方，前後夾擊法軍。在吃過決死隊人操水雷的大虧後，法國艦隊日夜警戒。發現黑旗軍的迂迴部隊後，法國軍艦用哈奇開斯機關炮對迂迴部隊掃射，打垮了黑旗軍的夾擊。第二日白天，法軍又用艦炮轟榻西門城樓，進入山西府城內。黑旗軍大勢已去，撤往紅河上游山林地帶。
1884年11月，法軍驅逐黑旗軍後，又向清軍北寧大營進犯。北寧清軍有兩萬餘人，北寧大營也已經要塞化，法軍已經做好了苦戰的準備。但主戰派軍事長官馮子材等已經被朝廷“退休致仕”，清軍無心戀戰。法軍炮聲一響，全軍潰散，一路退至中越邊界。
至此，安南（越南）全境淪爲法國殖民地。
越南已定，法軍矛頭轉向中國。1885年初，法軍艦隊奇襲基隆。去年法軍在此被劉銘傳率軍擊敗，如今劉銘傳已被調往川西高原，清軍毫無鬥志，基隆一日而下。獲得了基隆的煤礦後，法國艦隊已經可以直插北京！
越南丟了不心疼，但臺灣被攻擊，慈禧不得不派人向法國求和，並請求列強“調停”。
但法軍並不停歇，1885年3月，法國艦隊第二次進犯馬尾。主戰派的左宗棠被朝廷勒令“回家養疾”，當下福建方面的最高官長閩浙總督何璟、船政大臣何如璋等，在李鴻章對外退讓妥協政策的影響下，深恐得罪侵略者，影響中法“和議”和列強“調解”，不但不施防範，反而舉行隆重的歡迎儀式，對前來準備進攻中國海軍的法國艦隊以“友好的接待”。但是法國侵略軍並不領情，反而覺得機會難逢，用艦炮摧毀了馬尾軍港、福建造船廠、馬尾炮臺，徹底消除了中國南方的水上威脅。
左宗棠在家聽聞馬尾慘敗，唏噓感慨，一病不起。同年，這位七十多歲的老人，曾經的“大清中興四名臣”，收復新疆的民族英雄，撒手歸西。
1885年4月，法軍在天津大沽口登陸，舉國大譁。慈禧太后在儲秀宮坐臥不寧，對着身邊的大太監說：“李蓮英啊，朝廷養了這麼多軍隊，大清朝這麼多男人，怎麼就讓這些法國洋鬼子打到家門口了？”
李蓮英感覺跪下，口中稱：“奴才無能，不能爲主子分憂。”
慈禧這時也沒了方寸：“你說這洋鬼子打進北京怎麼辦？難道要我一個婦道人家去抵擋嗎？”
李蓮英忙說：“懇請老佛爺移駕熱河省。”
慈禧心中一想，是得避避風頭，先保住自己再說。自己發動“甲申易樞”後，很多人對自己不滿。認爲自己一個女人，對外軟弱無能，對內窩裡橫，把朝廷的敢戰之士全部趕走了。現在這種敗局，都是自己造成的。
慈禧心說，你們不是主戰嗎，那現在你們上吧。現在要法國退兵，肯定要簽定賣國條約，我不籤、讓你們來籤。
第二天，慈禧太后和光緒皇帝移駕熱河省承德避暑山莊，恭親王奕訢總理國事，全權負責對法國停戰談判。