讓李鴻章在蘇州主持江蘇的恢復重建工作，曾紀澤是放心的，一方面是蘇州本就是江蘇巡撫衙門的所在地，另一方面他只是讓李鴻章主持民政，並沒有放給他調動淮軍一兵一卒的權力，手裡沒有槍桿子，就算李鴻章有野心，也折騰不出什麼動靜。
此時，李鴻章已由曾國藩舉薦，任蘇州知府。朝廷對曾國藩極爲支持和信任，大凡曾國藩舉薦的，一概予以批准。兩江四省，大小官員的人事都是曾國藩說了算。當年楊嶽斌復出，以爲自己可以獨立給朝廷上折，結果，朝廷把他的摺子轉給了曾國藩，意思是他沒資格跟朝廷對話。
曾紀澤收復蘇州沒有殺降，七八萬太平軍殘部，按照事先制定要的投降計劃，開出了城外，在淮軍的監督之下，放下武器，領取食物，而後進入野外設好的降營休息。
偶爾有忠於慕王譚紹光的小股人馬，發起幾次微不足道抵抗，但很快都被曾紀澤留守的淮軍吳長慶部鎮壓下去。
李鴻章和吳長慶部約七千人馬進入蘇州，全面接管了這座飽經戰火摧殘的城市。數月的封鎖與圍攻，使這座江南名城繁華毀盡，剩下的只有殘垣斷壁和一羣羣飢餓將死的平民百姓，太平軍的投降給了他們生存下去的機會。
曾紀澤嚴令淮軍其他團不得擅入蘇州，吳長慶性格沉穩，他治下的慶字營軍紀嚴明，由他的團接管蘇州，也許可以減少對城中百姓的驚掠。而且，凡是跟着曾紀澤的隊伍，都能發極高的足額薪餉，避免他們與曾國荃的隊伍一樣洗劫平民。
曾國藩和曾國荃縱容吉字營強掠平民，那是因爲他們的目標只是把被長毛搶走的地盤奪回來，至於死了多少人，搶了多少東西，蹂躪了多少女人，那不關他們的事。
曾紀澤的想法卻與他們不同，他現今打下的每一寸土地，將來都將成爲成就大業的根據地，他治下的每一個人丁，也將是爲他生產糧食，上交稅賦的勞動力，還可能是他擴張軍隊的兵來源，東西都是自己的，他當然不捨得糟蹋。
雖說淮軍的軍紀遠較湘軍要好，但蘇州在這些人眼中，依然是一頭肥碩的羊羔，一旦有足夠的利益誘惑，難免他們有出格的行爲。飽受摧殘的蘇州，已經再也經不起什麼蹂躪了。曾紀澤進入蘇州之後，就嚴令不許擾民。
曾紀澤回到蘇州，在二虎、蘇慕白、蘇慕蓮等親兵圍護下，策馬徐行，他環視着周圍依舊蕭條的街景，對前來迎接的蘇州知府李鴻章說：“老百姓有句話，上有天堂，下有蘇杭，千年的古城，卻成了這般慘狀，真是可惜呀，咱們能在短時間內恢復它的繁華吧。”
“這談何容易，蘇鬆一帶，原本人口稠密，商業繁榮，自長毛之亂以來，連經戰禍、天災等諸多災劫，現在已是十室九空。就拿這蘇州城而言，戰亂之前人口有數十萬，現今卻只剩不到十萬，只怕沒有個幾十年的時間是恢復不過來的
。現在重建，還真不知道從哪裡入手？”李鴻章說。
“我們得想辦法，從土地改革開始吧。”曾紀澤知道，在晚清那樣以農業爲主的時代，農業是解決大部分人口就業的基礎。到了晚期，土地大量的集中到了少數豪強官貴手上。所以新朝建立之後，基本頭件大事就是改革土地制度，什麼均田、度田就全來了，雖然名目不同，但目的卻是一致的，那就是重新分配土地，讓那些無地的流民重新回到土地上去，這樣老百姓才能安居樂業。
打土豪分田地的歷史，讓曾紀澤深知，爲實現大業，槍炮不是問題，人才不是問題，外國人也不是問題，滿清也不是問題，只有土地纔是成敗的決定性因素。不過江蘇和上海，是曾紀澤自立的根據地。曾紀澤建廠造炮，買船買機器，給將士們發糧發餉，到目前爲止，支撐他的不是農民，而是上海的商紳，還有那些財大氣粗的大地主。
不過，曾紀澤要在百廢待興的蘇州搞土地改革，不用觸動這些人的利益。太平軍爲他很好的解決了這個難題，多年的戰爭，他們從肉體上消滅了許多地主，還有很多地主畏於太平軍的殺戮自殺，許多人拋棄自家的田產逃往他鄉，只有少部分地主因爲擁護太平軍，得以存活下來，淮軍攻下蘇州，這批人就成了背叛朝廷的人，曾紀澤不殺他們，他們就感恩戴德了，收了他們的土地抵罪，算便宜他們了。
除此之外，還有許多農民死於戰火，無論是有地的還是沒地的，這都不重要，重要的是戰火過後，留下的大量荒置無主的土地。
回到巡撫衙門，曾紀澤讓李鴻章以官府的名義，名正言順的將這些無主的土地收歸官有，然後再按照人口比例重新分配，阻力相對而言很小。
李鴻章也同意曾紀澤的想法。曾紀澤話鋒一轉，道：“蘇州光長毛降兵就有五六萬，再加上城中倖存的平民，近有十幾萬張口等着吃飯。如果再算上其他克復的城鎮，這個數字就更爲龐大，這對咱們的財政可是個不小的壓力，你有什麼好的解決辦法嗎？”
李鴻章低聲道：“對於平民百姓，咱們自然得方設法調撥糧賑濟，糧少些無妨，保證能養活他們到明年的種糧收穫就是了。可是那幾萬多的降兵卻實在不是一個小數目，咱們就算要收編也只能收編一部分精壯的，剩下的又該怎麼處置呢？留着他們的話，那可是一個極不穩定的因素呀。”
“那依你之見呢？”曾紀澤眉頭暗皺。
李鴻章把手橫在脖間，做了一個殺頭的動作：“依我看，咱們不如效仿九帥，將他們全部坑殺，以絕後患。”
曾紀澤道：“這些長毛，原來也是農民，沒必要這麼殘忍，如果有鬧事的，殺領頭的就行，現在江蘇人口銳減，我們正要留着他們。”
曾紀澤跟李鴻章講出了他的想法：一個關於土地改革的初步設想
。
“第一步，在全江蘇範圍內覈查統計無主的田地，五畝以上者全部收歸官府，五畝以下者，如果所有者在一個月之內者沒有向官府申報，也將收歸官府。然後，將接收過來的官地出售給農民，地價爲耕地主要農作物正產品全年收穫量的五倍，由承領農民分二十年平均攤還，不必負擔利息，並規定每人所買之土地面積，不得超過十畝，並且，在還完租金之前，不得出賣土地。”曾紀澤說：“這樣農民基本上種五年田地，地就是他的了，永久歸他。每年的田租也就百分之二十五，不算多。”曾紀澤說。
李鴻章說：“這辦法好。而且對經受過戰火的農村實行減稅，限定租額，地租不得超過全年主產品收穫量的百分之二十五，以減輕農民的負擔。同時，也保障地主的利益，規定佃農按時納租，欠繳地租地主可以解僱等。”
曾紀澤說：“你說的有道理。官地的銷售，長毛的降卒們也將享受同等待遇，這樣便可以較爲妥善的解決降卒們的穩定問題。其實很多長毛士兵都來自於無地的農民，這些人因爲窮困，在走投無路之下才選擇了投奔太平天國。他們不到活不下去的份上，不會造反的。”
李鴻章說：“這的確是一個解決農民吃飯問題和安置降卒的好方法，我們還要鼓勵開荒，減租減賦差。”
“確實，只要解決土地問題，江蘇會恢復很快的。洪逆廣西金田起兵時，不過千餘之衆，後流竄十餘省，待佔據金陵時，其下已有百萬之衆。其所過之處，振臂一揮，當地的農民便是聞風而蟻聚，他們冒着被殺頭的危險，加入賊軍，除了受到洪秀全那套邪教之說的蠱惑之外，均田地是很大的誘惑！”
“除了土地，還有朝廷的腐敗。”李鴻章沉思半晌，嘆道：“自乾隆爺以來，朝廷對農民們所徵的稅日益加重，各地官吏爲飽私囊，又巧立名目，倍加盤剝。而八旗貴族和漢家富紳們則不斷的強取豪奪農民的田地，致使他們生活日漸的艱難，即使是富庶的江南一帶，也多有家破人亡之事發生。這些農民們雖不敢反抗，但心下卻怨聲載道，長毛揭竿而起他們便羣起而響應，雖說是大逆不道，但多少也有些被逼無奈吧。現在連北方也捻賊四起了。”
“少荃兄，你這話算是說到了點子上了。”曾紀澤道，“對了，其實我剛說的那幾點意見，多半也是從父親那裡得，他在安慶搞的那套與民休息的政策成效就很不錯。我只不過把他的作法改動了一些，以便適應咱們江蘇這邊的具體情況。你就把這些想法寫個摺子，上奏朝廷吧，說這是我父親的建議。”
這兩年來，曾紀澤得出了一個結論，但凡遇到比較有爭議之事時，只要把他曾國藩的名頭搬出來，多半就能壓服不同的觀點，朝廷也不會有什麼意見，一般是照準。
“我馬上上折。我剛纔細細一想，你的辦法對於解決饑民溫飽，安置降兵這方面確實很有利
。而且戰爭即將結束，也該考慮着手恢復生產，那麼多的土地空置着，到底還需人來重新耕種，把無主的土地賣給農民，咱們既能賺一筆銀子，還能儘快從他們手上徵稅，可謂一舉數得呀，我想朝廷不會有意見。”李鴻章的腦袋還是轉得挺快的，“另外，原來蘇州的手工業比較發達，比如蘇州刺繡，洋人都喜歡，我們也可以鼓勵恢復。”
“很好。”曾紀澤道，“不過手工業這事不急。你牽頭先成立一個‘土地署’，專門負責無主土地官有化和銷售的所有相關事宜。”
“好吧，我來負責這事。”李鴻章這人一向報負很大，絕非那種甘願永久屈居於幕府之中的人，先前曾紀澤任命周馥爲徐州知府時，李鴻章心下還鬧了不小的情緒。他原本以爲知府人選是非他莫屬的，卻不曾紀澤意外的選擇了周馥，這讓他很是失望了一陣。現在曾紀澤將更爲重要的蘇州知府的職位交給了李鴻章，還讓他負責土地改革這麼重要的事，他很樂意，但是臉上很平靜，沒有任何欣喜的表情。
“少荃，你難道沒信心接手蘇州這副爛攤子嗎？你要沒信心，那我可找別人了。”曾紀澤見李鴻章一臉平靜，估計笑道。
李鴻章趕忙說道：“我當然有信心了。放心吧，大公子，不用一年的時間，我就讓這蘇州不但不要你一粒的救濟米，還能重新上交稅賦，支持江蘇衙門。”
“好！你辦事，我放心！蘇州就交給你了。我還有別的事。”曾紀澤說。
蘇州克復，長毛在蘇南一帶的主力基本喪失殆盡，但這並不意味着長毛的勢力徹底被驅逐出了江蘇，他們仍然佔據着常州等數座重鎮。在拿下蘇州後不久，曾紀澤即調劉銘傳、潘鼎新、張樹聲等三個團分路進剿太平軍殘存勢力，又命張樹珊團南下，支援進攻嘉興的淮軍部隊。
這時，江蘇全境基本是全部被淮軍拿下。曾紀澤之所以把江蘇政務交給李鴻章，是因爲曾紀澤收到清廷的撥款了，五十萬兩白銀，全部撥給他的江蘇衙門，責成他在上海建一座近代化的造船廠。
曾紀澤決定親自抓建設，建造這座船廠，將來造出可以媲美洋人的堅船利炮。曾紀澤的淮軍兵力畢竟有限，戰鬥力也難以達到歐美軍隊的水平。他想先擁有一支近代化的海軍，縱橫於中國萬里的海疆線，無情打擊愚昧閉關的滿清。
曾紀澤知道，洋人之所以能在兩次鴉片戰爭中打敗清軍，最大的利器並非他們先進的槍炮，而是他們所向無敵的艦隊。他們遊弋於中國漫長的海岸線，選擇清軍防守最弱的環節，集中兵力發起進攻，當清廷聞知信息，要調兵遣將時，戰事已然結束。於是，號稱百萬之衆的清軍便被幾萬洋鬼子牽着鼻子走，完全不知道他們下一個目標是哪裡。海軍的絕對優勢，纔是洋人能夠在中國的土地上一而再，再而三擊敗清軍。
曾紀澤心想，以後要對付滿清和列強，建立一支強大的海軍是必不可少的
。而現在，正是建立艦隊的大好時機。慈禧聽從文祥和曾國藩等人的建議，已經把著名的阿思本艦隊解散了，這支艦隊的各主力軍艦，阿思本和李泰國正頭疼，準備帶回倫敦低價拍賣。曾紀澤準備讓人暗中把阿思本艦隊給買下來。(。)