從1896年底，整個東亞又恢復了以前的狀態：大清繼續苟延殘喘、日本繼續窮兵黷武、臺灣繼續悶頭不言聲、英法美德俄繼續爲他們眼中的各種利益私下角力。
自從劉芾在宜蘭試行了合作社以來，當地的大部分民衆都得到了利益，糧食產量和荒地開墾也逐步提高，效果還是顯著的，雖然地主階級有一些反對的聲音，不過有了前一段的清洗的教訓，也沒鬧出什麼大事件。
既然效果顯著，劉芾繼而又把基隆和臺北兩個縣劃入了試點，他打算每年加入一兩個縣，逐步把這項政策推行到全臺灣，雖然這樣做肯定會損害一部分富人的利益，不過由於今後臺灣會有很長一段時間是處於戰爭狀中，糧食和人口又是戰爭的重要支柱，所以只能舍少數，取大多數了。
除了繼續推行合作社，在金融上劉芾也採納了臺灣銀行行長，海倫娜女士的建議，準備在全臺建立分支機構，主要針對小農戶和小企業發放短期貸款，並着手準備臺灣自己的金融體系和貨幣體系。
自從1895年花蓮至基隆至刺桐的鐵路通車以後，由花蓮至刺桐的鐵路也開始興建，由於這段山區比較多，所以工期要到97年才能完工。到那時，整個環臺灣的鐵路將全線貫通，不管是經濟、農業和軍事，都將成爲這條鐵路的受益者。等到環臺鐵路完工以後，劉芾還打算在臺灣中部造一條橫貫臺灣的鐵路，不過這個想法還沒有經過鐵路工程人員的驗證，畢竟在這個時代，大型的鑽山隧道不是輕易能建的，如果難度太大了，也沒有必要用千百位鐵路建設者的屍骨去填。
雖然英法德等國對臺灣武器禁運了，不過商業上還是不禁止的，臺灣盛產的蔗糖和樟腦，作爲一種特產，還是很受歐美國家的喜愛，不過由於臺灣處於戰時，所有出口進口全部都集中到了刺桐港。
截止到1896年底，臺灣新軍總兵力達到了3萬5千人，大半裝備了新式的AK-01式半自動步槍，還有幾百輛東風皮卡和長江摩托車作爲快速支援部隊的運輸工具。臺灣水師總兵力也接近了1萬人，除了潛艇和魚雷艇的艇員以外，基隆、香山、刺桐和花蓮的海軍基地也駐紮了很多地勤人員。水師的潛艇總數已經突破了一百，分成兩個潛艇大隊，駐紮在四個基地內，負責各自的巡查海域，不過主要防禦方向還是臺灣的東部和北部，另外就是在臺灣海峽和琉球羣島附近，搜索日本船隻，並在合適的時間，予以打擊，這個合適的時間就是四周沒有船隻經過的時候。另外潛艇部隊還有一個小任務，就是跟隨着“海倫娜”船運的船隻往返於海南島和臺灣之間，爲運送鐵礦石的貨輪護航。
研究所這些年裡，先後完善了對“大黃魚級”潛艇、“海燕級”魚雷快艇和“Ⅰ”型魚雷的改進設計，並利用電磁原理，把原來的“海膽”錨雷改造成一種新的水雷：電磁水雷。
這種被命名爲“海星”的電磁水雷，平時定深懸浮在海水中，遇到有船隻經過，通過船體對磁力的影響，從而觸發爆炸。由於這種水雷懸浮在海平面下面，除了按照佈雷圖紙尋找，基本無法清除，所以對艦船的威脅比錨雷更高。
除了完善“大黃魚級”潛艇的設計以外，研究所還新試製了一款船體更大、續航更遠、攻擊力更高的新型潛艇。這種潛艇被命名爲“金槍魚級”，船體長55/47米，寬5.5/4.5米，吃水深度4.5米，雙層耐壓殼體，排水量752/833噸；水上由2臺8缸柴油機提供1000馬力，行駛速度13節，續航，7000海里；水下由2組電動機蓄電池提供800馬力，行駛速度17節，續航400海里；設計潛深100米；前4後2配備450MM魚雷發射管，備彈14枚；艏樓上裝備2挺12MM機槍，裝有水下通氣管、潛望鏡、長波電臺、主動聲吶和水聽器。
“金槍魚級”潛艇試製成功以後，將代替現在的“大黃魚級”潛艇逐步裝備臺灣水師的潛艇部隊，有了這種航程更遠，水下速度更快、備彈量更多的新型潛艇，臺灣水師的防禦圈和打擊圈就可以擴大不少。
有了新潛艇，那就不能不有新魚雷吧，的確，作爲密切配合的一對武器，缺了誰都會大幅度影響效能的發揮。新研製的魚雷和以前的“Ⅰ”魚雷差別不大，戰鬥部和引信基本相同，不同的只是提高了熱動力發動機的效率，使其速度提高了一些，還有就是航程略遠。
“Ⅱ”型魚雷的口徑還是450MM，長3600MM，航速37節，最大航程2000米，總重415公斤，戰鬥部裝藥35公斤。
除了海軍裝備以外，研究所按照劉芾的大概描述，經過幾年的試驗，把迫擊炮這個陸軍支援火力給研究了出來，目前只有一種型號，60毫米口徑。這種小炮全重只有17公斤，最大射程800米，發射速度每分鐘30發左右，殺傷半徑6米多。雖然射程不夠遠，但是射速和殺傷半徑都遠超這個時代的任何火炮。
除了迫擊炮以外，由自動步槍仿製的輕機槍也部分裝備了新軍，加上半自動步槍和手榴彈，基本上能進行有限的防禦作戰了。由於環臺鐵路的通車，陸軍分成了四個旅，分駐在基隆、花蓮、刺桐和香山，遇到作戰任務，則由鐵路線在全臺調配；另外還成立了一個機動團，駐紮在基隆港，裝備了30輛東風皮卡和100多輛長江摩托車，作爲一個機動力量，歸參謀部直接指揮。
除了在臺灣本土上的建設以外，水師還在澎湖、、與那國島、蘭嶼島等圍繞在臺灣的小島上，建設了長波電臺站，作爲聯絡海上船隻和監視哨。
從上次談判破裂以後，日本在臺灣外海和海峽中遇襲的船隻越來越多，每個月都會有好幾條船在臺灣附近失蹤，不僅船找不到，連人員都無一生還。由於日本的很多物資都是從海外進口的，而臺灣正卡在日本和西亞、歐洲的航線上，嚴重的影響了日本的物資進出口。現在很多日本船隻都不再敢走臺灣航線，而是繞行更遠海況更復雜的菲律賓航線，加大了運輸成本和危險性。
對於這種說不出來的難受，日本政府已經忍了很久了，終於在1897年6月爆發了。日本政府集中了手中的大部分能用的戰艦，組成了一支大艦隊，載着一個整編師團的陸軍兵力，第三次集結在琉球羣島。