到了1920年初，爪哇島上的疫情和饑荒隨着人口數量的大幅度消失，也逐漸消失了，這時候，爪哇島上存活的居民人口數量不足300萬，而且大多數都隱藏在了比較偏僻的山區裡，沿海的港口城市和主要城市都已經無人居住，大片的種植園和農田也都處於荒廢狀態。爪哇島的經濟和政治遭到徹底的破壞，完全處於無政府狀態，錢幣不再流通，島上的居民重新採用了以貨易貨的原始交易形式，並且交易量非常少，基本都是自給自足，很少和外界交往。
爲了進一步確定爪哇島上的疫情，聯邦政府沒有急於登上爪哇島，而是加大了登島的防化部隊的數量和頻率，在經過了半年左右的觀察和確認之後，才初步確定了這次大規模長期的細菌戰的結果，並且由內務部起草了一份報告，呈交給了劉芾，並在報告中申請降低爪哇島的封鎖級別，並建議總統，可以對爪哇島進行初步佔領並展開勘查活動，再進一步確認疫情的發展和效果。
劉芾在拿到這份報告後，也有點讓自己當初的決定給嚇住了，一個島上，2千多萬人口，在短短的三年時間裡，被殺戮得只剩下不到300萬人，這種效率簡直比機關槍大炮要強多了，而且還是悄無聲息的，這簡直太恐怖了，怪不得到了後世，世界各國一直同意，禁止使用細菌武器呢，這個玩意比原子彈還可怕。成本又如此之低，真是抄家滅族的不二之選。
想起這種特殊武器的威力，劉芾忍不住向牆上的地圖上看去，如果把這種玩意用在人口稠密，醫療條件低下的印度次大陸，會是什麼效果呢？不過劉芾也就是意淫一下，印度次大陸不像爪哇島，聯邦無法全面封鎖哪裡，也就無法控制細菌的傳播範圍，弄不好疫情會隨着商人和水手。傳遍整個亞洲。到時候，整個武器就不是對付敵人的利器了，而是自殺的利器了。
對於內務部的報告，劉芾批准了。並且在報告中特別強調。大規模的上島勘查工作。一定要注意安全和檢疫，寧可再等3年，也不能去冒險。爲了確保這項工作的執行力度，劉芾特意把這項任務同時下發給內務部和國防部軍情局兩個單位，讓他們互相監督互相掣肘，免得那個單位頭腦一熱，快乾冒進，那就麻煩了。
在得到總統批准之後，聯邦海軍和陸軍各自抽調了一部分艦艇和部隊，組成了一隻特別登陸部隊，歸內務部和軍情局雙重領導，開始了對爪哇島的部分佔領。
最先被佔領的就是爪哇島上最大的城市，巴達維亞。這座東南亞最大的城市是由荷蘭人在17世紀建立的，修建這座城市的石料不部分是從印度科羅曼德爾海岸石料場運來的，而木料則是從爪哇東部砍來的柚木，在加上在當地取材，由華人燒製了大量的磚才，經過13年的修建，才逐步完工。在當時修建巴達維亞城的勞工隊伍中，就出現了華人包工隊，當時的荷蘭總督安東尼.範.迪門把城市下水、港口修建、城牆、防禦要塞和部分房屋的建設都承包給了多支華人工程隊，並且對華人燒製磚瓦和砌磚的工藝大衛讚賞。
這裡曾經是荷蘭東印度公司的總部，也是東南亞地區貿易最爲發達的港口城市，不過，現在這裡成了一座鬼城。隨着疫情的加重，城市中的人要不染病而亡，要不逃出港口被聯邦海軍擊沉，喪生大海，要不逃入了深山去躲避疾病和饑荒，現在的巴達維亞城，已經很久沒有人的蹤跡了，到處是倒塌的房屋和失火後的殘跡，各種小型動物把這裡當成了家園。
不光是巴達維亞城，爪哇島沿海的所有城市基本上都是這樣，這些城市中屍骨遍地、蟲蛇衆多，與其說叫城市，不如叫做廢墟。
這次參加登陸的部隊，全部裝備了防化服和呼吸過濾器，並且爲了應付這些雜草叢生、屍骨遍地的城市廢墟，還特意裝備了大量的火焰噴射器。有了這種破壞利器，不管是屍骨、雜草、殘屋斷檁，不用耗費過多的精力去整理，火焰噴射器一頓噴，除了石頭，啥都沒了，既節省體力，還安全、衛生、可靠。
在清理完畢巴達維亞、西冷、南安迪、井裡汶、直葛、三寶壟、南望、圖班、泗水、芝拉扎等城市港口之後，數支規模在1個連的探索部隊，開着偵查坦克和越野載重車，從這些城市出發，分頭向指定方向進發，他們的任務不是佔領，而是保護隨軍的科研人員，深入到陸地內部，去收集一些數據和實地情況，以便最後得出一個結論，爪哇島上鼠疫或者其他疫情是否已經消退，能否撤出海上封鎖。
經過了2個多月的調查和取樣，劉芾得到了衛生防疫部門和生化研究所的一致意見，爪哇島上的鼠疫已經基本消失，不過由於當地的動物已經吃慣了人肉，它們的體內是否攜帶着病菌，還要進一步採樣調查，不過海上封鎖已經沒必要了。
於是，持續了近3年的對爪哇島的海上封鎖終於解除了，而聯邦政府也正式宣佈，經過聯邦政府和當地人民的共同努力，肆虐在爪哇島上的黑死病和饑荒終於被戰勝了，雖然損失慘重，但是這充分體現了聯邦政府對國民的負責任的態度。不過，聯邦政府也提醒國民，由於爪哇島上的檢疫工作還在繼續進行，所以爪哇島暫時被劃爲軍事禁區，除了持有國防部特別通行證之外，一切人等都不得進入爪哇島，違者將按照軍事條例處理。
這條消息在聯邦國內的報紙上只露了一小面，然後就石沉大海了，現在聯邦國內正在忙着討論遷都中的各種工作問題，誰有功夫去注意一個消失了好幾年的爪哇島啊。而且聽說那個島上流傳着瘟疫，老百姓別說去了，想都不願意想那個地方，太不吉利了。
雖然爪哇島暫時無法開發利用，不過也不是毫無用處，聯邦政府在計劃中，將在島南部的芝拉扎建立一座軍事基地，並且在巴達維亞和泗水，修建2座軍用機場，這樣一來，聯邦的海軍和空軍，在對南部的防禦和監控上，就多了一個重要支點，聯邦海軍的手，也就可以伸的更長了。
1920年10月3日，經過了幾個月的墨跡，南海聯邦與美國政府的和談終於完成了，南海聯邦將無條件歸還全部美國海軍戰俘和傷員，兩國之間的外交關係恢復正常，並重新互設大使館。
由於美國大選即將開始，在選前的多次模擬中，共和黨候選人的支持率都明顯高於民主黨，所以威爾遜政府也沒心思再在這場已經失敗的戰爭中和聯邦政府討價還價了，匆匆忙忙簽訂了和談約定，就把精力投入到了國內的選舉中去了。
恢復了和美國的正常關係，南海聯邦的經濟壓力就小了不少，在合約公佈的當天，從聯邦的多個港口中，就出發了十多艘大型船隻，它們無一不是裝載着滿滿的貨物和旅客，開始撲向美國這塊巨大的產品銷售市場。
另一邊，南海聯邦與荷蘭、英國政府之間的談判還在繼續，由於聯邦政府寸土不讓，談判的進展非常緩慢，不過，在談判初期，聯邦政府也同樣無條件歸還了英國海軍戰俘和傷員，並且也與英國恢復了大部分外交關係，不過大英帝國礙着面子，只答應兩國先互設領事館，其他方面並未涉及。(未完待續……)