雙方在香港的英國中國艦隊司令部舉行了友好的談判，一上來，俄國代表就痛陳臺灣潛艇採用不光彩手段，偷襲俄國艦隊，造成了俄國多少多少損失，沙皇如何如何憤怒，俄國人民如何如何不答應，要求臺灣如何如何做，才能平息這些損失、憤怒和不答應。
然後就是法國人提出1899年那支失蹤的法國艦隊，也是遭到了臺灣的偷襲，也必須用各種誠意來補償，否則就……等等。
最後是英國人、德國人在充分贊同俄、法兩國提出的要求的基礎上，又提出了需要對臺灣的軍事實力進行檢查，並派出各國部隊駐紮在幾個重要的港口，以確保以後的東亞和平等等。
美國人到沒提出什麼檢查和駐軍要求，他們只是提出，臺灣應該就地位問題和日本再進行談判，以便解決一直都沒有解決的臺灣歸屬問題。
臺灣的代表團秉承了劉芾要求的不退讓，不承認，不負責的三不原則，對俄國和法國的指控概不承認，並指出，這些指控只是兩國海軍指揮官爲了推卸責任而強加到臺灣頭上的，這種黑鍋，臺灣不能背。
對於英德兩國的提議，臺灣代表團也是一概拒絕，並聲稱，由於各國不承認臺灣的合法地位，所以臺灣沒有義務接受各國的軍事檢察，也沒有義務爲保持什麼東亞和平出力，除非各國政府正式承認臺灣的合法地位，這些問題才能夠繼續談。
對於美國的提議，臺灣代表團回答的更乾脆：臺灣現在和日本正處於交戰階段，從1895年臺灣隊日宣戰以來，兩國從沒有宣佈過停戰或者解除戰爭狀態，所以，兩個正在打仗的國家，不打出一個勝負來，就沒法坐下來談判，美國人的提議臺灣可以接受，不過要等到日本投降的時候才能夠實施。
就這樣，你提指控，我要證據，你提檢查，我要地位，你提地位，我要對方投降，反正是一句話也說不到一塊去，這5個國家和臺灣在香港一談就是半個多月，連一個最基本的談判構架都沒談出來。奇怪的是，就這種談判居然還繼續進行着，從這點看來，5國和臺灣都沒有拿這次談判當回事，心裡都打着自己的小九九。到了後半個多月，各國乾脆不談什麼要求和條件了，反正能談的都談差不多而來，大家也熟悉，5國代表乾脆和臺灣代表拉起了家常，什麼臺灣的氣候啦、臺灣的特產啦，臺灣的新政府啦；臺灣代表也不含糊，立刻開始詢問英國的**級戰列艦、德國的克虜伯裝甲、美國的從去年開始的永久性排華法案等等，一直扯到了1906年的春節，臺灣代表團才以回臺過新年爲由，終止了這次漫長的扯皮會，回到了臺灣。而5國代表團也達到了自己的目的，隨着各國國會和皇帝批准了聯合6國進攻臺灣並最終佔領臺灣的計劃，並從各自的殖民地或者國內派出了增援兵力，這種純扯皮也就沒有了意義。
1906年3月初，英國的第一波增援兵力抵達了香港，包括2艘鄧肯級戰列艦和3艘巡洋艦以及從印度抽調的2000名印度士兵。隨後法國人從非洲抽調的1艘戰列艦和一部分士兵，也陸續抵達越南。
就在英國軍艦和運兵船通過馬六甲海峽的時候，內務部就已經通過潛伏在當地的情報人員獲得了英軍增援部隊已經抵達的情報，並及時送交了劉芾。劉芾立刻命令臺灣的海陸兩軍，進入臨戰狀態，取消了一切休假和例行巡邏護航的任務，全部人員按照事先制定好的計劃，入駐自己的防區，隨時準備對6國登陸部隊的反擊。
隨後，臺灣各個港口都被暫時關閉，港外由臺灣的魚雷艇部隊開始佈設水雷，任何進出船隻都將由臺灣海軍帶領，才能夠安全出入。而臺灣潛艇部隊的基地，都實施了戰時封鎖，任何人未經國防部批准，都不能進出。
3月11日，6國聯軍在香港宣佈成立，由英法德3國湊集的20多艘運兵船，開始從日本本土和海參崴把日本陸軍和俄國陸軍運往香港島，頭一批抵達香港的日本陸軍就有1個整編常備師團，共計3萬3千多人，其後，還將有1個日本師團和5000俄國陸軍抵達。
3月15日，6國以聯軍的形式，向臺灣政府發出最後的通牒，命令臺灣政府解散非法政府和非法武裝，向6國軍隊投降，而臺灣將被6國接管，由6國統一管理，通牒的最後期限爲3月20日。
在6國聯軍行程的過程中，還出了一個花絮，那就是美國政府的加入6國聯軍提議，在國會參衆兩院中未被通過，以美國西海岸和南部各州參議員和衆議員爲首的多數派，對於毫無利益的武力干涉一個島國的軍事行動，予以了否決。按照當時德州議員的話來說：與其動用寶貴的武力去幹涉一個臺灣，還不如投入到鎮壓菲律賓的獨立起義中來的划算。就這樣，美國海軍和陸軍無法正式參加6國聯軍，只得作爲一個觀察員，出動了一艘後勤艦和幾十名海軍軍官，跟在6國後邊權當幾日遊了。
最後通牒發出以後，臺灣政府不僅沒有回覆，還宣佈臺灣周圍海域30海里以內，爲臺灣領海，任何武裝船隻進入臺灣領海，都將受到臺灣海軍的攻擊。
這純粹就是和6國對着幹啊，6國聯軍見狀也不等最後通牒到期了，在3月18日，就全軍出動，以3艘戰列艦3艘重型巡洋艦爲主力，6艘巡洋艦和20多艘驅逐艦爲先鋒，浩浩蕩蕩的殺奔了臺灣。
不得不說的是英國海軍不愧爲世界第一的海軍，雖然他們也沒有和潛艇正面交手過，但是僅憑着從日、俄兩國海軍倖存人員的描述中，就做出了一個非常正確的選擇，那就是讓驅逐艦和輕型巡洋艦遊弋在主力艦隊的四周，這樣不僅能擴大艦隊的觀察範圍，而且可以在必要的時候爲主力艦船抵擋魚雷的攻擊。
而且，作爲這次進攻臺灣的殺手鐗，並不是這隻看似強大的海軍艦隊，而是另一支偷偷摸摸在深夜出發的運兵船隊。這個方案是由日本陸軍和海軍提出來的，由於日本海軍深知臺灣潛艇的厲害，他們不太相信這隻拼湊的貌似強大的6國艦隊能一舉突破臺灣潛艇的防線，而深深的仇恨讓日本人甘願冒險，他們在6國軍事會議上提出，讓6國艦隊帶領着俄國的陸軍爲第一路進攻部隊，而日本只需要借用20艘運兵船，且不動用以運抵香港的那一個師團的兵力，而是從日本本土再運一個兵團，分批抵達美國佔領的菲律賓，然後再從菲律賓趁着夜色出發，在凌晨抵達臺灣的南部海港杜寮，從杜寮港登陸，向臺灣內陸發起進攻。
6國對於日本人的計劃給予了充分的肯定，不僅提供了運兵船，還附送2艘驅逐艦擔當護衛和炮火支援。在6國艦隊出發的前一週，日本人就利用6國提供的商船，分批分波的把日本本土的常備第六師團運送到了美國佔領的菲律賓，而且沒有集中在馬尼拉港，而是在菲律賓北部海岸的克拉維利亞附近建造了一個臨時駐地。在這點上說，日本陸軍很具有吃苦耐勞的精神，他們爲了隱藏自己的行蹤，到達隱蔽地以後，整整3萬人，只帶着隨身的乾糧，不用補給船運送補給，生生在一片被原始森林包圍的海灘上熬了1個多禮拜，直到上船出發，纔得到頭一次補給。
日本人的苦沒有白受，臺灣間諜和潛艇，都只注意了各國的主要海軍基地和作戰船隻，沒有發現這些搭載着外國商船分批抵達的日本陸軍，這也爲日後的臺灣陸上爭奪打開了大門。