美國人登陸菲律賓，臺灣人斬獲兩艘美國巡洋艦，雙方皆大歡喜，只有西班牙人是兩手空空，不僅艦隊都被美國人擊沉在了港口裡，而且馬尼拉城也是眼看不保。這個老牌的殖民主義國家，從此以後，就再也沒站起來，沒落成歐洲的三流國家了。
接到內務部關於“小龍蝦”行動的秘密報告，劉芾躲在辦公室裡偷着樂了半天。報告中提到美國陸海軍隊正在圍攻馬尼拉，劉芾不禁琢磨着是不是再去給美國人添點亂。思考了一下午，劉芾還是決定不再出擊了，怕萬一被美國人看出端倪，就不好收場了，到時候把連着3次伏擊日本艦隊的舊賬一起搬出來，臺灣承受的壓力就太大了。
剛剛壓制住內心的衝動，一個不好的消息就來了。據民政部接到的報告，臺中的彰化縣部分地區發大水了，很多村子都被大水淹沒，具體規模有多大還沒有統計清楚。
看完了報告，劉芾倍感頭疼，外部壓力剛剛減緩，內部又事了，真是不省心啊。不過頭疼歸頭疼，該處理的還是要處理，而且要快，臺中是臺灣重要的蔗糖和亞麻產地，還建有很多糖廠，如果救災不及時，那麼農作物就會大幅度減產，嚴重影響當地乃至臺灣的發展。
如何救災劉芾還是稍微懂一點，靠當地政府肯定不行，靠國家支援，來不及，最快最有效的就是動用軍隊。於是劉芾發佈了上任以來的第一個總統令：調派彰化附近的駐軍，火速趕往災區，進行第一波救災，並控制災害的蔓延。然後再電令彰化縣速度查明受災區域和損失，配合軍隊做好防疫和安置受災居民的工作，並把具體數量上報民政部，再決定後續的災後建設事宜。
總統令一發出，立刻得到臺灣社會各界的支持，以前在大清朝，受災了以後，無家可歸的災民只能自己向附近的城鎮轉移，餓死病死那是正常，僥倖能跑到城市附近，還不一定能進城，只能再城外等着富戶舍粥或者衙門開倉放糧。拿到救濟的糧食，也等不到下一季的農作物收穫，只能賣兒賣女賣自己。更可怕的是災後的瘟疫，由於臺灣天氣溫和潮溼，人畜的屍體如果不能及時處理，將污染水源，從而引發各種規模的瘟疫。
現在新的政府雖然也搞了一些遭人反對的措施，比如合作社、銀行貸款等，但是那些政策只是一部分比較富裕的地主反對，廣大的窮人和社會底層階級都是願意接受的。這次總統宣佈動用軍隊救災，還給災民安置臨時住所，統一發放救災糧，真是比大清朝強多了。
劉芾佈置完救災的工作，立刻又找來了內務部部長徐增亮，這個徐增亮年齡21歲，是以前“衝鋒隊”裡年齡最大的、各種學習成績最好的學員。由於在多次參加清洗和滅口行動中表現出很強的協調管理能力，劉芾就任命他爲內務部的部長，專門負責國內外的情報、安保等工作。
劉芾這次給徐增亮又派了一個不太難的工作，就是由內務部秘密派遣工作組，融入到各個救災環節中去，查看在此次救災和重建工作中是否有人發國難財，然後整理出材料，直接上報給總統。
這次受災的是彰化縣的東南部的二水地區，這裡是彰化平原通往中央山脈的必經之地，整個地區非常狹窄，被夾在八卦山與濁水溪之間。濁水溪發源於高山地區，上游落差很大，溪水湍急且量大。在夏季雨水集中的時候，溪水的含沙量很大，致使中、下游河道淤塞嚴重，以致經常遷徙改道。
今年山區大雨不止，河水暴漲，河道再次更改往北，衝破了原來的堤岸，把附近的幾十個村莊都淹沒了，受災人數超過了3000。
由於軍隊行動迅速，後續措施跟進的及時，除了在水災中淹死的300多人外，被迫逃離家鄉的災民並沒有再繼續受難，而是就近安排在南投、員林等地搭建的臨時窩棚中。
災民被軍隊集中管理，口糧、藥品、飲水等都是按時發放，一直到洪水逐漸散去，也沒有發生大規模的疫情和騷亂。離家了2個多月的災民在軍隊的幫助下，紛紛返回家鄉，由當地臨時成立的救災點發放糧食和種子，並鼓勵災民向銀行借貸無息貸款，以度過災後最難的一段時間。
從災害發生的6月份，到洪水退卻災民陸續返鄉完畢的8月份，兩個多月的時間裡，軍隊、當地政府、義務救災民衆和政府各個部門的檢查小組由各自爲戰到積極配合，不僅完成了救災防疫的任務，還總結出很多經驗和教訓。
任何事情都有兩面，當全臺灣的軍民都關注着救災的成績的時候，一份秘密報告就放到了劉芾的桌上。報告是由內務部提交的，報告內容就是在這次救災活動中，出現的幾個異常情況。牽涉其中的有軍隊部門的官兵、地方政府的工作人員和當地的幾個地主，職位最高的是一個陸軍團部的後勤官，他和地方政府及地主勾結，倒賣災民的口糧，然後以次充好，再發放給災民。其他的如趁機造謠詆譭政府的、聚集災民哄搶救災物資的也有幾個，不過由於發現及時，損失不大。
劉芾早就料到了這個結果，所以並不意外，只要有人的地方，就有這些東西。至於怎麼處理，劉芾倒是想了半天，最後決定，與其偷偷摸摸的處決，不如公開槍斃。雖然這些罪犯大部分是政府人員，公開以後對政府的名聲有一些影響，但是誰能沒錯誤啊，能及時糾正，正面意義就抵消了負面影響。
8月20日，在彰化縣的救災表功大會上，21名在救災中有各種危害國家人民行爲的人員，被公開宣判並當場處決，所有非法所得全部充公，其他涉案不嚴重的一部分被髮送到礦山勞動改造，一部分接受教育，除去公職，自此，1898年的大水災算是畫上了一個完滿的句號。
水災雖然過去了，災後重建也在進行中，但是由這個水災引發的全臺水利設施缺失問題，又擺上了劉芾的桌面。由於臺灣的地形所致，平原大多在島的四周，而島中央是一條從南到北的大山脈，再加上臺灣豐沛的降水量，每年夏季都有規模不同的水災發生。
但是臺灣的水利設施很落後，完善的水庫一個沒有，山中的欄壩也大多日久失修。爲了從根本上預防以後再發生大規模的水害，劉芾又從中央和地方抽調了100多人，成立了臺灣水利部。並計劃在今後的幾年中，在中央山脈的幾條主要河溪上修建水庫。
這次水災和救災規模雖然不算很大，但是新政府在關心民生和打擊貪腐兩個方面都有出色表現，這給剛剛換屆的新政府和新總統本人都贏得了不少喝彩，臺灣島內對政府的質疑聲也逐漸消失，在加上前一段和英法等國的談判中並無賣國辱國舉動，臺灣新政府的聲望進一步得到提高。