聖盃戰爭就這樣虎頭蛇尾地結束了,頗有點黑色幽默的意味,衆人爭得頭破血流的萬能許願機不過是個海市蜃樓般的空想。衛宮士郎不知那天在柳洞寺最後發生了什麼,但等一切平息後,整個地下空洞已塌陷。遠阪凜說大聖盃被破壞後,這處的靈脈差不多也已被毀，那安哥拉.紐曼估計同樣被消滅了。
生活又恢復了聖盃戰爭開始前的平靜,除了留下來的rider和saber還提醒着衛宮士郎那短短不過十來天的日子不是做夢。因爲間桐櫻和聖盃聯繫的副作用，她獲得了巨大的魔力，rider憑此留在這個世界。至於saber,本來衛宮士郎的魔力根本不足以支持她，而saber亦不打算留下,她作爲亞瑟王的夢想是回到過去改變歷史而不是滯留在現在,衛宮士郎一方面尊重她的決定,一方面又覺得她的願望太過飄渺虛幻。
遠阪凜得知後卻拍板決定讓saber留下，不準消失，因爲不僅連rider都沒有走，到現在他們幾個早已是密不可分的同伴了，更何況比起既定的歷史，更應該珍惜不是當下麼？她不是臣民與國家的罪人，早就可以放下王的承擔與揹負，死亡帶來終結，新生帶來希望，以新的身份生活不是更輕鬆自由嗎？
見saber依舊堅持，遠阪凜倒是在意料之中，如果那麼容易放棄，saber也不會是那個青史名留的騎士王了，而她的做法便是支援衛宮士郎的魔力，除非saber殺了自己的master，否則她是無法自主離開的。
saber對此生了好多天的悶氣，把自己關在房中不肯出來，幾人輪流上陣勸說也沒用，但是幾天後板着臉的她重新出現在了飯桌上，雖然依舊難以釋懷，不過遠阪凜的話她不是沒有觸動的。
間桐櫻在那日醒來後又變回了曾經內向膽怯的性格，想起自己的所作所爲，更是多了羞愧，不敢直視衛宮士郎與遠阪凜。遠阪凜趕走了衛宮士郎，兩姐妹在房中談心了近兩個小時，先是剖析了間桐櫻爲何會對她產生敵意，知道她喜歡衛宮士郎而又以爲衛宮士郎喜歡自己的遠阪凜大罵衛宮士郎那個遲鈍的傢伙，輕斥悶葫蘆的妹妹，而間桐櫻則首次接觸了自己永遠驕傲優秀的姐姐內心——遠阪凜從不認爲自己是得天獨厚的人，相反對於要獨自肩負遠阪家的榮耀與責任，她一直是孤獨的——間桐櫻發現自己其實從來都是愛着姐姐的，要不然也不會將她送給自己的緞帶佩戴至今。羨慕着遠阪凜的同時間桐櫻也渴望着她的關愛，此刻難得見到姐姐的脆弱更是產生了憐惜之情。
之後兩姐妹又回憶了幼時的趣事，即使那些痛苦依然刻骨銘心，但未來是無限、充滿希望的，時間能夠撫平一切，等到兩人出去時，已是一派其樂融融了。
間桐櫻沒有聽從遠阪凜的勸說與鼓勵向衛宮士郎告白，她清楚衛宮士郎對自己並無男女之情，與其說開後顯得尷尬不如埋藏心底，況且他也不是自己唯一的寄託與憧憬了，她現在更想和姐姐親熱。
一星期後，穗羣原學院重新開學，恢復了正常上課，請假的同學與老師亦紛紛迴歸。而云雀恭彌這個人卻再也沒有出現，哦，還有云雀金太郎亦然，惹得大大小小的女生失落不已，據流言所說他們是轉學了。不過雲雀恭彌創建的風紀委員會倒作爲學校一個新興部門流傳了下來。
衛宮士郎在學校沒有見到雲雀，心中最後一絲希望落空的他不禁失望異常。他不認爲雲雀會在柳洞寺出現什麼意外，事實只能是雲雀自己離開了，他去過雲雀在冬木市的住處，自然是人去樓空，而除此之外，他對雲雀一無所知。實際上，聖盃戰爭結束後他們也沒有理由必須有所交集，但一旦想到再也見不到雲雀了，衛宮士郎就有些不甘與胸悶。或許可以去問問言峰綺禮……
可是，他到底在不甘什麼？
雲雀離開柳洞寺後，未作任何停留，而是直接回了東京。
老管家見他獨自回來，大吃了一驚，有意想問吉爾伽美什的去向——因爲已有好些天沒有聯繫上了，卻被雲雀淡淡瞥了一眼後徹底問不出口。
雲雀沒有再理會被震在原地的殷情管家，他徑直上樓然後關上了臥室的門。
拉上厚重的窗簾，失去光線的房間變得晦暗不明，雲雀把自己摔進了柔軟的牀鋪中，蜷成一團。雲雀知道自己現在的情況很不正常，根本不像平日的自己。
得知吉爾伽美什消失後產生的情緒在那一瞬間涌了上來，焦慮，茫然，空虛，憤怒，抑鬱等等這些大多完全不可能會屬於自己的詞語令他有短暫的無所適從，而一貫的冷靜使他壓下了所有，去做力所能及的事，可當從麻倉好口中知道他無法尋回吉爾伽美什的時候，這些蟄伏的心緒在剎那間統統浮上心頭，卻在最後匯聚交雜成空白，如他那時候雖不變卻早已木然的表情。
走出黑暗的地下空洞，沐浴在陽光下的雲雀卻突然產生了毀滅一切的想法，毀掉這個使吉爾伽美什消失的城市，毀掉這個令自己變得非常態的世界。
然而，最終他什麼都沒有做，高傲的雲雀從不曾想過有人會讓自己如此失態，甚至控制不住情緒，等回過神來的時候，他已經離開了那個城市，來到與吉爾伽美什居住時間最長的宅邸。
雲雀將自己的臉埋進了枕頭中，如一頭受了傷的兇獸一樣，他不會如吉爾伽美什失去摯友時般嚎啕大哭，但是，現在就讓他放縱一把吧，等這突如其來的脆弱過去後，他依然是那個高處不勝寒的孤高浮雲。
傍晚老管家來通知晚餐已備好的時候，雲雀已恢復了正常，至少表面上如此。飯後，老管家小心翼翼地詢問了他吉爾伽美什的蹤跡，需要其決策的文件已堆得老高了，雲雀沉默半晌，卻是叫管家把那些文件拿過來給他，而吉爾伽美什暫時不會回來。
老管家見狀雖吃驚卻不敢違逆雲雀，不說雲雀的氣場不比吉爾伽美什弱，戶口本上雲雀的監護人就是吉爾伽美什，而當初吉爾伽美什接管萬象集團，律師例行詢問遺囑和繼承人的時候，吉爾伽美什大筆一揮就填了雲雀的名字，所以此刻吉爾伽美什不在——老管家不敢妄自揣測他是否出了什麼意外，由雲雀來處理無可厚非。
花了幾天解決完一些在雲雀看來是瑣事的商業權力糾紛後，他踏上了前往並盛的路。然而令雲雀失望的是，在澤田綱吉順利成爲未來十代目後，他們卻沒有去往十年之後的世界，雲雀忽然意識到這裡是平行世界，這個世界的澤田綱吉或許會順風順水地成爲黑手黨首領，接着在十年後被白蘭殺死，彭格列亦被侵佔毀滅，直到他那個世界的澤田綱吉打敗白蘭，所有被白蘭毀掉的平行世界恢復如初。
雲雀沒有向里包恩一行人解釋這一切，這是他們註定要經歷的事，與他無關。至於瑪雷指環，且不說雲雀不清楚現在它們在誰的手裡，以目前的科技估計也做不到穿越時空的地步，所要耗費的精力與人力太多了，嫌麻煩的雲雀直接放棄了這個方案。
之後麻倉好有找過雲雀一次，可惜雲雀對讓一個“靈”跟着自己，後期還要與其附身合體戰鬥什麼的完全不敢興趣，對陰陽師的“法術”戰鬥也興致乏乏，自然成不了通靈人從而參加通靈大賽，不過對於麻倉好幾次三番的邀請加上之前的幫助——即使沒有成功，雲雀答應他會去看看於八月正式舉行的通靈大賽，如果那個時候他還在這個世界的話。
得到迴應的麻倉好在言明會偶爾過來做客便笑眯眯地走了，克服了靈視這個問題，他的心情就一天比一天地好，物極必反，他會產生靈視本就是因爲自己幼時的心魔導致無法控制“心”的力量，在窺視人性的黑暗後愈演愈烈，心魔越大的他在母親被族人殺害的時候生出了建立一個只有通靈人的極端想法。不久前麻倉好從雲雀那知道了此間之惡的存在，便想着或許可以利用這個東西，果然，不破不立，破而後立，他的心魔依舊存在，可他現在卻能控制靈視了，至於那堆已沒有了自我意識的黑影則成爲了火靈的養料。
日子一天天過去，雲雀除了偶爾處理下文件，便是四處尋找對手，最多的便是耐打的妖怪們，比如奴良組，或者和麻倉好打一架，不過雲雀很少見到經常到處飛的麻倉好，而且據說通靈大賽的初賽已經開始，他會時不時地去偷偷地找他的孿生弟弟。
半個月後，一個雲雀幾乎忘記的人找上了他，是六道骸，來自平行世界的六道骸。他似乎知道了雲雀現在的情況，開口問他要不要和他一起回到他的世界，在那個世界，他同樣是獨一無二的雲雀恭彌，即使他的身體好像被時間停止了生長。
雲雀沒有猶豫地就拒絕了，六道骸注視他半晌，突然kufufu地笑起來。
“沒想到你也會喜歡一個人啊。”他感慨似的說着，見雲雀驀地變得怔愣的模樣，六道骸顯得很開心地又笑出聲，“kufufu，沒發覺嗎？以前的你雖然也是一個人，可卻不會像現在這樣落寞孤獨啊，真是非常罕見的表情不是麼，雲雀恭彌。”