然而，即使是此種不多的難能可貴的士風士節，在起始於朱元璋蔑視仇視士人的心態及因此產生的陋制下，也於正德、嘉靖、萬曆等朝遭受了慘重打擊。
在明朝前期，除明太祖重八和尚偏好鞭殺、杖殺朝士，時常興大獄摧殘士人外，之後的永樂（“靖難之役”和永樂奪位之後的大清洗屬非常時期之非常手段，當屬例外）和仁、宣朝，由於皇帝尚算清明，是以鮮有觸目驚心摧殘士人之大案。即使到英宗“土木事變“的王振肆虐時期，其政治雖日有頹勢但於此節上卻並無太大改變，蓋因其無法對士人進行長期的、大規模的摧殘。此固然有其他原因在內，但與當時職權尚在府部也有着很大關係，如於謙等六部尚書雖不能改換江山一洗朝風，可制衡、匡翼之力還是有的，而朝士之勢亦頗強，羣臣在代宗面前斃殺王振餘孽馬順就是一例。其後雖有憲宗朝之權宦汪直爲禍，但隨即又有孝宗長達十八年的“弘治中興”，因此對朝士之態度基本屬有消有長的相持之態，未出現摧秀木的大風浪。
然自正德、嘉靖起，因皇帝及權臣受到的制衡越來越小，自皇帝到權臣，包括極出色的政治家張居正在內，個個作威作福，活人殺人決於一念之間，遂開始了對士人長期的、大規模的摧殘。如以制度而言，尤以有“殿廷殺人”之稱的廷杖制度爲最。
前面說過，明代制度化的對士大夫進行摧殘的手段，以廷杖爲代表，因爲此處罰雖然屬於制度化的刑罰，在經過審理的案件處罰中也時有所見，但也可以全然無視各種法規，無須任何審理詰問過程直接執行。譬如在朝上一不小心得罪了權臣和皇帝，那便是想打就打，即刻扒了褲子立即執行。倘若只有皇帝可以用，那也算有點制約，可這個東西卻不然，只要皇上願意，太監、大臣都可以拿來用，如張居正和魏忠賢就都假皇帝之名用過，因此這成了消滅異己的最好辦法，也用不着想什麼罪名，直接打死拉倒。而廷杖所具備的高殘酷性、高侮辱性這雙重屬性，亦爲中國歷史所罕見，因此此法實乃最醜陋的惡法之一。
廷杖的殘酷性，恐怕遠超出一般人的想象，其險其慘其荼毒之深遠，足以令人聞之股慄。
廷杖第一可怕之處，在於可輕易取人性命。
在一般人的想象中，屁股和大腿被打上一頓棍子或板子，無非是痛一陣，最多躺個十天半月也就是了，很難想象只要捱上個幾十下，就能讓人丟了性命。這事固然值得追究，同時我們還得知道，受刑者能否活命除了和被打的數量有關外，還和執行者對受刑人的態度有密切關係。其實行刑者想取人性命或放人一條生路，都十分容易，而且其中關節巧妙，不易被發現。
我們先來看看廷杖是怎麼回事。據關於廷杖的記載道：
凡廷杖者以繩縛兩腕，……至杖所，列校尉百人，衣襞衣，執木棍林立。……須臾，縛囚至，左右厲聲喝：“閣棍。”則人持棍出，閣於囚股上。喝：“打！”則行杖，杖之三，令：“着實打！”或伺上不測，喝曰：“用心打！”而囚無生理矣。五杖易一人，喝如前。喊聲動地，聞者股慄。凡杖，以布承囚，四人舁之；杖畢，以布擲地，凡絕者十之**。列校行杖之輕重，必察二官之話言，辨其顏色，而黠者則又視其足：足如箕張，囚猶可生；靴尖一斂，囚無生理矣（14）。
可見廷杖之下，殺人活人除皇帝的意思外，還得看行刑者的臉色，倘若聽見說“用心打”又或者瞧見人腳尖向內一別，那麼受刑者就得把這一百多斤交代出去了。即便受刑者最後僥倖沒被打死，打完後把他往石板地上狠狠一摔，也可以將其摔死。有明一代，被杖斃之士人不知凡幾，總之，這是一個有數道生死坎的鬼門關。
又，前段時間中央電視臺播放大型記錄片《故宮》，其中第四集《指點江山》的解說詞，將“着實打”和“用心打”的用途調了個頭，把“着實打”說成決無生還之理，此爲錯訛之語。
廷杖可怖之二，在於即使打不死也會被打殘，而且治療過程也非常痛苦。
萬曆五年，首輔張居正權勢滔天之時遭遇父喪，本應去職守孝，但其不欲離政，因此指使親信上“奪情”疏章，爲自己繼續留任張本。所謂“奪情”者，是古代逢父母亡故，要辭去一切職務在墳前或居家守孝三年，有時至親接連亡故，這一守就要好多年。但如果爲時事所迫或爲皇帝所命，於守孝期間出理政事，雖然是不得不爾，而其舉實非爲孝悌之情，所以叫“奪情”。
然而，極端重視人倫的嘉靖皇帝，曾經在正德十六年（公元1521年）頒佈過一道命令：“命自今親喪不得奪情”（15），因此張居正“奪情”消息一出，三日內就有吳中行、趙用賢、艾穆、沈思孝、鄒元標等五人先後上書彈劾，張居正大怒，遂勾連太監馮保，對五人加以廷杖懲罰。
行刑完畢後，校尉們把這五人用布拖出長安門，放在門板上，將他們即日驅逐出北京。當時吳中行已經氣絕，幸虧一位叫秦柱的中書舍人帶靈藥趕來救治，才得以死而復甦，然卻終不免殘廢，其狀十分慘酷：他的腿被醫生剮掉的腐爛肌肉多達數十塊，大的和手掌差不多，深達寸餘，以至一條腿幾乎成了白骨，書曰：“一肢遂空。”
和吳中行一起受刑的趙用賢，是個大胖子，也許他因此少了幾分被打殺的機率，也少了些因腿肉掉完而殘廢的風險。只是不知爲何，他腿上掉的肉也要比吳中行的大點，基本都和手掌差不多大小。
但在此次事件中最出奇的，卻並非受刑五人中的任何一個，而是這位趙用賢趙大人的妻子。趙夫人的精神和心理狀態，現在想來必定十分堅強，而且作風相當潑辣，甚至可說悍騖了。
因爲她把趙用賢腿上的那些腐肉，做成臘肉然後收藏了起來。
她這麼做的用意，以我猜想不外乎幾點：一是向張居正示威表示不忘此恨；二則此在當時實爲擡高趙用賢的聲望的榮耀事，是時五人“直聲震天下。中行、用賢並稱吳、趙”；三是以此對自家後代進行政治思想教育，反正肯定不是做來吃就是了。
說她以此對後代進行政治思想教育，那是確鑿無疑的。因爲到了崇禎朝，首輔楊嗣昌在崇禎的要求下亦“奪情”視事，擔負起剿滅農民軍及抗清的大計。而趙用賢之孫趙士春秉承家風，上疏抗辯楊嗣昌奪情，其中有道：“臣祖用賢，首論故相奪情，幾斃杖下，臘敗肉示子孫。臣敢背家學，負明主，坐視綱常掃地哉？”結果趙士春被謫貶廣東。
趙家祖孫二人並以攻擊首輔奪情而被責罰，當時士人清議對此是極爲推崇的（16）。
於此可見，這以趙用賢廷杖後腐肉做的臘肉，乃是趙家的傳家之物。雖此家人之士節可敬，然此事仔細想來，尤其是那位趙夫人的舉動，不免令人有些毛骨悚然。
至於廷杖的侮辱性，已無需多說，只需徑自想象一下在大庭廣衆間被摁倒扒掉褲子就足夠了。那些德高望重的士大夫，或白髮蒼蒼的耆宿，或英姿勃發之棟樑，或爲人師表或一門領袖，於人前、內室無不受人尊崇，而明人又素重禮儀人望，突然之間在衆目睽睽之下被人扒掉褲子露出私處，還得劈劈啪啪捱打，相信當事人在受辱後自覺威信掃地無地自容之心，是無法以文字言表的。
這種惡法，摧殘的不單是肉體，首先是士人們的自尊和信心，以及他們對這個皇朝和制度的忠誠，也正是在其他各種因素以及這種醜陋的懲罰制度合力促進下，經過廷杖摧殘十分酷烈及普遍的正德和嘉靖兩朝之後，相當部分官員開始明哲保身，漸漸地趨向於極端個人主義，對國家安危和社稷宗廟採取了一種令人心寒的冷漠態度，這種冷漠的態度在明季政局，尤其是崇禎朝中，日益顯露出來。
又，關於打屁股這一刑罰，清代的揚州八怪之一的鄭板橋曾以反諷筆法寫過一段文，直看得人哭笑不得。其內容雖與本節無甚大關礙，但實爲奇文一篇，故節選贅錄於此，與大家共賞。
鄭板橋在給“遼東三老”之一的李鍇的書信中道：
刑律中之笞臀，實屬不通之極。人身上用刑之處亦多，何必定要打此處？設遇犯者美如子都，細肌豐肉，堆雪之臀，肥鵝之股，而以毛竹加諸其上，其何忍乎？豈非大煞風景乎？夫堆雪之臀，肥鵝之股，爲全身最佳最美之處，我見猶憐，此心何忍！今因犯法之故，以最佳最美之地位，迎受此無情之毛竹大板，焚琴煮鶴，如何慘怛？見此而不動心憐惜者，木石人也。……我又不知當初之制定刑律者，果何惡於人之臀，懲罰時東也不打，西也不打，偏欲笞其無辜之臀也。臀若有口，自當呼冤叫屈。……聖朝教化昌明，恩光普照，將來省刑薄稅，若改笞臀爲鞭背，當爲天下男子馨香而祝之。
真是妙人。