且說阮大鋮在被名公子們逐出南京之後，跑到同樣賦閒在家的周延儒那裡哭訴了一番，大約好過了些，便回到南京城外的山裡隱居起來。這期間，因爲他與“逆案”要犯馮銓交情不錯，所以和復社領袖張溥一起去走馮銓的門路，他拿出了白銀一萬兩入股，合共以六萬兩（或曰二十萬兩）的價格買通了宮中太監與田貴妃，歷時兩年終於把周延儒又推上了首輔之位。
而馬士英因當年動用公款被彈劾落職後，一直在南京閒住，此刻由阮大鋮向周延儒舉薦，終於復起鳳陽總督，之後又憑籍這個位置擁立弘光，最後登上了南明首輔之位。是以馬士英今日之富貴若追本溯源，實出於阮大鋮之手，馬士英心有報恩之念，也是人之常情。故而他一登上首輔之位，就試圖起復阮大鋮。
可這，卻觸犯了江南一帶東林黨人的大忌。
後來東林黨人所修之史以及諸多筆記中，頗多指責馬士英試圖翻“逆案”，並斥馬士英起復阮大鋮是爲“逆案”翻案之始，是爲日後全面反攻倒算張本。
實際上這又是東林黨人顛倒黑白之辭。如果說任用“逆案”中人就是要爲“逆案”翻案的話，那麼真正要翻“逆案”的便另有其人，而絕非馬士英。
這位真正打算並且事實上已經實施翻“逆案”的人，就是被後世所敬仰的史閣部史可法大人。而且史可法試圖“翻案”的時間和規模，都遠比馬士英起用阮大鋮來得早，也來得大。
在五月初弘光帝尚爲監國還未登基時，史可法負責起草監國詔書，他以爲當前“國事之敗壞非常，人才之匯徵宜廣，未可仍執往時之例”，故特意將詔書內關於起用廢臣一款中的“除封疆、逆案、計典、贓私不準起用”一段刪去，現在看來，這確實是具有一定政治遠見的舉措，不拘一格起用人才，相當符合當時要與北方清軍和西北李自成進行對抗的需求和局面。然而等詔書發佈時，他卻赫然發現此段尚在。史可法因此說“後來不知何故，復入此等字面，此示人以隘，不欲以天下之才，供天下之用也”，不過他大約是爲了息事寧人，沒有追究此事，也沒直接說出是誰幹的。然而，後來馬士英卻說他曾見史可法在疏奏中說他當時已經將“逆案等事俱抹去，而呂大器添入之”（31）。
這被史可法刪除的一段文字到底是誰添進去的，並不重要，重要的是由此可見史可法自弘光尚爲監國時起，就準備起用“逆案”中人，而且要全面廢除不得任用“逆案”中人的往例，因此如果說馬士英起用阮大鋮就是爲“逆案”翻案的話，那麼史可法比之馬士英更是遠有過之而無不及。奇怪的是東林黨人們對此視而不見，卻孜孜於攻擊馬士英要翻“逆案”，此豈古云之指鹿爲馬哉？
事實上馬士英根本就沒想過要全面廢除這一往例，也壓根沒想過要翻“逆案”，他只僅僅想報恩，起復阮大鋮一人而已。馬士英在很多場合對很多人都明確表示過這點，在他的各種疏奏和舉動中，也完全看不出有翻“逆案”的意圖，而且他對魏忠賢一黨是一直保持攻擊態度的。
如馬士英的姻親監軍僉事、河南巡撫越其傑，爲人通明老於世故，曾經幾次勸阻馬士英不要去碰這個敏感問題，以免冒天下之大不韙，馬士英當時明確對他說道：“吾所以薦阮者，了情面耳，非有他。幸爲我過新建所，願言英之不敢悖正人也。（32）”新建者，東林系內閣姜曰廣也，他是和馬士英在任用阮大鋮問題上的直接衝突者之一。
而馬士英在與幾社領袖陳子龍談到這一問題時，更是明確說“逆案”不能翻：“逆案本不可翻也，止以懷寧一人才，不可廢耳。（33）”
在和當時的禮部尚書顧錫疇的交談時，馬士英曾抱怨道：“阮髯何用負天下，而人持之太急如是？今吾幸當事，必不以迫於黨人，而棄所刎頸之交。（34）” 馬士英這些情急之下的說話，已近乎於江湖豪傑的義氣、意氣之詞，其中全不涉及黨爭和翻案和成分，很明確地說明此舉純屬馬士英要報恩而已。
終於，在起用阮大鋮的問題上幾次被阻以後，馬士英開始不平起來，他有次論及阮大鋮事時，對同在內閣的姜、高二人憤然道：
“若輩講聲氣耶？雖然，孰予若？予吊張天如（張溥），走千里一月，爲經紀其後事也，人誰問死天如也？”弘圖曰：“公亦知天如爲新建公高足耶？公此意大佳，來，吾輩不錯也。”曰廣曰：“凡吾所爲者是非耳，千秋萬世後，寧將以阮輩爲君子耶？”士英曰：“吾固知之，人言爾輩橫見規圖，不然，吾何以至此？（35）”
陳子龍對馬士英的評價中，有說其人性格因“久歷封疆”而“儻蕩不羈”，這話確實不錯。此處的馬士英就頗有江湖豪氣，他說你們不是講同氣連聲嗎，你們誰能和我比？我爲張溥經營後事，一月奔波千里，那會又有誰和我一樣，去這麼弔問一個死張溥？
說起來，這馬士英和張溥交情，應該是他剃頭挑子一頭熱。因爲他籍貫貴陽，萬曆末年出仕，天啓朝知河南、大同一帶，隨即去了山西，其時和張溥並無大的交集。而阮大鋮與張溥倒是交情頗好，崇禎時動用了自己與馮銓的關係，和張溥一起爲周延儒復起而奔走，周延儒復出後，阮大鋮要求他舉薦自己，但周延儒迫於和東林——復社一脈有君子協議，不敢起用“逆案”中人，於是和阮大鋮協商，最後阮提出起用好友馬士英，於是馬士英才被起用。馬士英被起用時，尚在戍籍，也就是說他還是個帶罪流放者，當時茫然不知這任命是怎麼回事，至事後才知此乃阮大鋮所爲，故對阮感激涕零。而他與張溥的關係就此而起，也因此在張溥死後，爲了替其經營後事而一月奔波千里，其爲人脾性中的江海豪傑氣，在此事上可略見一斑。
再看他與顧錫疇之語，說自己於阮大鋮一事上，“必不以迫於黨人，而棄所刎頸之交”，足見其確實是“儻蕩不羈”的意氣之人，他對隔了一層的張溥尚且如此盡心，對一手造就了他今日富貴的阮大鋮之舉薦恩義，當然無論怎麼都必定要報的。而這些，也確實和是否要翻“逆案”全然無關。
在這件事情上，哪怕是對馬士英、阮大鋮並無好感的崇禎、弘光兩朝的老吏李清，對東林黨人的態度也不太看得過去：
馬輔士英初亦有意爲君子，實廷臣激之走險。當其出劉入阮時，賦詩曰：“蘇蕙才名千古絕，陽臺歌舞世無多。若使同房不相妒，也應快殺竇連波。”蓋以若蘭喻劉，陽臺喻阮也（36）。
馬士英當政之初，起用的幾乎是清一色的東林系人士，又極力表白他與張溥的關係以及尊敬之心等等，確實始終試圖與東林一脈搞好關係。此詩中，他援引前秦秦州刺史竇滔故事，以作《璇璣圖》的竇妻蘇若蘭比劉宗周，以竇的寵妾趙陽臺比阮大鋮，對無法調和雙方的遺憾之情，溢於紙上。顧誠先生在《南明史》中因此批評道：
馬士英本是傾向東林的人物，他沒有很深的門戶之見，爬上首席大學士之後，頗想聯絡各方面人士，特別是東林—復社的頭面人物，造成衆望所歸、和衷共濟的局面。阮大鋮廢置多年，不甘寂寞，安排適當官職，任才器使，對弘光政權並不會造成多少損害。相形之下，東林骨幹的迂腐偏狹令人驚異。他們當中的許多人出仕以來從來沒有什麼實際業績，而是以講學結社，放言高論，犯顏敢諫，“直聲名震天下”，然後就自封爲治世之良臣，似乎只要他們在位，即可立見太平。實際上根本不是這麼回事。甲申夏初，明朝南方官紳處於國難當頭之時，東林—復社的主要人物關心的焦點不是如何共赴國難，而是在殘存的半壁江山內爭奪最高統治權力。排除福王繼統的陰謀破產後，他們又出於防微杜漸的考慮惟恐阮大鋮起用導致整個“逆案”掀翻。於是，抓住馬士英推薦阮大鋮一事大鬧朝堂。名望甚高的劉宗周九月初三日上疏說：“大鋮進退，關江左興衰。”人們議論明末以來的黨爭時，往往受東林骨幹人士的影響，偏頗特甚。黃宗羲起的作用最爲惡劣。
顧誠先生此段說話可謂一針見血，將東林骨幹們思想之狹隘僵化、門戶之見深入骨髓等陋狀批得淋漓盡致。
劉宗周等人所言，實在過於拔高馬士英當政、阮大鋮起復之作用，可後世往往爲其所惑。實際上，當時就有相當部分人士對此不以爲然，如弘光被滅、潞王降北之後，廷尉倪胤培道：“使王（潞王）立而錢謙益相，其不支與馬士英何異？（37）”確實，阮大鋮何才何能，能以一人之起復與否而牽動江左興衰？即使換了東林黨人掌握實權，又能如何？所以這說到底還是東林黨人懼怕弘光乘機報復東林，二則擔心逆案中人報復東林，所以擡了那麼大個大帽子出來，實際上這壓根就和江左興衰沒什麼關係。
黃宗羲一代史學、哲學宗師，是中國思想史上的大家之一，惟於此節上蔽於門戶之見，不但執見偏頗，且手段也十分不光彩，並且還影響了此後浙東史派的一大批學人，這是一件十分令人遺憾的事，也是其人之不足取之處。
事實上終弘光一朝，“逆案”不但沒有翻，反而倒有下令說“逆案無得亂雪（38）”，而逆案中真正得以起復者僅阮大鋮、楊維桓、張捷寥寥數人而已，且這幾人也確實都非魏黨。阮大鋮之事前已有論，楊維桓入逆案則是由於他在熊廷弼一案中與東林黨意見相左，又在魏忠賢倒臺後與阮大鋮《七年合算》疏中意見一樣，認爲東林通王安也是通內亂政，因此被打入逆案。而張捷此人據《明史》諸傳及李清的《三桓筆記》等資料看，此人“爲官清幹，居家孝友”，口碑還相當不錯，只是因爲在天啓元年時和魏大中等人在“三案”問題上意見相左，此後和東林黨人互相攻擊不已，故被東林黨人列爲異己，對其不斷地進行攻擊和排斥。可即便是這樣，哪怕楊維桓本人也說“逆案”不能亂雪，不然被昭雪者亦面上無光云云。是以說起來，這幾起確實都是東林黨爲打擊異己分子而製造的冤假錯案，他們根本就不是魏黨，只是和東林政見不同的異己分子，這平反昭雪原是應當之舉。
因此江左之興衰，實因部分東林黨人及其繼承者持之以恆地搞黨爭、繼續其醜陋的門戶之見，導致原本可以同舟共濟一致對外的大好局面一朝之間分崩離析，而不是因爲什麼馬士英當政和阮大鋮的起復而致。