魏忠賢被崇禎擊垮後，阮大鋮當然明白魏忠賢集團肯定是完了，可他對本朝“黨爭”之來龍去脈甚爲清楚，崇禎是否會因此對“黨爭”各集團一併打擊，卻一時間吃不準。於是他寫了兩封疏，其中一份獨攻魏忠賢集團，一封則叫《合計七年通內神奸疏》，寫泰昌元年到天啓七年間的整個黨爭過程，並攻東林黨和魏忠賢集團的黨爭，他將兩書送到北京友人楊維垣處，要楊維垣看大勢所趨而遞交其中合適的一封。誰知有所謂交友不慎，楊維垣恰好指東林與魏忠賢集團同爲邪黨，正與編修倪元璐互攻，一見此疏自然喜出望外，於是選了能幫自己忙的《合計七年通內神奸疏》呈上。
結果自然是滿朝輿論大譁。
這其中的關鍵問題在於，當時朝中之東林幾爲魏氏一掃而空，新君崇禎繼位後撲殺魏黨，東林諸公均寄希望於籍崇禎之力東山再起，在這個關鍵時刻，阮大鋮卻指控東林集團和魏忠賢集團均是通內亂國的黨爭派系，若阮氏此疏得用，則非但大批在野東林人士仕途復起之望就此斷絕，就是在朝孑遺者亦處於隨時獲罪的境地，而東林黨孜孜以求重掌大局之心就更別提了，勢必全盤覆滅。是故東林諸君其時對楊維垣、阮大鋮之切齒，猶過於閹黨，就此種下了東林黨對其念念不忘，十數年來一直對其進行狠狠打擊的根源。
於是朝野之東林同仇敵愾羣起而攻之，最後在魏大中之子魏學濂的指控下，雖然查無實據，但剛起用爲光祿卿的阮大鋮，依然被以“陰行贊導”的罪名被定入“逆案”，論贖徒爲民，終崇禎一朝十七年，均廢斥在野。
這就是阮大鋮名列逆案的大致過程。其實撇開人品不論，阮大鋮之名列“逆案”，實在是很有些冤枉的。
阮大鋮被硬拽進“逆案”後獲罪在家閒住，鬱郁不得志，於是整天以詩文會友。他本就極具才氣，獲罪的理由確實又很牽強，原又是東林一脈，所以遊宴倡和的詩友中倒有相當部分是東林名士，還有不少明末的遺老、死節之臣或抗清英雄，如範景文、史可法、文震亨、錢秉鐙（澄之）、王思任、茅元儀、張岱等。
其中明末史學、散文大家張岱在攜三位友人去拜訪他時，就曾對他的際遇有“圓海被謗山居”之嘆（19），以爲其名掛“逆案”實屬被“謗”；而陳子龍的弟子、抗清義士夏完淳則說得更爲直接，乾脆稱之爲“奇禍”、“枉案”：
阮圓海之意，十七年閒居草野，只欲一官，其自署門曰：無子一身輕，有官萬事足。當事或以貴撫或豫撫任之，其願大足矣，圓海原有小人之才，且阿璫亦無實指，持論太苛，釀成奇禍，不可謂非君子之過，阮之阿璫，原爲枉案。十七年田野，斤斤以[十]七年合算一疏（指阮大鋮獲罪之《合計七年通內神奸疏》），爲楊左之通王安呈秀之通忠賢，同爲通內，遂犯君子之忌，若目以爲阿璫，烏能免其反云乎（20）。
後來大順軍逼安徽等地，阮大鋮轉入南京，金陵本是脂粉之地，才子佳人雲集於此，而阮大鋮的詩文才華，堪稱冠絕當時，是以與南方士人交接來往，過得也還算不錯。
關於阮大鋮的詩文才華水準，古人之論暫且不提，只從近代大家的評述看，也足可見確實不可小覷。陳寅恪之父、近代著名詩人陳三立（散原）曾於阮大鋮《詠懷堂詩集》書衣之上手書評曰：“芳潔深微，妙緒紛披，具體儲、韋，追蹤陶、謝。不以人廢言，吾當標爲五百年作者。”而章太炎則說：“大鋮五言古詩，以王、孟意趣而謝客之精煉，律詩微不逮，七言又次之。然榷論明代詩人，如大鋮者鮮矣。（21）”大有云其五古水準，明清兩代無人能過之意。
以此二人之造詣，曰可以標爲五百年來一作者，曰明代詩人如大鋮者鮮矣，斯言幾可蓋棺定論。
然而其人除詩文之外，尚善音律詞曲，目前知道他所作的戲曲有《春燈謎》、《燕子箋》、《雙金榜》、《牟尼合》、《忠孝環》、《桃花笑》、《井中盟》、《獅子賺》、《賜恩環》、《老門生》等十餘種，前四種至今尚存，合稱《石巢傳奇四種》。
張岱是當時的戲曲鑑賞大家，雖然對阮大鋮其人頗有看法，但在看過阮大鋮戲班的演出後，於《陶庵夢憶》中盛讚其“簇簇能新，不落窠臼者也”，曰：“阮圓海家優，講關目，講情理，講筋節，與他班孟浪不同。然其所打院本，又皆主人自制，筆筆勾勒，苦心盡出，與他班鹵莽者又不同。故所搬演，本本出色，腳腳出色，出出出色，句句出色，字字出色”，說到後來竟然一口氣連用了五個“出色”，可見其確實出色，絕非是出於情面的客套之語。
阮大鋮才思兼具，寫作速度極快，更能自編自唱，他流傳下來的這幾部戲中，《牟尼合》三十六出，十六日完成；《春燈謎》三十九出一個月作成；《雙金榜》四十六出，寫了二十天。明末工於詩、書、畫的著名文人曹履吉，於《牟尼合》序中雲阮大鋮創作時“自唱自板，抵十五六日，迄用有成。語語由衷，半字不寄籬下。總若天風自來，悉成妙響。……唯是妙處，令人設身易地，痛癢自知。雖剝盡四庫靈文，不知何處下手？纖毫無用，於此獨見天心。正是百子專門，海內始知大龍獨步。視之黃鐘音首，到此別開洞天，而樂府之精微乃盡”。
《長物志》作者，東林大儒文震孟之弟、蘇州驅逐東廠緹騎“五君子”事件的領頭人文震亨，記其戲曲於當時的流行狀況則道：
石巢先生《春燈謎》初出，吳中梨園部及少年場流傳演唱，與東嘉、中朗、漢卿、白、馬並行，識者推重，謂不得爲串插巧湊，離合分明，而譜調諧葉，實得詞家正宗嫡派，非拾膏借馥於玉茗《四夢》者比也。今歲避暑姑熟，十六日而覆成《牟尼合》一傳，綽影布稿，鏤空成葉，首尾關合，肢節生動。南中一時歌茵舞席，卜夜達曙，是非不歡。……（阮大鋮）一洗此習，獨開生面，覺餘心口耳目間，靡所不愜。觸聲則和，語態則豔鼓頰則詼，捃藻則華，（此處筆者手中書上有一字空白，疑爲排印脫漏）義則俠，結想則幻，入律則嚴，其中有靈，非其才莫能爲之也。
阮大鋮《春燈謎》又叫《十錯認春燈謎記》，頗爲著名，其中父子、兄弟、夫婦、朋友等等竟然無一不錯認，堪稱奇人奇文奇事。他在此本自序中謂己“差勝”湯顯祖者有二，其一便是指湯顯祖不識音律，故其詞曲雖文采斐然，唱起來卻比較拗口，而自己精於音律，“凡棘喉齒之音，早於填時推敲小當，故易歌演也”，是以此點要強過湯顯祖。文震亨在盛讚阮大鋮之餘，也評論說有的詞家“徒騁才情，未諳聲律，說情說夢，傳鬼傳神，……几案盡具奇觀，而一落喉吻間，按拍尋腔，了無是處”（22），雖然沒有直接點出湯顯祖的名字，但其中“說情說夢，傳鬼傳神”兩句，一看便知是在說湯顯祖的“玉茗堂四夢”之《牡丹亭》、《邯鄲記》、《南柯記》、《紫釵記》。觀當時人之風評，無論是政敵還是朋友，亦大多都肯定阮大鋮在戲曲上的成就不輸於湯顯祖或過於湯顯祖，因此阮大鋮自序中的話雖頗有自矜之意，但卻是不爭的事實。
就這些當時名人名家的記敘看，阮大鋮戲曲於金陵傳播的盛況，確實頗有洛陽紙貴、一時無雙之勢。是以明末天啓後昆曲的盛行，實不可抹殺其中有阮大鋮的一份功勞。
不過這一來阮大鋮不免風頭太過，所謂木秀於林則風必摧之，於是阮大鋮再次引起了東林一脈的攻殺。
抗清義士王思任曾說阮大鋮“時命偶謬，丁遇人痾，觸忌招諐，渭涇倒置”。他還真是一點沒說錯，阮大鋮確實“時命偶謬，觸忌招諐”，就是歸於田舍“於桃花扇影之下，顧曲辯撾”也能得罪人（23），可說背運到家了，真懷疑他是不是入了墓庫運。
他這回招惹上的是赫赫有名的“明末四公子”中人——陳貞慧、侯方域等一大羣混跡秦淮河上的風流公子哥兒，還有東林黨創始人顧憲成的孫子顧杲、大儒黃宗羲、禮部員外郎周鑣等朝野清流名人。
於是就有了當時南方文人中轟動一時的“留都防亂”一案。