在“大禮議”中佔絕對多數的繼嗣派大臣，基本都是秉持傳統程朱理學的士人，此戰中他們以爲“最得義理之正，可爲萬世法”，據爲基礎和範例的，就是宋程頤的《濮議》（又稱《濮園議》，全名爲《代彭思永上英宗皇帝論濮王典禮議》，南宋趙汝愚的《宋朝諸臣奏議》中名爲《上英宗乞罷濮王稱親》）。
明代的哲學思想秉承宋儒，自明中葉王守仁也就是王陽明的心學開始蓬勃，經由明季慘烈的黨爭及明清易代的社會大動盪之後，終於進入了經世致用的清初實學（7）。
程朱理學和陽明心學，都極注重倫理道德。程朱理學將經學，特別是《中庸》的“道”“理”，目爲用之不盡的經世之學，朱熹認爲宇宙中的一切事物，雖千差萬別各有不同的性質，但它們都是來自一個不變的“理”，這唯一的“理”就是所有事物的本體，謂之“源頭活水”。王陽明雖然不盡同意朱熹的理論，如提出了“知行合一”說，並認爲“理”不在心外而在心上，“良知”纔是本體等，但兩者目的和方法是基本一致的。陽明心學在中國思想史上有相當地位，但其積極作用以及和程朱理學的比較，都與當前主題關係不大，故於此就不贅述了。
陽明心學之起，本源於王陽明得罪正德時期的權宦劉瑾，歷九死一生謫居貴州龍場期間。其後他統軍鎮壓農民起義、平息寧王叛亂，但再次受到張忠、江彬、許泰等人的陷害，又險些喪生。因民不聊生而爆發的農民起義，試圖奪取皇位而來的寧王叛亂，張、許等人由爭權奪利而對他的誣陷，這些無不使王陽明深刻感受到了“私慾”之可怕。在這種大背景下產生的心學，其核心自然就是“去人慾，存天理”，格外注重於倫理觀念和個人的道德修養。
正德到萬曆這幾朝，因劉瑾執政而導致政體大變，內監逐漸凌駕於內閣之上，隨即又出現了一位強悍的內閣張居正，於是上有胡作非爲的皇帝，中有飛橫跋扈的內閣執政和太監，下有爭權奪利的朝臣，各級當權者予取予舍、生殺決於一念，朝綱日壞，黨爭大起，物慾橫流。
面對此等政治上的黑暗情形，不能不使懷有濟世思想的廣大士人們苦苦尋求其產生的根源和解決之道。而此刻出現的心學比之以前的學說，尤其是主流理論程朱理學，有其相當積極的一面，如“去人慾，存天理”等既重倫理道德，又以爲人人均可自內心去尋找成聖之道的觀點等，而從形式上看，它也要比程朱學說更來得便捷，這些顯然給當時沉浸於苦悶中的士人們帶來了一線希望，給他們指出了一條似乎很明亮的希望之道，正可謂生逢其時。故心學從嘉靖初年形成完整體系後，即使遭到了來自上層的一定程度壓制，可依然大盛起來，橫掃當時。
因此心學的產生和所以能發揚光大，除去因思想史本身發展之必然、積極的因素外，也起自並得益於當時的政治格局和形勢，這兩者之間有着密不可分的互動關係。
不過宋明理學均看重《大學》、《中庸》，日日研究的重點也非事物本身，而是事物的本原，也就是“本體”，如“良知”等。因此宋明理學雖然部分觀點有所不同，而王陽明初期也提倡理性的作用，亦有一定事功思想，但實質上區別並不大，並且王陽明在晚期逐漸開始傾向於虛無主義，這種哲學思想的轉變以及影響，在王陽明故去之後，開始達到頂峰。
王陽明在故去前不久的嘉靖六年（公元1527年）九月，與門生錢德洪、王畿兩人的交談中，曾對心學做了總結式的表達，即“四有四無”說：
四無之說，爲上根人立教；四有之說，爲中根以下人立教。上根之人，悟得無善無噁心體，便從無處立根基，意與知、物，皆從無生，一了百當，即本體便是工夫，易簡直截，更無剩欠，頓悟之學也。中根以下之人，未嘗悟得本體，未免在有善有惡上立根基，心與知、物，皆從有生，須用爲善去惡工夫隨處對治，使之漸漸入悟，從有以歸於無，復還本體，及其成功一也（8）。
此說指出了心學之“無”是否認客觀的“物”和主觀的“心”、“意”、“知”，“有”則是一種善惡道德觀，而心學又有“頓悟”、“漸悟”兩條修習之路，經過“無善無惡”的“頓悟”和“爲善去惡”的 “漸悟”後，有亦歸於無，最後達到“四無”境界。
事實上，他的“頓悟”和“漸悟”最終着眼的都是“無”和“悟”，這種世界觀和方**恰與佛教禪宗的教理如出一轍，幾可目爲禪宗南、北二宗，即頓教和漸教的翻版。
王陽明故去後，心學基本按其所說之“頓悟”和“漸悟”兩條路發展。頓悟以王畿、王艮爲首，漸悟則以鄒守益、錢德洪等人爲首，其中的尤以二王的頓悟派勢力爲顯。
然而中國士人往往容易走極端，常常將自己尊奉的傑出人物和思想一味地絕對化、神聖化，最後宗教化，同時對持異見者習慣一棍打殺，其愛者一何可愛，憎者一何可憎，故極易最後事與願違，正所謂持之愈力，失之愈深。
二王在心學頓悟的道路上繼續前進，他們進而認爲“良知”是先天現成的，所以不需要讀書明理修身養性，也無需求諸於實踐，只需從心悟入，不睹不聞，不思不慮，便可以一了百當大徹大悟，破千古之疑。
鄒守益等人雖然認爲“良知”需要下功夫才能修到，但其所謂功夫也不過是和佛教一樣的打坐靜心，或做各種冥想，以爲只需虛靜無慾就可悟天理、成聖人。
這兩脈都基本屏棄了實踐和事功，他們這些闡釋和發揚，使得心學禪宗化、宗教化程度日益嚴重。如果說王陽明創立了核心爲“致良知”這樣一門叫“心學”的學說的話，那麼，王畿等人顯然就是在把這門學說朝宗教方向發展。如王畿大力宣揚“良知”是“範圍三教之樞”（9），王艮本人及其泰州學派雖開始曾試圖致力於“百姓日用之學”，但其晚期也一樣過於注重孝悌，又多造悟道、夢兆一類近似神話之說，頗類宗教狂想，學風終不免也流於空疏。其後來者至周汝登這一脈，亦一直試圖融儒、佛兩家於一爐。
王艮的泰州學派，一直到後來的李贄這一支出現，纔開始反正，真正體現了相當的市民意識。
正是在此種學風影響下，學界參禪、浮誕之風日盛，史稱王畿“每講，雜以禪機，亦不自諱也。學者稱龍溪先生。其後，士之浮誕不逞者，率自名龍溪弟子。……（王艮至周汝登一脈）其學不諱禪。……更欲合儒釋而會通之，……盡採先儒語類禪者以入。萬曆世士大夫講學者，多類此”（10）。
心學自嘉靖初大盛起，到萬曆十二年王陽明的神位被下旨請進文廟之後，其影響達到了頂峰，幾乎連朝政也爲其所影響，一如明末清初的陸隴其在《學術辯》中所言：
自嘉、隆以來，秉國鈞作民牧者，孰非浸淫於其教者乎？始也倡之於下，繼也遂持之於上，始也爲議論，爲聲氣，繼也遂爲政事，爲風俗。
由於王陽明的門生弟子遍及朝野，在他們的大力提倡下，從萬曆朝開始到之後的半個世紀，明季士人終於和魏晉時期的士人一樣，成天清談道德文章日漸成爲整個士人階層乃至職場的主流風氣。
又，由於宋明理學均只重《大學》、《中庸》，反對讀史，即所謂的“理學尊經，事功尊史”，因此他們相當排斥研究經史中的制度人事及訓詁經世之學，更使得萬曆後不少朝中大臣對自己份內事和政治問題一問三不知，甚至鬧出把本朝律法誤爲先秦刑律的笑話——“自神宗以來，士習人心不知職掌何事，有舉《會典》律例告之者，反訝爲申、韓刑名”（11），而“明季士大夫問錢穀不知，問甲兵不知”等匪夷所思之現象亦不一而足（12）。
正是由於明中期這種哲學思潮的演變和影響，使此後的明季學界乃至士風均越走越極端，所謂名士多浮誇奢談之氣，只曉得清談道德文章，於經世治國只會一句順天理明道德，逢變就敦請皇帝下《罪己詔》，餘則通通一籌莫展束手無策，惟徒呼奈何而已。他們全不想想身爲臣子不能爲君親分憂，又當罪之何名，成天就知道讓皇帝罪己，連這點責任都不願意扛，明朝不亡纔是咄咄怪事。
明清之際的大儒顧炎武是故痛心疾首，憤然斥責道：
劉、石亂華，本於清談之流禍，人人知之，孰知今日之清談有甚於前代者。昔之清談談老、莊，今之清談談孔、孟，未得其精而已遺其粗，未究其本而先辭其末。不習六藝之文，不考百王之典，不綜當代之務，舉夫子論學、論政之大端一切不問，而曰一貫，曰無言，以明心見性之空言，代修己治人之實學。股肱惰而萬事荒，爪牙亡而四國亂，神州蕩覆，宗社丘墟（13）。
這種片面強調道德的極端主義思想，固然有其好處，如前面說到部分士人因此不計個人得失與生死，甘犯天顏仗義直言，在一定程度上維護了一個國家的綱紀倫常和政治清明，多少給了老百姓們一絲希望，也在一定程度上修正了某些政治弊端等等，但負面影響之大也令人扼腕，在某種程度上，甚至可說是明亡的主要原因之一。
正是在這種思潮的影響下，不少士人的認知是一切以道德爲先，“不習六藝之文，不考百王之典，不綜當代之務，舉夫子論學、論政之大端一切不問”，個個忙着佔領道德制高點，以免被人詬病，同時又反過來以此爲資本去攻擊和挑剔別人，完全忽略了最基本的政治和實務處理能力以及一些問題的合理化抉擇，這使得相當部分官僚完全失去了正常的政治能力，只知道空談所謂的學術和以道德自矜，嚴重影響了國家機器的正常運作，最終導致“股肱惰而萬事荒，爪牙亡而四國亂，神州蕩覆，宗社丘墟”，因此我覺得將其稱呼爲“道德原教旨主義”是最恰當不過的。