於是，張璁、桂萼二人剛到京師，“衆洶洶，欲撲殺之。萼懼，不敢出。璁閱數日始朝”。
而後言官給事中張翀等三十餘人又連章上奏道：“（張璁、桂萼）兩人賦性奸邪，立心憸佞，變亂宗廟，離間宮闈，詆譭詔書，中傷善類。望亟出之，爲人臣不忠之戒。”當時禮部尚書汪俊已因議“大禮”與建廟事和嘉靖爭執太過而去職，嘉靖令張璁派的席書接任此位，而席書尚未到任，給事中張漢卿就已開始彈劾席書賑荒不法。然後張翀將這些廷臣彈劾張璁、桂萼等人的章疏，交於刑部尚書趙鑑，令其上奏，趙鑑一面貌似公正地請嘉靖將此事交由大理寺來勘察，一面私下與人道：“得諭旨，便捶殺之”，打算一旦騙過嘉靖獲得了同意調查的旨意，那麼只要張、桂、席等人踏進大理寺，就直接斃殺他們。
誰知道這陰謀卻被張璁等人偵知，遂即刻以此語上奏嘉靖。嘉靖“亦令對狀。璁、萼乃複列欺罔十三事，力折廷臣”，於是嘉靖大怒，嚴責刑部尚書趙鑑等朋比爲黨陷害正人，張翀等人構陷不忠，乾脆進張璁、桂萼爲學士，頓時朝廷駭然，內閣勢力一時爲之奪氣。
爲了最後一搏，內閣又集合諸曹各具一疏，力陳繼嗣之道，這次署名者達到了二百二十餘人之多。
七月，嘉靖在左順門召見羣臣，宣佈準備去掉生母章聖皇太后之尊號中的“本生”二字，羣臣力爭不可，結果雙方再次不歡而散。
會朝罷，在出宮途中，楊廷和之子楊慎以“國家養士一百五十年，仗節死義，正在今日”爲號鼓動羣臣，張翀等人又以“今日有不力爭者，必共擊之！”爲威脅，裹二百三十餘大臣跪伏左順門外號啕大哭，更有人大聲呼號“高皇帝、孝宗皇帝”。
嘉靖下旨要衆人退去，衆人不從，一直對峙到中午，終於爆發了左順門廷杖大臣的“哭門”事件，釀成了嘉靖登基以來的首起大案。
在此案中先後共有一百八十餘名大臣被杖責，御史王時柯、員外郎馬理等十八人被打死，一百三十四人下獄。
九月，禮部尚書席書和張璁、桂萼、方獻夫奉嘉靖詔，於闕右門與羣臣開始論辨議大禮，最終結果以張璁派大勝而告終。《明史》《席書傳》載有席書對此事的報告曰：
臣書、臣璁、臣萼、臣獻夫及文武諸臣皆議曰：世無二道，人無二本。孝宗皇帝伯也，宜稱皇伯考。昭聖皇太后伯母也，宜稱皇伯母。獻皇帝父也，宜稱皇考。章聖皇太后母也，宜稱聖母。武宗乃稱皇兄，莊肅皇后宜稱皇嫂。尤願陛下仰遵孝宗仁聖之德，念昭聖擁翊之功，孝敬益隆，始終無間，大倫大統兩有歸矣。
九月十五日，嘉靖詔告天下，稱伯父孝宗爲“皇伯考”，父親興獻皇帝爲“皇考”，母親章聖皇太后爲“聖母”，大禮終於議成，結束了這場長達三年多的“大禮議”（7）。
對這場紛爭，後世者即使贊楊廷和一派之強項，也多不贊成楊廷和一派的主張，如清人就很不贊成他們哭門之類的過激行爲，說“羣臣至撼門慟哭，亦過激且戇矣”，並於《明史》中堅持繼嗣一派的諸臣傳記中評道：
“大禮”之議，楊廷和爲之倡，舉朝翕然同聲，大抵本宋司馬光、程頤《濮園議》。然英宗長育宮中，名稱素定。而世宗奉詔嗣位，承武宗後，事勢各殊。諸臣……爭之愈力，失之愈深，惜夫。
雖然，楊廷和、楊慎父子以及其餘幾位內閣大臣在正史中獲得的評價都很高，如“蔣冕、毛紀、石珤，清忠鯁亮，皆卓然有古大臣風”等等，但在個人品格上，其實未必個個都是私德無虧的，同時在“大禮議”中，動機也並不都那麼純粹。
楊廷和、楊慎父子就是一例。
楊慎，字用修，號升庵，江西廬陵人。父楊廷和於正德二年（公元1507年）入閣，後累遷至內閣首輔。楊慎於正德六年（公元1511年）舉進士，在參加殿試前，當時的內閣首輔李東陽將考題預先給楊慎看了，所以在殿試時楊慎“所對獨詳”，列一甲第一，也就是狀元（8）。這件作弊案件，到日後才漸漸泄露出來，和他同時代的李贄所寫的《續藏書》和稍後的沈德符《萬曆野獲編》中均道，京師百姓對楊慎有“麪皮狀元”、“關節狀元”之稱。
只是楊慎的才華還是相當好的，倒不是那種不學無術純粹靠關節作弊拿功名的紈絝子弟，他在詩文、考據、學術方面都有相當的成就，可惜學風不大好，和他作弊拿狀元一樣，往往喜歡作假，頗爲後人所詬病，尤其是像《石鼓文音釋》這樣的僞作，若非宗師們辨之，對學界的貽害是嚴重的。至於像《漢雜事秘辛》這一類僞作，當文學作品看看就是，倒也無甚大礙。
楊慎在“大禮議”中，是完全站在其父一邊的。不過父子一起上陣，本沒什麼可指責的，但其父掀起的“大禮議”，實質上卻不純粹是禮儀和倫理道德問題，而是有不少政治利益在內的，這就有問題了。且楊家父子在紛爭中使用的一些手段，也不那麼光明正大，包括繼嗣派一些素有清名的主力大臣在內，幾次要以正義道德之名陷害、私殺張璁、桂萼兩人，更是十分令人齒冷。
再反觀張璁、桂萼，在此過程中卻一直堂堂正正沒什麼私慾在內，大鳴大放無所畏懼，乃是真正的士人楷模。
不過此案中除楊廷和不多的幾位內閣勢力代表人物外，大多數士人是沒什麼政治和現實利益動機的，他們純屬因學術觀點和理念不同，爲了對士節的秉持而堅持自己觀點的，爲此他們與皇帝分庭抗禮不爲之屈，乃至死也要抗爭到底，他們觀點的對錯先不去管它，只這種氣節和勇氣，確實很令人讚歎也值得去尊敬。
他們這種近乎“偏執”的堅持，現在看來似乎有些可笑，但我們也必須要承認，正是這種對倫理道德的“偏執”，使得相當部分士人能爲國爲民不計個人得失，甘犯天顏仗義直言，甚至悍不畏死以身殉道，這確實在一定程度上維護了一個國家的綱紀倫常和政治清明。是以明前期至中葉的正德、嘉靖、隆慶及萬曆朝前期，雖然整個國家的政治日漸不堪，皇帝們也一蟹不如一蟹，可士風卻與此形成了鮮明對比，總體上來說還是很不錯的。如明前期和中葉與奸宦王振、劉瑾的鬥爭，正德時期的“諫南遊”，明季初與魏忠賢閹黨的鬥爭等等，包括嘉靖時期的“大禮議”在內，無論面對的是奸佞還是皇帝，士大夫集體都表現出了知識分子應有的節操和各種可貴的信念，這多多少少地給了老百姓們一絲希望，並在一定程度上修正了某些政治弊端。