其實在高傑、劉澤清於五月三日上書請史可法過江督師後，史可法等人已知與“擁嫡”派有隙，再加前陣首鼠兩端，反對本來就倫序當立的弘光帝繼位，搞“擁桂”“擁潞”等方案既得罪了弘光，又導致定策之功全歸馬士英與四鎮武將，照這勢頭搞下去決無好果子吃。於是他們急忙開始爲擁立弘光帝的馬士英及四鎮請功，試圖以此換取弘光帝及馬士英、四鎮將的好感，同時開始拉攏上游坐擁重兵的左良玉，以圖日後抗衡四鎮。
史可法遂於五月八日上疏，奏請將黃得功、左良玉自伯進侯，高傑、劉澤清、劉良佐封伯，馬士英和盧九德兩人之功則合諸鎮之全，爵賞應另行商議，羣臣也均附議之。
可惜的是，史可法之前在“擁桂”時大肆抨擊弘光不當立的“七不可”之事，已經決定了他不會得到弘光的好感，因此後來史可法之離京，固然有其不得已之處，亦不得謂其中完全沒有避禍之意。
而弘光本來就窮困潦倒好長一段時間了，剛知道自己是倫序當立的第一合法繼承人，正滿心高興之際，卻突然又被東林諸人純粹出於私心雜念的“擁桂”、“擁潞”行動搞得差點無容身之地，於是萬般無奈、狗急跳牆之下，去找了那些原本不上檯盤的鎮將來支持自己，這才驚險萬分地奪回了皇位，他此刻對馬、盧、四鎮將等正是感激不盡的時候，對史可法和東林黨人的不滿甚至仇恨之心則可想而知；而這些“擁嫡”的人馬，原本只是地方官員和偏裨之將，只有一個高傑算是總鎮級總兵，此刻都知自己有定策大功，正指着這樁功勞富貴呢，所以這會再怎麼封他們，他們都會覺得這全是拜弘光和馬、盧等人所賜，且本就是應該的，決計不會領史可法和東林黨人這個情。
更糟糕的是，馬士英此時已不是加幾個空銜能打發掉的，他要的是實際權利，要的是入閣，他覬覦的是首輔之位。但史可法等人不但沒有滿足他，甚至還試圖讓他繼續長駐江北督師，在他看來，這無異於有心將他排斥在南京權利圈之外。而高傑、劉澤清於五月三日上書請史可法過江督師的舉動，顯然是弘光、馬士英、四鎮將早有預謀發出的權利更替信號，因此五月九日馬士英便自請入朝，且不等弘光答覆，表章一出就動身直入南京，若非事先與弘光有默契，他馬士英焉敢至此。
大儒黃宗羲對史可法等人此種“亡羊補牢”舉動的看法，應該說還是比較客觀的，他評論道：“史可法亦恐四鎮之不悅己也，急封爵以慰之。君子知其無能爲矣。（13）”
確實無能爲矣。
五月二十日，史可法黯然離開南京，過江前往淮陽督師。
諸多的史籍以及後世史家評論中，都將此事件中“史出馬入”之結果，作爲弘光朝的轉折點，認爲自此小人當道朝綱日壞，最終導致弘光朝很快就覆滅了。
事實上這是一個大大的誤解，甚至可以說是一種顛倒黑白的觀點，此種說法究其本源，依然還是出自部分東林黨人那點不可告人的私心雜念以及狹隘的門戶恩怨之見。
在史可法過江北督師後，弘光朝中的形勢依然還是不錯的，單隻史可法與馬士英兩人之去留，其實並不影響大局。當時東林黨人如願以償，新晉的朝中大臣人選基本都是秉東林黨人的意願所拔，大多是東林骨幹，而在野又名聲甚高的劉宗周等人亦先後被起復。
最關鍵的是，馬士英本人自來甚少門戶之見，如東林系的抗清志士陳子龍在其自撰的年譜中就道：
貴陽（馬士英），先君同籍也，遇予亦厚。其人儻蕩不羈，久歷封疆。於門戶之學，非素所深研也（14）。
且他對東林亦無任何敵視，不但沒有敵視，其主觀上還是非常想和東林修好的，還確實花了大力氣，做了相當的舉措維護了東林體系人士，甚至可以說救了不少東林體系人士和他們的家眷。一位亦屬東林體系的求社、幾社成員杜登春這樣說道：
南中建國，貴陽馬士英爲婁東（張溥）好友，一時擁戴竊柄，甚引重東林，起用錢（謙益）、徐（汧）、陳（子龍）、夏（允彝）諸君子。……復社中失節者（即北京降大順者）貴陽陽加嘆恨，陰爲矜憐，悉欲置末減（15）。
再者，馬士英在舉薦阮大鋮的問題上與東林黨諸人鬧僵之後，亦未嘗便有敵對之意，他還是試圖在與東林黨人搞好關係。雙方出現裂隙後，他與東林名士姜曰廣有天在內閣閒聊時，說起復社領袖張溥乃“我故人也，死酹而哭之”，姜曰廣嘲諷他道：“公哭東林賢者，亦東林耶？”馬士英當時回答頗有委屈意，道：“予非畔東林者，東林拒予耳。”言語中這一個“拒”字，可見其人對東林本無惡意，且頗有歸東林之意。其時另一位東林系大臣高弘圖也在場，他馬上意識到了這一點，遂居中周旋，馬士英於是“頗有和解意”（16）。
在如此大好形勢下，何以最終雙方依然鬧至不堪收拾而決裂？
究其根本還是因爲東林黨人狹隘的門戶之見，還有那些自私甚至嫉妒之心。
東林一脈孜孜不倦針對的，便是馬士英舉薦阮大鋮一事，雙方因此至水火之勢，此事亦往往被東林一脈及後世史家舉爲馬士英企圖爲魏忠賢“逆案”閹黨翻案的證據，也是馬士英名登《奸臣傳》的主要原因之一。
所以這阮大鋮的生平事蹟以及和東林的恩怨也必須要仔細說說才成。
阮大鋮，字集之，號圓海、石巢、百子山樵，其人美髯須，民間又稱“阮鬍子”，極具才華，是明季著名的才子，甚至被推許爲“江南第一才子”。天啓初由行人擢給事中，以憂歸鄉里。他先前是東林元老高攀龍的門生，又與東林烈士左光斗是同鄉，故阮大鋮早年也是東林少年。此人之品格固不值一提，但與他是不是閹黨，又是不是罪大惡極卻是兩回事。
天啓四年（公元1624年）春，吏科都給事中缺，按序應是阮大鋮當遷，左光斗遂招其前來上任。那知東林魁首顧憲成及驍將趙南星、高攀龍、楊漣等人以“察典”將近，即將與齊、浙、楚三黨及魏忠賢展開大戰，而天啓三年的“癸亥京察”鬥爭中東林損失又頗大，是以他們欲任用更近東林核心的魏大中以增加戰鬥力，於是將阮大鋮補去了工科，由此導致阮大鋮與東林結怨，改而去走魏忠賢的門路。對此，有“歸奇顧（炎武）怪”之稱的歸莊曾點評到：“阮謂資應屬己，而魏奪之，遂激而入邪人之黨。……激成阮入彼黨，未始非失計。蓋阮實有可用之才，惜諸君子無使貪使詐之作用也。（17）”
而披閱諸書所記，阮大鋮當時確實並無實質性的助閹黨之劣跡，基本只是求官而已。此種行徑，蓋爲明季官場之常事，就是東林人士亦甚精通，且所謀官職之大、涉及面之廣幾近匪夷所思，可謂有過之而無不及。
崇禎十四年（公元1641年），前首輔周延儒之再次被召復登首輔之位，便是復社領袖張溥合朝野之力，勾結“逆案”要犯馮銓，以白銀六萬兩（一說二十萬兩）買通太監與田貴妃，歷時兩年的運作結果。這其中，也有阮大鋮貢獻的一萬兩銀子和氣力（18）。而馮銓者，乃魏忠賢義子，是其手下的頭面人物也，著名的魏家閣老。
同是勾結閹黨，賄賂太監和後宮去買官做，而張溥替周延儒這個著名大奸臣買的一人之下萬人之上的位置，可依然是正人君子的領袖，阮大鋮只是想索回其當得之職，便成了一輩子的閹黨走狗，一般事體兩樣結果，何也？
莊子曰：“彼竊鉤者誅，竊國者爲諸侯”，果然竊國者仁義存焉，信矣。
阮大鋮通過魏忠賢門路得官後，又畏被東林圍攻，不到一月即辭官歸鄉，旋即被召回任太常少卿，數月後又乞歸，是以在朝時間極短，即便他想做什麼壞事，也做不得多少。且觀諸記載，如《明史》所記之“大中掌吏科，大鋮憤甚，私謂所親曰：‘我猶善歸，未知左氏何如耳。’已而楊、左諸人獄死，大鋮對客詡詡自矜。……事忠賢極謹，而陰慮其不足恃，每進謁，輒厚賄忠賢閽人，還其刺”云云，俱爲避實就虛跡近傳言之語，難以爲實據。顧誠先生在《南明史》中論及此事時就道：
平心而論，東林—復社人士門戶之見極深，他們把阮大鋮打成逆案很難自圓其說，比如說他謁見魏忠賢后隨即行賄給魏的門子贖出名刺，就是莫須有的罪狀；說他在魏忠賢得勢之時即辭職還家是早已看出魏忠賢必定垮臺，更站不住腳。阮大鋮在魏忠賢垮臺之後還看不清政局的走向，怎麼能說他在天啓年間就預知朱由校會短命、崇禎帝將即位？總之，“陰行贊導”的罪名難以成立。阮大鋮觸黴頭是在崇禎初出於投機得罪了東林黨人。
話說回來，即便《明史》字字確實，這了不起也只是失其當得後的泄憤之語，實在談不上有什麼實質性的惡行。如果這種言行就要列入“逆案”，只怕當時朝中的大臣要去掉一大半。阮大鋮之所以名列“逆案”的真正原因，誠如顧誠先生所言，是其再次得罪了東林黨人。