4月5日，日本政府正式向華東政府發出了外交照會，通知華東政府派代表團於1 0日在長崎進行合作的協商，並且希望華東政府拿出一個詳細方案來。
到這個時候，聯合艦隊己經五次出擊，除了兩次閉塞作戰之外，還有三次試探性進攻，而每一次對外都是宣佈獲勝，再不就是大勝，其實除了第一次算是小勝，其他幾次實際的戰果都是乏善可陳，由其是第二次閉塞作戰，幾乎可以算是一場敗仗。軍令部也感覺到戰爭的嚴峻，畢竟對日本來說，這又是一場賭國運之戰，只能贏不能輸，說不定還真的需要華東政府參戰。雙方的協商己經推遲了一次，總不好再推了，因此也不等華東政府催促，就主動向華東政府發出了邀請。
長崎是日本海軍的兩大母港之一，吳港的所在地，設有海軍重守府，是海軍的重要基地。由於華東政府和日本的合作是非公開的，因此選在東京協商未免太引人注意了，在長崎到是要隱蔽一些。日本人之所以考慮得這麼細，一方面是日本人注重細節的性格使然；另一方面也是因爲華東政府救了2 9名日本士兵，賣給了日本一個大大的人情，因此日本政府也不得不爲華東政府多考慮。
收到了日本政府的外交照會之後，華東政府立刻開始研究對策，雖然華東政府並不打算真的和日本合作，但在這個時候還是敷衍一下，而且在表面還要做得和真事一樣，因此也不能太馬虎了。
首先當然是確定代表團的人選，因爲這次談的不僅是有軍事合作，而且還有民政管理合作，因此外事部是肯定要參與的，李三傑自然佔了一個名額，其他的是海軍參謀長韓超，艦隊司令張威，陸軍參謀長*，政委張立勇，總共是五個人，另外還有副手8人，全部是穿越戰士組成，隨行人員1 5人，共計有2 8人。
接下來2天，又協商華東政府的合作方案，儘管華東政府並不想和日本談成，但也不能故意胡亂開價，畢竟這個時候的日本政府裡確實是精英聚集，肯定是看得出來的，因此必須要把握好其中的分寸才行。
4月7日，華東政府的代表團從青島出發，由於這時日俄處於戰爭狀態，因此也沒有乘座商船，而是派巡洋艦沂州號送他們去長崎。
9號下午3點，沂州號到達長崎，日本外相小村壽太郎、海軍大臣山本權兵衛兩人爲首，在碼頭迎接他們一行，並且安排了十分隆重的歡迎儀式，儀仗隊、軍樂隊都一應具全。就連明治天皇也專程派養子東伏見宮親王爲使者，也來一起迎接，同時也是感謝華東政府救了29名日本士兵，並且還爲代表團的成員頒發了皇室的勳章。結果在碼頭上足折騰了一個多小時纔算完。
日本方面又爲代表團一行準備了華麗的4輪馬車，將他們一行送到下榻的飯店裡。而在沿路上看到街道邊，店鋪前掛滿了日本國旗、海軍軍旗，以及慶賀作戰勝利的條幅，以及支持日俄戰爭的宣傳單，而且在街頭上還有不少的遊團、演說團體，以及穿着仿製的日本軍服的少年人，或是高呼口號，或是發表演說，並且還都吸引了大量的人羣圍觀，不時還有人拍手叫好。
時間不長，一行人馬就到了飯店裡，衆人入住之後，休息了一會兒，日本方面又爲代表團一行準備了豐盛的宴全，菜餚中日兩式都有，並且還有日本傳統的文藝表演。總之日本方面在禮儀規格方面做得非常周道。
上午10點，雙方正式舉行協商會談，除了小村壽太郎、山本權兵衛、東伏見宮親王之外，還有昨天連夜趕過來的陸軍參謀總部次長兒玉源太郎和作戰部部長鬆川敏胤大佐，組成了日方的談判成員。
協商開始之後，兒玉源太郎首先道：“現在日俄己經開戰，只靠我們日本獨力對抗俄國，確實有些吃力，如果貴衆能夠出兵相助，當然是再好也不過了，只是不知貴衆的出兵計劃是怎樣的？”
韓超道：“上一次會談之後，我們一直都在準備，現在隨時可以出動陸軍3- 4個師，其中每個師確使有火炮超過8 0門；海軍方面可以出動10艘左右軍艦，包括有2艘戰列艦、2艘大型裝甲巡洋艦。而到了1 0月份，估計才以出動1 0個陸軍師；海軍可以出動20艘軍艦。”
日方代表互相看了一眼，兒玉源太郎道：“實不相瞞，日本陸軍計劃在5月份有所行動，預計要投入1 0-12個師的兵力，分別從兩處地方登陸上岸，如果你們在5月份能夠出動6個師，也選擇兩個登陸地，形成4箭齊發的局面，可以一舉擊敗俄軍。”
*搖了搖頭，道：“對不起，如果是在5月份，我們最多隻能出動4個師，而且要進行登陸作戰，還需要海軍的配合，以及足夠的運輸船隻，我們恐怕只能出動3個師，最多隻能在一個地點登陸。”
張威道：“如果只是掩護陸軍登陸，海軍可以做到，但要運送陸軍上岸，還裝備物資，目前海軍也難以做到，因爲這要事先徵集到足夠的運輸船隻，估計只有到了6月才能完成。”
這時山本權兵衛道：“貴衆在海軍方面，能不能多出動一些軍艦，戰列艦就不用了，最好是巡洋艦，現在俄國的海叄崴分艦隊在襲擊我們的運輸線，而我們的艦隊主要在旅順方向作戰，無力驅逐俄國艦隊，保護海上運輸線，希望貴衆的海軍能夠提供這方面的幫助。”
張威道：“據我們所知，俄國軍艦的活動範圍主要是在日本海一帶，這一海域離我們大約是1500-2500公里之間，因此讓我們去幫助日本護航，勞師遠征，消耗太大了，另外在信息交流方面，也存在不少的問題，我認爲到不如由日本方面從聯合艦隊中抽調一部份軍艦負責護航的工作，而我們的軍艦則可以補上日本在旅順方向的缺口，這樣一來，日本的軍艦在自己熟悉的海域內護航，而且路程短，補濟方便，信息交流也沒有障礙。而在旅順方向上，則離我們較近，我們的軍艦出動、補濟都要容易一些，這樣安排對我們雙方都合適一些。”
其實日本海陸軍提出的這兩個要求都是有目地的，陸軍方面己經制定了朝鮮半島方向和大連方向的登陸作戰計劃，德國的退役少將雅各布*梅克爾給日本陸軍參謀本部提了一個建議，認爲日軍在朝鮮半島和大連方向的登陸作戰應是佯攻，旨在牽制俄軍的兵力，然後集中主力出其不意地在錦州附近登陸，向奉天（瀋陽）方向攻擊前進。
梅克爾少將是德國卓越的戰術家，曾擔任過德國參謀本部次長、並在徳國陸軍大學任教，後來的德國名將多出於他的門下。由於梅克爾曾在1885年來到日本，執教陸軍大學三年，帶出了第1至6期的學員，被譽爲日本陸軍近代化的指導者，因此他對日本陸軍很有好感，儘管現在梅克爾己經退役了，但得知日俄開戰後，仍然關注日本陸軍，於是給日本陸軍出謀劃策。
雖然日本陸軍參謀本部並不贊同從錦州向遼東半島迂迴的作戰方案，因爲這樣將戰線拉得太長了，後勤的壓力太大，但也確實給了陸軍部一個提示，即然華東政府希望參戰，到不如把在錦州登陸的任務交給他們去做，讓人民軍先在錦州登陸，這樣就能夠吸引相當一部份俄軍的兵力，然後日軍再從鴨綠江方向進攻，壓力就大大的減輕了。
而海軍的想法比陸軍更甚，乾脆把護航，保衛交通線這類的髒活、累活都交給華東政府去做，這樣費力也不討好，就算最終戰勝了俄國，主要的功勞還是日本的，在分配戰果的時候，可以保證日本的利益最大化。
總體來說海陸兩軍的想法都十分矛盾，一方面想借助華東政府的軍事力量，減輕日本的壓力；另一方面又不希望華東政府在戰鬥中有太突出的表現，從而影響了日本在戰後的利益分配。最好是把髒活、累活、炮灰的事情都甩給華東政府幹，而日本做搶人頭、出風頭的事。
不過華東政府顯然也不白給，在陸軍方面，將出戰的時間推遲到6月，但理由也是說得過去的，畢競登陸作戰確實要複雜一些，準備的時間也要長一些，而如果日本想讓華東政府首先出兵，那麼陸軍參謀本部制定的所有計劃就都要進行修改了，對日本來說顯然是得不償失的。
海軍方面，華東政府的理甴就更充份了，本來日本海就在日本邊上，讓華東政府的軍艦千里迢迢趕到日本海去護航，而近在咫尺的旅順卻交給日本艦隊，這樣的安排無論在那裡也都是說不通的。
見雙方的軍人有些僵住了，小村壽太郎道：“我看俱體的戰術計劃先放一放，先來討論雙方合作成立聯合指揮部的事情，如果聯合指揮部成立了，再來協商戰術計劃也不遲。”
李三傑也道：“我也認爲應該先協商成立聯合指揮部的事情，我們好像把秩序弄顛倒了。”