但是，桂系不願放棄對北方求和的願望。他們認爲北軍攻佔荊、襄，南軍收復嶽州，各有所得，無所謂誰勝誰負，南軍應該適可而止。並且應該轉戰爲和，訊速召開南北和平會議。
就在南軍佔領嶽州的當天，譚浩明立刻下令嚴禁前線湘軍跨入湖北一步。
在給李純電報中聲明：“已飭前方停止進攻，不入鄂境”。保證“北不攻嶽，南不攻鄂。”希望李純和主和派能：“毅力斡旋，促成和局”。
湘軍總司令程潛也向李純致電說：“此次用兵，實爲促進和平起見。已向王督（湖北督軍王佔元）聲明，此後對於荊、襄不事吹求，我軍決不進窺武漢。倘代總統不失其主張正義之宗旨，則我軍仍本以前擁戴之赤忱。”
隨後，湘軍全體將領發出通電，把南軍進攻嶽州說成是：“以武力爲手段，以和平爲目的。”
直系主和派的中心長江三督，對於南軍攻佔嶽州似乎也視爲情理之中之事。長江三督中的首席督軍李純接到譚浩明和程潛的電報後，隨即代爲轉報。
王佔元向李純建議以荊、襄歸鄂，嶽州歸湘爲南北停戰議和的前提條件。
李純以此發出電報，當即獲得桂系歡迎。
接着岑春煊、譚延闓發電響應，陸榮廷也有電響應。
這時馮國璋已經出巡北返，變成主戰派的政治俘虜，被迫發佈命令，斥責“譚浩明、程潛節節進逼，黎天才、石星川倡言自主，釁自彼開，即應視爲公敵”。
同時下令曹錕和張懷芝進兵、派曹錕兼任兩湖宣撫使，張敬堯爲援嶽前敵總司令。褫奪了黎天才、石星川的官職和勳章。
這個命令無疑就是“討伐令”，也正是馮國璋多月以來，用盡各種方法規避的事情。
王士珍在副署這道命令的時候，神色非常沮喪，他解釋說：是爲了替老朋友解圍，不得已而爲之。
段祺瑞對馮國璋的態度日趨蠻橫，他親赴總統府見馮，提出要求懲戒拒絕北軍假道的江西督軍陳光遠。這分明是把馮往死裡逼，他再也不想也不能忍了。兩人因此聲色俱厲地爭吵起來，話趕話沒好話，什麼話難聽說什麼。最後是總統府的人，好不容易解勸開。
末了，段還不依不饒，要求馮下一道嚴厲的命令，命令馮玉祥離開浦口，開往福建。還威脅，馮若不下令他就以抗命罪懲辦馮玉祥。
冷靜下來的馮國璋，知道如果不調開馮玉祥，直、皖兩系就有開戰的可能。如果直、皖真的發生戰爭，江蘇會遭皖系四面圍攻，直系是會吃虧的。何況北洋派真的發生了內戰，西南趁機而動，情況會更糟。
爲了和緩皖系對李純的敵視以及津浦線南段的緊張局勢，馮國璋讓步把馮玉祥一旅調開，不過他不是把馮旅調到福建，而是調去湖北。
湖北是直系地盤，馮旅調鄂後既可增加王佔元的力量，又不會受到皖系的吞吃。
到此爲止主和派似乎完全向主戰派低頭了。
可正當北方殺伐之聲驚天動地，長江中游突然又爆發了主和的聲響。
馮玉祥在武穴發出通電宣佈自主，力斥南北戰爭是一種最無意識和最無情理的戰爭。宣稱他以前奉令“援閩”開到浦口不再前進，就是爲了促進南北和局。而和談的基礎是嶽州歸湖南，荊襄歸湖北，各守疆土，兩不侵犯，這是不難達到的。
最後他說軍人應當服從總統。而總統從來就是主和的，所以主和就是服從總統。
他態度堅決，表示：“或罷兵，或殺玉祥以謝天下。”
馮此舉當然是主和派的安排，以打亂主戰派對湖南進攻的步驟。因爲武穴處於湖北與江西之間，馮的行動對主戰派的第一、第二兩路軍都有影響。
據說這是陸建章在幕後策劃的，陸並且還有突襲安徽，趕走倪嗣沖的計劃。
倪在安徽並不得人心，趕走了倪，陸就可取倪而代。如此一來，安徽加入長江三督的陣營，津浦南段全在主和派掌握中，力量就大了。
與馮玉祥發表通電的同時，鄂皖邊境和霍山、六安一帶出現了安徽討逆軍，發佈討倪檄文，公推陸建章爲討逆軍總司令。
倪嗣沖倉皇調兵自衛，並且電請北京政.府下令罷免李純，討伐馮玉祥。
段祺瑞對於馮玉祥突然主和極爲震怒，他認定這一切都是馮國璋搞得鬼，把一切憤怒都發到馮身上，決心要搞一次軍事政變以驅馮下臺。
可是由於皖系的兵力都調赴南方，手中沒有足夠的兵力來支持他的計劃。便派其親信智囊徐樹錚，以“接洽國防”爲藉口，前赴東北找張作霖，說動張作霖調派他的奉軍入關，來執行驅馮計劃。
張作霖雖然綠林出身，但他志向很大，東北王是無法滿足他的鴻鵠之志。他在關外擁兵自重，就是等待機會問鼎中原。段向他求援，他正求之不得，這機會找都找不到，送上門來了。當然是慨然應允，立即揮兵入關。
奉軍入關消息傳出後，最感不安的當然是馮國璋。奉天是在北京後方，朝發夕至，說來就來。早在袁世凱時代對關外力量就刮目相看，極力懷柔。
馮國璋不由想到一年前張勳率辮子軍入京後，黎元洪就被逐下臺，現在奉軍入關，可能舊戲重演。在京他是個無兵無權的總統，他預感自己隨時可能被逐或被軟禁，因此他盤算三十六計，仍以走爲上。暗中佈置第二次“南巡”，打算由京漢路南下到湖北。可是段系的人怎會放他出山，派人把他看得死死。
只不過，不知是受哪位高人指點，段祺瑞召集他的親信舉行秘密會議後，大家又把軍事政變改爲軍事威脅。或許是現在留着馮還有用，或許怕把馮逼得無路可而狗急跳牆，挑起皖、直開戰甚至直系和西南聯合起來對付皖系。
他們的新計劃是早日召集新國會，以便提早改選總統，合法倒馮。
這些舉措肯定是明智之舉。
只要不被逼到死路，馮國璋都是選擇妥協。很快，他被迫公佈了臨時參議院所修正的國會組織法與兩院議員選舉法，並命令內務部籌備新國會的選舉。
段祺瑞已經不甘於名不正言不順，要直接抓內閣的權了，便發動倒閣。王士珍正求之不得，就坡下驢。提出辭呈後即不到院辦公。馮國璋勉強地派內務總長錢能訓代理內閣總理。
二月二十四日京奉路火車被奉軍扣留運兵。
二十五日奉軍第廿七師第五十三旅開到灤州，奉天軍署參謀長楊宇霆帶兵到秦皇島，把日本政.府根據中日軍械借款協定，第一批運到的二萬七千餘隻步槍劫走。
消息傳到北京，馮國璋和段祺瑞同感震驚，尤其是段祺瑞。向日本借款購買的這批軍械是爲了訓練自己嫡系部隊“參戰軍”的，如今卻被奉軍捷足先登。
二十六日段祺瑞電張作霖請“原物交還”，運來北京。張也在同一天發出通電，說他早已佈置南征，因缺乏軍火，而未便開拔。現在未經呈報即提去軍火，因怕往返請示費時，所以不得已先留用後呈報。
二十七日他答覆段說：“此次奉天請領軍械，系奉元首討伐明令，整飭軍隊，爲政.府之後盾。所練軍隊，無論對內對外，均屬擁護中央，一旦編練成軍，悉聽政.府驅策，運京留奉，宗旨無殊。蓋全軍均屬國家，尚何器械之足計？”
張作霖並不是擅自劫取軍火，因爲他並不知道這批軍火抵達秦皇島。那麼是誰暗示張作霖的呢？原來是徐樹錚。
小徐奉命到關外召奉軍入京，他知道如不許以重利，張作霖不會奉召的。而事實上奉軍不入關，北京局勢不會一面倒向皖系。
可是段祺瑞爲人剛愎，事先如果向他請示，他一定不許，唯有用行動先做了再說。小徐做過陸軍部次長，知道購買日本軍火的詳情。而在他交卸次長職以前，曾留下好幾張蓋了印信關防的陸軍部空白公文紙。他用劫取這批軍火作爲交換條件換張作霖派兵入關，奉軍即是持小徐發給的假陸軍部證件去劫取這批軍火的。
奉軍入關後，張作霖完全迎合皖系，高調提出罷免李純和討伐馮玉祥兩個要求，他說這是爲了“擁護元首”。可是，被他擁護的元首卻嚇得驚慌失措。
二十六日，馮國璋在總統府召集緊急會議討論奉軍入關的對策，段祺瑞參加了會議。
馮質問段：“這次奉軍出兵入關事前既未奉令，也未呈報，居心何在？”
段答不知。馮又大聲問：“前任陸軍次長徐樹錚到奉天作何勾結？”
段更無言以答。
這次會議當然無果而終。
馮國璋想要段祺瑞叫張作霖退兵，段就是召奉軍入關的始作俑者，他怎肯要奉軍退出呢？何況請神容易送神難，他即使想叫張退兵，事實上也辦不到了。
段何嘗不知道關外王張作霖不是好惹的，請了來就不容易請出去，可爲了飲鴆止渴，也只能走一步說一步了。
馮國璋知道叫段祺瑞退奉軍是辦不到了，他只得央請前清末年做過東三省總督，親手招撫過張作霖的趙爾巽，到奉天說服張作霖退兵。然而時過境遷，張作霖早就不買他老上司的賬了，趙爾巽自然是白跑一場。
馮國璋現在是一個光桿總統，內閣總理雖由錢能訓代理，可是錢不肯代下去，天天鬧着要交差。馮寫信給楊士琦，想請他出山，楊連信都不回。而皖系督軍們，眼中根本沒他這個總統。惶惶不可終日的馮國璋，心灰意冷，擬就如下致各省軍政首長通電：
“國步屯邅，日甚一日，內則蜩螗羹沸，干戈之劫難回，外則慘淡風雲，邊境之防日亟。剝膚可痛，措手無從。國璋代行職權，已逾半載，凡所設施，力與願違，清夜捫心，能無愧汗？然國璋受國民付託，使國家竟至於此，負罪引慝，亦何必嘵嘵申訴，求諒國人。但揆其所以致此之由，與夫平日之用心，爲事實所扞格，屢投而不得一當者，緣因複雜，困難萬端。欲避賢求去，苦無法律之可循；欲忍辱圖全，又乏津樑之可濟。長此悠忽，必召淪胥。諸君子爲國干城，同負責任，用特披瀝肝鬲，爲一言之。
“溯自京畿變生，國祚半斬，元首播越，舉國騷然。於是黃陂委託於前，段前總理敦促於後，皆援副總統代職之規定，強國璋以北來，明知禍亂方殷，菲材絕難負荷，惟冀黃陂復職，主持有人，則不佞捍衛南疆，尚可分擔艱鉅。乃商請無效，各省區督軍省長、及文武官吏，分馳電牘，敦促入都。猥以藐躬，過承督責，湯火之蹈，且不容辭，矧安危不僅繫於個人，匡助可取資羣力乎？驚濤共濟，全恃同舟，初不料璽綬方承，而內部轉愈趨紛擾也。
“國璋抵京，首先奉政黃陂，不獲許可，而後受職。其時國會早經解散，政.府尚在板輿，繼絕布新，有同草創。段前總理投艱遺大，獨任賢勞，正宜共濟時艱，中外一致，而西南諸省，忘再奠共和之績，以非法內閣相攻，別挑釁端，遂開戰禍。迨內閣改組，宜可息爭，國會問題，又生枝節。對於中央之任命官吏，則嘖有煩言，對於石黎之擾亂荊襄，則引爲同志。是非乖忤，真相莫明。譬解百端，欲促返省，初不料脣舌俱敝，而結果仍訴諸兵戎也。民國元二之交，風雨漂搖，幾毀家屋，項城運其雄才大略，曾不數月，而七省同時戡定，大權集於中央。國璋能力，固不逮項城，然前事之師，不妨相襲，徒以觀念所在，元氣之凋殘，民生之疾痛，實過元二年。
“佳兵不祥，古有明訓，內訌宜息，人具同情。本無厲行專制之心，何取經營力征之舉？以故軍事初起，第望促進和平，不因敗績而求伸，反示包容而停戰，無非欲融洽南北，盡釋猜嫌，耿耿寸衷，可質天日。乃北則疑其寡斷，兵氣幾爲之不揚，南則信其易欺，驕蹇益難於就範。湘桂各軍，乘機陷嶽，意在示威，予政.府難堪，激同胞之宿憤。中央縱無統馭，亦何至聽命於地方？必背公德而矜強權，不留餘地以相讓步。則最後解決，惟戰乃成。因事制宜，絕非矛盾。更不料干城之寄，心膂之司，或竟觀望不前而損聲威，行動自由而滋謠諑也。凡此種種，皆事實上隨時發生之障礙，足使國璋維持大局之希望，悉消滅而無餘，而逆計未來應付之難，事變之鉅，則更有甚於此者。國會機關，虛懸日久，頗聞舊議員麇集粵省，有自行開會之說。姑無論前此解散，是否合法，既經命令公佈，已不能行使其職權，即各省區人民，亦斷無承認之理……
“正式選舉總統之期，轉瞬即屆，根本無着，國何以存？此大可憂者一。財政艱窘，年復一年，曩者政.府每值難關，亦當恃外債以爲生活，然能合全國之財力，通盤籌畫，猶得設法挹注，勉強撐持。蕭牆哄爭，外省內解之款，大半截留，來源漸絕，而軍政費之支出，復倍蓰於平時。羅掘久窮，誅求鮮應，主藏作仰屋之嘆，乞鄰有破產之虞，桑孔再生，亦將束手，此大可憂者二。內閣負責，取法最善，段前總理爲國戮力，橫被口語，託詞政策撓屈，與各國務員相率引退，而總理一職，後來者遂視爲畏途。聘卿暨今諸閣員，皆國璋平昔至契，迫於大義，礙於感情，暫允劻勷，初非本願，滿擬時局漸臻統一，再行組織以符法治，心力相左，激刺尤深。
“今聘卿業已殷憂成疾而在假矣，設錢代總理諸人，復謂事不可爲，褰裳而去。強留則妨友誼，覓替則恨才難，推測其終，將陷於無政.府之地位，此大可憂者三。至目前外交之情形，尤應激起吾人之警覺，箇中利害，另電詳聞。國璋一武夫耳，因緣時會，謬握政權，德不足以感人，智不足以燭物，抱救民之念，而民之入水火益深，鬱愛國之憂，而國之不顛覆者亦僅。澄清無術，空揮三舍之戈，和平誤人，錯鑄六州之鐵。馴至四郊多壘，羣盜如毛，秦豫之匪警頻聞，畿輔之流言不息，雖名義同於守府，而號令不出國門。
“瞻望前途，莫知所屆。何敢久居高位，自誤以誤國家？自應求卸仔肩，歸還政柄，惟民國既無國會，而總理現屬暫攝，又不能援《約法》條例，交其代行，追原入京受職所由來，實出諸君子之公意，國璋既備賞艱阻，竟不獲補救於萬一，坐視既有所不能，辭職又無從取決，只有向各省區督軍省長暨文武官吏，詳述危殆情形，應請籌商辦法，爲國璋釋重負，爲民國求安全，寧使國璋負誤國之咎於一身，而不使民國紀年，隨國璋以俱去。不勝至願。特此飛電布達，務希於旬日內見覆。至統治權所寄，國璋在職一日，仍當引爲己責，決不肯萌怠馳之心而自叢罪戾也。敢布誠悃，佇盼複音。”
這個通電稿被總統府秘書長張一麐知道後，立即從機要室追回。並邀同總統府軍事處長師景雲一同見馮國璋。力勸他暫勿發出這道通電，亦勿消極，馮只苦笑。