1937年8月13日，日軍進攻上海，三個月後上海淪陷。
11月27日，上海黃浦江邊夜幕低垂，一輛灰色轎車駛進江邊法租界碼頭，車內下來一位一襲長衫、步履蹣跚的老者，正是蔡元培。
他眺望着黃浦江面繁星似的點點燈光，露出依依不捨之情。隨後，登上了由上海開往香.港的法國郵輪“珂拉密司”號。由丁西林和妻弟周仁陪同，離開了生活多年的上海前往香.港避難，於29日抵港。
先期到達香.港處理商務印書館事務的王雲五接待了蔡元培，安排他住進商務印書館的臨時宿舍。一個月後，夫人周峻帶着子女抵港，一家人團聚後，在香港九龍的柯士甸道156號租屋安頓下來。
蔡元培在香.港的最初生活，主要是仰賴友人王雲五的悉心安排。
王雲五曾在20年代任上海商務印書館編譯所所長、東方圖書館館長，此時正受任於危難，任商務印書館總經理。
因發明四角號碼檢索法和完成中外圖書統一分類法而名噪一時的王雲五，對於蔡元培無論是學識和人品都很仰慕，兩人也過從甚密。
抗戰爆發後商務印書館遷到香.港，王雲五便常駐香.港。
初到香.港的蔡元培爲了調養身心，在其家人和朋友的陪同下，遊覽了香.港扯旗山、淺水灣等名勝風景地。
扯旗山是香港地勢最高處，一脈連綿起伏、青蓊疊翠的山脈沿海島東北邊緣隆起，向西逶迤而去。蔡元培臨峰絕頂，極目遠眺，大自然美景盡收眼底。來自維多利亞海灣的風輕輕拂面，讓人不禁心曠神怡。
隨後，他們又驅車前往港島南端的著名淺水灣風景區。這是一處天然港灣，風景優美、空氣清新。他們在淺水灣大酒店寬敞別緻的室外走廊飲茶、小憩、觀賞。坐在走廊裡舒適的藤椅上，大海一覽無餘，波瀾壯闊。
蔡元培動情地說：“這裡確實令人喜歡，它貼海如此之近，可以聆聽大海喘息的聲音，飽覽大海氣勢的恢宏。”
次日，蔡元培又專程前往宋王臺參觀。宋王臺在九龍灣畔，是香港唯一的古蹟。
曾有詩人在此寫下“海天還屬宋王臺，怒濤嗚咽向東流”的詩句，說的是：南宋末年，蒙古人攻陷都城臨安，數十萬不願做亡國奴的南宋軍民，在張世傑、陸秀夫的率領下，擁戴9歲的趙昰爲帝，逃亡到南中國海濱。剽悍的蒙古軍窮追不捨，一路燒殺、直逼珠江口。最終，陸秀夫背起幼主蹈海殉國。衆多朝臣悲憤難抑，亦追隨蹈海，南宋亡。
蔡元培在這悲壯的歷史面前唏噓不已，不禁感嘆中國歷史的凝重。想到日寇入侵，不由更惦念戰火中的故土。他寫下這樣的詩句：
“由來境異便情遷，歷史循環溯大原。
“還我河山舊標語，可能實現在今年。”
這時的蔡元培曾爲友人之父題照，寫了“家祭毋忘”四字。也許，蔡元培已經預感到自己不能看到抗戰勝利的那一天了。
身處香港的蔡元培繼續關心中央研究院的工作。這時的中央研究院，由於上海淪陷，隨南京國民政府遷往中國西南各省份。
淞滬會戰爆發時，蔡元培強撐病體，指揮和組織上海三個研究所向內地搬遷。而各所所長多有不願意去重慶的，蔡元培尊重大家的意見，除總辦事處與氣象所搬遷重慶外，其他各所可以自定去處。
如此一來，昆明、桂林也成爲遷移的目標，事情也便多了起來。爲此，蔡元培不得不操更多的心。即便在香港養病，蔡元培仍然隨時接收各處、所的行蹤報告，時刻關注和指導着他們的安置情況。
種種問題接踵而來，千頭萬緒，需要梳理。
1938年2月28日，在蔡元培的召集下，關於“中研院”搬遷的一個重要會議在香港酒店舉行。總幹事朱家驊以及丁西林、竺可楨、李四光、傅斯年等各所所長都出席了。蔡元培主持會議，確定了戰時院務的衆多重大決定與生存發展策略，大家也統一了思想。
但是，“中研院”總幹事一職的人選問題，一直讓蔡元培傷腦筋。被蔣介石任命爲浙江省政府主席的朱家驊曾多次要求辭掉總幹事一職，均被蔡元培拒絕。這次到香港，朱家驊又一次以將出任駐德大使爲由，請蔡元培另聘他人。蔡元培雖仍不同意，但也不能不考慮新的人選了。
3月裡的一天，蔡元培邀請任鴻雋一起午餐。任鴻雋曾爲四川大學首任校長，能力很強，蔡元培雖然心有打算，但見他事務繁忙，感到時機還不成熟。
9月，等朱家驊又提出辭職時，任鴻雋的事務也基本安頓下來，蔡元培正式邀其繼任總幹事。任鴻雋深知“中研院”情況複雜，雖答應幫忙，但要求到桂林等地視察後再決定。可是，蔡元培認爲已不能再拖了，最終說服了任鴻雋，通電宣佈其出任總幹事。
蔡元培慧眼識才，任鴻雋則不辱使命。在“中研院”搬遷安置最困難的時期，任鴻雋通過自己在四川等地的人脈以及非凡的工作能力，促使“中研院”各所成功地安頓下來，並不間斷地產生科研成果。
蔡元培始終關注着“中研院”，他不止一次的鼓勵同仁：“人類歷史本充滿着打破困難的事實；於困難中覓得出路，正是科學家之任務。又況易地以後，新材料的獲得，各方面人才之集中，當地原有機關之協助，亦有特殊便利之點。吾人決不因遷地之故而自餒！”
在此期間，他接受了葉企孫、陶孟和、傅斯年的建議，將“中研院”最終決定權授予評議會秘書翁文灝。在特定的條件下，這無疑是有利於“中研院”的存在和發展的重大舉措。
新中國成立時，“中研院”的大部分機構很好地保留下來，成爲科學事業的重要力量。對此，蔡元培功不可沒。
蔡元培在香港養病期間，好友張靜江曾邀請他同往美國，以便其獲得更好的療養。然而，蔡元培婉言謝絕，理由是：自己身負“中研院”職責、文化學術工作，這些均關係國家百年大計，未可一日停頓，實不能遠離。
在香港的歲月，蔡元培的身體多在病中，不得不推辭衆多的邀請。
蔡元培在香港唯一一次公開活動，是出席由宋慶齡領導的保衛中國大同盟和香港國防醫藥籌賑會，聯合在聖約翰大禮堂舉辦的美展開幕式。
這天，蔡元培精神大振，在包括港督羅富國在內的衆多來賓面前，即興發表演講：
“抗戰時期需要人人具有寧靜而強毅的精神，不論是前方衝鋒陷陣的將士，還是後方供給軍需、救護傷兵、拯救難民的人員，以及其他從事於不能停頓之學術或事業者，有了這種精神，便能免於疏忽錯亂散漫等過失，從而在全民抗戰中擔當起一份任務……”
在抗戰初期的困難時刻，蔡元培始終有一種自信的樂觀與豪情，並不時鼓盪起鐵馬金戈般的壯烈情懷。這種情懷，在其詩作中有很強烈的表現：
“楓葉獲花瑟瑟秋，江州司馬感牢愁。
“而今痛苦何時已，白骨皚皚戰血流。”
這是他當時寫給陸丹林的詩。
“世號詩史杜工部，亙古男兒陸渭南。
“不作楚囚相對態，時聞諤諤展雄談。”
這是他讀完友人《八一三紀事詩》所題的一首七絕。
透過這些字裡行間溢出的愛國激情，不難看出病居香港的蔡元培既有“江州司馬”的愁懷，又思慕那“亙古男兒”的氣概。
最能說明這時期蔡元培壯心不已的文字，莫過於他被國際反侵略運動大會中國分會推爲第二屆名譽主席後，爲該會會歌所作的歌詞。
這首著名的《滿江紅》詞鏗鏘有力，錚錚有聲：
“公理昭彰，戰勝強權在今日。概不問，領土大小，軍容贏詘。文化同肩維護任，武裝合組抵抗術，把野心軍閥盡排除，齊努力。我中華，泱泱國，愛和平，御強敵。兩年來，博得同情洋溢。獨立寧辭經百戰，衆擎無愧參全責。與友邦共奏凱歌曲，顯成績!”
蔡元培晚年在香港擯除外務，希求靜心養病和寫作。他給自己訂下的寫作計劃有：寫一本“以美育代宗教”的書，編一本美學書，編一本比較民族學的書。另外，蔡元培應胡適的多次建議，擬寫一部自傳。
蔡元培的一生可謂都在爲國事奔走，幾乎難有充裕的時間靜心著述。但他對中西學術長期求索而形成的獨立見解積蘊於心，不發不快。此時人入晚境，回首往昔，世事紛擾，他希望在有生之年力求補償。
這一時期蔡元培在香港經常寫作的是《自寫年譜》。年譜用白話文寫作，文字簡潔清麗，對蔡元培的家世、少年時代、科舉考試及讀書、供職北京翰林院、回鄉從事教育、在上海的活動、留德四年以及其後旅居法國的生活均作了翔實記述。他人生成長的軌跡在其中一目瞭然，還可從中探知蔡元培思想人格的形成。該年譜自1936年初即已動筆撰述，在香港只是續筆，但不久蔡元培即病臥牀榻，不得不輟筆。這時年譜僅寫有4萬餘字，是一部未盡之作。