隨着季節的更替，天氣越來越炎熱。
而湖北的戰事仍然打得不可開交，襄陽、孝感、武昌三地爆發着持續性的大規模作戰。隨着近衛軍每天都在增加的進攻強度，雙方所造成的傷亡情況也與日俱增。到了六月中旬時，湖北的戰爭稍微有所減弱，而其根本原因並非是雙方作戰消耗太大，反而是因爲天氣過於炎熱，導致戰場上許多無法收殮的屍體變質，引發了一場區域性的瘟疫。
瘟疫的疫情在多個地方都有發生，而其中最嚴重的莫過於孝感。
孝感堅固的防線使得近衛軍每前進一寸都要付出極大的代價。同樣是因爲陣地戰的緣故，那些被遺落在兩軍對陣衝鋒地區的屍體，往往沒辦法帶回來。後續也沒有人敢上前去收拾、清理，即便是蔣百里曾經三次發電報到孝感，希望曹錕方面的守軍能夠達成共識，雙方一起派出清理部隊去處理這些發臭的屍體。
但是曹錕方面一而再再而三的拒絕，甚至還放出狂言表示只要近衛軍敢離開掩體，不管是做什麼，他們都會立刻開火阻擊。
也因此，孝感戰場上的環境越來越惡劣，無論是近衛軍還是孝感防線上的敵軍，接二連三的都發生了中毒的情況，而且數量可以說每天是呈幾何數的翻倍。夏季風向變幻無窮，再加上時不時還有大雨發生，瘟疫隨着風和雨水到處滲透。就連那些自以爲是的躲在混凝土陣地後面敵軍，也很快就嚐到了苦頭。
蔣百里連續召開了三次參謀會議，討論如何應對目前正在越來越糟糕的衛生問題。
瘟疫的傳染性極強，而士兵們又大多十分密集的聚集，別說隔離起來很困難，一旦有一個人發生病情，也就預示着與其接近的其他人十之八九同樣染上了疫病。這個年代的衛生醫療情況都十分落後，哪怕近衛軍有相對很完善的軍醫系統，也有專門用來應對戰場瘟疫的準備措施，可偏偏在戰爭最緊張的時候發生這樣的事情，實在是打亂了許多進攻的計劃。
不僅如此，由於之前一個月的時間裡，近衛軍爲了擴大戰場規模和製造更多的火力壓力，接連發動了許多次大規模的衝鋒作戰。這樣的作戰目的就是在用士兵的性命來換取進攻的優勢，儘管一度去得了一定的進展，成功在敵軍陣地前面百米之內完成了對陣塹壕的修築，也有少去側翼陣地成功攻陷。但造成的傷亡情況實在太過繁重，兵力數量情況幾乎都有了劣勢於防守軍隊的趨勢。
所以後勤方面集中了全部的資源，從北方開始大批調動新兵填補前線。
這部分新兵首先是來自直隸省，畢竟直隸省的預備役制度是全中國最完善的，同時袁肅之前幾年也大力扶持了這一系列的工作，訓練民兵、培養思想。近衛軍其他幾個師要大換血，當然要從這些嫡系地盤上來進行調配。
北方銜接南方的交通資源，幾乎全部被徵召新兵佔用。導致後勤軍醫系統的資源十分匱乏，沒能在第一時間內有效的控制瘟疫在軍中蔓延。等到前線情況越來越惡劣了，這會兒倉促的調配醫療資源多少有一些遲了。
無奈之下，蔣百里只能採取一些很悲觀的應對方式，所有重症奄奄一息的士兵全部清理，還有意識以及有一定行動力的士兵，則在留下遺書並且確認撫卹金之後，立刻編成敢死隊。攜帶炸藥和手榴彈，集中在晚上的時候向敵軍陣地發起突襲。
這種辦法雖然是治標不治本，但在一定程度上確實遏制了瘟疫的發展。同時也最後發揮了這些士兵的餘熱。當這些敢死隊衝進敵人陣地引爆炸藥後，製造出來的破壞力自然不容小視。即便是沒能造成破壞，但他們的屍體也給敵人的戰壕造成了很大的麻煩。
瘟疫的爆發使得孝感戰爭大幅度降溫，前線指揮司令部甚至都已經開始爲後撤做準備。
不過瘟疫並非單單隻影響了近衛軍，對於孝感防線的敵軍們來說同樣不好。儘管瘟疫一開始蔓延的方向是向近衛軍陣地，但是敵軍一方面沒有完善的軍醫系統，另外一方面也沒有任何預案和充足的遏制瘟疫的常識。因此，從一開始只是小規模染病的情況，隨着幾天天氣暴熱，很快就發展到無法控制的地步。
再加上混凝土的防禦工事有很大的密封性，一旦遭到瘟疫的侵襲，所引發的影響那是一連串。前後不到半個月的時間，孝感防線的情況瞬間要比近衛軍這邊更加惡劣。
到了六月下旬，近衛軍通過不遺餘力的增加醫療和投入遏制疫情的各方面資金。包括採購相關藥材，在附近城鎮聘請許多醫生調配成藥送上前線，甚至還從北方高薪邀請西醫趕到河南，組織相關的醫學研討和執行救治方案。總算勉強控制了疫情。
但是控制了疫情不代表徹底消滅疫情，這其中還是需要一個漫長過度的時間。
不僅如此，隨着戰爭還在繼續打下去，並且天氣也越來越炎熱，瘟疫的情況是撲滅了一段又冒出了一段。經過近衛軍總司令部的專門統計，與各方面醫療機構的研究討論，目前瘟疫的情況最少還會持續三個月時間，而在這三個月的時間裡，必須付出極大的資金來維持對疫情的控制。按照當下的情況，每天開銷最少都要五萬元。當然這個開銷會隨着瘟疫的情況好轉逐步降低，可終歸不是一個小數目。
有着強大經濟和後勤資源的近衛軍尚且如此，孝感防線的敵軍以及後方漢口的北洋軍事改革委員們，對他們來說顯然要更加沉重。尤其是前線的軍官缺乏遏制瘟疫的意識，導致瘟疫的情況愈發嚴重，他們所付出的代價絕對不會比近衛軍好到哪裡去。
在採取遏制瘟疫措施的這段時間，孝感的戰事並非完全停止，只是相對於之前那種大規模衝鋒的進攻方案是被擱置了。至於近衛軍的炮兵部隊依然不遺餘力的在向孝感防線放棄炮擊，結合瘟疫的情況，使得敵軍遭到了不少的壓力。
終於在六月底的這天，之前一直埋伏在孝感防線側翼的兩個團，趁着孝感正面防線從側翼抽調兵力填補的空蕩，見縫插針般發動了一次關鍵性的突襲。成功突破了孝感側翼防線的超過五百米的陣地，全殲了在這裡駐守的一個團的敵軍。
不僅如此，近衛軍利用突破側翼防線的契機，一鼓作氣沿着敵軍塹壕的交通道繼續挺進，甚至把戰線推進到了孝感防線的腹部地區。這一局徹底讓防守的敵軍亂了套，所謂堅固到如此地步的防線居然也有被突破的時候，並且還是一經突破就到了一發不可收拾的地步。
坐鎮指揮孝感的熊秉琦完全手足無措，一方面要爲瘟疫的情況擔憂，另外一方面還要擔心近衛軍佔領並且切斷了東北方向好幾處後勤交通。北洋軍事改革委員會名氣雖然大，可畢竟後力不足，沒有那麼龐大的經濟支持也沒有那麼多預備兵力。之前因爲強行徵兵導致民亂四起，革命黨人還趁機大肆煽動老百姓起義。以至於後方的補充兵斷斷續續，時有時無，而前線瘟疫所造成的傷亡是持續不斷。
在他看來，孝感防線熬到今時今日真正算是到了一個頭。眼下前線兵力不足，後方支援不足，又有關鍵陣地的交通被突破截斷，場面依然失去了控制。
堅持到當天下午，熊秉琦完全失去了繼續作戰的信心。但是也不能因此而貿然放棄防線，畢竟前線還有好幾萬的士兵在作戰，近衛軍又貼的那麼緊，一旦下令撤退，必然會演變成爲一敗塗地、一潰千里的局面。到那個時候真正是追悔莫及。
無奈之下，他只好想了一個辦法，藉口要親自到漢口討要後援和補充，把司令部交給了副司令來指揮，自己連夜便先返回到漢口去。臨行之前，他還專門發了一封電報，痛陳前線缺乏兵力和物資，以及瘟疫肆虐所導致人心惶惶，又埋怨後方遲遲沒有援軍和救治資源，自己必須親自到漢口向曹主席當面陳情。
這份電文馬上就把他的角色翻轉了一圈，由被動變成了主動。
近衛軍在孝感這邊鏖戰了兩個月的時間，陣亡了超過七千名士兵，受傷了近三萬人。對孝感防線的頑固早有心傷，如今好不容易突破了陣地並且佔據了足夠向後突進的交通要道，各路部隊當然信心大作。蔣百里馬上下令正面採取牽制火力，並且連續抽調了兩個團和司令部直屬警衛團，火速趕往三漢鎮，由此處沿着打開的缺口繼續發動挺進進攻。爭取在兩天之內徹底擊垮孝感防線的東部陣地。
針對孝感防線側翼陣地的突破作戰四個團採取了輪流進攻的策略，幾乎是無縫隙的保持持續進攻。本來守軍士氣已經受到了極大的創傷，隨着陣地被打開缺口之後，更是士氣大跌。再加上守軍當中的許多補充兵是沒有接受訓練的強徵兵，這些人本來就很痛恨北洋軍，並且也沒有任何心思來當炮灰，所以隨着東部戰事的擴大，馬上就出現了逃兵。
哪怕在逃跑的過程中遇到了一些軍官喝止，但在軍官還沒拔出槍來制止逃兵之前，這些逃兵已經怒火無法壓制的先出手，用刺刀和槍托把這些阻止的人直接打死。
東部作戰連續打了三天三夜，總算在黎明之前完成了上面的作戰任務。
而隨着孝感防線東部側翼陣地的徹底陷落，整個孝感防線的腹背暴露無遺。
無論是正面陣地還是西部陣地、南部陣地，一下子就等同於被剝脫了塹壕防禦力，只能面對面與近衛軍進行接戰。不僅如此，還得面臨近衛軍的雙重夾擊。許多守軍擔心再這麼下去，整個陣地會被近衛軍切成兩段，到時候就徹底陷入了包圍，連逃跑的機會都沒有。
幾個前線的團部又沒辦法聯絡到司令部，即便聯絡到司令部，最高指揮官熊秉琦人都不在了，副司令也早就找藉口離開。根本沒有人下達合理的命令。於是軍心徹底混亂，逃跑的情況不再像之前幾天那樣，只是小股小股的逃跑，這會兒竟是一個連、一個營的逃。
至於那些逃跑不了的士兵，索性就直接選擇投降。反正只要能活命就好。
到了七月七日，孝感陣地徹底失手。
蔣百里利用手頭上一萬五x不到的可用兵力，殲滅孝感防線敵軍四千餘人，俘虜敵軍超過兩萬人。在付出了極其慘重的代價之後，總算攻克了這個重大的難關。而這個時候，第五師、第一兵團也算是元氣大傷，再加上孝感作戰的善後工作繁重，沒辦法立刻向漢口進發。只能先在孝感停駐下來進行整頓。
不過孝感的突破，給整個近衛軍都帶來了極大的士氣。這表示接下來進攻漢口已經不再遙遠，所謂的北洋軍事改革委員會的鬧劇也該告一段落。這場北洋內部的矛盾總算到頭。