另外由於西班牙人將主要的注意力都放到了美洲，所以也給其他國家留下了一些機會，荷蘭人就曾經佔據了馬六甲、流求等地，只是現在荷蘭人已經被鄭芝龍從流求趕走了，他們也曾經想過報復，可是鄭芝龍的實力卻也不是他們可以輕鬆消滅的，再加上擔心一旦開戰就無法從大明獲取商業上的利益，所以他們和大明暫時保持了和平。
只是現在由於大明獨佔了倭國的利益，將荷蘭人的勢力從倭國趕了出來，又引起了許多人的不滿，再加上三亞軍港和修建和南方水師的組建，都讓荷蘭人對大明充滿了警惕，他們漸漸開始和西班牙人加強了接觸，試圖聯合雙方的力量共同抵禦大明的進攻。
而英法等國，他們在南洋附近的實力還比較弱小，同時還由於東印度公司和大明達成了協議，所以他們站到了荷蘭和西班牙人的另一邊，向大明提供各種情報，試圖利用大明的力量來削弱荷蘭人和西班牙人，從而找機會從他們那裡奪得利益。
許多與西班牙人在海洋上交過手的老兵都被東印度公司送到了大明，來到三亞的軍港之中，向大明的水師將領們講述西班牙人的作戰方式，並配合他們進行了一些實戰演習；通過演習，這些歐洲的老兵們驚訝的發現，大明水師的戰艦已經超過了如今歐洲最爲先進的戰艦，無論是火力還是船隻航行的速度都在他們之上，而且艦隊規模巨大，遠不是西班牙人和荷蘭人那些老舊的破船可以抵擋的，除非遇到颶風之類的天災，要不然這一戰的勝負根本不會任何懸念，他們已經開始爲荷蘭人和西班牙人默哀了。
經過漫長的準備，南方水師的將士們已經徹底熟悉了西班牙人的作戰方式，並且從錦衣衛和東印度公司那裡得到了荷蘭人和西班牙人聯軍的最新動向，於是乎，在水師提督的率領下，他們沿着昔日三寶太監下西洋的航線，朝着南洋駛去。
而在他們前面是大明使者的船隻，這些人將向荷蘭和西班牙的殖民者們送去開戰的詔書，至於藉口在容易不過了，從法理上來說他們所佔據的菲律賓、馬六甲等地可都是大明的藩屬國，宗主國應藩屬國的請求出併爲他們驅逐自己領土上的敵人，實在是再合理不過了；此外，當初萬曆年間西班牙人對大明子民犯下的罪過也決不可饒恕，他們必將用自己的性命來償還這一罪孽。
當大明使節的船隻到達馬尼拉，送來宣戰書時，荷蘭和西班牙的總督、將軍們都震驚了，經過這段時間的調查，他們對大明新組建的南方水師已經有了一個較爲清楚地認識，單從船隻的數量和規模上來看，他們的戰艦絕不會是大明水師的對手，於是這些使節幸運的保全了自己的性命，僅僅被驅逐了事，因爲他們也會考慮戰敗之後大明會如何對待自己。
“這些戰艦隻是紙面上看起來厲害罷了，海戰依靠的不僅是戰艦，最終決定勝負的還是船長、炮手和水兵們。”他們只得這樣安慰自己，“大明的海軍此前並沒有和強大的敵人交過手，倭國的那些內海航船根本不堪一擊，擊敗這樣的對手沒什麼可炫耀的，而我們西班牙人卻擁有無數經驗豐富的船長、水兵，我們會給他們一個深刻的教訓的。”
乍看起來事實似乎也的確如此，多年前在荷蘭人佔領澎湖的時候，俞諮皋聚集了大量的船隻，也僅僅是將荷蘭人趕走而已；鄭芝龍將荷蘭人從流求驅逐的那一戰也並沒有讓荷蘭人遭受到多麼嚴重的損失，同樣是依靠優勢的兵力逼迫他們離開而已；至於後來大明水師北上遼東和攻佔倭國的這兩戰，並沒有被西班牙人和荷蘭人看在眼裡；所以儘管己方的戰艦規模、炮火數量和船隻數量都不如對手，但西班牙總督卻依舊抱有獲勝的希望。
“等殲滅了這支艦隊之後，我們就北上進攻明國的軍港，徹底摧毀那裡，讓他們短時間內再也無法對我們進行威脅。”他們這樣說道，並立刻召集海軍的將領們商討對策，最後商量出來的結果是在馬尼拉等候大明水師的到來，以逸待勞將其擊敗。
就這樣大明水師一路上並沒有受到多少騷擾，順利的抵達了馬尼拉附近，兩軍在馬尼拉外海擺開陣勢，展開了激烈的炮戰，英國人和法國人也不肯錯過這個機會，他們也帶着自己的戰艦來到這裡，遠遠的觀察着局勢的變化，爲的就是第一時間獲得戰爭的結果，好爲他們下一步的計劃做好準備。
讓西班牙人、荷蘭人、英國人以及法國人大驚失色的是，大明水師的戰鬥力完全出乎了他們的預料，戰爭剛開始的時候，他們還依靠自己豐富的經驗佔據上風，可是隨着戰爭的進行，大明水師的士兵們漸漸適應了戰場上的變化，他們發揮出了自己戰船速度和炮火上的優勢，逐漸開始壓制對手。
一艘艘的西班牙和荷蘭戰艦開始中彈起火，漸漸沉入海底，海面上隨處可見戰艦破碎的甲板和抱着甲板求生的水兵們；而大明水師戰艦的損失則少得可憐，他們逐漸佔據了戰場上的主動，將西班牙人和荷蘭人的艦隊包圍起來，似乎要將它們全部擊沉海底。
當麾下戰艦損失超過三分之一的時候，西班牙的統帥終於明白他們已經沒了獲勝的希望。