第二天上午，內閣緊急會議就在故宮裡召開了，10位內閣成員都出席了會議，除了內閣總理兼交通部長唐紹儀、外交總長陸徵祥、陸軍總長段祺瑞、海軍總長劉冠雄、財政總長熊希齡之外，農林總長宋教仁、教育總長蔡元培、司法總長王寵惠、工商總長陳其美、內務總長趙秉鈞也都在座。
會上，先由陸徵祥大概介紹了一下此次出訪臺灣的目的、過程和結果，最後才把劉芾提出的兩岸共建海南島石碌鐵礦，並資助民國在廣東地區就近建設一座中型鍊鋼廠和2000萬銀元的長期無息貸款的問題拿了出來。
在座的10爲內閣成員中，大部分人都對臺灣有着或多或少的瞭解，不過當聽聞陸徵祥在臺灣的所見所聞以後，都有些失神，他們沒想到在二十年的時間裡，臺灣從經濟、軍事上都遠超了亞洲的強國日本，而且不僅僅是超越，還死死的把日本踩在腳下，根本就不讓日本有報仇的機會。而反過頭來看看自己，在國人眼中，日本還是一個強國，強的讓人不敢去觸碰，在明白這個事實之前，內閣中也有幾位從日本留學歸國的人士，在他們眼中，日本還是那麼強大，誰知道現在讓陸徵祥的一次訪問，就揭穿了日本人的假面具。而且陸徵祥還補充了說明了一件事，就是當他代爲轉告日本大使向臺灣提出和談的意願時，臺灣總統劉芾很隨意的回答道：你可以轉告日本大使，只要日本人不主動投降，那麼臺灣和日本永遠處於宣戰狀態，而且不僅僅是投降，我的意思是以後就不要有日本這個國家了，合併到臺灣吧。至於他們國內是不是餓死人，這是他們政府的事情。
聽完陸徵祥轉述的劉芾的原話，在座的10位內閣成員臉上的表情各不相同，在民國初期，日本對國內的很多革命黨人都有過很大的幫助，不過從國家的角度看，一個國家幫助另一個國家的反政府革命，不管你說出多美的理由來，明白都知道其中的內涵。
“最後，這位劉大總統還悄悄和我開玩笑說，如果日本人都餓死了，民國政府是否考慮派人去日本列島上接收這塊土地，我將把日本島作爲禮物，送個民國政府。”陸徵祥想起劉芾當時的嘴臉，又好笑又擔憂的說道。
“可笑。。。”司法總長王寵惠說了句。
“荒謬。。。”農林總長宋教仁也說了句。
“狂妄。。。”工商總長陳其美跟着說了句。
陸徵祥看了看說話的這幾位，無一不是在日本長期留學居住過的，而且回國以後，也和日本人聯繫緊密，不由得想起了劉芾在臺灣和他說的，不管革命黨內部如何爭鬥，臺灣都將置之不理，但是如果那個人或者那個黨派敢借助外國人的勢力到國內傾軋自己的同胞，那對不起，臺灣將會使用各種手段打壓這個黨派和支持這個黨派的外國勢力。
不過看着內閣的成員們，陸徵祥沒有把劉芾的這段話給轉達出來，因爲他怕內閣中某些成員會惱羞成怒，進而否決掉合作開發海南島的事情。
在內閣的這次會議中，段祺瑞、劉冠雄這兩位民國將領，都出奇的沉默，不知道是因爲海南島問題可以和平解決，用不上他們這些個將軍了，還是因爲陸徵祥帶回來的消息太爲驚人，按照陸徵祥的說法，臺灣陸軍的裝備和訓練一點不比德國陸軍差，而且機槍和大炮比德國陸軍多好幾倍，就這樣，臺灣陸軍和臺灣海軍一比，就像個叫花子，在陸徵祥參觀完臺灣海軍造船廠正在建造的幾萬噸級的大型軍艦和登上臺灣自己建造的萬噸重巡之後，陸徵祥就徹底放棄了武力奪回海南島的想法，並且在內閣會議中，着重把臺灣的軍事實力擺在了桌面上。
經過了連續3天的內閣會議，海南島這個問題終於得到了最終的解決，內閣中的10人裡，有6人表示支持這個合作，有3人表示反對，而財政總長熊希齡則像往常一樣，棄權。
內閣通過了以後，這份秘密協議將會呈遞給袁世凱最後批准並加蓋總統的公章。雖然內閣經過3天的內部鬥爭，才獲得部分通過，但是這份協議到了袁大總統桌上，只用了3個小時，就蓋章定論了，現在的袁世凱不僅要爲手下幾萬北洋軍隊負責，還得爲全國人民負責，這個手中的錢花的像流水一樣，只靠着他控制的6、7個省份的稅款，遠遠不能滿足各方的要求，而這份合作建廠、開礦、貸款協議，不管從哪個方面說，都是好事，袁世凱希望這樣的協議越多越好，一天如果能在這種協議上蓋十幾個章，那麼老袁睡覺都會樂醒。
通過了內閣和總統，按照這份協議上規定的，臺灣政府通過在華的美國銀行，頭一批就貸給民國中央政府1000萬銀元的貸款，然後，雙方派出人員，一起在海南島和雷州半島上進行勘探、規劃、建設，等到鍊鋼廠設備全部到齊，礦山也全部建設完畢以後，剩下的1000萬元貸款也將以此付清。另外，隨着頭一批貸款到來的，還有2個滿編師的武器裝備，這些武器裝備將由臺灣貨船直接運往天津港，並由北洋軍接收，至於這些武器分給誰，那就是段祺瑞的事情了。
不過到這個時候，海南島的問題還沒有圓滿處理完畢，因爲島上還一個劉永滇劉都督的，不過民國內閣和袁世凱都很大度，看在臺灣武器和銀元的面子上，正式任命劉永滇爲北洋陸軍暫編第九旅的旅長，而他的轄區，就是海南島。至於島上的臺灣第一山地師，則大部撤出，只留下了2個營，負責繼續訓練這個暫編第九旅，不過名義上是劉永滇出資購買的那兩艘驅逐艦和10艘魚雷艇，還將駐紮在海口港，名義上由劉永滇這位陸軍旅長指揮。
海南島的問題暫時算是解決了，劉芾這邊也輕鬆了不少，不用整天擔心那邊發生什麼武裝衝突了，雖然還不能完全放心，但是留個艦隊在海南島也就差不多了。
劉芾這邊剛輕鬆輕鬆，民國政府這裡就出事了，6月底，唐紹儀由於和袁世凱在人事任免上發生矛盾，辭去了內閣總理的職務，緊接着，沒幾天，宋教仁、蔡元培、王寵惠、陳其美也集體辭職，唐紹儀的內閣等於是解散了。
沒了內閣總理，袁世凱提名陸徵祥這位無黨派人士擔任新的內閣總理，於是，陸徵祥在7月份走馬上任，不過他這位無黨派人士處境更難，在第一次參議會議上，他補提的6位內閣成員就遭到全部否決，最後沒轍了，袁世凱派軍警進入參院給陸徵祥撐腰，才勉強通過了5個名額，分別是財政總長周學熙、司法總長許世英、教育總長範源濂、農林總長陳振先、交通總長朱啓鈴、工商總長劉揆一，剩下的外交、內務、陸軍、海軍總長都照舊不動。
勉強組完了內閣，陸徵祥還沒在總理位置上坐穩，就接連被參院彈劾，到了第三次，陸徵祥本人也覺得沒意思了，於是告病辭去內閣總理一職，回家養病了，而內閣總理一職由原來的內務總長趙秉鈞代理。