時內閣最終還是通過了“第十三條”，而這全部的十被衆人一致認可，成爲臨時內閣的施政準則。【無彈窗..】當然，在正式生效之前，還需要得到皇上的認可，而事實上，臨時內閣已經在李彥的強調下，開始運用這十三條，處理當前需要處理的事情。
“十三條”也確立了內閣集體決策、輔負責、次輔分工的運作方式，臨時成員就包括目前的五個人，一致推舉孫承宗爲內閣輔，其他四人爲次輔，並討論劃分各自的分管範圍：孫承宗統攬全局，並分管通政司、翰林院、詹事府、國子監，原內閣大學士朱延禧分管都察院、禮部、六科；原吏部尚書崔景榮分管吏部、工部；原兵部尚書趙彥分管戶部、大理寺，李彥則領兵部和刑部。
所謂六部九卿，最重要的就是禮、兵、工、吏、戶、刑六部，以及通政司、都察院、大理寺，李彥領了兵、刑兩部，其它卿寺概不插手，在五人中權柄並不重。當然，兵、刑兩部又相對比較敏感，掌握着國家暴力機構，不過重大決策都需要內閣集體通過，李彥也不能借此胡作非爲，李彥也由他的優勢，那就是在遼東的輝煌戰績，擁有練兵經驗，並提出他的施政方針，在未來五年之內，對大明軍隊進行整編，使其更具有戰鬥力。
至於刑部，李彥坦白告訴孫承宗等人，之所以想分領刑部，是因爲他想限制刑部的權力，按照李彥的想法，刑部權力過大，既能勘問案情，又能審理定罪，刑部、大理寺、都察院權限又存在重複，他認爲刑部只能勘問案情，斷案之權屬於大理寺，刑部無斷案權。
事實上，歷代封建王朝設置大理寺，目的就是與刑部形成審理與複覈監督的關係，都察院主要起到監督的作用，李彥提出勘問與審理分開，刑部只管勘問，大理寺負責審理，都察院進行復核，看上去確實比較合理，又是削刑部權，而重大理寺和都察院，他所表現出來的大公無私，也讓其他人感到認可。
最終，臨時內閣還是通過了三法司權力地調整和分配，刑部管勘問，大理寺負責審理，都察院提請審理並複覈，也即是刑部勘問以後，將案件轉給都察院，都察院根據案情提請大理寺進行審理，並對大理寺的審理結果進行復核，如果認爲並不合理，可以繼續抗訴。
這個程序，在孫承宗等人看來，似乎比較麻煩，李彥卻堅持這樣設置，他認爲依法斷罪，事關重大，輕率不得，這個原則必須要定下來。
這樣做對李彥來說，並沒有好處，孫承宗等人已經認可他是一心爲公，最終還是表決通過，但又對具體的分工進行了調整，以崔景榮領刑部，李彥領工部，畢竟刑部即便在削弱之後，也掌握勘問拿人的權力，而李彥在遼東展工礦和農業的成績也很矚目。
李彥對此也沒有在意，衆人達成共識，就形成文字，送進內宮給皇上審閱，當然在表述上，會比較藝術，並非是諸人表決，而是舉薦、推舉，朱由校雖然出面接見他們，知道京城局勢穩定，也只是略微點了點頭，似乎不太感興趣。
經過張皇后的開導，朱由校的情緒似乎已經漸漸穩定，看他滿頭大汗的樣子，似乎剛纔正在幹活，估計是藉此排解心中的悲傷。
雖然並非刻意。如今地皇宮都在李彥地控制當中。皇宮內地任何動靜。朱由校地一舉一動。李彥都能瞭如指掌。邵榮剛纔已經簡單告訴他情況。朱由校確實是在幹活。而且是木工。
李彥與孫承宗等人不同。他並不反對朱由校做這些事情。作爲一個後來。他更覺得世襲制地國家元並不需要。也不應該過問具體地政務。就遴選行政腦來說。家族世襲制顯然不如在更廣泛範圍選擇更好。
而此刻他也只能同孫承宗等人一起。請求皇上親政。朱由校對此明顯不感興趣。勉強應下地同時。以身體不適爲由。讓內閣按照十三條所說。處理朝政。有事再行稟奏。
朱由校地態度。孫承宗等人明顯不能認同。李彥卻是送了一口氣。這十三條雖然沒有說限制皇權。但真正執行起來。卻是這樣地效果。事實上。李彥對新政地期待。也是從限制皇權開始。朱由校眼下對權力不感興趣。正好讓他有施展地空間。
在朱由校批覆以後。十三條終於就此生效。臨時內閣也以極快地度出這道聖旨。
通政司和邸報下達給各衙署和地方。
當然，十三條的規定在李彥看來非常重要，但是在很多人看來，也不過如此，除了廢除司禮監、票決制之類有些新意，其他一些原則，都能在大明律中找到依據。當然也有人能從中看到不同，受到這個時代的侷限性，這樣的人還是比較少。
在外面地人看來，最大的變化還是內閣和六部九卿地調整，內閣輔孫承宗，次輔朱延禧，兼領禮部尚書；崔景榮、趙彥、李彥都晉身內閣大學士，崔景榮兼領吏部尚書；趙彥兼領大理寺卿；李彥領兵部尚書。
六部尚爲大學士，在明朝也有先例，除此以外，爲閹黨陷害的楊漣爲左都御史、左光斗爲右都御使，二人領旨審查閹黨一案。
與過去不同，內閣文要求都察院查案，必須要根據律法和證據確定相應罪名，由刑部協助勘問證據，然後交給大理寺審問定罪，而不是像過去那樣，拿到朝堂上疏彈劾。
那些閹黨官員已經被先行拿下，如何定罪可謂全國矚目，明眼人從這件事當中都可以現一些明顯地變化，特別是得到李彥支持的華夏社正式復刊，回到京城以後，每天都會就京城形勢進行報道，並配社論。
應該說華夏社擁有一批素質比較高，思想比較開明地讀書人，在這次政變中，也有大量華夏系的官員被起復重要，所以他們對朝中的變化，大致持比較積極的態度，特別是“十三條”，以及這一次對閹黨的審理，評價都比較正面。
李彥也以匿名的方式給華夏社投稿，他在文章中特別強調了“依法治國”和“程序正義”這兩點，指出魏閹之所以能夠亂國，關鍵就是大明律無法約束魏閹的行爲，而魏閹通過並不合乎程度的中旨，擾亂朝政，因而只有“依法治國”，並且嚴格程序要求，才能杜絕“魏閹亂國”這樣的事情再度生。
這篇文章的觀點並不算激進，卻也在石柱國的配合之下，由此成功地帶動了關於“依法治國”和“程序正義”的討論，引起天下讀書人對於正在審理中的閹黨案的關注。
對楊漣和左光斗來說，如今身爲都察院左右都御使，可謂大權在握，由他們來審查閹黨一案，可謂深入人心，楊漣甚至傷還沒有好，趴在牀上就寫了幾份奏疏，羅列魏忠賢三罪狀，送出去以後，很快讓臨時內閣打了回來。
內閣擬定的批覆是：閹黨有何罪責，蓋有都察院審查，然後報大理寺審問定罪，大理寺審問定罪以後，若都察院沒有異議，即可定罪執行，並報皇上批覆。斷案爲大理寺之責權，都察院有複覈權，重刑犯需報皇上、內閣批覆，皇上、內閣認爲不可的，可還大理寺重審，如果大理寺、都察院和皇上、內閣之間有分歧，需召集三法司、內閣共同會審，票決結果，併爲最終判決。
對於這個批覆，楊漣和左光斗都有些不滿，也很惑，通常來說，都察院擁有風聞言事之權，這個批覆無是讓都察院的職權性質生變化，一方面限制了言官的權力，不能因爲風聞，就定人罪行；同時又相應增加了言官的權力，說過去都察院只能就刑部、大理寺審理的案件結果提出問，如今所有的案子都需要都察院參與，都察院成爲刑部與大理寺之間的一個重要環節。
一開始，楊漣和左光斗並不理解這樣做的原因，甚至還有些牴觸，認爲這是侵犯了言官“風聞言事”的權力，然而當他們看到《華夏時報》上面李彥的文章，以及華夏社的評論的時候，才意識到在這個事情中，都察院的角色確實與過去不一樣了。
就審查閹黨這件事來說，都察院獲得很重要的權力，最終還是在刑部的配合之下，整理閹黨成員的罪行材料，根據這些材料，擬定閹黨的罪行，然後交給大理寺進行審理。
大部分言官並沒有覺得不妥，因爲證據蒐集主要還是刑部的事情，而從材料中去整理罪行，則是他們更爲擅長的事情。
但是在審理閹黨的過程中，言官在其他方面的一些奏疏，也給類似的批覆給打了回來，言官們這時候才逐漸現，不僅僅是審查閹黨這件事，好像他們的工作性質，也已經生變化。