眼見前方沒有戰報傳來，皇帝對張經漸漸懷疑起來，他便派嚴嵩的門人趙文華前去浙江督戰，趙文華一來到浙江便跟張經發生衝突，他催促張經出戰，張經不從。趙文華便上書劾張經“耗費軍餉，聽任倭寇害民，畏懼倭寇不敢出擊”，本就對張經懷疑的皇帝接到奏書後便下令逮捕張經進京訊問。就在這個時候，湖廣的苗兵到了，張經讓盧鏜、俞大猷以及湖廣永順、保靖兩地的宣慰使派兵合圍，一戰下來斬首二千級，溺死者更多，海盜在松江的大本營被摧毀，他們乘船逃到了海外。
張經的勝利並沒有打消嘉靖對他的猜忌，反而使得皇帝認爲他是在趙文華去了之後才主動出擊，皇帝對他越發厭惡。張經被逮捕進京，判死。
張經跟歷史上很多悲劇英雄一樣就在於過於考慮自己的思想，不能夠將帝王的信任和自己的想法有機的結合起來，一味按照自己的思路來，只能是空留餘恨。比較之，那些比較靈活的人則更能夠獲得成功。
張經的死總體來說對於御倭大局並無太大影響，因爲他頭腦過於機械，如果在這個位置上一味幹下去，對於御倭大業倒不見的是什麼好的事情，但張經的死卻給兩廣的土司兵和湖廣苗兵帶來消極影響，很快這些士兵再無興趣與倭寇作戰，不久便返回了駐地。
張經死後，趙文華接替了他的位置，趙文華的經歷就表明他對於備倭此等事情並不在行，他跟浙江巡按胡宗憲走的較近，胡宗憲根據海盜飄忽不定的特點提出主撫的方略，這一方略深得趙文華的認同，他在嚴嵩面前保舉胡宗憲爲浙直總督。
胡宗憲將汪直的老母、妻子、兒子從監獄裡放出來接到了杭州，然後私下裡派人去海上跟汪直接觸，胡宗憲跟汪直都是安徽績溪人，胡想利用這層關係在御倭問題上有所作爲。使者帶了一些金銀，轉達了胡宗憲的意思，讓汪直捕賊自救，並答應封官晉爵。汪直要求開放海禁，胡宗憲的使者也應承下來，答應就此事回去通融。
汪直的毛病就在於過於幼稚，胡宗憲本身就是個靠別人吃飯的人，他的話能有多大份量，即使胡想赦免他，皇帝能赦免他嗎？即使皇帝想赦免他，那些御史、言官能赦免他嗎？
此時汪直的日子也不好過，朝廷正處於御倭階段，走私貿易也停了下來，幾場戰鬥下來，自己也傷亡慘重，部下多有怨恨。人生達到了這個階段，汪直對財富已經沒興趣了，他希望自己也能夠封妻廕子，在家鄉父老面前榮光一把。
胡宗憲得到了汪直的口信，便將此議上奏朝廷，廷議認爲如果汪直能剿除倭患可以考慮對他的安排。
這個時候另外兩個海盜頭子徐海、陳東包圍了桐鄉，將浙江巡撫圍困在裡面。胡宗憲讓人帶着自己跟汪直之間的來往書信去見徐海，徐海看到汪直的書信後思想有些動搖。這時候派去的使者又開始挑撥說，陳東跟汪直已經聯合好了，打算對付你，這樣，徐海對陳東開始戒備起來。陳東見徐海的營中來了朝廷使者對陳東也猜忌起來。
徐海要求官府給予財物，胡宗憲都儘量滿足，當官府將白銀、綢緞、米麪送到徐海軍中後，徐海便撤了桐鄉之圍，眼見徐海撤兵，陳東便也撤了兵。
儘管徐海開始幫助朝廷捕滅海盜，但由於徐海、陳東在浙江的劫掠，朝廷對徐海、陳東已經由主撫轉向主剿，當趙文華帶着朝廷的新旨意再次來到浙江的時候，胡宗憲心裡便有了底。
胡宗憲先讓徐海將陳東綁來，然後乘夜派大軍攻破了徐海軍隊駐紮在海邊的基地，戰鬥連續進行了七天，最後徐海溺水而死，他的部下基本上都被殲滅，如此海盜頭目只剩汪直一人。
作爲主和派的嚴嵩、趙文華、胡宗憲此刻都希望能夠跟汪直和談，允許他們開始一些適當的貿易，然後讓他們去鎮壓其他的海盜，達到以寇治寇的目的，因爲這些人對海寇的藏匿地比官府有更深的瞭解。但發生在嘉靖三十六年（1557年）的趙文華被罷黜事件使得東南形勢更加複雜化了，趙文華本身是工部侍郎兼以御史領浙江事，他作爲工部侍郎負責皇宮被焚燬的幾處大殿修復工作，但這幾處工期都得到了延誤，本就對趙文華綏靖政策不滿的嘉靖將他削職爲民，不久趙文華死去。皇帝對於趙文華的免職實際上就是釋放一個強烈的信號，那就是對海盜不能姑息遷就，處於殿堂之高的皇帝考慮問題自然沒有那麼客觀、理性，他只想看到結果，對原因與過程不感興趣，這也是作爲臣子的爲難之處。
趙文華的死標誌着剛剛打開局面的御倭大業再次變得撲朔迷離起來，皇帝因爲趙文華的問題開始遷怒嚴嵩，嚴嵩再也不敢提主撫的策略，身在前方的胡宗憲竟也體會到時事的危艱。
此時的汪直完全不知道大明王朝政局的那種微妙的變化，還是愣頭愣腦的將船隊開到舟山羣島外海，他派人去見胡宗憲，聲稱自己來投降。這倒令胡宗憲爲難了，接受汪直的投降對朝廷不好交待，自己也會人頭落地，抓了汪直吧，對御倭大業有影響，不接受汪直的投降也不可能，消息都已經傳出去了。最終胡宗憲還是在汪直來後將其抓捕投入獄中，胡宗憲給皇帝打了個報告，說此事由聖上來處置，接到奏書的嘉靖將皮球又踢了回去，說汪直應由胡宗憲來處置，胡宗憲只好將汪直關在獄中。
汪直的部下確定他們的首領被關押後，他們開始知道上當受騙了，於是他們繼續進攻浙江、福建沿海的村莊，嘉靖將胡宗憲的部下俞大猷、戚繼光免職，並命令戚繼光、俞大猷在一個月內撲滅海盜活動，如果不能完成這個任務，就會跟胡宗憲一樣逮捕進京問罪。
趙文華死後的御倭形勢並不樂觀，海盜們已經沒有一個成熟的首領，即使有一個成熟的首領也不可能再信任官府，朝廷跟海寇之間失去溝通的渠道，只好採取消滅的方式來應對。胡宗憲似乎對海盜仍然採取綏靖的政策，在一次戰鬥結束後，俞大猷主張追擊，但胡宗憲卻放這些海盜離去，爲了此事俞大猷被安上作戰不力的罪名被逮進獄中，不久，就有福建籍的御史控告胡宗憲有意將海盜往福建趕，爲的是推卸責任。
1559年，在汪直的殘餘力量被撲滅，汪直沒有利用價值的情況下，朝廷下令將汪直處死。汪直在獄中曾上書說願意帶兵剿滅倭寇，以求通關納稅，但並無作用，當他得知自己的死訊後，他嘆道：“吾何罪，吾死一人，恐苦兩浙百姓。”
行刑那天，汪直要求跟兒子見最後一面，汪直將束髮金簪拔下來交給兒子，父子相擁而泣，哭完汪直拭去眼淚，不發一言，引頸就戮。汪直死後，其老母、妻兒沒入成國公家。
1560年是帝國御倭的一個分界點。在此之前汪直的殘餘力量已經基本被撲滅，剩下的一些人逃到福建和廣東兩省的交界處，跟廣東的海盜會合在一起開始在閩粵沿海騷擾。而在南直隸和浙江的盜匪則已經不是以前的海盜，而是那些徵募來剿倭的軍隊，在浙江的倭患已經解除的情況下，朝廷勒令其解散，他們又成了新的倭患。
1560年的御倭行動是由一名叫戚繼光的人負責。戚繼光是山東登州人，出身世襲官宦家庭，其祖上原爲郭子興部下，後跟隨朱元璋，在明平定雲南戰役中，其祖上戰死，從此戚家世襲登州衛指揮僉事一職，一直到戚繼光世襲到今天。從元代起山東就是御倭的大本營，1556年朝廷將戚繼光調到浙江來負責御倭事宜，戚繼光負責寧波、紹興、台州等一線重地。戚繼光來到浙江後發現本地駐軍不能戰，客家軍軍紀又差，戚繼光決心招募一支新型軍隊，實現以浙人守浙土的原則。
戚繼光來到民風驃悍的義烏，他選了三千名礦工組成了他的這支新型軍隊，黃仁宇在他的著作《萬曆十五年》中寫道，戚繼光挑選士兵的原則是隻收農民，不收城市居民，凡臉色白皙、眼神輕靈、動作輕快的人一概拒之門外，這些人都來自城市的無業遊民，一旦交鋒，不僅自己會逃跑，還會唆使周圍的人一起逃跑，一旦受到審判的時候他們又會嫁禍於這些言辭笨拙的夥伴。按照戚繼光的這個標準招進來的都是純樸可靠的農民，戚家軍的這種純樸作風一直保留到戚繼光死後多年。在30多年後的御倭援朝戰爭中，以戚家軍爲班底的薊鎮兵並沒有像遼東軍那樣驕縱，他們不搶功，而且總是打頭陣。
戚繼光的軍紀嚴明，他實行連坐法，一人退一人被斬首，全隊退隊長被斬首，隊長殉職而全隊退全隊被斬首。
倭寇雖然沒有騎兵，但是他們的集體作戰能力強，日本人的那種在下級羣體中的嚴密管理模式在這場戰爭中得到了明顯表現，不論是作戰還是宿營，倭寇的小頭目都能夠對下級戰士進行嚴格的管理。在戰鬥中，他們的偵察、進攻、防守、撤退都有一套嚴密的組織程序，他們注重團體的聯絡性，這點無論是在戰爭還是宿營中都有體現。他們在劫掠村莊的時候，一般派遣二十人的小部隊進入，用當地人做嚮導，有斥候偵察，尖兵開路，分層次的展開兵力，他們在撤退的時候也有人接應，在與官軍作戰中他們也講究實攻與佯攻。
這些倭寇通常頭戴鬼頭面具，以海螺爲號角，通常能令攻擊他們的人感到膽寒，作戰的時候他們有兩把刀，雙手握着一把長刀，增加砍殺的力量，另一支短刀插在腰間，用於攻其不備，每個人的後面還背有標槍，當標槍投擲過來的時候往往不知道這些標槍從何處而來。
作戰的時候，他們的指揮將一把摺扇向上一揮，他們一排人將刀刃向上，刀背向下吶喊着衝來，這樣是爲了麻痹對手。在對手的目光被那柄摺扇吸引住的時候，那把摺扇會突然調頭向下一揮，然後這些進攻者會“嘩啦”一聲將刀鋒全部轉向向下劈來。
針對倭寇的這種作戰方式，戚繼光採取了“師夷技長以治夷”的方法，他創立了戰法與倭寇相似的鴛鴦陣，這種鴛鴦陣也是小集體作戰，強調集體的協調性，每人配一把長槍和一把腰刀，它的特點是攻守兼備。這種鴛鴦陣竟然成了倭寇的剋星，跟倭寇的戰法相比，它的優勢就在於強調進攻與防守相結合的協調性，它不強調個人意識，完全強調的是集體意識，在這點上竟然比倭寇做的還要好。
1560年以後這些因爲被遣散而成爲頭匪的軍隊很快被撲滅，因爲他們沒有海外的基地和支援。在1562年臺州大捷後，浙江的倭寇基本上被肅清，戚繼光帶着他的軍隊又來到福建。
1562年嚴嵩倒臺，胡宗憲受牽連也被捕入獄，但嘉靖依然支持胡宗憲所任用的這些將領，在戚繼光、福建總兵俞大猷、廣東總兵劉顯的齊心努力下，從1562年到1567年經過五年時間的浴血奮戰基本上肅清了帝國的倭患，此時，從1547年到1567年曆經二十年的備倭行動終於取得了勝利。
在整場御倭戰爭中高層一直存在着兩種路線的爭論，一是朱紈、王忬、張經的主剿派，二是嚴嵩、趙文華、胡宗憲的主撫派。可以說主剿派實際上是夏言對外政策的延續，這種政策不僅體現在東南沿海問題上，也體現在北部防禦問題上，而這兩種問題都是由經濟問題引起的，我們也可以認爲以嚴嵩爲首的主撫派都贊同對蒙古和倭寇開市貿易，但嚴嵩顯然不會在皇帝面前提這種事情。
我們不能否認的是在御倭問題上最終還是嚴嵩一黨解決了倭患問題，因爲正是他們的主撫政策誘捕了汪直，而汪直的被捕可以認爲是整場御倭戰爭的轉折點，此後雖然倭寇兇猛，但已是強弩之末。還有個問題我們要搞清楚地就是皇帝在這個問題上的態度，皇帝究竟是主剿還是主撫，通過整場戰爭來看，雖然前期兩種觀點鬥爭激烈，爲此還連死兩位大員，但皇帝的心思還是主剿，雖然他也同意對汪直進行招撫，但那只是一種誘捕，高高在上的皇帝不可能跟這些海盜討價還價，他看的更是結果，他也不會對底情有更深入的瞭解，高層跟底層的思維方式根本不一樣。
爲患二十年的倭患問題實際上暴露了我們這個帝國農耕經濟與商業經濟的那種尖銳衝突，我們的海禁自然有它的道理，一方面避免了外部文明的干擾，另一方面，如果一味開海會導致越來越多的人從事海外貿易，越來越多的土地開始種植經濟作物，這些都會帶來糧食的減產威脅到帝國的根本，恰巧在明末那個海外貿易活躍的年代就真實的發生了這種事情，它在一定程度上導致了帝國的滅亡；如果不開海禁，那麼帝國與外部世界的衝突將會加劇，在我們的技術條件還達不到的情況下，也只有在保持農業根本和維持與外界碰撞情況下求生存。