無論從何種角度來看，中國的元王朝都是一個另類，這是一個開放與封閉並存的王朝，一直按照它那無序的慣性往前運轉。官方的語言爲蒙古語，蒙古統治者信奉的是藏傳佛教，統治者採用的蒙古人、色目人、漢人共治的方式，漢文明只是作爲枝葉而存在，失去了它的主幹地位，統治者對中華文化中的浩瀚典籍提不起興趣，它更像一個拼湊起來的王朝，沒有主軸的在運轉。
元王朝的統治是寬鬆的，帝國的軍隊全部駐紮在黃河以北，拱衛着漠北草原和元大都，而黃河以南都是依靠地方民團維持秩序，縣治以下從來沒有深入，全部是依靠自治，律令也是極其寬鬆。盜賊通常是被判以罰贖金或打板子了事，對於反叛者也是採取招安的方式，所以在元王朝除了科舉外，“反叛”也似乎是進入仕途的一種途徑。
這還不是元王朝最糟糕的事情，最糟糕的是它的財政政策。元王朝的稅賦極其低廉，商業稅似乎更是從來沒有收過，但在元王朝御宇的近百年間，流民、災荒、水患卻是持續不斷，所以開支一直很緊蹙。終元一朝，最讓統治者頭痛的就是理財問題，稅收已經被文官把持住了，面對文官的不合作，帝國採取的是讓色目人負責理財的方式，忽必烈時代兩任理財大臣被暗殺和誣陷，在這種嚴峻的形勢下，第三任理財大臣桑哥開動了印鈔機，直接帶來大元寶鈔的貶值，失去了它與白銀掛鉤的準備，破產的財政和崩潰的經濟直接將帝國帶到懸崖邊沿。
宰相脫脫無疑是出色的，他重視農業、編修三史、興修水利，乾的都是實事，但至正十一年（1351年）將所有的一切都推到了風暴的頂點。在這一年，黃河又氾濫了，數十萬流民無家可歸，不安的騷動正在這個古老的中原大地蔓延。一條黃河千古氾濫，歷代中原王朝所處理的莫不是同樣的事情，那就是消除水患、穩定農業生產和在災荒來臨的時候抵禦部落民族的攻擊。面對這滔滔而來的黃患，年輕的元惠宗下定決心整治，平黃任務自然落在脫脫肩頭上，所有的資源都供其調配，這次水患是史無前列的，治理規模也是史無前列的。184萬錠中統鈔錠砸了下去，15萬的民夫被徵調，2萬軍隊駐守，所有這一切無不昭顯工程的浩大，具體辦法就是開鑿河道將氾濫的黃河水引進它以前的河道，然後再將以前河道的缺口堵塞。最後一處缺口實在無法堵塞，治河總監賈魯靈機一動，將27艘裝滿石頭的大船停在缺口上，任憑滔滔河水從船下流過，賈魯一聲令下，河工鑿沉了這27艘船，接着成袋的石塊和沙土被拋入，就這樣堵住了最後一處缺口。
治河工程還沒有結束，整個帝國已是風起雲涌。
可以說從靖康二年開始一直到至正十一年這二百多年的時間內，北方漢民的起事從來沒有間斷，而元明清三朝的反叛者選擇的都是一個載體——白蓮教，這是一個時尚的詞，它代表着恐怖、不臣、決絕與隱秘。白蓮教起源於南宋，爲佛教的一個分支，初期信仰阿彌陀佛，後來信仰彌勒佛，那麼這兩種佛有什麼區別呢？阿彌陀佛代表出世，而彌勒佛是未來佛，代表着入世，故而白蓮教信仰彌勒佛具備了反叛性質。元廷對於這種不安分團體採取的是收編方式，正是這種綏靖政策帶來白蓮教的迅猛發展，也正是這種綏靖政策帶來了白蓮教的分裂，擁有田產的上層教徒開始跟統治者合作，繼承着原教旨，下層貧困教徒開始跟民衆結合，走向反叛道路。
白蓮教這種團體天生就具備反叛性質，它就是爲了造反而誕生，有的教徒懷有天下之志，但更多的教徒只是將造反當作職業。早在數年前，白蓮教就在黃河流域散佈：“莫道石人一隻眼，挑動黃河天下反”。白蓮教爲什麼要在這裡散佈這種言論？因爲黃河不停氾濫，這裡百姓窮苦異常，缺衣少食，在一個不斷髮生災難的地方鼓動人們最恰當不過。至正十一年的水患讓白蓮教的首腦們覺得機會來了，他們事先在河道即將挖到的黃陵崗埋下一個石人，果然石人挖出來後，天下震動，這些窮苦的百姓終於知道黃河爲什麼要氾濫了，他們也知道接下來會發生什麼事情。既然知道了天意，那麼接下來就要順應天意。
兩位精英人物站上了歷史舞臺，他們是農民韓山童和富商劉福通。
韓山童出身於河北的白蓮教世家，祖祖輩輩爲白蓮教教主，他無疑是一位狂熱的白蓮教信徒，有着極好的口才和極強的煽動性，他能夠在農民和教書先生兩種身份間完成華麗的轉身。身爲士紳家庭的劉福通居然也對白蓮教這麼虔誠，這真是一件令人費解的事情，韓山童跟劉福通大約很久前就已經認識，兩人在一些關鍵問題上有着一致認識，帝國1351年的到來，使得兩人成爲點燃這場風暴的發動機。黃河上數十萬無家可歸的流民，十五萬怨聲載道的河工成了上天賜給兩人最好的禮物，他們需要的就是這個時機，這個時機終於來了。
韓山童自稱是宋徽宗八世孫，應爲中國之主，劉福通自稱是南宋大將劉光世的後代，應當輔佐之，打起復宋的旗號比單純的造反更有號召力，因爲曾經的正統並沒有隨着時間流逝而消弭。這麼一來，天意有了，正統也有了，剩下來的事情就是順理成章。韓山童和劉福通聚集三千名白蓮教教徒正在安徽阜陽殺豬祭天，當地縣令帶領人馬突然殺到，三千名教徒一鬨而散，韓山童被捕犧牲，真是“出師未捷身先死，長使英雄淚滿襟。”一個白蓮教首腦人物，一個被民間信奉爲正統的人物，一個具有極強凝聚力的人物，一個在死後數十年仍被各路造反大軍供奉起來的人物，竟然就這樣溘然而逝。但他的後代仍在，所以他的凝聚力並沒有消失。
很快逃出生天的劉福通返回阜陽，面對韓山童的死他並沒有悲觀喪氣，很快召集了失散的教徒，一舉攻克阜陽，元末聲勢浩大的農民起義正式爆發。接着，紅巾軍擊潰前來圍剿的各路官軍，並連下毫縣、項城、羅山、正陽、確山、舞陽、葉縣、潢川、息縣，並打開大元位於固始的大糧倉賑濟災民，此時的紅巾軍已經發展到十萬人。
參加暴動的人以教衆、盜匪、破產的農民、手工業者和僧侶爲主，以中國儒生爲代表的上層精英集團並沒有參與到這場暴動中來，反而對這場暴動嗤之以鼻，他們反而不如一般的勞苦大衆具備民族的概念，他們具備的只是虛僞而停滯的教條主義，而且在明王朝建立後，他們對於這個由自己民族的人建立的朝代卻不適應，反而懷念那個已經退居到漠北的帝國，由此可以看出，儒生集團所關心只是體系的利益，他們更喜歡的是一個能給他們提供舞臺的和藹王朝。所以，改變歷史進程的從來都是勞苦大衆，而不是上層精英分子。
在劉福通紅巾軍起義的影響下，淮河南北各路人馬紛紛涌動，徐州的李二、蘄春的徐壽輝、巢湖的彭瑩玉、鄧縣的王權、襄陽的孟海馬、濠州的郭子興、浙東已經多次起事的方國珍、還有同爲浙東的張士誠，這些相繼起事的各路人馬相約頭扎紅巾，身穿紅襖，其中方國珍、張士誠不屬於白蓮教體系，北方紅巾軍受劉福通的領導，南方的紅巾軍則受徐壽輝的領導，北方紅巾軍較爲注重起義的正統性，所以一直以恢復故宋江山和宣揚彌勒誕生、明王轉世爲主。
面對突然發生的農民暴動，整個元帝國束手無策，因爲此時的大元統治者不知道這些紅巾軍要幹什麼？是要奪江山呢？還是要解決臨時性的溫飽問題。從忽必烈開始，元帝國對於一系列事情就開始反應遲鈍，如今的蒙古皇帝更是深居宮中，朝政被蒙古權臣所掌控。退化的軍隊戰鬥力、鬆散的政治架構、遲鈍的軍事體系導致叛亂越來越大，心煩意亂的元惠宗只好又把事情推給脫脫，治黃工程早已耗盡了帝國的資源，面對已經崩潰的中央財政，脫脫只好對叛軍採取安撫的辦法，所能提供的也就是職位，歷史走到這裡，反叛者對於職位已經缺乏興趣。
在這種局面下，歷史的輪迴又將開始，那就是依靠地方民團鎮壓紅巾軍起義。河南沈丘的畏兀兒人察罕帖木兒和河南信陽羅山縣漢人李思齊登上了歷史舞臺，幾場戰鬥下來，劉福通的軍隊跟地主武裝陷入僵持。而此時元軍的進攻重點轉向了南方，重點進攻徐壽輝、方國珍、張士誠三部，徐壽輝兵敗退入沔陽湖後被部將陳友涼所殺，接下來，元軍連屠杭州和徐州。此時，元廷似乎找到了感覺，他們看到了起義軍會被絞殺的希望，接着，惠宗命脫脫率軍二十萬進攻高郵，一場關乎大元帝國命運的戰鬥就此拉開序幕。
至正十四年（1354年），南方的張士誠打下高郵，自立爲王，高郵被攻陷後，大元帝國南北交通阻塞，所以元廷開始着意收復高郵。脫脫的二十萬大軍從九月起圍攻高郵四十天不克，就在張士誠即將崩潰之際，元惠宗的詔書來到軍中，要求削去脫脫爵位，並令脫脫交出兵權，消息傳出，從各地徵調來的二十萬元軍一鬨而散，還有的投入張士誠的叛軍。整場高郵大戰改變了義軍的命運，也徹底葬送了大元帝國，從此，南方數十萬義軍開始轉向進攻，徹底吹響了埋葬元朝的號角。
那麼脫脫爲什麼會被臨陣撤換？主要原因是脫脫跟奇後的關係起了微妙的變化。在脫脫之前，大元的朝政主要由脫脫叔叔伯顏把持，在脫脫的幫助下，惠宗和皇后——高麗女子奇氏——廢掉了伯顏，脫脫掌權後全靠奇氏的支持，才度過了很多險關。
但這奇氏只是第二皇后，此時還有第一皇后，第一皇后無子，奇氏有一子，奇氏一直希望惠宗立她的孩子爲太子，對於她來說這纔是最重要的事情。但脫脫對此卻不置可否，他認爲第一皇后現在無子，不代表日後無子，一旦日後第一皇后產下一子，那麼這位嫡長子又該如何放？雖然脫脫奉行儒家體制，但按照儒家體制，奇氏之子立爲皇太子也未嘗不可。脫脫的僵化思維給他帶了災禍，皇后奇氏在這個關鍵問題上沒有換得脫脫的支持，她怒了。
奇氏、皇太子還有其他大臣一起向元惠宗進言，很快脫脫被以“勞師費財，坐視盜寇”的名義撤去所有職務發配雲南，後被賜死。歷史總是這麼相似，266年後熊廷弼一樣是以這個名義被罷免，所以一個“不動如山”的君主是何等重要。脫脫死後，帝國的軍事指揮權交給了軍事天才察罕帖木兒。
脫脫一死，劉福通將韓山童之子韓林兒迎至安徽毫州，立其爲帝，稱小明王，立其母爲皇太后，國號大宋，年號龍鳳，仿元制設中書省、樞密院、御史臺，分管行政、軍事和監察，並在中書省下設置六部，地方設行省。
這種安排表明瞭劉福通並不具備領導全局的能力，淮河南北的大小山頭不說，就是在北方的紅巾軍內部，杜遵道的威望似乎也超越了劉福通，還有方國珍、張士誠這兩位不屬於白蓮教派系的領軍人物，所以劉福通需要韓林兒來對天下諸侯發號施令，正所謂“挾天子以令諸侯”。
大宋江山似乎已經恢復了，如果韓林兒真是徽宗的九世孫的話，那的確恢復了，下一步就是收復故都開封了，事實上也的確如此。
此時劉福通的紅巾軍已經打開了局面，政權、官吏、編制、賦稅都在有條不紊的進行，並且在其他紅巾軍佔領區設置地方行省，一個屬於劉福通和他領導的紅巾軍時代即將來臨。