隆萬時期一些重大的事項都在同時推進，除了南北開關外，帝國的軍事組織也發生了重大變化，這種變化是戚繼光將他在南方練兵的經驗帶到了北方，最終提升了北方軍隊的戰鬥力和鞏固了北部防務，這對於帝國來說意義是重大的，它支撐了萬曆朝的幾場戰爭，並使日後帝國的軍事體系不至於那麼崩壞。
海瑞是文官中的特殊，戚繼光是武官中的特殊，海瑞的成功在於他無黨，戚繼光的成功在於有人賞識，譚綸就是戚繼光的賞識者。譚綸是一位很有特點的官僚，他是文官出身，但是卻喜歡軍事，當海盜侵入南直隸和浙江的時候，他曾親自組織隊伍前去作戰，一度親自在戰場上與倭寇搏殺，此後一直到福建巡撫位置上的他始終跟御倭聯繫在一起。他的身上不具備一般文官的酸腐之氣，卻有着武將的豪爽。整場御倭戰爭，譚綸跟俞大猷、戚繼光都是同等性質的人物，但由於他的文官身份，歷史對此並無過多註解。
當譚綸巡撫福建的時候，他將戚繼光從浙江召來任福建總兵，兩人一起收復了興化、仙遊，結束了這場曠日持久的御倭戰爭。之後譚倫又相繼總督陝西、四川、兩廣等地，隆慶元年，譚綸成爲薊遼總督，開始負責薊州至山海關一線的防務，來到這樣一個軍事重地已經不是南方可以比擬，尤其是隆慶和議之後，宣大、陝西之地再也無戰事，這個時候薊鎮的位置卻又突兀出來，因爲這裡偶爾還會發生不受約束的朵顏部和圖們汗騷擾事件，這個時候，譚綸將戚繼光調到薊鎮來擔任總理薊遼、保定、昌平軍務官。
譚倫給戚繼光安排了這樣一個職位，這屬於之前沒有的慣例，之所以要這樣做，是想讓戚繼光管轄範圍寬一些，能夠多做些事情。戚繼光來到後，當地將領們多不聽他的指揮，不久，薊州總兵被調走，戚繼光還是獨掌本地防務。這後面的一切都是張居正在操作。
譚綸和戚繼光無疑是幸運的，他們在薊鎮這個地方可以爲所欲爲，可以充分將他們的想法付諸實施，因爲他們背後有張居正在打點一切，而張居正背後就是皇上，這使得譚綸和戚繼光不用操心政治，只負責軍事，在這方面，兩人無疑是幸運的，而嘉靖朝的那些文臣武將們則沒有那麼好的運氣。
張居正用譚綸、戚繼光正是想對帝國的軍事組織進行改組，具體實施的方略就是參照戚繼光南方練兵的經驗，建立攻防一體的作戰體系，但這跟南方不同，北方的士兵對他這個從南方來的人並不買賬，況且薊鎮這個地方的士兵向來跋扈不服管束，戚繼光慢慢的感覺到若想調教好這些士兵是不可能的，他的心中產生了一個大膽的設想，那就是將浙江的原班人馬帶到薊鎮來。
這種想法是非常危險的，本來戚繼光在南方靠帶私兵作戰就受到非議，現在竟然要將這些私兵帶到薊鎮來，往大的方面說此舉等同於謀逆，但時代不同了，隆慶皇帝和張居正充分信任戚繼光，加上那位令所有人懼怕的高拱，他們都是改革派，他們都是爲了帝國着想。
戚繼光的想法很快得到批准，他將這些北方的將士完全拋棄，另起爐竈。開始調過來的是三千浙兵，不久增加到兩萬人，他以這些浙兵爲統率，再輔以北兵，這樣戚繼光的練兵方略纔可以順利推進下去。
戚繼光本來的想法是練成強大的戰兵，以騎兵爲主，以徹底打垮蒙古人的戰鬥力爲目標，但這個時候已經不是永樂時代，戚繼光對付倭寇的那一套用來對付蒙古人並無效果，況且朝廷和蒙古已經達成和議，再進行戰爭已經不合時宜，所以最終決定的練兵方略是以防禦爲主。
戚繼光依靠的主力還是他從南方帶來的那個混成旅，一個以步兵爲主力的混成旅，這個混成旅包括戰車、步兵和騎兵，作戰的時候先將戰車排一行，戰士先用戰車上的佛朗機炮開火，然後再將鳥銃放光，接着步兵出擊，這些步兵包括藤牌手和長槍手，步兵攻擊完畢後，騎兵再出擊。戚繼光一共建立了七個這樣的混成旅，每旅馬步兵加一起有七千人，重輕戰車有三百餘輛，戚繼光將這七個混成旅放在京畿周圍拱衛。
戚繼光的練兵方略究竟有無效果我們不得而知，因爲不久朝廷便跟蒙古實現了和議，我個人認爲戚的這一方略對付蒙古騎兵效果並不大，因爲他們不是南方的步兵倭寇。
在戚繼光鎮守北部邊防的15年，雖然有張居正的支持，但是他面臨的壓力也很大。北兵看不起南兵，北兵經常將南兵的功勞居爲己有，那些世襲的軍戶看不起這些從南方來的募兵，對於這些問題張居正總是讓戚繼光以忍讓的方式解決。
張居正對於譚綸和戚繼光的支持的確是無私的，張居正給戚繼光提供大量的資金用於購買軍火、馬匹、兵器，而其他軍鎮則沒有這種待遇，張居正還要求戚繼光屬地的文官不要干預戚繼光的軍務，對於當地反對戚繼光的將領張居正總是不動聲色的將其調走，對於朝中反對譚綸和戚繼光的官員張居正也都將他們統統調到地方。張居正和譚綸、戚繼光的私人信件來往十分頻繁，張居正經常讓譚倫和戚繼光按照他的意思上奏摺，然後再由自己票擬，報馮保批紅。
當譚綸死後，戚繼光對張居正的依賴更加強烈，在張居正返回家鄉葬父期間，戚繼光竟然惴惴不安，他自己心裡明白自己完全是靠着張的庇護，一旦張這個靠山倒了，自己也就什麼也不是了。他去信給張居正表達了他的擔憂，張居正對戚繼光進行了安撫，在信中張居正說道接替譚綸的是樑夢龍，樑是自己人。看見首輔對自己如此信任，戚繼光竟然在衆目睽睽之下派了一隊鳥銃手保護張居正南下，而張居正竟然也坦然接受。
張居正對戚繼光的過分關懷的確是不恰當的，這會令其他邊鎮的將士們寒心，也會加劇他們跟戚繼光的矛盾，而張居正寫給戚繼光的信件也會作爲日後羣臣倒張的重要證據，因爲在本朝中樞結交邊將乃是大忌，宦官汪直和首輔夏言都曾犯了這樣的大忌。
在邊關並無戰事的情況下，戚繼光逐漸將心思放在修建長城上，在張居正和戚繼光的推動下，薊鎮到山海關一帶的長城在徐達修建的基礎上又加固了。
對於一個喜歡真刀實槍的將軍，戚繼光在薊鎮的15年過的並不愉快，他只好將自己的過剩精力發揮在不斷的練兵上。當張居正死後，戚繼光很快被改任廣東總兵，雖然這個位置依然顯赫，但對於戚繼光來說無疑是貶黜，他很快成爲一個被帝國遺忘的人，也許只有在東南滅倭的那段時間纔是他一生真正的輝煌。沒有戰爭的生活對於一名武將來說的確是悲劇。
戚繼光雖然在寂寞中死去，但是他留下的薊鎮班底卻在萬曆朝幾場大的戰爭中發揮了光和熱，這些南兵老實、低調、吃苦，從不爭功，很多硬骨頭都是他們去啃。