羅欽順的氣本體論的思想是從解決理氣關係着眼的。這與張載又有很大不同。因爲張載沒有明確解決理氣關係。在理氣關係的問題上，羅欽順確認理爲氣之理，非氣外別有一理，理在氣的運動過程中才能顯示出來。他說：理只是氣之理。當於氣之轉折處視之；往而來，來而往，便是轉折處也。夫往而不能不來，來而不能不往，有莫知其所以然而然，若有一物主宰乎其間而使之然者，此理之所以名也。理須就氣上認取，然認氣爲理便不是，此言殆不可易哉！在羅欽順看來，在氣的運動中沒有一個主宰在那裡指使，氣的往而來，來而往本身就顯示出理的存在。在這裡，羅欽順也是對朱熹進行了批評。因爲朱熹所說的理，本來含有規律的意義，但是他把這種規律絕對化爲脫離了氣的絕對觀念。在朱熹看來，理既是氣之條緒文理，又是氣化流行的使之然者，是主宰者。
羅欽順則認爲，理是物質的氣本身所固有的規律，它決不能脫離物質而存在。正因爲如此，他才堅決地說：理只是氣之理，當於氣之轉折處觀之。羅欽順對於物質運動的規律有獨到的見解。他除了用氣之“轉折處”來說明理氣關係，從而表達物質運動的一條基本規律外，還以樸素的方式猜測到了自然界對立統一和轉化的規律，並把這種規律納入理的範疇。他說：理一也，必因感而後形，感則兩也。不有兩即無一。然則天地間無適而非感應，是故無適而非理。羅欽順把氣的運動規律更加具體化和普遍化，這是對理學的一個重要改造，也是對氣學思想的一個重要發展。
羅欽順雖然強調氣一元論，批評朱熹理宰氣的觀點，但他仍然堅持朱熹的理不雜乎氣的思想。他認爲，理氣爲一物，但理並不就是氣，理氣不是一回事。也就是說，任何規律都是物質運動的規律，同物質不可分，但事物的規律和事物本身畢竟不能等同。在關於理氣思想的一系列論述中，羅欽順都非常清楚地堅持了這一分野。當朱熹的後學林貞孚針對他的氣一元論進行詰問時，他作出了頗有理論意義的回答。林貞孚問：如果說理依於氣，而氣有聚散，那麼，氣散理散，理到哪裡去了羅欽順答：理氣二字，拙記中（此既便是指的《困知記》）言之頗詳。蓋誠有見其所以然者，非故與朱子異也。但氣強理弱之說，終未爲的，因復強綴數語。語在下卷第十九章。所疑理散何之？似看畢竟未盡。《記》中但云氣之聚便是聚之理，氣之散便是散之理。惟其有聚有散，是乃所謂理也，並無理散之言。此處只爭毫釐，便成二義，全要體認精密也。羅欽順認爲沒有獨立於氣的理，氣散氣聚就是理的一種表現形態，並不意味着理本身有聚有散。羅欽順一方面，主張從氣上認理，另一方面又認爲不能把氣和理相等同。他說：理須就氣上認取，然認氣爲理便不是。此處間不容髮，最爲難言，要在人善觀而默識之。只就氣認理，與認氣爲理，兩言明有分別，若於此看不透，多說亦無用也。只就氣認理而不能認氣爲理，這是羅欽順的一個重要觀點。規律在事物之中，只能在事物及其運動的過程中去發現理，但不能把事物本身當作規律。規律是事物的本質，蘊藏在事物之中，因此不能到事物之外去找規律。然而把事物當作規律，也無法把握其本質。羅欽順不把理等同於氣或把氣等同於理，而是把理看作事物的必然性的屬性，這實際上已經看到了理的抽象性和相對獨立性。當然，他的理論前提是理不離氣。這說明，羅欽順不是簡單地迴歸到氣一元論，而是一種高層次的迴歸，也即批判地吸取了理學的思維成果，理性地發展了理學的氣學思想。
羅欽順在發展氣學思想的同時，也摒棄了張載以“性”與“氣”並提，以“性”爲萬物本原的觀點。張載認爲“聚亦吾體，散亦吾體，知死生之不亡者，可與言性矣。”羅欽順從具體事物亦有具體之理的角度批評了張載的說法。羅欽順認爲，張載的錯誤是脫離具體事物而論性造成的。羅欽順認爲：氣聚而生，形而爲有，有此物即有此理；氣散而死，終歸於無，無此物即無此理。安得所謂“死而不亡者”耶？在羅欽順看來，就宇宙的總體規律來說，理是氣化運動的規律，理者氣之理也；但就具體事物而言，都是由氣凝聚而成，既有聚則有散。氣有聚散則物有生滅，而事物之理亦隨之存亡，有此物則有此理，無此物則無此理。物散而歸於無，因此不能說有“死而不亡”之理。這就批評了張載的性爲“生死不亡者”的觀點。
羅欽順雖然認爲具體事物有聚散生滅，但就整個宇宙來說，則是永存的。他還作爲《道器論》的先驅。按照羅欽順的解釋，器即器物，泛指世界上紛紜複雜的事物；道即陰陽二氣化生事物的道理，泛指事物的法則和萬事萬物的本體，羅欽順說：天地之化，人物之生，典禮之彰，鬼神之秘，古今之運，死生之變，吉凶悔吝之應，其說殆不可勝窮，一言以蔽之曰：一陰一陽之謂道。
可見，羅欽順認爲天地萬物，人間萬事都有一陰一陽之道蘊涵其間。關於道器二者的關係，羅欽順堅持道器不可分的觀點。道即理，器即氣，理氣不可分，道器亦不可分。他說：夫器外無道，道外無器。所謂器亦道，道亦器也，而顧可二之乎？值得注意的是，在道器問題上，羅欽順批判地繼承了程顥的說法，並作了改造。他說自己的理氣爲一物的觀點也得自程顥（明道先生）的思想，但又作了發揮和改造。“認理氣爲一物，蓋有得乎明道先生之言，非臆決也。程顥認爲“形而上爲道，形而下爲器，須着如此說，器亦道，道亦器。”羅欽順對此說進行了解釋和發揮。他說，“之所以要分出個形而上和形而下。”那是爲了避免人們理解上出現偏差，雖然在語言概念上說出形而上或形而下，但並不意味着道器爲二，實際上，“道器仍爲一物，竊詳其意，蓋以上天之載，無聲無臭，不說個形而上下，則此理無自而明，非溺於空虛，則膠於形器，故曰須看如此說。名雖有道器之別，然實非二物，故曰器亦道，道亦器。”程顥還說，“陰陽亦形而下者，而曰道者，惟此語截得上下最分明。原來只此是道，要在人默而識之也。”羅欽順認爲這裡關鍵是個“截”字，不能把“截”理解爲形而上下、道與器各是一物。他發揮說：“截字當爲斬截之意。形而上下渾然無間，何等斬截得分明。若將作分截看，則下句原來只此是道更說不去。蓋道器自不容分也。”總之，羅欽順從理氣不分引申出道器不分，把他的氣一元論貫徹到底。
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在程朱理學中，“理”最後都要被貫徹到人們的日常行爲和社會的倫理道德中去，羅欽順雖然也堅持了這個宗旨，但他與程、朱又有不同。程、朱以“天人一理”來論證他們的思想。他們認爲自然界和社會都由理來支配，人也應遵循理，這個理就是倫理道德規範。對於“天人一理”的命題，羅欽順並不反對，然而他的看法是：“天之道，莫非自然。人之道，皆是當然。”
凡其所當然者，皆其自然之不可違者也。何以見其不可違？順之則吉，違之則兇，是之謂天人一理。羅欽順的高明之處在於，他沒有把“天之道”直接用在“人之道”之中，這樣也容易被人所攻訐，而是將二者作了區分，認爲“人之道皆是當然”，這種“當然”包含着倫理關係在內，比如君臣、父子、夫婦、兄弟關係等等。
維護這些關係的正常存在就是人的日常行爲之理。所謂“天之道，莫非自然”的“自然”，是與“當然”相對的概念，它不受倫理道德規範的制約，自然而然如此。就二者的關係來說，“人之道”是以“天之”爲依據的，以“天之道”爲本，正是在這個意義上，才說“天人一理”。顯然，羅欽順的解釋與程朱的“天人一理”有不同。儘管羅欽順以尊信朱熹者自居，但他並不拘泥朱學的任何命題，而是根據自己的理解去改造朱學的某些理論思想。這實際上也是對正宗理學體系的某些突破。羅欽順毫不迴避在某些問題上與朱熹思想的不同。他在給朋友的一封信中說道：“吾輩之尊信朱子者，固當審求其是，補其微罅，救其小偏，一其未一，務期於完全純粹而毫無遺恨焉，乃爲尊信之實，正不必委曲遷就於其間，如此則不惟有以服妄議者之心，而吾心正大光明之體，亦無所累。”儘管羅欽順是站在維護朱學的立場上來“審求其是，補其微罅，救其小偏”的，但他用理性的眼光來看待前人的思想，尤其是權威的理論觀點，這也許正是明代突破理學體系思潮的一種表現。