1909年11月12日，劉芾的艦隊從歐洲返回了臺灣，對於這次訪問，英國報紙和法國報紙都做了詳細的報道，並且登出了劉芾與喬治親王和劉芾與法國總統阿爾芒.法利埃的合影，並給予了高度的評價，稱這是臺灣作爲一個遠東國家，正式融入國際社會的良好開端；而德國報紙只是泛泛的寫了一下有個遠東國家的總統，訪問了德國皇室，並得到威廉皇帝的接見等等，反倒是劉芾並沒有訪問的丹麥和荷蘭報紙，紛紛報道了由於身體原因，劉芾中斷了這次歐洲的訪問，匆匆返回了臺灣。
對於這些評論，劉芾只是聽內務部大概彙報了一下，並沒有往心裡去，人家怎麼看是人家的事情，自己有多大實力，別人就會對你有多高的尊敬，現在還是努力提高自己的力量吧。
劉芾回到臺灣的第一件事情，就是聽取了內務部和政府各部門的工作彙報，對於自己離開臺灣這半年多的時間裡，臺灣的大概情況，做了一個瞭解。
經過這半年的時間，臺灣的工業和化工產品的出口量，已經比半年前增長了3倍多，而且主要是銷往了美國，歐洲的銷路不是不好，而是臺灣的產量受制於工業基礎的薄弱，短時間內無法大規模提高產量，無法承接歐洲的訂單。不過再過1年左右，等到這些剛剛邁入工業化生產的私人工廠和公司逐漸掌握了新式機械技術和新的生產方式以後，產量將會達到現在的10倍以上，基本可以滿足大部分出口美國和歐洲的的訂單數量。
除了工業和經濟的發展比較迅猛，臺灣軍事上也按照計劃，有了好的勢頭，被派往棉蘭老島的那支秘密武裝，在這一年多的時間裡，不僅依靠臺灣在當地駐軍的秘密補給而存活了下來，並且完成了充當游擊隊的角色，還依靠着越來越大的名氣和完善的指揮戰鬥能力，吸引了不少當地的反抗組織加入。當初這隻500多人的部隊，到了現在，已經發展成爲一支擁有2000多名戰士，3000多名外圍成員的大型武裝力量，而且這隻武裝力量的控制權，被牢牢的掌握在內務部派遣人員手裡。
這隻游擊隊的戰鬥策略也很靈活，他們很少去襲擊當地的臺灣駐軍，主要是以那些親美的勢力爲目標，而且他們提出的“趕走白人，才能談菲律賓自治”的口號獲得了島上很大部分人的認同，再加上臺灣駐軍並不禍害島上的各族居民，就算是和這隻游擊隊配合好一起演戲，也是打着幫助美軍，打擊獨立份子的幌子去進行，所以，臺灣駐軍再棉蘭老島上的仇恨值並不高。
這幾年臺灣駐軍一直致力於島上的開發和建設，並且用合理的價格從島上收購馬尼拉麻、棉花、鐵礦石等，還利用臺灣銀行的貸款，爲當地漁民提供臺灣產的小型機動漁船，而且還款比較靈活，不僅可以使用金、銀等貴金屬還款，還可以使用木材、礦產還貸，這使得當地很多貧苦居民可以利用當地豐富的木材和礦產資源，爲自己的家庭購置一條漁船，從而過上稍微好一點的生活。
而由島上三條縱向公路慢慢演化而來的交通網，在很大程度上解決了運輸和貿易問題，使得原來很難運輸出來的礦產和貴重木材都可以通過公路運抵附近的港口，然後換成各種臺灣商品，再流入到深山老林中去。
經過近兩年建設，棉蘭老島上的居民雖然對於美軍的仇恨依然很深，對於獨立的願望也一點沒減少，但是對於幫助他們改變生活的臺灣駐軍並沒有很大的排斥感，而對於那支打擊美軍和親美勢力，而又神出鬼沒的游擊隊，則全是崇敬和祝福，很多偏遠的鄉村裡，都有游擊隊固定的駐紮點和補給點，而游擊隊也從不白拿當地百姓的東西，一般都使用食鹽、藥品、工具等物品進行等價交換。
就在劉芾啓程去歐洲的時候，菲律賓南部的幾個島，包括薩馬島、班乃島、宿務島、萊特島、內格羅斯島、棉蘭老島上的大部分游擊隊應棉蘭老島游擊隊的邀請在棉蘭老島上的哈薩安附近召開了一個集會，在這次集會中，大家一致推選棉蘭老島游擊隊的負責人費爾南多.岡薩雷斯（其實是內務部發展的菲律賓裔特工），爲新的獨立組織“菲律賓人”的第一任主席，這個組織就是這些游擊隊和他們所擁有的勢力所組成的，組織的宗旨就是趕走一切白人，菲律賓獨立。這個組織按照各個游擊隊的大小和勢力範圍，總共挑選出21人成立一個委員會，而這個委員會的基本功能就是確定游擊隊的一切行動和推選、罷免委員會的主席，委員會的主席則負責游擊隊的具體指揮工作和日常事務。
棉蘭老島游擊隊由於規模最大，勢力最強，在第一屆委員會中，佔據了11席，再加上主席，佔據了委員會的大半壁江山，而且，按照內務部的計劃，剩下的這些委員中，也會逐步在某些戰鬥中被擊斃或者突襲，漸漸的，他們的席位會被親棉蘭老島游擊隊的人佔據，而他們的隊伍會被打散、整編，逐步被消化吸收，按照計劃，在未來2年中，菲律賓南部的這些島嶼上，將只有一個聲音，那就是完全由臺灣駐軍和內務部控制的“菲律賓人”組織的聲音。
而在未來2年中，“菲律賓人”組織將逐步向菲律賓的主島呂宋島擴散，一邊打擊當地的美軍，一邊聯合、吸納和瓦解當地的抵抗組織，爭取在第三年，在呂宋島上站穩腳跟，以便配合將來奪取菲律賓的目的。
對於菲律賓，劉芾盯上不是一天兩天了，由於臺灣的地理位置所限，向北是清朝政府控制的大陸，這個劉芾一直也沒打算去碰，太大，玩不轉；向東是琉球和日本，這裡劉芾也沒打算去佔領，哪裡沒啥資源，日本人自己都活不舒服，咱去了也是要飯的命；向西則是越南、老撾、柬埔寨等印度次大陸，這裡雖然資源豐富，但是已經都是有主的地了，如果不發生重大事件，劉芾還不敢去隨便動，這一塊是歐洲列強的私人花園；而往南，就是菲律賓了，現在的菲律賓雖然讓美國人佔了，但是一直都沒有安定下來，美國人在當地的投入也不算很多，所以只能拿這裡當做突破口了，只要拿下菲律賓羣島，那麼向南的大門就算打開了，往後是向去印尼還是爭奪馬六甲，都非常方便。
至於如何奪取菲律賓，光靠武力強行佔領是下下之策，就算打沉了美國在菲律賓所有的軍艦，幹光菲律賓島上的所有美軍，臺灣也禁不住美國人的報復，而且美國人一動，勢必拉着英國、法國一起上，打贏的成本太高了。所以，劉芾不打算和美國人硬拼，後世里美國作爲一個超級大國，曾經很成功的策劃一場戰爭，並且把當時也很強大的蘇聯給拖的夠嗆，這場戰爭就是阿富汗戰爭，雖然年代隔了很久，但是道理差不多，劉芾打算拿來借鑑一下。