11月13日，袁世凱率領着衛隊返回北京，正式擔任內閣總理大臣，並開始組建內閣。並安排馮國璋接替禁衛軍總統，然後把禁衛軍以準備出征的名義，調出了北京城，從而牢牢的把北京城控制在自己手裡。
不過這時全國已經有18個省都發生了武裝起義，其中湖北、湖南、陝西、江西、雲南、江蘇、貴州、浙江、安徽、廣西、福建、廣東、四川共十三個省宣佈了獨立。只有直隸、河南、甘肅、山東、山西5個省控制在袁世凱手中。
12月2日，革命軍攻克南京，至此，長江以南全部被革命軍控制，而且原本打算進攻武昌的清朝海軍也宣佈反正，艦隊統帥薩鎮冰稱病赴上海，艦隊由黃鐘瑛率領，開赴武昌救援。
1912年1月1日，從歐洲趕回國內的孫中山正式在南京宣佈擔任中華民國臨時大總統，而就在第二天，清軍將領薑桂題、馮國璋、張勳、張懷芝、曹錕、王佔元、陳光遠、李純、王懷慶、張作霖的十五人致電內閣，誓死反對共和，並要求清廷各勳貴大臣們把存在外國銀行中的存款提回國內，充當軍餉，和南方革命軍開戰。
而就在這時，駐紮在漢口的北洋軍隊，卻退回了孝感，不再向南進攻。就在南北雙方打算坐下來談判的時候，一顆炸彈卻差點要了袁世凱的老命，不過老袁真是命大，十多名衛隊包括衛隊長都被炸死，而袁世凱基本連輕傷都沒受。
長江以北的北洋政府很混亂，有的人支持共和，有的人反對共和，還有人希望皇族重新掌權。而長江以南的革命政府也不消停，眼看着革命取得了成功，而且建立了新的政權，那些在革命中出過力的革命先驅和元老們，內心就開始不平靜起來，以前的各種理想、抱負都化成了對權利的無限渴望。於是，這些革命元老們就開始各自打起了自己的小算盤，各種爭權奪利的鬥爭此起彼伏，就連光復會的創建者陶成章，也被人在醫院中刺殺身亡。
雖然民國政府佔領這南方的十多個省，看起來比北洋政府的5個省要大，不過實際上民國政府對這些省的控制力非常弱，這些省份一分錢都不給南京的民國政府，而北伐的軍隊軍餉，這些省份也是分文不出。
雲集在南京的北伐軍隊，基本是由各省的軍隊拼湊起來的，這些軍隊有些是原來的清朝駐軍，有些是後來發展的革命武裝，但是不管是原來的清軍還是後來的武裝，在軍事素質和武器裝備上，都比不上北洋軍，南京政府中稍微有點眼光的人，就能看出來，這樣的軍隊無法和袁世凱的北洋軍抗衡，所以，他們從袁世凱一出山，就開始和他接觸，從開始的策反到後來的議和，都是革命黨人在努力避免和袁世凱正面交鋒，所以，這次刺殺是南京政府非常不願意看到的，因爲袁世凱一旦出事，羣龍無首的北洋軍很可能爲了報仇和倒向清廷，如果那樣的話，最後倒黴的還是南京政府。
但是雖然南方的革命黨不希望袁世凱出事，北方的革命黨們卻恨袁世凱入骨。在武昌起義之初，不僅南方各省的革命勢頭迅猛，北方很多省也都出現了革命起義，不過隨着袁世凱的出山，很快，這些起義就被鎮壓了下去，原來宣佈獨立的山西、甘肅、山東都很快又被袁世凱控制在手中，所以北方的革命黨把北方革命失敗的原因，全都歸咎於袁世凱這個軍閥身上。
其實，當時各地的一起和獨立大多取得成功，不是因爲革命黨的實力有多強大，而是因爲當時清政府對各地的控制力已經非常弱小，各地的官員們其實早就有了獨立的念頭，只不過藉着革命這個幌子，爲自己立牌坊而已。但是隨着袁世凱的復出，原本就很弱小的革命黨，立刻就被北洋軍鎮壓了下去，不過由於老袁當時正忙着逼迫清廷退位，還需要南方的革命黨做標靶，纔沒有大舉進攻南方各省。
雖然受到了刺殺，不過袁世凱並沒有把怒氣發在南京政府身上，南北和談還是在繼續進行中，而且在1月20日，正式通過了清室優待條件，作爲清朝皇室自動退位後的生活保證。而且中華民國的臨時大總統孫中山正式發表聲明，宣佈只要袁世凱贊同清帝退位，並努力促成此事，那麼在清帝退位以後，自己就立即辭職，把中華民國大總統的位置讓給袁世凱。
袁世凱得到了這個保證，立刻加緊了逼宮的進程，不僅勸說清室中的親王貝勒，還遊說了各國使節，共同向清室施加壓力。
在各方的重壓之下，隆裕皇太后最終同意了清帝退位，以換取皇室優待條件。而南京政府也經過多次協商，同意了這個條件：
1、大清皇帝尊號不廢，民國政府待之以外國君主之禮；
2、民國每年撥出四百萬元供皇帝支出；
3、皇帝暫居宮禁，日後移居頤和園；
4、清王室的宗廟陵寢，永遠奉祀，並有民國派兵保護；
5、德宗崇陵所有產用經費由民國支出；
6、宮內執事之人，繼續留用，唯不得招閹人；
7、皇帝私有財產，有民國派兵保護；
8、禁軍編入民國陸軍；
除了這8條皇帝辭位後的優待條件之外，還有皇族優待4條和滿蒙回藏各族
優待條件7條。
1912年2月12日，隆裕太后代替愛新覺羅溥儀，即宣統帝，頒佈了退位詔書，並授權袁世凱組織臨時共和政府。這封退位詔書由張騫起草，並由臨時參議院通過，不過其中“由袁世凱全權組織臨時共和政府”一句，有人說是被人後加上的，真像誰知道呢？
不管是由誰組織共和政府，反正至此大清帝國正式終結，並被中華民國取代和繼承，而統治了中國二百六十八年的清朝也正式宣告滅亡，中國兩千年來的帝制也宣告滅亡。
就在清帝宣佈退位的第二天，孫中山在南京向中華民國政府遞交了辭呈，同時向臨時參議院推薦袁世凱接任。2月15日，臨時參議院選舉了袁世凱爲臨時大總統，但是在袁未到任南京前，還是由孫中山繼續執行政務。
袁世凱並沒有馬上赴南京接任，而是以北京兵變爲由，堅持要遷都北京，這點作者深以爲然，如果老袁跑到南京去接任，強龍難壓地頭蛇，弄不好連北京這塊根據地也得丟了。
4月初，南京政府無奈，只能答應袁世凱，遷都北京，於是臨時參議院搬遷往北京，而孫中山也在南京宣佈解職。