慧能所創造的禪宗是中國佛教史上的一大改革，印度佛教沒有禪宗。禪，梵語爲禪那，意思是坐禪或靜思，是印度各宗教共同的修行方法。佛教也把禪定作爲修行的方法。這種方法是打坐靜思，使心中任何念頭都不發作，最後進入一種如同死人一樣的境界。
佛教認爲，得到了這種精神境界，死後靈魂便超脫生死輪迴，進入涅槃世界。這是一種神秘主義的修行方法。佛教大小乘都拜禪定。南北朝時，有一個天竺僧侶達摩，來中國傳教，大講禪學，提倡修壁觀，使心安靜定像牆壁一樣堅定。據說，他把這套禪學傳給了中國僧侶慧可，以後傳到第五代弘忍。認爲人生來就有“清淨心”（佛性），如太陽一樣，只是被烏雲遮蔽，顯露不出來，通過禪定等修煉的功夫，斷去和煩惱，“本心”便顯現出來了。他們都注重“漸修”，即不斷地修煉，甚至累世的修行。神秀所倡導的北派禪宗，推行的就是這種禪學。慧能所創建的禪宗，與此不同。它不追求煩瑣的宗教儀式，不講累世修行和佈施財物，不主張唸經拜佛，不研究經典，甚至不講坐禪，主張專靠精神的領悟把握佛教義理，總之，提倡“頓悟”。
在慧能一派看來，唸經、拜佛、坐禪都妨礙領悟佛理。唐朝有個馬祖禪師，最初看重坐禪，每日打坐，誰都不理睬。有一次，他的老師，在他面前磨磚好久。他問道：磨磚做什麼？老師說，磨成鏡子。馬祖說，磚焉能磨成鏡？老師說，坐禪焉能成佛？他們甚至把佛像劈了當柴燒，表示悟到“一切皆空”的“真理”。顯然，這樣的宗派，是中國所特有的，是對佛教傳統教義的一次大的改革。它的鋒芒在於打擊煩瑣的經院神學。爲了提倡“頓悟成佛”，慧能提出了“本性是佛”說，作爲他的教義的理論基礎。所謂“頓悟”，是說憑自己的智慧“單刀直入”，馬上悟出佛理來。慧能解釋說：“一聞言下便悟，頓見真如本性（指佛性）。”
他認爲人人都有成佛的本性。他說：“當知愚人智人，佛性本無差別，只緣迷悟不同，所以有愚有智。”主張人人都有佛性，人人都能成佛，這不是慧能第一個提出來的。在他以前的佛教宗派，也有這種說法，如南北朝時期的竺道生就有所謂“一闡提人（指作惡多端的人）皆得成佛”的說法。慧能的佛性說的特點，在於把佛性看成是人的唯一本質，宣揚抽象的人性論。他說：“本性是佛，離性無別佛。”這是說，人性即是佛性，“佛”不是別的，就是自己的本性。所以他又說：“佛向性中作，莫向身外求。”把佛性說成是唯一的人性，這就爲人人都能成佛提供了理論根據。慧能曾對弘忍說，人有南北，佛性並無南北，我的身份和你不同，佛性並無差別。
在慧能看來，所謂佛在心中，不是說佛性作爲一種實體住在心中，像唯識宗所講的“阿賴耶識”或華嚴宗所說的“如來藏”那樣，被“無明”、“貪愛”所矇蔽，通過修煉，使它發揚光大。而是說，“自性真空”，“無有一法可得”。
所謂“自性真空”，是說心處於一種“空虛”的境地，這種“空”，不是空心靜坐，念念思空，而是心中不存在任何觀念，連“空”的觀念，甚至成佛的念頭都不追求。他認爲這種精神狀態，即是“佛”的境地，也是人的本性。他把大乘教講的“一切皆空”，歸之爲心中一切空，把空觀引向內心的世界，使佛教的教義具有了鮮明的主觀唯心主義的特色。靠什麼能力才能得到這種“空心”的境界？
他們認爲，既不靠經驗，也不靠思維，而是靠人生來就有的一種認識自己本性的良能，這種能力，又稱爲“靈知”，所謂：“靈知不昧，即此空寂之知，是識真性。”由此，慧能得出結論說：“一剎那間，妄念俱滅，若識自性，一悟即至佛地。”就是說，只要靠自己的“靈知”，一剎那間領悟到心本來就是空的，當下便達到“佛”的境地。這就叫做“頓悟成佛”或“見性成佛”。爲了宣揚“頓悟成佛”，慧能又提出了“無念爲宗”說。他說，他的教義是“先立無念爲宗，無相爲體，無住爲本”。在慧能看來，“頓悟成佛”，在修養方法上就是心不受外物的迷惑，這就是“無念”。他說：“於諸境上心不染，曰無念。”
據《壇經》記載，慧能和神秀爭奪法嗣時，弘忍叫寺中羣僧各作一偈（悟道的詩句），看誰對佛法領悟深刻便將衣鉢傳給誰。上座大弟子神秀作的偈是：“身是菩提樹，心如明鏡臺，時時勤拂拭，勿使惹（沾染）塵埃。”慧能認爲，神秀作的偈未見“本性”，自作一偈說：“菩提本無樹，明鏡亦非臺，本來無一物，何處惹塵埃？”弘忍看到慧能的偈後，感到比神秀的道行高，於是改變打算，把衣鉢傳給了慧能。慧能和神秀的區別是，神秀追求“清淨本性”，沒有把佛性本身也看成是空的，空得不徹底，在方法上講“漸修”。慧能把佛性都看成是空的，對神秀講的空又來一次否定，空得最徹底，在方法上講“頓悟”。從佛教空觀的立場看，慧能的境界比神秀高一層。
慧能認爲，能做到這些，雖處於塵世之中卻無染無雜，來去自由，毫無滯礙，精神上得到了解脫，這就是“極樂世界”，即是天堂。與此相反，心受外境的影響，追求形色聲味，念念不忘相，必然無限煩惱，這就是地獄。由此他得出結論說：“前念迷即凡夫，後念悟即佛；前念著境即煩惱，後念離境即菩提。”這是說，此岸和彼岸，凡夫和佛的區別在於一念之間，一念不著境，不著相，當下即成了佛菩薩。他回答追求“西方淨土”的人說：“東方人造罪，唸佛求西方；西方人造罪，唸佛。”
他認爲，要認識到“自性真空”，就要做到“無念”，“無念”不是“百物不思”，萬念除盡，對任何事物都不想，而是說在與外物接觸時，心不受外境的任何影響，“不於境上生心”。這種方法，又叫做“無住”（不執著），就是說，心不執著在外境上，對任何事物都不思念和留戀它的形色聲味。例如，眼看到美色時，心不住在美色上，不是閉眼不看它，這就叫“無住”。這種方法，又稱“無相”，是說“外離一切相”，心中不存有任何關於事物的表象，不是說，不同事物接觸。他認爲，“淨土”（指佛國）即在自身之中，在一念之間，不在天上什麼地方。
爲了論證“頓悟成佛”和“無念爲宗”的教義，慧能最後終於拋出來主觀唯心主義的世界觀。他宣稱，個人的心，不僅是成佛的基礎，也是客觀世界的基礎。他說：“自心是佛，更莫狐疑。外無一物而能建立，皆是本心生萬種法。”這就是所謂“心生種種法生，心滅種種法滅”，萬事萬物都隨人心而生滅。
慧能一派禪宗宣揚的主觀唯心主義哲學，對後來宋明道學中的心學一派起了很大的影響。
慧能的“無念”說，涉及主觀的心和客觀的境的關係問題。所謂“不著境”和“不著相”，無非是說主觀不受客觀的決定，主觀不反映客觀，在同客觀事物的接觸中，主觀永遠保持獨立自主的境地。這種境地，只是一種虛構，在人的認識活動中並不存在。人的認識總是著境和著相的，總是對他所接觸的事物和所思考的問題，有所肯定或否定，這就是存在決定意識。不著相，那是唯心主義的胡說。據說，慧能爲其弟子神會講“無念爲宗”的教義時，他打了神會三下，問神會痛不痛？神會說：又痛又不痛。這就叫“無住”，不執著。實際上，他是感到痛了，但口裡不能說“痛”，因爲一肯定，便著了“痛”的相。但也不能說“不痛”，因爲一否定，又著了“不痛”的相，都不是“自性真空”。這種既痛又不痛的邏輯，完全是形而上學的詭辯。慧能把這種詭辯稱之爲“出沒即離兩邊”，即對事物的對立面都不作肯定或否定的回答。他們自認爲有了這種境界，便“自由自在”了，其實這是使意識處於高度的麻痹狀態，這就是所謂“佛地”。
據說，慧能得到衣鉢後，南行傳法，到廣州法性寺時，見二僧爭論風吹旖（寺院掛的一種旗子）動問題。一僧說是風動，一僧說是旖動，爭論不休。慧能向前說：“不是風動，不是旖動，仁者（指僧徒）心動。”他的邏輯是隻要人心不動，就可以保證客觀世界不動；只要思想靜化了，一切事物也就靜化了。總之，心空，一切皆空。所以，他不像唯識有宗那樣公開宣稱整個世界都在我的意識之中；也不像般若空宗那樣公開宣稱整個世界都是空的。而是說，世界依賴於人心而存在，所以它是空的。
慧能提出的“後念悟即佛”，這是主觀唯心主義的修養方法。按照慧能的這種說法，一個人無論做了多大的壞事，只要念頭一變便成了好人。這就是所謂“放下屠刀，立地成佛”。所謂念頭一變，無非是說用“空”的念頭去克服“有”的念頭，在靈魂深處來個突破。這樣，凡夫便成了菩薩，壞蛋便成了好人。按照這種說法，一個人的階級本性，靠他的念頭一轉就改變了。慧能提出的這種頓悟說，排除了社會實踐對人們的認識和思想起的決定的作用，同樣有鮮明的唯心主義的先驗論的性質。