在闡發變化日新的思想中，康有爲吸收了中國古代《易傳》中的一些樸素辯證法思想，並且把它同當時傳入的西方近代自然科學結合起來，也曾表露了一些關於事物對立統一的思想。他說：“若就一物而言，一必有兩。《易》雲‘太極生兩儀’。孔子原本天道，知物必有兩，故以陰陽括天下之物理，未有能出其外者。”據此，他批評周敦頤《太極圖說》中關於“太極動而生陽，動極而靜，靜極而生陰”的說法，認爲“元與太極，太一，不可得而見也。其可見可論者，必爲二矣”。所以，他又說：“孔子窮極物理以爲創教之本，故系易立卦不始太極，而始乾坤、陰陽之義也。”“生物之始，一形一滋，陰陽並時而著。”康有爲這裡肯定就每一事物來說，必定是同時具有陰陽兩方面的屬性，是有其合理因素的。他還吸收了當時一些自然科學的知識對此加以補充說：“理皆有陰陽，則氣之有冷熱，力之有拒吸，質之有凝流，形之有方圓，光之有白黑，聲之有清濁，體之有雌雄，神之有魂魄，以此八統物理焉。”
用“陰陽”來“括天下之物理”，表述事物內部的矛盾對立，這本來是古代樸素辯證法的一個直觀、籠統的概念。康有爲把它與近代自然科學中關於氣、力、質、形、光、聲等物中的矛盾對立結合起來，表明了他高於樸素辯證法的地方。但他把“神之有魂魄”也歸爲最根本的“物理”的內容，又表現了他的非科學。
戊戌變法失敗後，康有爲思想完全落伍了，他以所謂按照“循序漸進”原則，現在只能實行“君主立憲”來反對資產階級民主派所領導的民主革命運動，至此，他完全背離了他早年反對封建頑固派，提倡變革的進步立場，而向形而上學的不變論投降了。
三、“仁愛”哲學
康有爲早期曾吸收了古代一些樸素唯物主義的觀點，認爲“萬物皆始於氣”，“既有氣然後有理”，從而批判了程朱理學“理在氣先”的唯心主義觀點，說：“朱子以理在氣之前，其說非。”
他的學生梁啓超在概括他的哲學思想核心說：“先生之論理，以仁字爲唯一之宗旨，以世界之所以立，衆生之所以生，國家之所以存，禮義之所以起，無一不本於仁，苟無愛力，則乾坤應時而滅矣。……其哲學之本，蓋在於是。”所謂“仁”，也就是“不忍人之心”。康有爲宣稱“不忍人之心”，是“人人皆有之”的“愛質”，它是“萬化之海，爲一切根，爲一切源……人道之仁愛，人道之文明，人道之進化，至於太平大同，皆從此出”。
康有爲在《春秋董氏學》中，又提出了“元爲萬物之本”的觀點。他說：“元爲萬物之本，人與天同本於元，猶波濤與漚同起於海，人與天實同起也。”這裡，他把“人”與“天”說成是“同起”，“同本於元”，在一定意義上是對“天”的至上性和神秘性的否定。這也是他接受了當時自然科學影響的反映。
“元”是什麼呢？他曾引何休《春秋公羊傳》中注的話說：“元者，氣也。無形以起，有形以分，造起天地，天地之始也。”所以，他又說“浩浩元氣，造起天地”，“天地之本，皆運於氣”，“天地萬物同資始於乾元，本爲一氣”等。從這方面看，康有爲所謂的“元”與“氣”等同。而“氣”，就他所引“《列子》中謂天地空中之細物”一條，和他所說的“天地之間，若虛而實。氣之漸人，若魚之漸水……故無往而不實也。……若自至精之物推見，則氣點之聯接極粗”等說法看，他所理解的“氣”在一定意義上是一個物質性的概念。同時，他還把古代關於“氣”的概念，同西方近代自然科學中的某些物質概念如電、元素、以太等聯繫起來，因而表現出某些唯物主義的因素。
康有爲既把“氣”當做一種永恆而獨立存在的精神實體，那麼他“萬物皆始於氣”的命題也就變成了由精神產生萬物的命題了。他首先用“物我同氣”來否定“物我”的差別。他說：“物我一體，無彼此之界；天人同氣，無內外之分。水之周於全地，電之遍於長空。……物即己而己即物，天即人而人即天。”
在他看來，“山河大地，皆吾遍現；翠竹黃花，皆我英華”。也正是這樣，他把精神看得比物質更重要、更根本。他說：“魂用事者爲大人，魄用事者爲小人。……故大人者，在先養其魂靈，統御其體魄而已。”又說“魂靈者，清明光潔，端莊粹一”，“卓然立青雲之上，不物於物而造物”。至此，康有爲“元爲萬物之本”，“萬物皆始於氣”的命題，完全成了主觀唯心主義。
康有爲的主觀唯心主義哲學思想，更表現在他“以仁爲本”的“仁愛”哲學體系中。他曾說：“孔子本天，以天爲仁，人受命於天，取仁於天。凡天施、天時、天數、天道、天志，皆歸之於天，故屍子謂孔子貴仁。”又說：“仁者，在天爲生生之理，在人爲博愛之德。”
康有爲的主觀唯心主義“仁愛”哲學，是以“性善”論爲基礎的。在人性論問題上，康有爲早期是贊同告子“生之謂性”的思想，而反對孟子“性善”論的。他說“告子生之謂性，自是確論”，“性者，生之質也，未有善惡”，“凡論性之說，皆告子是而孟子非”。據此，他也批評了程朱理學分“性”爲“氣質”、“義理”的說法。他說：“分性爲二，有氣質、有義理……蓋附會孟子。實則性全是氣質，所謂義理，自氣質出，不得強分也。”
康有爲早期這些關於人性的論述，雖然沒有什麼新鮮的思想內容，但在當時來講，是具有一定的反封建禮教束縛的現實意義的。然而，由於資產階級改良派的軟弱本性，他們看不到反封建的真正力量所在，只是一心幻想“聖明的皇上”一旦能以“慈悲”爲心，實行變法維新。所以，康有爲最後又不得不陷入孟子的先驗“性善”論的泥坑。特別是在戊戌變法失敗後，他更是竭力鼓吹“性善”論。他說：“不忍人之心，仁也，電也，以太也，人人皆有之，故調人性皆善。”
所以，如果“人絕其不忍之愛質”，則“人道將滅絕矣”。這完全是從孟子那裡販賣來的主觀唯心主義理論，他把人的道德觀念、主觀精神說成是先天的，而且是天地萬物的根源。他曾說：“人之性命雖變化於天道，實不知幾經百千萬變化而來。其神氣之本由於元，溯其未分則在天地之前矣。”
這是說，人的“性”、“命”或“神氣”都是先於天地就存在的。他還進一步發揮了孟子“萬物皆備於我”的主觀唯心主義理論，認爲：“天下雖大，我身爲本，若無我身，即無天下國家。”又說：“人之靈明，包含萬有。山河大地，全顯現於法身；世界微塵，皆生滅於性海。廣大無量，圓融無礙，作聖作神，生天生地。”這又是把孟子的主觀唯心主義與佛教的唯心主義雜糅在一起了。康有爲的這些思想對譚嗣同的《仁學》有重大的影響。
但是，以上這些僅僅是康有爲哲學思想中偶爾透露出來的一些合理因素，而他的整個哲學體系則是主觀唯心主義的。就在他對於“元”和“氣”的解釋中也充滿了唯心主義、神秘主義的內容。如他把“元”形容爲“無臭、無聲，至精、至奧”，又說：“孔子發此大理，託之《春秋》第一字，故改‘一’爲‘元’焉，此第一義也。老子所謂‘道’，婆羅門所謂‘大梵天王”耶教所謂‘耶和華’。”
這裡，他把“元”和婆羅門教的至上神“梵天”，基督教的至上神“耶和華”相提並論，也就把“萬物之本”的“元”神化了。關於“氣”，康有爲的認識是十分混亂的。他經常把“氣”比喻成“電”，但他並不是用這一比喻來論證“氣”的物質性，相反，卻論證了“氣”是一種神秘的精神力量。如他說：“光電能無所不傳，神氣能無所不感。”
這裡“神氣”指的是一種精神活動，他認爲人與人、人與天地萬物之間就是由這種“神氣”的相感應而溝通起來的。“神氣”，他又稱爲“知氣”，而“知氣者，靈魂也，略同電氣，物皆存之”。
康有爲講的“氣”完全是一種精神實體。這從理論上來講，是由於受到當時西方庸俗唯物主義的影響，把精神現象看成是和物質一樣的東西。所以，他甚至認爲，這種“知氣”如果能“養之久者”，更能達到“團聚不散”，並“可附人他體”，甚至“隨附百體，頻歷生死，益增神靈，絕無障礙”。
這就是說，精神和物質一樣是可以獨立存在的，而且是永恆存在的。
而且他還把發揚“人人皆有之”的“仁愛”之心看做實現“大同”理想的關鍵，說什麼“以其本有愛質而擴充之，因以裁成天道，輔相天宜，而止於至善，極於大同”。正因爲如此，他把人的“仁愛”之“性”，看做天地萬物生成、變化以至社會發展的“根”、“源”。這也就是他“仁愛”哲學的唯心主義的理論歸宿。
四、譚嗣同的“仁學”哲學
譚嗣同早年曾以古代樸素唯物主義的“氣”的概念，以後又運用西方自然科學中假設的一個物質概念“以太”，來解釋客觀世界的物質統一性。後來，他受到唯心主義，特別是佛教唯心主義的影響，完全陷入了唯心主義的泥坑。譚嗣同在《仁學》中構造的哲學體系是十分雜廣的。他企圖融合中學與西學、科學與宗教、唯心與唯物於一體。
在譚嗣同的早期著作中，他繼承了王充、張載和王夫之的樸素唯物主義思想，同時吸取了從西方傳入的天文學、物理學、化學和生物等自然科學知識，提出了一種以“元氣”爲基礎的唯物主義自然觀，而且對佛教、道學的唯心主義進行了一定的批判。
他把“元氣”看成是天地萬物的根本。他說：“元氣綱組，以運爲化生者也。”“天以其混沌磅礴之氣，充塞固結而成質，質立而人物生焉。”
這是說，宇宙充滿“元氣”，“元氣”凝固起來，形成各種物質元素，然後形成各種天體和人物。後來，他又把組成這些物質元素的“氣”，歸結爲“以太”。他說：“原質猶有七十三之異，至於原質之原，則一以太而已矣。”又說：“任剖某質點一小分以至於無，察其爲何物所凝結，曰惟以太。”他依據地質學和生物學的知識，說明生物進化的過程。他說“考察僵石（化石），得其生物”，“以究天地生物之序，蓋莫先螺蛤之屬，而魚屬次之，蛇龜之屬又次之，鳥獸又次之，而人其最後焉者也”。他宣稱：“凡爲仁學者，於佛書當通華嚴及心宗，相宗之書；於西書當通《新約》及算學、格致、社會學之書；於中國當通《易》、《春秋公羊傳》、《論語》、《禮記》、《孟子》、《莊子》、《墨子》、《史記》及陶淵明、周茂叔、張橫渠、陸子、王陽明、王船山、黃梨洲之書。”
然而，全面考察一下譚嗣同“仁學”的哲學體系，實際上是以佛教唯心主義爲歸宿的。他明白地說過：“嘗謂西學皆源於佛學，亦惟西學，而佛學可復明於世。”