生活在19世紀中葉嶺南的市井人物，倘對現實有那麼一點點不滿，對秘密社會、團體有那麼一點點好奇，幾乎不太可能和天地會、或天地會變種的五花八門堂口絕緣。
洪秀全的太平天國是信奉拜上帝教的，認爲天下只有一個“帝”——“太平天王大道君王全”洪秀全，以及被他過繼給天兄耶穌、從而兼祧“哥朕”（耶穌和洪秀全）的“代代幼主”；而天地會則崇拜五花八門的神祇，可以說有很多信仰、也可以說沒有信仰，認爲唯一合法的帝王世系，是明代朱姓帝王的嫡系朱某太子（究竟是幾太子，不同派系的天地會可能還要爭一爭）。如果說在“天上”即信仰層面，上帝教和天地會尚可勉強相容，那麼在“地上”即誰是皇帝這個“大是大非”問題上，兩派可謂水火不相容，照理不應有甚瓜葛纔是。
但事實上卻正相反:“長毛”自始至終，就根本應被他們視作“邪教”“反賊”的天地會眉來眼去，糾纏不休。
目前所能查到、太平天國正面批判天地會的資料，只有洪仁玕假託洪秀全，在《太平天國起義記》裡指責天地會不能應時而變，不懂得如今應“努力開創新朝”而仍想着反清復明。並抨擊了天地會內所流行的某些秘密社團陋習。但這份資料並非直接源自太平天國內部，而是由當時遠離太平軍、客居香港的洪仁玕轉述，這位轉述者素有“爲尊者諱”、爲“革命宣傳需要”而任意剪裁修飾歷史，尤其編造洪秀全父子“神話”以擡高二人的“光榮傳統”，這番話是否真是洪秀全所言，恐怕只能打個折扣。
而太平天國自身的官樣文書中，幾乎沒有直接指斥天地會及其宗旨的文字。《金陵雜記》中收錄了一封東王楊秀清1853年定都南京後寫給上海小刀會（天地會分支）首領的誥諭，儘管這份誥諭用上級命令下級的口氣，讓後者“識時務者爲英雄，知進退者爲俊傑”，承認洪秀全是君主，並含蓄責備後者“率衆來歸”太晚，但並未指責其天地會背景有什麼不妥，反倒用“高官顯爵”加以鼓勵。相反，太平天國官書中，甚至直接肯定過天地會的宗旨。
1852年在廣西永安州，以楊秀清、蕭朝貴兩位軍師連銜發佈的《奉天誅妖救世安民諭》中說，“況查爾們壯丁，多是三合會黨，盍思歃血洪門，實爲同心同力以滅清，未聞結義拜盟，而反北面於仇敵也”。“三合會”“洪門”都是天地會的別稱，“壯丁”則是清廷臨時招募的非正規軍，楊、蕭所針對的，是原有天地會衆身份，卻應招加入清方的“壯丁”，所譴責的，是這些“壯丁”對“歃血洪門”“結義拜盟”的背叛。自然，“歃血洪門”和“結義拜盟”本身，則自然是值得肯定、稱讚的好事。
太平天國對天地會衆採取這種事實上接納、包容的態度，是一種現實主義的姿態。
首先，天地會從清初開始活動，在兩廣根深蒂固，上帝會信徒中有不少同時也是天地會信徒，如洪秀全第一次去廣西傳教時就跟隨前往的堂兄、後來封爲恤王的洪仁政，被俘後的供詞裡就說，自己因爲“拜兄弟”（參加天地會活動）被團練燒掉了住房；洪秀全的許多親屬，如姐夫鍾芳理和幾位女婿，也都和天地會有瓜葛。
其次，天地會和清方衝突歷史悠久，擁有一大批善戰精悍的核心會衆，這是從宗教團夥剛剛演變，主體是普通農民且拖家帶口的上帝會衆所望塵莫及的。早期被俘的太平軍士兵覃漢陽就供稱，在永安州期間，太平軍打仗“全靠”羅大綱、陳得清、吳七三部，羅大綱本人是天地會老將。和清廷相比，太平軍一直處於弱勢，自然不會將天地會衆多語言相通、驍勇善戰的盟軍拒之門外。
第三，天地會在太平天國興起時恰遇到諸多麻煩，又對太平天國始終存在一些“美好的誤會”。
金田起義時，廣西雖然號稱“糜爛”，但主要的“匪患”並非一開始仍罩着合法面紗的上帝會，而是早就被清廷打入另冊的天地會。等到了後期，太平軍固然勢弱，天地會的日子也同樣不好受，兩家繼續“抱團取暖”直至雙雙轉回昔日的秘密社團狀態，就更順理成章了。
不過上帝會和天地會終究是“兩碼事”，在洪秀全心目中，“黃旗”（上帝會衆）和“花旗”還是內外有別的，“黃旗”是“自己人”，“花旗”則只是盟友，是“遊兵”，可以任用、籠絡，但不能完全信任。事實上，“花旗”本身，也是要分作三六九等的。
1855-1856年間在湖南、江西等地成建制投入太平軍（包括此後類似情況下投入）的天地會衆，他們是真正的“花旗”，被授予和太平軍其他部隊完全不同的花色旗號，是一望而知的“非嫡系”，從俘虜供詞看，直到1860、1861年還經常因爲那面花旗而遭“黃旗”排擠，等天京陷落、“黃旗”灰頭土臉，實力相對完整、又有傳統的秘密社會歸宿可去的花旗則揚眉吐氣，趁機報復。
在“花旗”成建制加入前，也有許多天地會人馬歸附太平天國，這些人並沒有被單獨編爲“花旗”，而是和普通太平軍一樣被列爲“黃旗”，本人官爵、所部編制，都和正規太平軍如出一轍。
但這些天地會系統的“黃旗”，在太平天國上層眼裡，其實是“亦黃亦花”的另類。
但倘是和“真黃旗”相爭，就是另一回事了。羅大綱在太平天國起兵之初，可謂主力中的主力，但官爵始終比嫡系差了一大截。另一位著名天地會頭目劉官芳，在天京事變前也一樣混得灰頭土臉，直到頂頭上司、“真黃旗”韋俊叛降清方，他才總算熬出生天，繼承了韋俊留下的右軍主將封號。
當然，“假黃旗”也並非只吃虧、不佔便宜。多部時人記載表示，羅大綱等部在軍紀上享受“雖不法亦不問”的特權，以至於同樣是廣東人、其中許多人也是秘密天地會衆的清方輔助武裝“潮勇”，在湖北半壁山被打敗後，都甘願投入紀律鬆弛的羅大綱部。不過這一“特權”同樣表明，“天地會黃旗”在“真黃旗”心中，始終不是純粹的“自家人”。