趙昺連哄帶蒙的終於搞定了士人們，在祥興四年的朝會上宣佈實施文武同階的政策，並要求在正月之後立刻組織鄉試爲開科做準備，而他也終於同意開經筵舉行春講。
年後開衙，兵部尚書江璆請奏在海口浦海田島開辦水軍訓練營，用以培訓水軍基層軍官和士官；且奏請從各師抽調基層軍官入新軍營進行輪訓，學習新條例，同時在崖山興建新兵訓練基地。禮部徐宗仁奏請在二月十五日在各州舉行鄉試，五月舉行府試，十月舉行部試。大家這麼上進，趙昺會同中書省堂議後，皆準奏即刻準備。
陸秀夫和文天祥又聯名請奏希望將一些賦閒的士子補入軍中充當幕僚和胥吏，趙昺當然知道兩人的心思，是想利用這個機會對軍隊進行滲透，以便能掌握軍政。他樂不得給軍中補充些知識分子，當然照準。但是也有個附加條件，就是這些士子必須入新軍訓練營通過六個月的基礎訓練，並接受爲期六個月的軍中專業培訓，考試合格纔可入職。
處理完這些事情已是三月，趙昺又舉行多次集議商議今年的施政方針，他以爲今年戰事將趨於平靜，行朝應該抓住這難得的時機夯實基礎，加強農業生產，爭取糧食自給的情況下能有結存；另外加大招商力度，利用瓊州四面臨海的優勢吸引內地和蕃商到瓊州交易，增加關稅的收入；再有擴大軍工生產，尤其是火器的生產量，以便能保障軍隊換裝的需要。
經過幾番修改後，方陣終於確定下來，但是大家還是心存疑慮，誰能保證韃子不會再犯瓊州？不過趙昺確是信心滿滿，他知道忽必烈今年的日子不會好過，若是自己不主動挑事，三年之內不會有大的戰事發生，使自己獲得一個難得的發展和佈局的時間段。
當前陳吊眼的山寨已經在元軍重兵圍剿及黃華的配合下，連破十五寨，死傷兩萬餘人，迫使其只能收縮防禦轉入山中據守，但仍有十萬部衆。元軍採取步步爲營的方法逐步收縮包圍圈，繼續着力清剿，但是趙昺知道元軍要想取得完勝卻並非易事，起碼能牽制他們兩三年的功夫，而那時自己已經在閩廣一帶建立起了穩固的根據地。
另外趙昺當初爲了緩解瓊州壓力，利用留夢炎實施的反間計也已經奏效。去年唆都和劉深奉命進攻佔城，可以說開始倆人打得還算順利。面對占城二十萬大軍，唆都不畏雙方兵力懸殊，親率敢死隊猛打猛衝，很快就將佔城軍擊敗，殺死淹死對方士兵五萬餘人。兩軍再戰於大浪湖，占城軍又遭大敗，斬首六萬級，連遭重創，元軍乘勝奪取佛逝都城
占城王室逃入西原地區的深山密林，依託有利的山區地形展開山地游擊戰。唆都屢屢被占城的緩兵計所算計，在山林中作戰時不斷吃虧碰壁，不得已只好退回海港。雖然戰事不順，但唆都和劉整仍按照忽必烈的指示，要把佛逝建成進一步經營海外諸國的基地，其後唆都受命爲占城行省長官，於是修築木柵營壘作爲占城行省駐地，又讓士兵屯田耕種，解決軍糧供應，準備在這裡長期經營。
佔婆與越南本爲世仇，但是在共同面臨蒙元的軍事威脅時，佔、越暫時化敵爲友，表現出某種結盟抗元的意向。雙方舉行高層會議商討如何應對日益嚴峻的越元關係，“議攻守之策之分守要害”，陳朝君臣做出決定，秘密派二百艘兵船給占城以支援其抗元鬥爭，兩個民族面臨元帝國侵略危機時不得不協同作戰。
忽必烈很快得知占人拒降，又風聞兩國暗中交通極爲光火，便派鄂州路達魯花赤趙翥赴安南，以元軍出征占城爲由，“諭安南假道助軍給糧”，陳上皇陳晃上表，以國小民貧、糧食缺乏爲辭，僅答應在邊界上的永安州提供少量的糧草供應。
而此時徵北的宋軍‘退卻’，鎮南王歡脫連遭敗績，雖然阿里海牙爲其頂了罪，但是依然面臨失寵的危險，爲了彰顯自己的能力，主動要求前去征討安南獲得忽必烈的批准。正當他調集兵馬的時候，卻被安南的探子偵知。在戰爭一觸即發的情形下，升龍朝廷加緊施行兩面手法。八月，陳國峻集合各路陳氏王侯軍隊，在東步頭閱兵，決定分兵把守各處要衝。十一月，上皇陳聖宗派大夫陳甫、陳鈞赴荊湖占城行省，請求緩師，元朝官員不允。
十二月，陳甫返回河內，向陳朝君主報告說元朝的鎮南王等人假稱征討占城執意要通過越境。陳氏再次派出兩撥使臣，其中段晏、黎貴直接赴北京進貢，向元世祖面庭申辯，乞求元廷佑護越南生靈免遭塗炭，但此時歡脫率軍已發，以勢無挽回，段晏、黎貴反被質留於大都。
元軍分成兩隊向越南邊境開進，西邊一路由萬戶孛羅哈達兒等人率領，指向丘急嶺方向；東邊一路元軍爲主力，由萬戶李邦憲任先鋒，鎮南王脫歡親統後軍，指向可利隘方向。到此時爲止，元軍一直打着過境越南征討佔婆的幌子，尚不能斷定陳朝是否會抗拒“官軍”。
但是，歡脫很快就明白了，元軍在各處均遭越軍陰擊，只能強行奪路，武力通行，元王朝與大越帝國的第二次戰爭爆發了，脫歡大怒，立即率軍攻打紅河防線。正月九日，元、越軍隔紅河展開激戰，紅河防線被突破後，升龍城已無險可守，好在安南國王對此早有準備，爺倆兒憑藉着在第一次抗蒙戰爭中積累起來的逃跑經驗，動作麻利，很快將京城的朝廷、倉庫、百姓撤空，將一座空城留給了入侵者，同時改變戰術與元軍打起了游擊戰。
元軍雖數敗越軍，攻佔河內，但戰爭總體形勢並不樂觀。蒙元軍隊自滅宋戰爭以來，部隊中的漢兵漢將日益增多，以至遠遠超過蒙古士兵，成爲元軍主力。漢軍作戰歷來重視補給，依賴糧秣，這次元軍入越，只能一改過去長驅直入的辦法，只能採取步步爲營，穩定後方的辦法，從永平到河內，遍設軍寨、驛站，派兵駐守。
但是這種做法增加了元軍集中與分散的矛盾，限制了元軍快速機動的作戰特點。元軍雖然在萬劫和紅河兩次擊破越軍重兵，但都屬於擊潰戰而非殲滅戰，越軍士兵大都從戰場逃生，這些殘兵敗卒重新聚集起來，很快就又成爲元軍的巨大威脅。
歡脫及衆將認爲必需加大戰爭力度，迫使陳家朝廷就範，最好是能捉獲陳朝君主，戰爭纔有望順利結束。於是脫歡命令萬戶孛羅哈達兒率水步軍、左丞李恆、烏馬兒等率水軍追擊逃跑的陳王，同時傳令給雲南平章納速剌丁，命他統本部兵馬入越參戰，又通知大在佔婆駐紮唆都提兵北上，計劃對陳家朝廷實行南北夾擊……
趙昺雖然未能把握細節，但是通過事務局還是獲知了雙方交戰的概況，還有許多是那些跟着陳宜中逃到占城軍民帶回來的。他們客居占城日子也並不好過，儘管他們協助其抵禦元軍的入侵，付出了犧牲，但是仍被占城人視爲下等人和炮灰。眼看占城節節敗退，他們也意識到占城是待不下去了，於是不少人設法到了瓊州。
對於這些迴流的人，趙昺並沒有秋後算賬，而是妥善進行了安置，當然想要當官還得經過考驗。但從他們帶回的唆都北上的消息，他就知道這已經成爲戰爭轉折的關鍵點。趙昺以爲在此之前元軍的策略還是對的，元軍始終保持着戰爭的主動性，無論是尋求殲滅敵軍主力，還是意圖捉獲陳家二帝，都和現代戰爭中的速戰及斬首戰術相契合。
但元軍還是輕視游擊戰的作用，無奈的陳王朝上自皇帝下至小兵似乎都諳熟五花八門的逃命術，一俟戰事不利，他們或竄入莽莽原林，或藏身地形複雜的險山，或浮舟入海。蒙古人從沒有見過這種戰術，就猶如一頭暴怒的獅子，左顧右盼，卻找不到一個目標，與美帝陷入了同樣的困境，尤其是在古代科技不發達的條件下是難以堅持的。
另外，元軍正在陷入爲其所困的糧荒之中。元軍雖然有意從永平到升龍設置了一條運糧專線，但由於接濟不力，週轉失靈，再加上游擊隊的襲擊破壞，使補給線陷於癱瘓。且從山區到平原，從紅河平原到清化-義安地區，到處都實行堅壁清野，切斷了敵人搶糧的來源，陷入了內外交困之中。
再有歡脫還是太嫩了，只想着儘快攻下占城和安南立下功勞，卻沒有考慮氣候方面的事情。四月後邊要進入潮溼炎熱的雨季，而蒙古人在北京夏季都覺的熱的受不了，要跑到和林去避暑，想想要在這種讓人喘不過氣來的桑拿天中征戰，惡劣的環境也時刻的消磨着他們的戰鬥意志。此外還要面對陌生的雨林環境，蚊蟲、毒蛇、溼熱的瘴氣都會隨時要了他們的命。
所以趙昺斷定歡脫這些人能活着走出安南已經是大幸，完勝純粹是奢望。不過趙昺倒是希望他們沒完沒了的打下去，因爲這場戰爭就是無底洞，想當年美帝有錢都給拖得筋疲力盡，財政赤字飆漲，不得不主動撤出越南。而蒙古人現在日子也不比以前風光了，忽必烈也在爲錢發愁。
趙昺怎會知道呢？當然除了他大規模的販運私鹽，製造假幣擾亂了江南的經濟秩序有關外，還有一個消息讓他篤定忽必烈缺錢了。自年後就有消息傳來，稱忽必烈下詔要高麗和贛州、泉州等船場大肆製造戰船數千艘，並徵調大批江南新附軍。軍隊由中國各地，蒙古和高麗招集至沿海地區接受登陸作戰訓練，遠征軍的糧秣補給也源源不斷從全國各地徵集，同時高麗和中國東南沿海的造船廠也晝夜趕工，製造大小戰艦和運兵船。
行朝衆臣獲知消息後都憂心不已，擔心忽必烈再度征伐瓊州，原因顯而易見除了瓊州之外再無海外之地，而這兩年他們爲征伐瓊州死傷無數，以其性子定然會出兵報復，滅之而後快。趙昺之所以不着急，因爲他算算時候差不多了，忽必烈大舉打造戰船應該是爲了二次攻打日本。現在自己雖然改變歷史的走向，但是他仍然堅信不會是衝着自己，這原因有二：
一是忽必烈執意要控制日本是爲了顯示自己是天下共主，威儀四海。第一次侵日戰爭結束後，其認爲日本人已領教了蒙古人的威力，遂再次派使者去日本要求臣服，但日本人很乾脆地將蒙古使者斬首。忽必烈自然不會忍氣吞聲，在平定江南之後，他便着手準備第二次海上入侵。
二是忽必烈還有許多更實際的考慮。蒙古大汗雖富甲四海，可因爲蒙古貴族對奢侈品的旺盛需求，再加上蒙古人拙於理財，蒙古帝國的財政時常捉襟見肘。忽必烈之前的兩位大可汗貴由和蒙哥都以揮霍無度着稱，他們購買奢侈品主要以貴金屬支付，對部分拖欠的債務甚至以未來的戰利品做抵押。
忽必烈和阿里不哥爲爭奪汗位激戰四年，這場蒙古人之間的內戰無利可言，自然使蒙古帝國的財政狀況進一步惡化。而日本在過去數百年來一直是世界上最大的白銀產地和出口國，這個富裕的島國在急需硬通貨的蒙古貴族眼裡無疑是塊肥肉。瓊州之地素來以荒蠻著稱，窮的叮噹響，其以爲滅了對他也無沒有多少好處的。
所以說趙昺既然能猜對開始，自然也能料知結局，大敗之後的蒙元還要防着北邊，自然無力在征剿瓊州，使自己獲得幾年的安穩日子過……