高俊獲得了開衙的權利，建立一個統一的根據地政府迫在眉睫。根據高俊的估計，以現在朝堂上的形勢，等到明年的時候，朝廷可能還將進一步的下放權力，允許建立行（尚書）省、行（元帥）府、行（樞密）院。但是與其等到那個時候再手忙腳亂的組織中樞，倒不如今年趁着眼下大戰在即的緊迫感，提前把中樞打造妥當。
三月末的時候，五位地方大員先後接到了消息，讓他們儘快趕往濟南。這五個人分別是贊州刺史趙汝凡、沂州刺史張成武、密州刺史魯家齊、滕州刺史吳廣亭，以及還在密州的孔元政。
高俊和趙汝凡已經許久不見了，此次趙汝凡穿着緋紅官袍，一看到高俊就急忙下拜。
“從周，堅守梁山真是辛苦你了。”高俊看到趙汝凡也很高興：“此番五馬進京，一馬當先，你心裡可要預先有些準備。”
趙汝凡又驚又喜，已經大概猜出是什麼情況了，果不其然，就在第二天，何志也在工作會議上提出準備組建統一的根據地政府，這五位先生暫時就不用走了。
“古語有云，‘名不正，言不順’，今天我先給你們定下一個基調：根據地百姓的支持就是名正，太平軍這一萬七千多條長槍就是言順。有關組織架構的問題，大家都只需考慮根據地百姓的需要，至於上下名節的問題，高郎君和我去替你們打通，這些你們都不用管！”
經過長達半個月的討論之後，根據地的架構基本完成，此時齊州的城牆也修復，並且逐漸恢復人口，高俊將濟南府更名爲齊州，並且設置了濟南縣、歷城縣分管城牆以外的郊區，而城內由齊州錄事司管轄，按照根據地行政傳統，錄事司的等級等同於縣。
與此同時，城內建築也清理完畢，以原來的山東路按察使衙門爲原址，修建了新的衙門，定名爲“山東東西路軍民元帥府”。
帥府分爲五個部分，北院爲軍政院，南院爲民政院，東院爲司法院，西院爲集賢院，外院爲流泉院。這五院當中，以南院、北院最大是根據地的行政主體。
軍政院既原本的軍事委員會，原軍事委員會委員改稱知軍政院事，自然，民政院是由原行政委員會所改成，所有的人被稱爲知民政院事。
民政院內分爲七個辦公廳，分別爲禮戶吏兵刑工農，辦公廳稱政府，而首腦稱爲主席。
趙汝凡爲吏政府主席、吳廣亭爲工政府主席、張成武爲刑政府主席、孔元政爲戶政府主席、元好問爲禮政府副主****空缺），魯家齊爲農政府主席，在高俊推薦下，王澮兼任兵政府主席。
除此之外，還有若干獨立機構：
坻報署：負責編輯和發行邸報，目前還要兼職管理根據地所有的發行刊物，目前的主事是鄧博勉，這個小夥子蠻機靈的，高俊很賞識他。
大家普遍不重視坻報，鄧博勉心中有時候也小小的感嘆自己被大材小用，但是高俊對大衆媒體極爲重視，事實上，許多年之後人們才發現，不少政治幹部都是率先在坻報署鍛鍊了自己的能力。
水利署：目前負責農田水利建設以及北清河沿岸的治理。高俊應該感到幸運，目前他的控制區還算風平浪靜，鬧的幾次水患都遠離人口稠密區。但未雨綢繆永遠不錯，水利署已經正式掛牌運作。
惠民署：醫藥事業的總管理單位，目前根據地已經有了三家醫院分立的計劃，並且還要在各州建立醫療點，在各縣設立診所，如何劃分各自的醫療區域，如何建立醫療人才的培養機制，收集驗方並且提高醫學技術水平，這都是惠民署管理的範圍，惠民署暫時無主事，由齊州醫院院長白卉代理。
軍器署：老鐵匠孫大綱沒想到自己能當官，而且一下子就當上了軍器署的副主事，製造軍器時有關技術的問題都要從這裡過，這讓他激動到無以復加：從三皇五帝開始算，真沒聽說幾個因爲手藝好而當官的人。
軍器署主事叫張紅河，是山東本地人，曾經應試爲舉子，但始終沒有進學。鄭迎受高俊之命掌管根據地的工商企業之後，一直感嘆自己學識不足，因而到處延攬人才。張紅河也因此進入了根據地的工商系統，因爲一向勤奮能幹，所以如今被委以重任。
將作署：從名字上來看是打造器械的，但是目前根據地的民用工具生產完全都是由國營商社和民營商社經營。將作署的實際職責是維護整個根據地內的道路和郵政系統。早在前年，根據地就開始大規模的整修道路，但是由於這兩年維護的不算很好，今年是爲了充實經濟而努力耕種的一年，道路的全面大整修還要在明年進行，目前將作署已經開始着手做這次道路整修的準備。
文教署：主要任務是負責根據地內的教育系統，所有的學校都應對其負責，由白廣泉擔任主事，該部門將繼續負責建設新的中學、培養人才、，以及對教師的統一培訓和調動。
東院則集中進行司法和監察工作，翟呈信終於有了自己一間固定的辦公室，開始進行他的司法工作了。
目前而言，東院的主要工作還集中於編寫法律和做社會調查，以及培養青年法律人才，而常規性的工作則集中於重大刑事案件，以及涉及官員案件的複覈審理。
整體而言，西院是由原本的諮詢協商委員會組成的。全真道的李志常道長和尹志平道長自不必言，諸位佛教高僧大德也都被邀請前來，除此之外還有根據地內名聲較好的大商人大地主，以及賦閒在家的退休官員。
而流泉院則由鄭迎和張思彝兩個人負責，與此同時，高俊也讓孔元政經常到外院去一同參與工作，扛過了今年，把資源都抓在手裡之後，明後年開始也要考慮鑄幣的事情了。
在元帥府衙門附近，高俊又籌劃建立齊州市民服務中心，以開放式窗口的形式對齊州人民進行服務。整個根據地的幹部們從農村走向城市，開始掌管整個山東路。