曹化淳首先趕到乾清宮，崇禎責備道：“陳新甲辜負朕意，暗中派馬紹偷同東虜議和，事情經過，朕全被矇在鼓裡，你的東廠和吳孟明的錦衣衛，職司偵伺臣民，養了許多番子，如此大事，你們竟如聾如瞽，白當了朕的心腹耳目，陳新甲所爲，何等機密，那些言官是怎樣知道的？”
“奴婢有罪，懇請皇爺息怒！”
曹化淳撲通一聲跪在地上，連連告罪，實則他心裡是明白的，從秘密議和開始，主意出自上面這位，如何進行，曲曲折折，他完全清楚，但是他又知道，崇禎是要將責任全推給陳新甲，於是奏道：“對東虜議撫之事，原本很是機密，如今泄露出來，奴婢誠惶誠恐，叫番子們多方偵查……”
崇禎不耐的打斷：“偵查結果如何？”
“啓稟皇爺，是這樣的！”
曹化淳道：“馬紹愉將密件的副本連夜呈給陳新甲，陳新甲可能是睏倦了，一時疏忽，看過之後，忘在書案上便去睡了，他的一個親信僕人，以爲是發抄的公事，送下去作爲邸報傳抄，先落到兵部給事中方士亮的手中，雖然陳新甲在次日上朝時記起了這個抄件，知道被僕人誤發下去，急快追回，不料已經被方士亮抄了一份留下，以此大做文章。”
崇禎強抑下恨不得剮了陳新甲的心思，問道：“京師臣民如何議論？”
曹化淳駕輕就熟道：“京師臣民聞知此事，輿論大譁，都說皇上是千古英明之主，必是被陳新甲矇蔽，都指責陳新甲不該揹着皇上做此喪權辱國之事。”
崇禎嘆了口氣：“朕之苦衷，臣民未必盡知！”
曹化淳道：“臣民盡知皇上是堯舜之君，憂國憂民，朝乾夕惕，是陳新甲欺瞞皇上。”
睜着眼說瞎話，崇禎的心裡其實很不舒服，於是揮揮手道：“下去吧。”
“是！”
曹化淳施禮告退，在乾清門外，遇到吳孟明，二人統一了口徑之後，吳孟明入宮覲見，崇禎問了一陣子，吳孟明的回答和曹化淳差不多。
崇禎又小聲問道：“馬紹愉住在哪裡？”
吳孟明道：“微臣知道，陛下可要密召馬紹愉進宮詢問？”
崇禎不置可否的問道：“去他家看他的人多不多？”
吳孟明道：“他原是秘密回京，去看他的人不多，自從謠言起來之後，微臣派了錦衣衛在他的住處周圍巡邏，又派人裝成小販和市井細民暗中監視，他一家人閉戶不敢出來。”
崇禎冷聲道：“今夜，街上人靜以後，你派人將馬紹愉逮捕，家中的錢財什物不許翻動，另囑咐他的家人，倘有別人問起，只說馬紹愉有急事出京，不知何往，如敢胡說半句，全家主僕禍將不測。”
吳孟明暗暗歎了口氣，馬紹愉帶着和談成果回來，立下蓋世奇功，可轉眼就被扔出去當替死鬼了，他的心還沒黑透，很爲馬紹愉不值，但是他也無可奈何，只是問道：“皇上，可是將馬紹愉下入鎮撫司大獄？”
崇禎搖搖頭道：“將他送往西山遠處，找個僻靜的孤廟看管起來，叫他隱姓埋名，改爲道裝，對任何人不許說出他是馬紹愉，你們要好生照料，不要虧待了他。”
吳孟明心頭撥涼，作爲崇禎的身邊人，他對崇禎太瞭解了，別看嘴上說的好聽，等到真要殺馬紹愉時，會毫不猶豫的下手，而且人不是關在鎮撫司裡，而是軟禁在荒山野廟中，馬紹愉死了，都沒人知道死在哪裡，是怎麼死的！”
“臣遵旨！”
吳孟明趕緊叩了個頭，告退離去。
崇禎卻仍是憂心忡忡，他斷定這事已經沒法強壓下去，只能由陳新甲背鍋，於是下了道手諭，責備陳新甲瞞着他派馬紹愉出關與東虜款議，要求陳新甲好生回話。
雖然崇禎的原意是由陳新甲引罪自責，等事過境遷，再救他出獄，但耐不住崇禎惡名在外啊。
大明自洪武以來，歷朝皇帝都對大臣寡恩，用時倚爲股肱，翻臉則抄家滅門，崇禎更是動輒誅戮大臣。
陳新甲誤解爲崇禎要殺他的頭，以推卸責任，沒能領會崇禎的心思，心裡冤的很，同時他的性格又較爲倔強，在絕望之際，寫了一封不大得體的奏疏。
在奏疏中，他無認罪覺悟，爲與滿洲議和一事辯解。
首先陳述兩年來國家內外交困的種種情形，直言是奉旨派馬紹愉出關議和，雖然出發點是爲了祖宗江山，但恐朝臣大肆張揚，崇禎命他秘密進行，原打算事成之後，再舉朝宣佈，如今既已經事泄，不妨就此說明原委：今日救國之計，不議和不能對外，也不能安內，舍此別無良策。
崇禎大怒，破口大罵：“該殺！”
其實他也知道陳新甲說的沒錯，但是奏疏中的奉旨議和四字，是他的大忌，於是又下一道手諭，責備陳新甲胡言奉旨議和，還試圖讓陳新甲引罪自責。
陳新甲卻是更加相信崇禎要殺他，索性橫下一條心，又上一封奏疏，不惟不引罪，還具體地指出了崇禎密喻的時間和內容，將崇禎給他的各次密詔披露無遺，他認爲這封奏疏將使崇禎無言自解，爲自己洗脫罪名。
崇禎也不是吃素的，意識到陳新甲分明沒有遵旨將自己的手詔燒燬，應該仍藏在家中，他一方面下詔，將陳新甲逮捕下獄，交刑部從嚴議罪。
另一方面，命吳孟明率領錦衣衛將陳家包圍，嚴密搜查，宮中的手諭，一概抄出，馬上密封，倘有片紙留傳在外，或有人膽敢偷看，從嚴治罪！
吳孟明害怕查抄不全，被崇禎疑心，惹禍上身，又擔心曹化淳嫉妒，於是懇求崇禎命曹化淳一同前去，崇禎也有點不放心，同意了吳孟明的要求。
當夜二更，曹化淳和吳孟明帶領人馬闖入陳宅，將陳新甲的妻妾、兒子和重要奴僕全數拘捕，逼他們道出收藏重要文書的地方，果然，在一口雕花樟木箱子裡找到了全部密詔。
二人嚴密封好，連夜送往宮中。
崇禎支開二人和宮女太監，一封封撿看，心裡悔恨交加，這的確是他的手跡，沒想到陳新甲竟然還留了一手，簡直是用心險惡！
接下來的一段日子，以首輔周延儒爲首的諸多朝臣，上疏救陳新甲，畢竟局勢已經爛到了極點，不僅對滿洲無任何良策，中原又快速淪陷，值此國難之際，中樞易人，已經很爲失計，倘再殺掉陳新甲，會使知兵的大臣從此寒心，視兵部爲危途。
而且明眼人都能看出，對滿洲和議是出自上意，陳新甲只是秉旨辦事，隨着局勢的全面惡化，很多人認清了國家將亡的現實，連國都要沒了，還談何氣節，已經不再認爲和議是喪權辱國，倘若崇禎對陳新甲從輕發落，雖然仍會有言官上疏爭論，卻也左右不了大局。
問題是，崇禎痛恨陳新甲在疏奏中的奉旨行事，雖然奏疏被留中，隨時可以銷燬，可是讓陳新甲活下去，就形同於默認了陳新甲確是遵照密旨行事，同時陳新甲還有可能道出事件的曲折經過，所以在朝議時，多數朝臣想救陳新甲，崇禎卻反而下了殺心，此人留不得。
儘管刑部已經三次將定讞呈給崇禎，都沒有定爲死罪，按照《大明律》，不管如何加重處罪，陳新甲都沒有可死之款，崇禎急了，將首輔周延儒、刑部尚書和左右侍郎、大理寺卿、都察院左右都御史召進乾清宮，地上跪了一片。
崇禎厲聲問道：“朕原叫刑部議陳新甲之罪，因見議罪過輕，才叫三法司會審，不料你們仍舊量刑過輕，顯然是互爲朋比，共謀包庇陳新甲，置祖宗大法於不顧，三法司大臣如此姑息養奸，難道以爲朕不能治爾等之罪？”
刑部尚書戰慄說：“請陛下息怒，臣等謹按《大明律》，本兵親自丟失重要城寨者可斬，而陳新甲無此罪，故臣等無法爲陳新甲擬罪。”
崇禎大怒道：“胡說！陳新甲他罪姑且不論，他連失洛陽、襄陽，福王生死不明，襄王等親藩六王被賊人殺害，難道不更甚於失陷城寨麼？爲何斬不得？”
左都御史辯說：“雖然宗室諸多連遭不測，但非本兵直接過錯，還望皇上乞憐……”
崇禎沒耐心聽下去，將御案一拍，哼道：“不許爾等再爲陳新甲乞饒，速下去按兩次失陷藩封議罪，下去！”
首輔周延儒跪下道：“請陛下息怒，按律，敵兵不薄城，不至斬本兵……”
崇禎打斷道：“連陷七親藩，不甚於敵兵薄城？先生勿言！”
三法司大臣叩頭退出，重新商議，雖然他們知崇禎決心要殺陳新甲，卻仍希望有回心轉意的奇蹟，於是把陳新甲定爲斬監候，呈報崇禎欽批，崇禎提起硃筆，批了立決二字。
京師臣民聞知此事，輿論譁然，於次日午日三刻，陳新甲於西市就斬，又過三日，陳新甲被斬的消息傳到了臨清。