被遣送回爪哇島上的幾批人裡，有些人在船上就已經有了發燒、咳嗽等症狀，不過這些很常見的現象都被周圍的人視爲了普通疾病，並沒有重視起來。而等到他們返回原來的居住地之後，這種症狀就逐漸加重了，並且發病的人數也開始增加。
很快，在3天之後，就有第一個人因爲咳血引起休克，並死亡。接着，每天都有人在劇烈的咳嗽聲中死去，而且死後身體的皮膚變成了紫黑色，這就是典型的肺鼠疫，歐洲人稱黑死病。
由於爪哇島上的醫療條件很差，再加上人口密集，氣候炎熱，很適合肺鼠疫的傳播，於是，與這些被遣返人員有過接觸的人很多都感染了病菌，並且隨着他們的流動再向更多的人傳播。
到了7月底，爪哇島東部的巴達維亞、萬隆、勿加泗等地區都出現了全身淋巴腫大、化膿、潰爛致死的病人；而巴厘島、馬拉都島、泗水等西部地區則出現了高燒、咳嗽、休克致死的病人，而且死後身體皮膚呈紫黑色；在爪哇島的中部地區，三寶壟、克拉登等地，也出現了很多突然死亡的人，不過他們大多是高燒、寒顫，然後皮膚出血，隨後就是死亡。
這些死者雖然死因和症狀都不太一樣，但是都有一個共同點，那就是都是偷渡被遣返的人員，不過由於爪哇被封鎖的時候，很多人都試圖用偷渡的方法離開爪哇島，所以這個特點並沒有引起身邊的人注意。
由於發病非常快，一般都在1—4天就會死亡，所以，當地的荷蘭人也沒有什麼好辦法，只能讓當地人按照疑似藍教的傳統，把屍體火化了事，而這個無心之舉，也恰恰部分阻止了疾病的傳染速度。
到了8月初，爪哇島上的疾病爆發速度突然增加，大批的感染者在各地出現，而原來的各種症狀也都隨着各地帶病者的交叉感染而逐漸均勻分佈了。當一位荷蘭醫生看到一具死後身體皮膚呈黑色的屍體之後，大驚失色，他立刻通知了巴達維亞的荷蘭東印度政府：黑死病來了。
而荷蘭政府的反應不可謂不快，他們迅速頒佈了命令，宣佈在爪哇島上實施戒嚴，各個城市之間不許任何形式的人員往來，而城市、鄉村之內，凡是有發病者，必須嚴格實行隔離，死後的屍體也必須火化。
不過，這些措施雖然是正確的，但是時間上已經晚了，這次南海聯邦主動擴散的鼠疫病毒有三種，肺鼠疫、淋巴鼠疫和敗血症鼠疫，這些病菌的傳染能力非常強，從病人的體液到空氣傳播，幾乎無所不在。而爪哇島上的醫療條件不足，再加上當地人的預防意識也非常差，很多人都是一大家子幾十口人住在一起，很多人還是商人，需要在島上四處購買貨物，所以，在經過了近一個月的傳播之後，現在的疫情就算是劉芾來了，也沒轍，帶菌者太多了。
到了8月中，爪哇島上所有的大中城市中，都出現了大批的患病者，由於死亡率和死亡速度太快，荷蘭人不得不抽調當地人的軍隊，去負責焚燒那些死在城市各處的屍體，整個爪哇島上，除了一些非常偏僻的山地和密林深處還沒有遭受感染之外，到處都是一片世界末日的景象。
荷蘭人到這個時候，才反應過來，把巴達維亞等幾個城市嚴密封鎖起來，軍隊在街上巡邏，凡是發現發燒、咳嗽、怕冷怕熱等有關症狀的人，一律抓起來送到集中營內，再把這些病人待過的地方嚴格消毒甚至焚燬。
整個爪哇島上，尤其是人口集中的城市裡，每天在城外焚燒屍體和焚燒病人住地的黑煙四處可見，以前富饒美麗的爪哇島，現在已經成了人間地獄。
雖然荷蘭人採取了果斷的處理措施，力度也非常大，但是病菌這個東西，多到一定程度，就不是人力可以控制的了。不管荷蘭人怎麼燒，怎麼抓，疫情都得不到有效的控制，不僅是當地人，就連那些在爪哇島上做生意的荷蘭人和歐洲人也照樣逃不掉。
在死神鐮刀的威脅下，爪哇島上亂套了，在一些疫情不太嚴重的偏遠地區，當地人聯合起來，封鎖了進入該地的道路和水路，嚴禁任何人接近該地區。而那些被死亡嚇破了膽的歐洲人、爪哇人和一部分沒有離開爪哇島的華人都迫切需要到一個安全的地方去躲避這場恐怖的瘟疫，而不讓他們進入那些相對安全的地區，就是要他們的命。
於是，在8月底，爪哇島各地發生了幾十起武裝衝突，大批白人帶着自己的僱傭軍向他們準備避難的地區發起了進攻，而當地的人民也爲了保護自己的家園，和這些平時他們正眼看都不敢看的白人老爺們展開了激戰。
戰鬥的結果大多是白人們依靠武器和數量的優勢，打敗了當地人，從而暫時獲得了一個相對安全的地區，不過，這個安全也是暫時的，由於當時的醫療條件無法確定誰感染了病菌，而鼠疫的潛伏期最高可以達到15天，所以很多原來並沒有疫情的偏遠地區也因爲白人軍隊的到來而感染了疫情。
到了9月底，全部爪哇島上，包括巴拉望島和巴厘島基本都被疫情所感染，很難再找出一個乾淨的地方，而荷蘭駐東印度總督也因爲感染了黑死病而死亡。
看到總督都死了，白人和當地人都慌了，他們再也忍受不了在自己家裡慢慢等死的煎熬，再也忍受不了整天籠罩在焚燒屍體的黑煙中，他們跑到碼頭上，登上一切能用的船隻，不顧水道中密佈的水雷，開始向巴達維亞的港口外邊駛去。
雖然負責封鎖的南海聯邦海軍早就已經做好了爪哇船隻集體衝出港口的預案，但是真正看到這些奮不顧身、不懼生死的人們，駕駛着各種各樣的船隻，瘋狂的從港口裡衝出來的景象，也都渾身發冷，目瞪口呆。
大部分衝出港口的大噸位鐵質船隻，都被磁性水雷給炸沉在水道中，有時候由於船隻過密，很多離被炸船隻過近的小木船也被波及，一起被掀翻在海水中。但是由於出港的船隻太多，水雷對木船和小船都無能爲力，還有部分船隻衝出了水雷陣，逃到了港口以外，它們紛紛掛滿了帆，燒足了鍋爐，能開多快就開多快，也不管港口外巡邏的聯邦軍艦，只是朝着自己想好的方向開去。
在請示了聯邦海軍部之後，封鎖艦隊向這些出逃的船隻發起了進攻，驅逐艦、魚雷艇、潛艇全部投入了剿滅工作，因爲海軍部下達了死命令，逃出去一條船，所有艦長和艦隊指揮官都將被以叛國罪逮捕，等待他們的將是去礦山和密林中監管勞動一輩子的處罰。
雖然逃跑的船隻很多，但是大部分都是500噸以下的小船，而且很多都是風帆木船。在收到海軍部的命令之後，封鎖艦隊的指揮官和艦長們像吃了鴉片一樣，立刻把剛纔的同情心收了起來，換上了魔鬼的面孔，吼叫着，讓所有人進入戰鬥狀態，把軍艦上所有能攻擊的武器都用上，先攻擊速度快，噸位大的船隻。
一時間，巴達維亞的港口外，3艘驅逐艦和5艘魚雷艇像進入了羊羣裡的餓狼，它們用主炮轟、副炮打、機槍掃，甚至用船體去撞，把大部分逃跑的船隻都送入了海底，不過還是有些漏網之魚，已經衝過了第一道封鎖線，向四面八方逃去。
在第二封鎖線的是5艘潛艇，面對這些瘋狂逃竄的小船，潛艇的魚雷基本沒用，因爲這些船不光船體小，吃水淺，而且大多是木質船身，魚雷根本引爆不了。
於是，在得到艦隊指揮的認可之後，這些潛艇紛紛上浮起來，用艇上的2挺重機槍和艇身做武器，連打帶撞，終於在巴達維亞港口外50海里內，消滅了所有準備逃跑的船隻。
事後，經過大概統計，在這一天衝出港口的船隻，大概有300多艘，而每艘船基本上都是滿員甚至超員，哪找一艘船平均80人計算，至少有2萬人葬身海底。