李經述去見李鴻章，李鴻章的面色不好，還在爲國內陷入分裂而頭疼。李經述說中國現在沒了君主，共和乃是人心所向。
此時，嚴復在李經述的授意下，提前完成翻譯了英國生物學家赫胥黎的《天演論》，出版宣傳“物競天擇，適者生存”的觀點。該書問世產生了嚴復始料未及的巨大社會反響，有胡姓青年學子，還以“適之”作爲自己的字。少年魯迅初讀《天演論》，也愛不釋手，一位頭腦冬烘的本家長輩反對魯迅看這種新書，魯迅不理睬他，仍然自己不覺得有什麼不對，一有閒空，就照例地吃侍餅、花生米、辣椒，看《天演論》，可見此書何等受歡迎。在當時的知識分子中，很多人像容閎，都認爲共和制度比帝制更加先進，中國應該嘗試共和立憲。李鴻章卻說：“老夫正在考慮是否要迎接新皇帝回北京。”
李經述道：“這萬萬不可。如果我們沒有邀請張之洞、劉坤一他們倒天津共商國是，還有可能迎接回新君，現在，恩師和洋人和議成功，功高蓋主，一旦莊親王回北京當政。他第一個要搬開的，就是我們這樣的絆腳石。莊親王流放端王、殺剛毅，不像善類。”
李鴻章嘆了一口氣，道：“當初文正公攻下天京，手下有湘軍十萬、淮軍六萬，皆配備洋槍洋炮，也曾有人勸他自立爲王，他始終以忠謀政，解散湘軍，如若老夫此時自立，一旦失敗，那就是千古罵名。”
李經述道：“此一時，彼一時也，現在慈禧太后自作孽，不可活，引洋人?大禍，我們天下三萬萬餘漢人猶如被關在一間鐵屋子，恩師可以嘗試聯邦共和制，打破鐵屋子的枷鎖，實行憲政，創萬世之太平！過去這些年。由於滿清政府的軟弱和官僚的昏庸，中國割了多少地，賠了多少款？洋務運動辦到現在，鐵路才修了不到千里！即便莊親王回北京，還要用到我們，但我們的手腳，肯定也是被鐵鏈束縛，到最後要是中國毀於洋人之手，我們同樣會落得千古罵名！既然如此，還不如起兵反清，放手一搏。”
李鴻章說：“江南大營現在有六萬旗軍，兩江總督劉坤一大人來電報說，旗軍已經接到命令，要接管南京城。現在莊親王控制了滿洲、陝西、山西、四川，我們自立，難免會內戰，到時候列強一干涉，國家就難免動盪了。”
李經述拍着胸脯，道：“正因爲如此，我們更應該提出建立共和，這是世界大潮，英國、美國駐華公使已經表態，支持恩師建立共和國。我可以以北洋軍官學堂的學生和新軍爲骨幹，組織共和國民革命軍，十天之內，必攻破江南大營六萬清軍。陝西、山西我漢人佔據大多數，只要恩師舉起反清的大旗，一個月內必然拿下陝西和山西，同時，劉銘傳可以領新兵攻下四川。到時候我和他合兵一處，然後讓袁世凱從朝鮮出兵，夾擊滿洲，三個月內，必然可以拿下滿州。速戰速決，這樣等洋人在議會裡吵吵嚷嚷的時候，我們已經平定中國。”
李鴻章還有疑慮，說：“打仗打的是錢，如何籌款？”
李經述道：“段祺瑞在宮中挖出的財寶就價值白銀億兩，另外，盛宣懷可以到上海、南洋等地籌款，大多數僑民和商人都支持共和。如果錢再不夠，就找席正甫，找洋行借，如果以後我們國家的財政收入每年九千萬兩白銀，不用再花其中一半供養滿清的皇室和貴族，很快就能還清借款！而且龍興集團在美國買的股票，現在都可以高價賣了！到時候，我們可以先趕跑滿清，組建聯邦共和國，向美利堅學習，一步一步走，再討論制定憲法。”
李鴻章不再說話，想了良久，開口道：“你先帶領新軍去支援兩江總督劉坤一吧，他的南京城快守不住了。聽說六萬旗軍已經攻下南京附近的小城，開始屠殺漢人了！”
夕陽下的南京古城，數千間民房在燃燒，紫金山下已經濃煙滾滾，火光沖天，到處都是搶掠、強姦和屠殺漢人的場面，悽慘的哭聲響成一片！兩萬名滿清江防營騎兵，在盛京將軍紹英的帶領下，殺進了南京城，數千名手無寸鐵的平民攜老扶幼，四處逃散。
紹英是滿州鑲黃旗的悍將，此時才三十歲，莊親王下了死命令，讓他帶六萬旗軍一定要攻下南京，好讓兒皇帝載濤從西安遷到南京。莊親王還從各地調集了四萬清軍來支援，一共十萬大軍，攻擊南京，兩江總督劉坤一帶兵堅守了十五天，城破，退守安徽和江西。
李經述帶領一萬新軍在南京城外三裡紮營，軍火和彈藥陸續從天津等地運來，淮軍的援軍也向南京集結。
當時已經是初冬季節，江面上有的地方已經結了薄薄的一層冰。李經述這一萬新軍，大多是經過北洋軍校操練的精英，騎兵、炮兵、步兵分別由王士珍、段祺瑞、馮國璋帶領，很多軍官都是留洋回來的學生，步兵裝備了英國先進的亨利步槍和飛龍機槍，炮兵裝備有克虜伯重炮，軍裝整齊，都是仿製德國陸軍軍裝。除了裝備先進，思想上已經脫胎換骨，已經完全和舊式軍隊不一樣了，名字也改成共和國民革命軍第一軍。
攻城前，李經述一身戎裝，騎在高頭大馬上，向空中拔出了鋒利指揮刀，再一次跟新軍作思想動員：“兄弟們，說句老實話，過去的軍人，往往被人看不起，爲什麼？因爲過去的士兵，都是社會最底層的人才當兵，只想着自己升官發財，當了官之後，又只知道欺壓手無寸鐵的百姓。就像南京城裡的旗兵，面對洋人的洋槍洋炮，跑得比兔子還快，面對自己的同胞，卻比豺狼兇狠百倍！你們要記住。你們和他們是不一樣的，你們要記住，你們是共和國的軍隊！你們保家衛國，爲共和國的榮譽而戰！只有牢牢記住這一點，你們纔會是戰無不勝的軍隊！十天之內，定要拿下南京城。我知道今天的戰鬥。一定會很慘烈！但你們記住，你們是戰無不勝的軍隊！共和國萬歲！”
段祺瑞段祺瑞、王士珍也拔出了軍刀，和身後數千名新軍鬥志昂揚，信心十足，一起喊了起來：“共和國萬歲！”
喊聲震天，南京城裡的旗軍不知道這羣瘋子在喊什麼。不過，他們也不用知道了，因爲他們的末日，很快就到來了！
戰鬥的號角吹響。國民革命軍在《德皇威廉練兵曲》軍歌的曲調中，開始進攻，段祺瑞的炮兵從南京城的南門轟開了一個缺口，新兵們如潮水一般涌進南京城，滿清的騎兵被克虜伯重炮一轟，就暈頭轉向了，有些滿清的騎兵，連馬都騎不穩，直接從馬上掉下來摔死，紹英一連殺了三名守城門的軍官，也無濟於事。
眼看守不住南京城，紹英決定指揮三萬旗軍出城跟李經述的新軍硬拼，以攻代守，進行大決戰，但這些出城的旗兵先是被段祺瑞的炮兵炸得人仰馬翻，接着馮國璋帶着兩千步兵，端着亨利步槍列隊狙擊，“砰砰砰”的槍聲響個不停，黑乎乎的槍口白煙滾滾，槍管都快“燒”紅了，第一排的步兵打完了，第二排繼續頂上，密集的子彈呼嘯而去，如一張子彈網，把一隊隊的滿清騎兵打得渾身都是篩孔，只剩下受到驚嚇的戰馬在空蕩的原野上奔馳！王士珍的騎兵最後上陣掃尾，又是一陣讓人膽戰心驚的殺戮。
交戰雙方的戰鬥力根本不在同一朝代，紹英這一仗，打得相當絕望，六萬旗軍，不到三十個小時，死傷過半，沒有一個人能活着出南京城，他終於明白，自己碰上了比洋鬼子更厲害的對手！
第三天早上，各個城門，飽受戰火的數萬南京市民帶着隨身細軟要蜂擁而出，想逃到鄉下避難，清軍起先是驅趕他們，但是不抵事，到了中午，已經有七萬市民衝出了南京城，到晚上，要逃難的市民越來越多，又有兩萬市民，包括商人、紳士、苦力如潮水般涌向城門，紹英也知道南京城守不住了，於是下令用砍頭示衆的方法震懾這些要逃難的漢人，旗軍把他們十個一批，站成一排，一起被砍頭。
李經述聽逃出的人講了城裡的屠殺後，心如刀絞，下令加大了攻城的力度：“今晚必須拿下南京城！”
段祺瑞指揮炮兵將南京東南西北四個城門都轟開了缺口，新軍紛紛涌進城裡，攻擊清軍，大刀王五和譚嗣同的數百大刀隊員，也壓陣衝了進去，清軍抵擋不住，手腳並用着潰逃。
逃跑的一路上，紹英下了屠殺的命令，雙手沾滿鮮血的清軍不分老幼開始屠殺漢人，很多跑到狹窄的街巷內橫衝直撞，跑到婦人家裡搜刮錢財，很多富戶全家人頭落地，街巷內火光沖天，從紫荊山望去，大火照亮了天空。
李經述半夜拿下南京城時，燒了幾個大洞的黃龍旗隨地可見，他親眼看見大半個城區被燒燬，倒斃街頭的屍體足有千具，城內一片荒涼和寂靜，戰爭的殘酷，讓他幾乎沒有了勝利的喜悅感。
攻佔了兩江總督府後，李經述命人開始清點俘虜，這一仗，大概俘虜旗兵將近兩萬人。李經述正和徐世昌幾人商議進城後安民事宜，大刀王五壓着一個五花大綁的將軍來到府衙大堂，那將軍披頭散髮，頭髮上還有一些稻草，鼻樑直挺，顴骨很高，一看就是旗人，臉上都是傷。
大刀王五說：“此人就是下令屠城的盛京將軍紹英，他逃到一戶農家的後院，躲到農戶家的稻草堆裡，被人發現，我趕過去，抓個正着！”
李經述道：“辛苦王五大哥，你上次在八里橋擒獲德軍少校魯瓦西德，這次又抓獲滿清盛京將軍紹英，又立了奇功一件呀！”
紹英不肯下跪，大刀王五一刀柄擊在了他的膝蓋骨上，發出骨頭折斷的咔嚓聲，然後罵道：“我大刀王五最痛恨的就是濫殺百姓的旗兵，要是真爺們，有本事去跟洋人幹去！屠殺百姓，算個鳥人！”
紹英的膝蓋骨被敲碎，疼得滿頭大汗，仍然掙扎着單腿站立，大罵李經述和李鴻章，道：“李鴻章食我旗人的俸祿，卻起兵反清，圖謀我愛新覺羅的天下，如此大逆不道，我怎麼能跪你們這些逆臣賊子！”
李經述“呸”了一句，道：“食你旗人的俸祿？你們旗人又是食誰的俸祿？？我一萬新軍擊潰你十萬旗軍，你知道爲什麼嗎？這天下，是天下人的天下！你百萬旗人，整天提鳥籠，曳長裙，喝茶聊天，四體不勤五穀不分，要不是我三萬萬漢人養着，早餓死了！滿清人的辮子，已經讓世界恥笑了，慈禧那婆娘還引洋人攻破京城，禍害百姓，還想要我等漢人卑躬屈漆嗎？我們不傻，我們只不過要拿回曾經屬於漢人的東西。爲這一天，我們漢人等了二百多年！你本應該拱手奉還給我們，你卻下令屠城！我本不喜歡殺人，你下令屠城，罪無可恕，今日不將你斬首，對不起南京城裡死去的數千百姓！你，該死！”
李經述的話音剛落，門外進來兩個身穿軍裝的親兵，大刀王五道：“大人，留着子彈打洋鬼子吧，我有大刀處決他。”
李經述道：“好，人是你抓的，就交由你處置了！”
大刀王五上前，朝着紹英的脖子撲哧一刀，紹英的人頭就落地了。
擊潰了紹英的十萬旗軍，李經述貼出了安民告示，請兩江總督劉坤一重新入主南京，安撫江蘇當地的百姓，休養生息。
這一仗，三天拿下南京城，擊潰旗軍十萬，英國駐華公使朱爾典電報發回倫敦，稱李經述將來必爲掌控中華局勢的第一人，建議英國政府重點扶持李經述。
山西、四川等地的漢人收到李鴻章反清的消息，民心振奮，不少人開始揭竿而起！李經述的一萬新軍拿下南京後，一鼓作氣，一路勢如破竹，北上拿下太原，山西巡撫毓賢戰敗自殺。與此同時，劉銘傳帶領一萬淮軍攻下成都，四川總督奎俊戰死，兩軍對西安形成合圍之勢，陝西岌岌可危！
接到紹英在南京兵敗被殺，山西、四川失守的消息，莊親王癱坐在椅子上，自言自語：“大清國要完蛋了，我旗人要完了。”