登州、萊州和青州發生巨大變化的同時，遼東也開始出現變化了，經過了幾個月的準備，陳新甲覺得，自己已經準備的很是充足了，可以慢慢開始動手了，所以說，他再次寫出了密摺，肯定皇上下旨，首先對遼東的官員進行適當的調整。
秋收季節，遼東也獲得了豐收，十餘年的時間，這是遼東第一次收穫這麼多的糧食，上下都是很高興的，不過按照蘇天成確定的政策，這些糧食，大部分都是屬於老百姓自己所有的，上繳的部分不多，這令陳新甲有些不滿意，他很清楚，軍隊離開了糧草，就難以維持，就算是軍餉暫時不足，只要有糧食，一樣可以暫時維持的，遼東的江寧營、榆林營和邊軍，已經不是傳統意義上的明軍了，悉數都是專業的軍人，沒有了軍屯戶，軍隊自身沒有糧食來源，必須依靠軍餉和賦稅來養活，以前這些事情，都是督師府辦理的，也就是徐爾一直接操心的，包括邊軍和榆林營的開銷，朝廷撥付的軍餉，基本還是充足的。
陳新甲上任之初，向皇上爭取到了一個政策，那就是維持邊軍的軍餉，儘管說邊軍裁撤了十七萬的軍士，但軍餉還是維繫以前的水平，朱由檢考慮到，陳新甲上任之後，肩負特殊的任務，所以也就答應了陳新甲的要求，要求戶部不要削減遼東的軍餉。
秋收過後，動手的機會成熟了。陳新甲想到的是從兩個方面首先着手，一是軍隊的糧餉。必須是巡撫衙門來掌握，一旦掌握了軍隊的糧餉，等同於控制了軍隊，二是從調整官吏着手，調整之後，督師府雖然還存在，但形同虛設，遼東的大事情。都是巡撫衙門決定。
這是兩個大的調整，關乎到遼東的全局，陳新甲還是有些謹慎的，經過幾個月才決定動手，這樣把握性就大了很大了。
陳新甲來到遼東之後，最大的收穫，就是和秦三德搞好了關係。要知道在遼東，能夠和皇上接觸最多的，就是江寧營監軍秦三德了，秦三德是代表皇上管轄江寧營、甚至是監視遼東的整個情況的，通過秦三德，皇上能夠準確的掌握遼東的情況。同時秦三德是大太監王承恩身邊的紅人，與秦三德搞好了關係，就等同於和王承恩搞好了關係。
陳新甲很清楚，自己在遼東沒有根基，唯一能夠依靠的就是皇上。如此的情況下，與所有皇上身邊的人搞好關係。就是重中之重了。
和秦三德接觸的時間長了，陳新甲慢慢掌握了一些核心情況，遼東軍隊的組成是比較複雜的，有江寧營將士、邊軍和榆林營將士，其中江寧營的戰鬥力是最爲厲害的，在遼東的地位也是最高的，榆林營和邊軍的地位差不多，榆林營的戰鬥力，暫時沒有體現出來，加之人數不是很多，影響暫時不是很大。
陳新甲想要掌握遼東的軍隊，必須要採取一步一步來的措施，首先掌控邊軍，接着是榆林營，最後纔是江寧營，所以說，巡撫衙門首先要控制邊軍和榆林營的軍餉和糧草，江寧營的開銷，還是由洪承疇和徐爾一負責，暫時不要去動。
這些都是陳新甲和秦三德多次的商談之後，做出來的決定。
幾個月的時間裡面，看似無所事事的陳新甲，其實是做了不少事情的，最主要的就是了解黑山駐紮的後金韃子的情況。
黑山城池曾經被蘇天成毀掉了，不過後來駐紮在這裡的後金韃子，再次建起了城池，多次分析地圖之後，陳新甲認爲，黑山的位置非常關鍵，若是明軍能夠拿下黑山，後金依仗的城池就是寧遠了，後金因爲丟失了大淩河城，加強了對寧遠的防守，往來的商賈帶來的消息，寧遠城池的加固基本完成了，其堅固的程度，不亞於錦州了。
拿下黑山，就爲進攻寧遠打下了堅實的基礎，一旦明軍拿下了寧遠，就將與後金對陣於遼河了，可以說，明軍拿下了寧遠，將從根本上動搖後金的政權。
根據這些情況分析，陳新甲認爲，第一步是拿下黑山，若是局勢好，趁勢拿下寧遠，局勢不好，可以休整一段時間，對寧遠形成逼迫的態勢，迫使後金做出來重大的調整，將後金韃子集中到寧遠一帶，這樣明軍就能夠和後金韃子展開真正的決戰了。
圍繞着這個目的，陳新甲多次要求洪承疇派出斥候，偵查黑山一帶的情況，有可能的情況下，瞭解寧遠城的防禦狀況，對於陳新甲的這些要求，洪承疇沒有引起警覺，陳新甲如今是遼東的主帥了，知己知彼百戰百勝，不管怎麼說，瞭解掌握後金在黑山和寧遠的部署情況，都是有必要的。
幾個月時間過去，皇太極對黑山、寧遠的部署也做出來了一些調整，多爾袞駐紮在寧遠城內，漢八旗的馬關遠部、石廷柱部、劉之源部和李國翰部，駐紮在黑山，黑山和寧遠的防禦，悉數有多爾袞負責指揮協調，多爾袞可以根據黑山和寧遠的情況，做出來決定。
這樣一來，駐紮在黑山和寧遠的滿八旗和漢八旗，兵力達到了四萬人以上了，而且這些軍隊的戰鬥力是非同一般的。
不過皇太極和多爾袞的部署，還是顯露出來了一定的歧視，也就是說，漢八旗駐紮在最危險的黑山，多爾袞駐紮在相對安全的寧遠，一旦發生戰事，首先遭遇到炮火的，依舊是以前的漢軍，滿八旗有着調整和部署的時間。
也正是因爲皇太極和多爾袞的這種部署，令陳新甲看到了希望。
黑山駐紮的兩萬後金韃子，絕大部分都是漢八旗，以前的漢軍，陳新甲認爲，這些漢軍的戰鬥力，不會很強悍，這樣的情況下，明軍對黑山發動突然襲擊，成功的可能性很大，一旦偷襲得手，明軍立即牢牢的佔據黑山，依託黑山，對寧遠展開攻擊。
陳新甲清楚，滿八旗的戰鬥力是很不錯的，不容小覷，明軍之中，能夠和滿八旗展開野戰、正面對抗的，恐怕也就是江寧營了，不過漢八旗可沒有什麼威風的，也就是那樣，不過是以前投降過去的明軍。
陳新甲的判斷，這一次出現了巨大的失誤，漢八旗不僅僅是投降過去的明軍，還有很多直接進入滿八旗的遼東漢人，有些甚至是長期跟隨滿八旗作戰的，而且漢八旗的各級軍官，都是從滿八旗之中，抽調的精銳，漢八旗的戰鬥力，從某種程度上來說，不會比滿八旗弱，更爲關鍵的是，漢八旗剛剛成立，馬光遠等人，情緒高漲，時時刻刻想着建功立業，展現出來漢八旗的威力，從這個方面來說，漢八旗比較滿八旗更加的危險。
九月初，皇上的聖旨下來了。
遼東出現了諸多的新面孔，最爲引人注目的是錢謙益。
錢謙益以右都御使的身份，兼任都督同知，協助陳新甲處理遼東的事宜。
具有諷刺意味的是，舉薦錢謙益的，是唐世濟和劉宗周，劉宗周和錢謙益的交情還是不錯的，雖然說有一段時間，兩人的認識不相同，但隨着時間的推移，兩人之間的友情是不會磨滅的，幾年時間過去了，劉宗周想到了賦閒在家的錢謙益，決定舉薦錢謙益了，內閣次輔唐世濟完全贊同劉宗周的想法，和劉宗周兩人共同舉薦了錢謙益。
錢謙益是文人，按說進入朝廷不算是什麼事情，不管怎麼說，錢謙益也是大儒了，東林書院的領袖，不過文人到遼東，這裡面的意思就值得琢磨了，而且錢謙益以右都御使、都督同知的身份，巡查遼東，協助陳新甲，處理遼東的事宜。
明眼人可以看出來，錢謙益到遼東的目的，就是處理民生方面的事情，成爲了陳新甲最爲得力的助手。
陳新甲也是知道這件事情的，對於錢謙益到遼東來，是非常滿意的，陳新甲是文人，重點署理民生方面的事宜，也就是替代徐爾一的，掌控遼東所有的民生事宜，錢謙益不會對軍事部署方面，提出來什麼意見建議，這就令陳新甲有了充足的發揮空間。
九月中旬，朝廷再次下旨，徐爾一調回了京城，出任左都御史，免去了都督同知、兵部左侍郎的職務，這預示着，徐爾一離開了遼東，而且不再插手軍事上面的事情了。
這兩次的相關官員的調整，在遼東引發了震動。
洪承疇等人感覺到，遼東要發生變化了，想不到陳新甲到遼東這麼長時間了，如今纔想到動手調整，這份隱忍的力度，很是不錯了。
徐爾一離開遼東，令洪承疇有些措手不及，他和徐爾一之間的配合，已經很默契了，兩人想到的事情都是差不多的，徐爾一離開了，錢謙益來到了遼東，令洪承疇感覺到，自己的力量受到了削弱，而且陳新甲和秦三德的關係很好，這樣的情況下，自己所處的地位就有些尷尬了，而且權威也將要下降。