北京城中，按照明朝老北京人的習慣，風波過後必然會有大把的人頭落地，尤其是以洪武永樂兩朝尤甚，日後政策雖然變得有些溫和，不過若是觸及叛逆的罪名，一般都會大肆株連，這次卻有些不同。
在議會和內閣的組織之下，成立了以張維賢爲議長的上議院和最高法院，並且制定了將司法權力從地方行政權力剝離出來的計劃，而原本的下議院則由魏國公徐弘基擔任。建立地方法院，自然不是一時半刻能夠坐立起來，不過楊漣他們卻也算是趕上了好時候，議會和內閣都決定，要讓他們試驗一下這種法院制度。
因爲“士可殺不可辱”的原則，這些人全部都是在不公開的法庭當中接受審判，算是保留了他們的顏面，這讓一些兔死狐悲的文官心中也好受了些。
等審判結果出來之後，方從哲也不得不重新來找朱由崧，向他請求特赦令，朱由崧說道：“沒想到，他們最終還是都被判處了斬刑，夏允彝不過是一個熱血學生，跟陳子壯當年還跟張道玄張先生辯論過，沒想到連他都被判處了斬監侯！”
方從哲嘆道：“那陪審團當中的人，都是北京城裡各階層的人，他們很多人，在北京混亂的那段日子都有親人受到了傷害，他們要求法官判處斬刑也是可以理解的，況且我們大明對叛逆的懲罰一向都是十分嚴厲！”
陪審團是朱由崧提出來的一種制度，既然選擇了秘密開庭，那麼其中的過程根本無法受到有效的監督，因此陪審團就是必須要有的，陪審團制度雖然不算是完美，陪審團當中的很多人並不太精通法律，這就讓他們的判斷帶有了很多私人的感**彩。比如這次，夏允彝以及很多無辜捲入“復社”的文人，他們根本不清楚其中的緣由，卻仍然被判處了斬刑。
“人做錯了，總要受到懲罰的，即使是在不知情的狀況之下做錯，同樣也要受到懲罰！”朱由崧回頭從一摞文件當中抽出一張蓋着玉璽的旨意，說道：“這就是特赦令，就讓他們到南洋去吧，方先生你就告訴他們，南洋並不是什麼蠻荒之所，那裡的物產甚至要比大明還要豐富，讓他們好好做事，如果能夠找個由頭，我可以完全赦免他們，允許他們回到大明！”
方從哲頗有些無奈，不過既然朱由崧已經下達了旨意，他就必須執行，畢竟如今朱由崧是監國，日後還可能是皇帝。朱由崧雖然大權在握，卻尊重方從哲的權力，讓他們完全行使行政大權，那麼作爲首輔也有義務維護君主的威嚴。
方從哲正待離開，張風府卻匆匆走了進來，說道；“殿下，遼東傳來緊急軍情，遼東重鎮撫順被前些年見過的後金洗劫，人畜損失無數，城牆都被拆毀了！”
朱由崧眼中瞳孔一縮，“後金”這個大明朝的大敵終於露出了他的獠牙了，此時後金仍舊是努爾哈赤主政，努爾哈赤因爲年輕時被李成樑羞辱，因此對漢人極度的痛恨，撫順城既然被打破了，那麼其中的漢民除了成爲奴隸，就只能變成死人，這種事情在皇太極主政之後，才稍有變化，不過漢人奴隸的位置，終清一朝都沒有任何變化，只是從黃臺吉開始，當滿人奴才的漢人可以奴役同樣是漢人的百姓而已。
“方大人，特赦令就讓樞密院派人送到法院去，遼東發生了這樣的事情，我們也必須要做好準備，魏進忠，派人將官劉兩位輔臣也請到樞密院！”
等內閣三位輔臣來到樞密院之後，朱由崧連忙請他們來到參謀部，張風府在沙盤上，仔細將他得到的軍情講述了一遍，朱由崧問道：“張風府，撫順發生這樣的事情，難道當地督撫就沒有反應嗎？”
張風府說道：“當地巡撫李維翰也派出了總兵張承蔭率一萬軍隊前往追擊，卻沒想到被努爾哈赤圍殲，全軍覆沒，張承蔭也死在了亂軍當中！後金斬獲了大量的軍兵器械！”
“混賬，遼東最能打的不是李成樑的李家軍嗎？怎麼這次他們沒有出兵？”官應震不禁怒道：“張承蔭成軍不過是一年，原本就是內閣用來牽制李家軍的，李維翰怎麼能讓他們出兵，這次被後金打的全軍覆沒，遼東可在野沒有聽從朝廷指令的軍隊了！”
“李巡撫也曾經派人給李如柏下令，讓他出兵，不過李如柏左右推諉，拒不執行！”
官應震怒道：“李如柏這個混賬，若不是他們家養出了那個努爾哈赤，如今遼東局勢怎麼會變成這樣，我看他就是擁兵自肥，養賊自重，如今居然對朝廷大員的命令都敢不聽，真是反了！”
“報，遼東祖大壽上書，要求朝廷調撥糧餉！”官應震剛剛說完，正好就有一個樞密院的工作人員前來遞交文書，官應震一下子將祖大壽的上書抓了過來，打開一看，卻不禁怒道：“我看李家，還真是要反了，你看肯他們說的些什麼東西！”
“……後金猖獗，我等軍力有限……恐山海關亦不可保……還望朝廷及監國大人早日調撥糧餉，及三十萬支步槍，五百門火炮以及彈藥，使我軍將士可奮勇殺敵，而無後顧之憂！”
劉一燝也不禁搖搖頭，說道：“李如柏狼子野心，如果真給了他，恐怕危及朝廷，我們朝廷也不過是二十萬京營士兵換裝了步槍，要是給了他三十萬，那麼他們李家豈不是要壓朝廷一頭，只是如果不給，李家故意保存實力，恐怕遼東局勢糜爛，朝廷如果失去了遼東……”
原本大明失去遼東也無所謂，不過如今北海的農業機械開始引進，大明本土也涌現了很多製造農業機械的機械廠，畢竟如今大明朝的鋼鐵產量節節攀升，下降的鋼鐵價格，讓製造這些機械也有了賺頭，在加上收割機、播種機並不是什麼太過複雜的機械，大明朝的這些農工巧匠只要測量一遍，將其中的尺寸記錄下來，就能夠山寨出性能與北海所產的機械相差無幾的農用機械，在機上當地運費上優勢，反倒是將被還的農業機械競爭了下去。
大量使用農業機械，自然讓各地大量新的土地開墾了出來，不過仍然有很多農民失去了土地，對此朱由崧定下來的方式是移民，自從稅制改革以來，地方官已經不在阻礙農民移民去尋找出路，移民也有了一套自己的方式。
不過移民總需要大量的土地，況且大明朝當中的移民可不是一個小數目，數千萬總是有的，因此朝廷絕對不會放棄遼東這樣一個水土肥美的極佳移民地點。
最後劉一燝說道：“照我看，朝廷不能全給，也不能不給，就給他們三萬步槍，火炮給他們十幾門就算了！”
官應震一聽不對，說道：“劉大人，難道你想要跟李如柏妥協？如今李如柏敢脅迫我們，日後他就敢造反，現在跟他們妥協了，他一定會得寸進尺，殿下，此事萬萬不可！”
方從哲也說道：“此事的確不可，大明從來都沒有朝廷跟邊軍妥協的先例，此事絕對不可！”
見三人爭執，朱由崧搖了搖頭，說道：“山海關總兵是誰？”
“回殿下，是李成樑的三子李如楨！”張風府連忙回答道。
朱由崧說道：“李家的人？怪不得李如柏會這樣有恃無恐呢！那就下令讓李如楨讓出山海關總兵的位子，聽說戚金的病已經養好了，而且此人練兵有方，頗有當年其伯父戚將軍的風範，那就啓用他作爲山海關總兵，並且帶領他伯父舊部上任，如今山海關的士兵則調入京城，重新整編！”
“李如楨帶兵並無疏漏，怎麼能罷免他？殿下，此舉不妥！”劉一燝連忙勸道。
朱由崧冷笑道：“誰說要罷免他了，只是換防而已，讓李如楨去擔任吳淞總兵，可比當山海關總兵輕鬆多了！”
山海關作爲關內門戶，必須要有得力而且信得過的人擔任，朱由崧絕對不可能讓李家的人繼續把持遼東的軍權了，這山海關總兵的位置只是一個開始。
方從哲他們還在爭論要不要答應李如柏的條件，朱由崧已經開始着手削權了，朱由崧一開始就信不過遼東的那些官僚和軍將，特別是李家，他們與努爾哈赤的愛新覺羅家組走得太近了，就像是二十世紀初的奉軍，其中遍佈敵軍的眼線，要靠他們抗擊敵人，根本不可能。
而且遼東軍閥也有自己的打算，當年朝廷在大淩河調集了戚家軍最後的精銳，跟滿清八旗苦戰的時候，那些人卻無動於衷，甚至在八旗營裡出現了大量的炮手，向戚家軍開炮，那時可不是孔有德投靠之後，滿清八旗哪來的那麼多炮手和大炮？遼東的軍閥在這上面極爲可疑！正是因爲這些人的存在，才讓遼東變成了大明朝的泥潭，因此朱由崧才準備另起爐竈，絕對不會依靠遼東當地的李家軍。