大業九年，註定是個多事之秋。李淵的妻子竇氏，於五月在涿郡不幸過世。在竇清薇過世後沒多久，李淵又聽到了一個驚人的消息，楊玄感謀反了！
大業九年春，隋煬帝二度出征高句麗，命楊玄感在黎陽督糧。沒想到楊玄感認爲隋朝已岌岌可危，於是滯留糧草，屯兵於黎陽，準備起步造反。
的確，這時候的隋朝，已經不再是先帝時期的鼎盛。楊廣修建東都、運河，又連年征戰，引起民衆不滿。此時，各地已陸陸續續爆發民變，可楊廣卻毫無危機之感，覺得那些農民不過是小打小鬧，無法撼動朝廷根本。
然而楊玄感的叛變，卻和那些人不一樣了。楊玄感是楊素的長子，而楊素，曾協助隋煬帝奪取皇位，平定漢王楊諒的叛亂，因功勳受封假楚公，位至司徒。只可惜在大業二年，楊素不幸去世，隋煬帝感傷萬分，追贈他爲光祿大夫、太尉公及弘農、河東、絳郡、臨汾、文城、河內、汲郡、長平、上黨、西河等十郡太守，諡號“景武”。
不僅如此，隋煬帝還專門派遣鴻臚卿專門監督辦理楊素喪事，並且下詔書表示哀悼。可見，楊素在隋煬帝心中的分量，在皇帝身邊榮寵無比，死後也能獲得哀榮。
而楊玄感作爲楊素的長子，隋煬帝自然不會虧待他。於是讓楊玄感襲爵楚國公，時任上柱國、禮部尚書，在朝中有着巨大的影響力。
如果說之前的農民起義是小打小鬧，那麼現在楊玄感的叛亂終於讓楊廣感受到了危機，楊玄感自黎陽起兵後，四方紛起響應，一下子籌集到了十幾萬大軍，直接打到了洛陽城下。很多高官和貴族子弟，受不住楊玄感圍城的威脅，紛紛投降。投降者有韓擒虎之子韓世咢、虞世基之子虞柔、鄭善果之子鄭儼，以及李寬之子李密等。
這些人都是高官貴胄，楊玄感自然要重用他們，給他們封官加爵。其中，李密最受楊玄感的重用。他們本是莫逆之交，現在楊玄感起兵，李密自然成爲了他的心腹軍師。
在攻取洛陽之前，楊玄感早就潛遣人入關迎李密，問其謀取天下之計。而李密也非凡人，對當今天下的局勢很有遠見，給楊玄感提出了上、中、下三策。
李密道：“今天子出征，遠在遼外，地去幽州，懸隔千里，南有巨海之限，北有胡戎之患，中間一道，理極艱危。今公擁兵出其不意，長驅入薊，直扼其喉。前有高麗，退無歸路，不過旬朔，齎糧必盡。舉麾一召，其衆自降，不戰而擒，此計之上也。”
楊玄感聽後，沉思良久，又問李密中策爲何？
李密再次說道：“關中四塞，天府之國，有衛文升，不足爲意。若經城勿攻，西入長安，掩其無備，天子雖還，失其襟帶。據險臨之，固當必克，萬全之勢，此計之中也。”
可惜李淵的中策還是沒有另楊玄感滿意，於是他繼續問道：“請問下策是什麼？”
“若隨近逐便，先向東都，頓堅城之下，勝負殊未可知，此計之下也。”李密最後說道。
果然，楊玄感選中了李密說的下策，他欣喜地說道：“公之下計，乃上策也。今百官家口，並在東都，若不取之，安能動物？且經城不拔，何以示威？”
可是李密卻沒有任何欣喜的表情，他反而悲哀的看了楊玄感一眼，以他之見，楊玄感棄上策取下策，必會遭到滅亡。
果然不出李密所料，在楊玄感剛剛率大軍圍困洛陽不久後，楊廣下令撤軍，調頭鎮壓楊玄感的叛亂，楊玄感的好日子也到了頭。
楊廣對楊玄感的叛亂十分重視，因爲他已經撼動了隋朝的根基。楊廣不得不放棄對高句麗的攻打，放棄幾年的努力。也幸虧楊廣的果決，立刻兵分兩路圍攻東都洛陽，形成前後夾擊之勢。
楊玄感發覺不妙，只得選擇撤退，放棄東都這塊寶地。他現在才選擇了李密所提過的中策——西入長安。
可惜，在李密看來，楊玄感選擇這步棋，已經晚了。當時李密建議的是，趁朝廷沒有準備，率先拿下長安。現在楊廣已經返回，必會阻止楊玄感西進。宇文述與屈突通、來護兒、衛文升的軍隊，也會死死地追擊楊玄感，不會放過他的。
果然，當楊玄感進至弘農時，弘農太守設計，將他纏在了此地，阻斷大軍西進。楊玄感果然中計，停止西進，打算先攻打弘農。
李密憂心忡忡地看着不可救藥的楊玄感，提出最後一次忠告。他說道：“公今詐衆西入，事宜在速，況乃追兵將至，安可稽留！若前不得據關，退無所守，大衆一散，何以自全？”
楊玄感再次選擇了昏招，沒有聽信李密的勸諫，依舊停留在此三日，而後才向西繼續前進。可惜最佳的時機已然錯過，大軍行至晙鄉，追兵遂及，楊玄感落敗，自殺身亡。
至於李密，作爲楊玄感的好友和軍師，他自然是罪大惡極。不過此人十分聰慧，在押送的途中，居然神不知鬼不覺的，逃跑了。
楊玄感謀反之事如同曇花一現，還沒稱帝就死了。這事對於李淵一家來說，也有了一定的影響。隋煬帝被迫撤退鎮壓楊玄感的叛亂的時候，下旨詔李淵爲弘化留守兼知關右諸軍事，而另一個不好的消息是，由於長孫無垢的舅舅高士廉與參與楊玄感謀反一事的兵部侍郎斛思政交好。故而被隋煬帝所記恨。於是高士廉無辜受到了牽連，被貶官外放。
長孫無垢聽說了這一消息後，一時心情鬱悶。先是婆婆病逝，現在舅舅又要外放。生離死別的種種滋味，她在短短兩三個月，嚐了個遍。李世民也陷在喪母之痛中，看妻子受雙重打擊，又看父親李淵彷彿一夜之間老了十歲，他不得不止住悲痛，安撫妻子，接過父親的擔子，擔負起整個李家。
李淵在行軍途中，悲傷不能理事，都是李世民在分配指揮，順利完成了任務。眼見兒子一下子長大，李淵想起竇清薇再也看不到了，心中不免又加了幾分悲痛。
他想起妻子臨終前的話，兄弟鬩牆，這種事情李淵不是沒見過。最近的就是隋煬帝楊廣，和他哥哥楊勇的例子。不過楊勇和楊廣，兄弟關係本來就不親密。而自己四個兒子，從小一起長大，感情甚好。李淵堅信，這種事情，不會在李家發生。