所謂白蓮教，是於1775年被發覺的。教首劉鬆，遣戍甘肅。然其徒仍秘密傳播。至1793年，又被發覺。其首領劉之協逃去。於是河南、湖北、安徽三省大索，騷擾不堪，反給教徒以一個機會。至1796年，劉之協等遂在湖北起事。同時，冷天祿、徐天德、王三槐亦起於川東。自此忽分忽合，縱橫於川東北、漢中、襄鄖之境。官軍四面圍剿，迄無寸效。你道爲什麼？原來高宗此時，雖然傳位，依舊掌握大權。如此，和珅自然也依舊重用。和珅是貪黷無厭的，帶兵的人，都不得不刻扣軍餉，去賄賂他。當時得一個軍營差使，無論怎樣赤貧的人，回來之後，沒有不買田、買地，成爲富翁的，所以軍紀極壞。而清朝當這時候，兵力本已不足用。
官兵每戰，輒以鄉勇居前，勝則攘奪其功，敗亦撫卹不及。起義教民亦學了他，每戰，輒以被擄的難民居前，勝則樂得再進，敗亦不甚受傷。加以亂勢飄忽，官兵常爲所敗。再加以教民和官兵，都要殺掠，人民無家可歸的，都不得不參加起義。如此，自然剿辦連年，毫無寸效了。直到1799年，高宗死了，和珅伏誅，仁宗乃下哀痛之詔：懲辦首禍官吏；優恤鄉勇；嚴核軍需；許起義民衆投誠；又行堅壁清野之法；一面任能戰之將，往來追逐。至1802年，大股總算肅清。明年，餘黨出沒山林的，也算平定。而遣散鄉勇，無家可歸的，又流而爲盜。又一年餘，然後平定。這一次亂事，前後九年，雖然勉強打平，然而清朝的政治力量，就很情見勢絀了。
然而同時東南還有所謂艇盜。艇盜亦是起於乾隆末年的。當新阮得國之後，因財政困難，乃招徠沿海亡命，給以器械，命其入海劫掠商船。廣東沿海，就頗受其害。後來土盜亦和他勾通。一發深入閩浙。土盜倚夷艇爲聲勢，夷艇借土盜爲耳目。夷艇既高大多炮，土盜又消息靈通。政府以匪患爲急，又無暇顧及沿海。於是其患益深。1802年，安南舊阮復國。禁絕海盜，夷艇失勢，都並於閩盜蔡牽。後爲浙江水師提督李長庚打敗。又與粵盜朱濆相合。清朝用長庚總統閩浙水師，而前後督臣，都和他不合，遇事掣肘。1807年，長庚戰死南澳洋麪，朝廷繼任其部將邱良功、王得祿。至1810年，纔算把艇盜打平。
川、楚的教亂平定後，不滿十年，北方又有天理教之亂。天理教，本名八卦教——後來的義和團，也是出於八卦教的。此時的天理教，是反清的。當時天理教的首領，是大興林清和滑縣李文成。他們吸收徒衆的力量極大。教徒佈滿於直隸、河南、山東、山西。便是清朝的內監，也有願意做內應的。他們謀以1813年起事。乘清仁宗秋獮木蘭時，襲據京城。未及期而事泄。李文成被捕下獄。林清仍進行其豫定計劃。以內監爲鄉導和內應，攻擊京城。攻入東西華門的有百餘人。文成亦被教徒劫出，攻佔縣城，殺掉知縣。長垣、東明、曹縣、定陶、金鄉，都起而響應。雖然其事終於無成，亦足使清朝大吃一驚了。
天理教之亂後八年，便是1820年，仁宗死了，宣宗即位。這一年，回疆又有張格爾之變。天山南路的回民，信教最篤。清朝的征服回部，本來不能使他們心服的。但是清朝知道他們風氣強悍，事定之後，亦頗加意撫綏。回民喪亂之餘，驟獲休息，所以亦頗相安。日久意怠，漸用侍衛和在外駐防的滿員，去當辦事領隊等大臣。都黷貨無厭，還要廣漁回女。由是民心憤怨。這一年，大和卓木之孫張格爾，就借兵浩罕，入陷喀什噶爾、英吉沙爾、葉爾羌等城。清廷命楊遇春帶着陝甘的兵，前往剿辦，把張格爾打敗。張格爾走出邊。楊遇春又誘其入犯，把他擒殺。於是清廷命浩罕執獻張格爾家屬。這張格爾是回教教徒，認爲教主後裔的，這如何辦得到？於是清廷絕其貿易。浩罕就又把兵借給張格爾的哥哥玉普爾，使其入寇。一再交涉，直到1831年，才定議：清朝仍許浩罕通商，而浩罕允代中國監視和卓木的家族，這交涉纔算了結。清朝在這時候，對外的威嚴，就也有些維持不住了。
第六、清代的制度
清代的制度，在大體上可以說是沿襲前朝的。至於摹仿東西洋，改革舊制，那已是末年的事了。
清代的宰相，亦是所謂內閣。但是隻管政治，至於軍事，則是交議政王大臣議奏的。世宗時，因西北用兵，設立軍機處，後遂相沿未撤。從此以後，機要的事務，都歸軍機，惟尋常本章，乃歸內閣。軍機處之權，就超出內閣之上了。六部長官，都滿、漢並置。而吏、戶、兵、刑四部，尚侍之上，又有管部大臣，以至互相牽制，事權不一。還有理藩院，系管理蒙古的機關，雖以院名，而其設官的制度亦和六部相同。都察院，左都御史和左副都御史亦滿、漢並置，其右都御史和右副都御史，則爲總督、巡撫的兼銜。外官：督、撫在清代，亦成爲常設的官。而屬於布、按兩司的道，亦若自成一級。於是督、撫、司、道、府、縣，幾乎成爲五級了。壓制重而展布難，所以民治易於荒廢；統轄廣而威權大，所以長官易於跋扈。和外國交通以後，首先設立的，爲總理各國事務衙門，後來改爲外務部。
末年因辦新政，復增設督辦政務處等，其制度都和軍機處相像。到1906年，籌備憲政，才把新設和舊有的機關，改並而成外務、吏、民政、度支、禮、學、陸軍、農工商、郵傳、理藩、法十一部。革命的一年，設立責任內閣，並裁軍機處和吏、禮兩部，而增設海軍部和軍諮府。省的區域，本自元明兩代，相沿而來，殊嫌其過於龐大。末年議改官制時，很有主張廢之而但存道或府的，但未能實行。當時改訂外官制，仍以督撫爲一省的長官。但改按察司爲提法、學政爲提學，而增設交涉司；裁分巡，而增設勸業、巡警兩道。東三省和蒙、新、海、藏的官制，在清代是和內地不同的。奉天爲陪京，設立戶、禮、兵、刑、工五部，而以將軍管旗人，府尹治民事。且有奉天、錦州兩府。吉黑則只有將軍、副都統等官。後來逐漸設廳。直至日俄戰後，方纔改設行省。其蒙古和新疆、青海、西藏，則都治以駐防之官。新疆改設行省，在中俄伊犂交涉了結之後。青海、西藏，則始終未曾改制。
清代取士之制，大略和明代相同。惟官缺都分滿、漢。而蒙古及漢軍、包衣，亦各有定缺，爲其特異之點。戊戌變法時，嘗廢八股文，改試論策經義。政變後復舊。義和團亂後，又改。至1905年，才廢科舉，專行學校教育。但學校畢業之士，仍有進士、舉貢、生員等名目，謂之獎勵。到民國時代才廢。
兵制有八旗、綠營之分。八旗編丁，起於佐領。每佐領三百人。五佐領設一參領。五參領設一都統，兩副都統。此爲清朝初年之制。後來得蒙古人和漢人，亦都用此法編制。所以旗兵又有滿洲、蒙古、漢軍之分。入關以後，收編的中國兵，則謂之綠營，而八旗又分禁旅和駐防兩種。駐防的都統，改稱將軍。乾嘉以前，大抵出征以八旗爲主，鎮壓內亂，則用綠營。川楚之亂，八旗綠營，都不足用，反靠臨時招募的鄉勇，以平亂事，於是勇營大盛。所謂湘、淮軍，在清朝兵制上，亦是勇營的一種。中、法之戰，勇營已覺其不足恃，到中、日之戰，就更形破產了。於是紛紛改練新操，是爲新軍。
到末年，又要改行徵兵制，於各省設督練公所，挑選各州縣壯丁有身家的，入伍訓練，爲常備兵。三年放歸田裡，爲續備兵。又三年，退爲後備兵。又三年，則脫軍籍。當時的計劃，擬練新軍三十六鎮，未及成而亡。水師之制，清初分內河、外海。太平天國起後，曾國藩首練長江水師與其角逐。至於新式的海軍，則創設於1862年。法、越戰後，才立海軍衙門。以旅順和威海衛爲軍港，一時軍容頗有可觀，後來逐漸。而海軍衙門經費，又被那拉後修頤和園所移用。於是軍費亦感缺乏。中日之戰，遂至一敗塗地。戰後，海軍衙門既裁，已經營的軍港，又被列強租借，就幾於不能成軍了。
清朝的法律，大體是沿襲明朝的。其初以例附律。後未就將兩種合纂，稱爲《律例》。其不平等之處，則宗室、覺羅和旗人，都有換刑。而其審判機關，亦和普通人民不同。流寓中國的外國人，犯了罪，由他自己的官長審訊，這是中國曆代如此。在從前，原無甚關係。但是海通以後，把此項辦法，訂入條約之中，就於國權大有損害了。末年，因爲要取消領事裁判權，派沈家本、伍廷芳爲修訂法律大臣，把舊律加以修改。曾頒行《商律》和《公司律》。其民、刑律和民商、刑事訴訟律，亦都定有草案，但未及頒行，審判機關，則改大理寺爲大理院，爲最高審判，其下則分高等、地方、初等三級。但亦未能推行。
賦役是仍行明朝一條鞭之制的。丁稅既全是徵銀，而其所謂丁，又不過按糧攤派，則已不啻加重田賦，而免其役，所以清朝的所謂編審，不過是將全縣舊有丁稅若干，設法攤派之於有糧之家而已。和實際查驗丁數，了無干涉。即使按期舉行，所得的丁額，亦總不過如此。清聖祖明知其故，所以於1712年，特下“嗣後滋生人丁，永不加賦；丁賦之額，以康熙五十年冊籍爲準”之詔。既然如此，自然只得將丁銀攤入地糧，而編審的手續，也當然可省，後來就但憑保甲以造戶口冊了。地丁而外，江蘇、安徽、江西、湖北、湖南、浙江、河南、山東八省，又有漕糧。初征本色，末年亦改徵折色。田賦而外，以關、鹽兩稅爲大宗。鹽稅仍行引制。由國家售鹽於大商，而由大商各按引地，售與小民。此法本有保護商人專利之嫌。政府所以要取此制，只是取其收稅的便利。
但是初定引地時，總要根據於交通的情形，而某地定額若干，亦是參照該地方消費的數量而定的。歷時既久，兩者的情形，都不能無變更，而引地和鹽額如故，於是私鹽賤而官鹽貴，國計民生，交受其弊，而商人也不免於坐困了。關有常關和新關兩種。常關沿自明代，新關則是通商之後增設於各口岸的。稅率既經協定，而總稅務司和稅務司，又因外交和債務上的關係，限用外國人。革命之後，遂至將關稅收入，存入外國銀行，非經總稅務司簽字，不能提用。甚至償還外債的餘款，就是所謂關餘的取用，亦須由其撥付，這真可謂太阿倒持了。厘金是起於太平軍興之後的。由各省布政司委員，設局徵收。其額系值百抽一，所以謂之厘金。但是到後來，稅率和應稅之品，都沒有一定，而設局過多，節節留難，所以病商最甚。《辛丑和約》，因我國的賠款負擔重了。當時議約大臣，要求增加關稅，外人乃以裁釐爲交換條件。許我裁釐後將關稅增加至值百抽五，然迄清世，兩者都未能實行。