謝汝翼的投降對於整個護國軍來說帶來了嚴重的士氣打擊，要知道謝汝翼可不是普通人，他之前歷任第七軍軍長，中將軍銜。隨後被調到了湖南，唐繼堯和陸榮廷宣佈獨立成立護國軍後，他就任護國軍第一軍軍長，長沙戰役的最高指揮官，並晉升爲上將軍銜。
可以說他是滇軍之下僅次於唐繼堯的第二號人物，在整個護國軍體系裡，他也是和陸榮廷、段芝貴這兩個人相差無己的。
在謝汝翼度過了風光無比的十餘天后，他手下的十餘萬部隊就是迅速崩潰到今天只剩下兩萬多人而已。心灰意冷的他在國民軍趕到懷化之後根本就沒有心思抵抗，而是主動宣佈投降，林成坤也沒有爲難這個曾經一度逼的自己危險叢生的對手，而是給予了他相當體面的待遇，並準備把他護送到長沙後，轉道押送回南京。
謝汝翼得知自己即將被押送到南京後，就自認被押送到了南京後，肯定是會被當成叛徒的典型，興許一個賣國罪就得背上了，身爲一個軍人，爲了手下兩萬多士兵的性命他可以宣佈投降，但是他依舊有着軍人的榮譽，他是爲了共和而戰，是絕不願意看到自己背上叛國罪的那一天的。爲此他在宣佈投降的第二天吞槍自殺，並留下遺書稱自己自辛亥來爲了共和反清，率兵進川援四川革命，前年派兵平西藏叛亂，自認自己一生爲了中國之共和而戰，長沙一戰亦如此。
‘長沙一戰十餘萬雲貴子弟爲共和而犧牲，翼豈能獨活人世。臨去只恨十萬雲貴子弟的鮮血亦不能爲國家帶來共和，惜之，恨之！
得知謝汝翼自殺後，陳敬雲看這謝汝翼的遺書，心裡的感覺很奇怪。從心底來說，他對謝汝翼，乃至對唐繼堯這些人都沒有什麼憎恨的心思，甚至談不上反感這個詞彙，更多時候他不是把唐繼堯和陸榮廷當成敵人，而是當成了對手，爭霸九州的對手。而對謝汝翼，他就更談不上反感了，相反他對謝汝翼前些年派兵進藏平叛還是保持相當的敬意的。
然而有時候個人的心思卻是一文不值的，陳敬雲儘管對謝汝翼有着相當的好感，不過他卻不會因此而做出什麼不恰當的事情來，所以他只是說嘆了口氣後就是把這電報扔下。
謝汝翼的死並不能阻擋國民軍橫掃西南諸省的事實。
當國民軍在廣西和貴陽大肆進軍的時候，準備多時的國民軍第六師以及其他部隊也是對川東的段芝貴部隊發動了進攻，段芝貴和唐繼堯等人不一樣，他並沒有把主力都派到了川東，手下的好幾萬主力都留在重慶呢，本來按照他的想法那是國民軍的主力自然有着桂軍和滇軍擋着，那麼他的敵人到時候頂多也就是幾萬的國民軍而已，那時候要擋下來並不是難事。可惜的是他高估了滇軍和桂軍的戰鬥力，這開戰一個月不到，湖南就被國民軍佔領了，廣西也是被佔領了小半，更關鍵的是滇軍和桂軍主力盡失，接下來根本就無法有效的阻擋國民軍的進攻步伐，如此情況下，段芝貴就不得不考慮自己的下一步動作了。
於是乎段芝貴在考慮了許久後，終於是做出了一個重要的決定，那就是趕在國民軍進攻重慶之前和國民軍進行談判，儘量的爲自己爭取更好的條件，至於獨佔四川的想法他也是知道不現實了。不過獨霸不了四川，但是如果陳敬雲給出的條件足夠優惠，那麼他段芝貴也不介意居於人下。
陳敬雲這一次發動西南戰役，爲的就是從根本上剷除這些軍閥，不過段芝貴如果是真的能夠放棄四川徹底投誠國民軍的話，陳敬雲不介意讓段芝貴繼續保持榮華富貴。
當雙方都有了類似心思後，秘密的談判很快就開始，並在短短兩天內就達成了秘密協議，而且這還只是一個口頭協議。段芝貴放棄四川的統治，但是保持第十一軍軍長職位，第十一軍的兩個師以及一個混成旅保持番號，但是將要按照依舊的北洋降軍進行改編，換句話說除了段芝貴繼續當第十一軍軍長，以及保住兩個師長和一個旅長外，其他的中低級軍官一律替換。
陳敬雲對待投降將領是怎麼的是大家都看在眼裡，曹錕、徐樹錚等人現在都還獲得好好的，何宗蓮甚至因爲在青島戰役上發揮出色因此獲得了一枚白銀雙劍勳章，所以段芝貴對陳敬雲開出來的條件還是表示了滿意，甚至段芝貴對比了下段祺瑞的待遇，覺得自己的待遇可要好多了，段祺瑞雖然貴爲參謀部常務次長，但是實際權勢已無，而他段芝貴保住這個第十一軍軍長職位的話，日後還是坐鎮一方的大將。
雙方一達成了這個口頭協議後，段芝貴就是在十一月二十號發佈了擁護中央的通電，而於此同時他的第十一軍也開始對四川南部的滇軍展開了進攻，這也是協議的一部分，既然要保住第十一軍軍長的位置，那麼段芝貴就得拿出他的本事來。
段芝貴的中途反叛，更是讓已經搖搖欲墜的新中華民國變的四分五裂，就連孫文也是沒有了往日的那種激情盡心籌款演說了，儘管國民軍的兵鋒還在貴州內並沒有波及到雲南，但是昆明依舊洋溢着一種絕望的氣息！而廣西桂林的情況比昆明還要更糟糕，雲南好歹還沒有面臨着戰火，但是此時的廣西卻已經戰火四燃，梧州的失守一下子就把廣西推到了全面奔潰的邊緣，國民軍第十二軍四處出擊，其第十四混成旅北上佔據了賀州，而第十一師的一團南下南寧，和龍濟光的第二十四師裡應外合，將南寧的桂軍第八混成旅擊潰。
而桂軍在湖南也是早就戰敗，逃回來的殘兵最後彙集到了桂林，而第十二師和第十四的一萬多殘兵則是退到了柳州。短時間內，桂軍就已經只剩下了三萬人不到，只靠剩下的柳州和桂林苟延殘喘而已。
桂林內由敗兵組成的部隊根本就無力進行佈防，而下面的那些士兵們也都知道戰敗在即，逃兵的數量一天比一天多，而留下來的那些士兵們也不思如何打仗，反而是端着槍在桂林大肆搶`劫。桂林的秩序已經崩潰，就連陸榮廷都已經無法掌控。
十一月二十五號，隨着國民軍逼近桂林，城內桂軍又是亂哄哄的，所以陸榮廷最後是帶着他的在桂林的唯一嫡系部隊第五軍教導團的兩千多人南下柳州，本來他想去柳州然後是帶着第十二師和第十四師的以及第七混成旅的殘部推向廣西西部，然後進入雲南。可是他還沒有走到柳州的呢，第十一師的主力部隊就已經抵達了柳州並對柳州展開了進攻。
陸榮廷並沒有冒險再去柳州，而是直接轉道西行往雲南而去，不出陸榮廷的預料，柳州僅僅抵擋了兩天後就是宣告失守，桂軍的那一萬多殘兵被擊潰，除逃出去了少量潰兵外，大部分被第十一師所殲滅。
兩天後，國民軍攻佔桂林，梧州、南寧、柳州的先後失守再到現在的桂林也被國民軍所佔領，從軍事意義上來說廣西的抵擋已經完全消失，剩下的就是國民軍的自由進軍了。
廣西擋不住了，貴州那邊也好不到那裡去，唐繼堯帶着第二十師抵達貴陽時，整個貴州已經陷入了前面崩潰的前兆，唐繼堯雖然收攏了部分的殘兵，但是最後連忙第二十師加在一起，唐繼堯手上也不過才四萬多人而已，而這個時候段芝貴的第十一軍已經從成都和重慶兩個方向出兵攻打滇軍，滇軍在四川的留守部隊抵擋不住先後潰敗，四面潰敗之下，唐繼堯也是認爲無法在貴州擋住國民軍了，所以他立馬就是帶着四萬多的殘兵又是往雲南而撤退。
西南進行到十二月的時候，廣西和貴州已經是落入了國民軍的掌控當中，國民軍的主力部隊已經逼近雲南，段芝貴的第十一軍也是肅清了滇軍在四川的留守部隊。
到了現在，新中華民國不怪是政治上還是軍事都已經全面失敗，甚至連和談的資本都沒有留下，雲南昆明內不是沒有人想要和陳敬雲祈求和談，甚至陸榮廷和唐繼堯兩人已經相繼先後給陳敬雲發電，表示願意服從南京中央政府云云，所求的只是陳敬雲放他們一馬，但是這兩個人和段芝貴一樣，在這一場的西南叛亂中，段芝貴頂多算是從犯，但是唐繼堯和陸榮廷這兩個人卻是核心，而且他們祈求和談時也沒有段芝貴的爽快，段芝貴可是在和談的一開始就表示主動放棄四川的統治權，甚至言明只要保住他的第十一軍軍長職位，那麼第十一軍就可以按照其他北洋降軍的改編方式，並服從國家軍事委員會的調遣離開四川。
而唐繼堯和陸榮廷到了最後的一刻都只是說放棄部分地盤，但是依舊想要保持半獨立性，比如唐繼堯就表示他只要保住雲南，可以放棄貴州和四川的那些地盤。
這樣就導致陳敬雲連和談都懶得和談了，準備直接收拾掉了事，而這樣也可以威懾後來者，叛亂獨立不是可以隨便玩的，既然要玩就要有承擔嚴重後果的心裡準備。
十二月中旬，國民軍第七師逼近昆明之際，昆明城內爆發大規模兵變，一羣不願意死戰的滇軍將領率兵攻克了新中華民國總理府邸，也就是唐繼堯的官邸，抓獲了唐繼堯和其他一羣滇軍核心高層，孫文在得知兵變之後，在最後一刻和黃興以及宋教仁等人登上了火車逃往法屬越南，準備再一次流亡日`本。
唐繼堯沒有和謝汝翼一樣在被抓獲後自殺，反而是順從的被押送到了南京，隨即被公開審判，最後以叛國罪被判槍斃，隨同唐繼堯一起被以叛國罪槍斃的還有新中華民國政府裡的前軍政要員二百餘人，基本上除了那些主動投降的將領外，其他被抓到的都被槍斃，對於敵人陳敬雲向來是不手軟的，所以那些被判有罪的前護國軍要員們基本就一個下場，那就是槍斃，沒有任何人能享受到被關押的福利。
相對比唐繼堯的悲慘，陸榮廷的運氣要好很多，在貼身兩千多人的保護下，他一路硬是在國民軍第十一師的追擊下走到了中越邊境，並帶着他的兩千多教導團進入了越南，國民軍迫於國際政治壓力也沒敢追進，只能眼睜睜的陸榮廷進入越南。陸榮廷進入越南後並沒有和孫文等人一樣流亡日`本，而是竟然打算越南北部紮下根來，和前來圍剿的法軍幹了好幾仗，法國精力都在國內應對戰爭，在越南根本就沒有多少兵力，所以在圍剿不成功後，就是乾脆睜一隻眼閉一隻眼先不管了，在越北紮下根來的陸榮廷一邊招攬舊部，一邊擴充實力，短時間內就把勢力蔓延到了緬甸地區，並且爲了養軍還大種特種鴉片，很有着往毒梟的方向發展的勢頭……
西南叛亂的平定，這對於剛成立沒多久的中華共和國來絕對是一件大喜事，隨着廣西、貴州、雲南相繼納入南京中央政府的統治，四川的段芝貴也是順從的接受了陳敬雲的調令，第十一軍在經過整編之後，第三十一師被調往廣東，而第三十二師則是被調往湖北地區，四川第一混成旅被改編，獲得了第六混成旅的番號，隨即被命令進駐西藏，而段芝貴的第十一軍軍部則是調往山東，接受另外幾支國民軍的部隊。
段芝貴雖然沒了以往的風光，但是總算是保持了上將軍銜和第十一軍軍長職位，這下場可比閻錫山、唐繼堯和陸榮廷以及陸建章等四人要好的多，閻錫山在兵敗進入陝西，陝西也被國民軍攻佔後，閻錫山和陸建章兩人都是逃走，陸建章不知所蹤，而閻錫山則是成功的一路潛逃到了武漢日`本使館，並乘坐日`本的軍艦抵達上海租界，隨後逃往日`本。
山西、陝西先後收復後，國民軍並沒有停止西進的步伐，而是部隊繼續西進，接受甘肅、青海以及新疆地區。
1914年過去後，國民軍已經從軍事上實際控制了全國，儘管在西部地區的兵力極爲薄弱，當地依舊存在着大量的非法武裝，但是西部省份的重要城市已經被國民軍所控制，那些非法武裝也因爲規模太小而無法影響大局，接下來的事情就是需要來一場大清掃，把西南諸省和西部諸省的大量非法武裝，比如那些小軍閥、土匪之流給清剿掉。
而大規模清掃活動發起之時，中華共和國的第一次國會選舉和總統選擇也是正式開始了！