與樞密院同時成立的則是大明皇家陸軍軍校，主要分爲炮兵工兵步兵和參謀四科，這種軍校算是樞密院的下屬部門。
實際上樞密院的改革是與軍校分不開的，新式的**和大倍徑長身管讓現在炮兵的射程已經超過了直瞄可以觀測的極限，必須要使用精確的測量儀器才能夠使用，原本想佛朗機炮、虎蹲炮那樣放於陣前直接開炮的方式已經沒辦法使用新式的遠射程火炮，而新式的武器、新的鋼筋混凝土材料以及新的作戰戰術，也催生着新式的軍事建築，工兵科也應運而生。
若是沒有軍校培養出的大批人才，樞密院的改革也就無從談起，而原本五軍都督府的左右都督、都督同知、都督僉事這樣的一二品的大員，也被朱由崧扔進了軍校，讓北海的那些軍官對他們進行現代新式戰術的學習。
明朝雖然政策強硬，實際上仍然是襲承了宋朝以文統武的政策，五軍都督府原本爲樞密院，後來改名爲大都督府，再後來卻被一分爲五，由原本的“中樞機構”變成了處處受制於兵部的單純執行命令的機構，就連五軍都督府的都督官銜，此時也成了虛銜，而且人事任命都需要經過吏部認可。
此時朱由崧的軍校卻讓樞密院人才方面不在受制於吏部，有了自己培養人才的機制，不過軍校對於那些武將來說，卻不是一件受歡迎的東西，在他們看來，軍校不過是那些北海系的人，搶奪他們權力的一種手段。
樞密院有了這些人從中阻撓讓樞密院的改制陷入了停滯當中，對此朱由崧也不得不親自予以關注。
“究竟是那些人在鬧？”
現在人總參謀部參謀長的張風府說道：“是右軍都督府右都督李如柏爲首的一些人，他鬧得最兇，其他人不過是隨着起鬨！”
原本朱由崧屬意的總參謀長是邵傑，不過因爲邵傑跟李三才曾經有一段時間的合作，讓他出任總參謀長，必然會讓現在朝中日趨緩和的局勢，再次惡化，因此朱由崧不得不選擇了張風府，在謀略方面，張風府自然也是及優秀的，不過在處理一些事物上面，張風府還是不如邵傑圓滑。
朱由崧道：“李如柏？”
對於李如柏，朱由崧並不陌生，薩爾滸之戰當中，其他三路具全軍覆滅，而他卻僅僅喪師幾千，能夠全身而退的李家名將，日後自裁身亡的那個傢伙。李如柏是李成樑的二子，李成樑長子李如鬆早逝，他就成了李家乃至整個遼東軍閥的代言人，遼東邊軍在李成樑的帶領之下，雖然開創了一時的輝煌，也開創了剋扣兵餉豢養精銳家丁的政策，然後九邊各軍有樣學樣，造成了邊軍的糜爛和軍閥化。
李如柏鬧事，朱由崧並不奇怪，在李成樑時代，遼東已經形成了一個“養賊自重”的軍閥團體，遼東幾乎成了他們李家的私人王國，李成樑去世之後，朝廷雖然進行了一系列的改制，讓遼東重歸朝廷治下，不過對於遼東軍隊他們仍然沒有任何動作，或者說那些根本不懂軍事的文人意識不到遼東軍隊軍閥性質的變化。
這次改制，朱由崧設立的總後勤部和軍需官制度，直接切斷了高級軍官剋扣軍餉的渠道，這就等於摧毀了豢養家丁的“李成樑模式”的基礎，遼東軍隊他們會同意纔怪！
朱由崧冷笑道：“既然反對，就讓方大人和趙南星趙大人罷免他！”
張風府說道：“王爺，這樣做會不會激化與遼東邊軍之間的矛盾？”
朱由崧冷笑道：“放心，就算是激化了矛盾，他們還敢來進攻京師不成？”
“這倒不會，只是對朝廷掌控遼東不利啊！”張風府憂心忡忡地說道：“現在北海的農具正在普及，大量佃戶失去了土地，北海如今已經有二百萬人，土地已經日趨飽和，若是沒有新的移民地點，恐怕回生亂子，遼東地廣人稀，土地肥沃，是最好的移民地點，若是沒辦法掌控遼東，那麼怎麼安置大量的移民？”
朱由崧點了點頭，說道：“你看得很遠，不過就算是我們結好遼東邊軍，遼東的事情也沒那麼簡單，李成樑的義子奴兒哈赤，如今已經快要統一建州女真，而這些年來，李成樑的去世和朝廷的爭鬥，卻給了傢伙發展壯大的機會，遼東的事情最後還是要動武解決，此時沒必要對李如柏客氣！”
在朱由崧的授意之下，很快樞密院就向內閣和吏部提交了罷免李如柏的建議，對於樞密院的“建議”，內閣方面早有準備，誰都知道，若想改革不罷免幾個礙手礙腳的傢伙，還那叫什麼改革？
而且李成樑在世的時候，就飛揚跋扈，這讓百官對李家並無好感，這次罷免李如柏自然也是順手推舟，答應了樞密院的授意。
而對於其他軍官，朱由崧則選擇了拉攏教育的方陣，畢竟這些人熟悉明朝軍隊現狀，對他來說還是有些價值的。
因爲罷免了李如柏，殺雞儆猴，這些人雖然不敢在阻撓朱由崧進行改革，心裡的怨氣自然難免，因此朱由崧也親自給他們辦了一場入學鷹揚宴。
“諸位都是大明的棟樑之才，只是因爲新式的炮兵和火槍兵戰術已經與往日不同，所以諸位需要入學學子一段時間，等學成之後，諸位必定能夠官復原職！”
朱由崧舉起酒杯笑道：“來，大家乾了這杯！”
其他軍官都隨聲應和，一飲而盡，而只有一人桌前的酒杯仍然滿着，絲毫沒有動過的痕跡，這讓這次鷹揚宴的氣氛一下子緊張了起來。
朱由崧看了看那人，魏進忠連忙上前，說道：“殿下，那是都督同知馬林，也是一位邊軍驍將！”
朱由崧點了點頭，對馬林說道：“馬將軍，難道你讀我的話有什麼異議？”
馬林站起身來，肅然說道：“王爺，末將不敢，只是末將自幼軍戶出身，刀槍劍戟，兵法佈陣都略同一二，之後又在邊軍，隨戚軍門的軍隊一起訓練，鴛鴦陣，車陣，這火槍火炮，末將也是極爲熟悉，何用再次學習？”
朱由崧不禁莞爾，這馬林倒是個直性子，而且對自己的軍事素質也極爲自信，有幾分軍人的氣質：“馬將軍，你說你會用火炮？”
馬林應聲道：“這個自然！”
朱由崧說道：“那你可敢跟我的炮手比一比？”
馬林雖然放過火炮，不過當上軍官之後，爲了安全已經不再親自開炮，畢竟這個時代的火炮安全性根本無法保證，不過此時心中一想，就算是火炮炸膛，此時也不能退縮了，道：“有何不敢？”
北京西郊，一片空地上，兩匹高頭大馬拉來了兩門閃着幽幽藍光的黑色火炮，完全是現代牽引式火炮的設計，炮架當中液氣制退復進機、上下機、方向機，平衡機、護盾，橡膠輪胎和瞄準具都一個不缺，身管使用的是跟海軍艦炮一樣的80口徑和45倍徑，因爲***威力大，所以在炮口也設計了雙側衝擊制退器，最大射程十三公里。
這款火炮可以說是世界最先進的一門火炮，不過這門火炮與其說是孫元化和那些軍工人員設計出來的，到不如說是根據教科書複製出來的，畢竟在朱由崧交給他們的軍工書籍當中，已經包含了這些機械技術，他們制定的只是一些具體的參數而已，經過這兩年的努力，他們總算是拿出了這樣一種合格的火炮。
朱由崧看了看馬林，笑道：“馬將軍，我們要打的靶子先是直瞄靶，在四五里之外，您可以隨意測定諸元！”
馬林看着密密麻麻的搖輪和機關，根本不知道該怎麼擺弄，而此時在炮兵指揮官的指揮之下，炮兵已經將駐鋤塞進了剛剛挖好的土坑當中埋實，一個人炮彈推入炮門，馬上就有人使用推杆將炮彈推入炮膛，關閉炮閂之後，前方的測距員已經報出了射擊諸元。
“距離兩千米，角度左5，風向西北，炮擊標尺……”
“開炮！”
“咚！”遠處的木製靶子已經在炮擊之中變成了碎木屑，而馬林的靶子卻仍然安然無恙，此時馬林還在滿頭大汗地擺弄自己的那門火炮呢，馬林算是看出來了，人家這種火炮那是絕對沒有炸膛的危險，不過擺弄起來，也是不容易。
剛剛那些炮兵在開炮的時候，馬林就在旁邊跟着偷看，等人家開完了，馬林才讓自己的士兵跟自己一起上去，笨手笨腳地打開炮閂，推彈入膛，最後在朱由崧的炮兵指揮之下，總算是打響了一炮。
“咚！”遠處升起一團爆炸雲霧，不過距離靶子卻有一里多遠，這種直瞄射擊都輸了，之後北海炮兵表演的十五里外的遠程間瞄炮擊，馬林根本就沒有那個心情去丟臉了。
“王爺，這次是您說得對，我馬林是犯渾了，願受軍法處置！”
朱由崧笑道：“馬將軍哪裡話，你只是心有不解，我也只是爲你，也是爲大家開解難題，哪裡說得上軍法處置，好了，馬將軍你就在軍校當中好好學習，爭取能夠早日學成歸來！”