羅欽順在批判地繼承朱熹理氣思想的同時，也與王守仁的心學思想進行了交鋒。在心與物、主觀同客觀的關係問題上，羅欽順批判了王守仁最經典的“心外無物”、“心外無理”的觀點。他認爲心學家們主張所謂“心外無物”的觀點，實際上是從佛教哲學中抄襲來的“虛靈明覺”之心爲性，從而把天地萬物說成心中之物；心學派所講的“內外合一”也是與心大而天地小的論點相矛盾的。
羅欽順還從“理一分殊”的角度批評了“心外無物”的思想。他認爲天地人物都由一氣流行產生，它們各不相同千差萬別，都是客觀的存在，而不是心的產物。若謂天地人物之變化，皆吾心之變化，而以發育萬物歸之吾心，是不知有分之殊矣。這就是說，一氣流行而“分殊”出天地人物，它們其用有別卻是客觀的氣的產物。就人心與物的關係而論，是主體同客體，反映與被反映的關係。人心可以反映客觀外物，但決不能吞併天地萬物。
蓋發育萬物，自是造化之功用，人何與焉！其實，羅欽順是站在心學派不同的角度去理解主客體之間的關係的。羅欽順從二者誰決定誰的角度去思考，必然認爲氣產生萬物，而人之心也是氣化流行的產物。王守仁的心學派是從天地萬物的意義由人去賦予的角度進行思考的，將這點誇大，必然導致“心外無物”、“心外無理”的結論。
批判“心外無物”的觀點，關鍵問題之一是對心的解釋。王守仁的心學思想極其重視人的精神的主觀能動性，並將這種能動性推至極致，把人之心理解爲虛靈明覺之本體，羅欽順也承認人的主觀能動性，並且認爲心官的思維作用是很大的。他說：“人之神無所不通，謂之聖亦可也。惟其無所不通，故能推見事物之數，究知事物之理。物理既得，夫復何疑？此心之神而所通之理，是乃所謂道也。若認精神以爲道，則錯矣。”在羅欽順看來，人之神，即人的精神和思維之所以無所不通，是因爲它能夠認識和掌握事物的規律，推見事物之數，究知事物之理；然而，人的思維和精神所認識或把握的理纔是道，這個道是認識外界事物的結果，並不意味着精神本身是道，若認精神以爲道，則錯矣。精神所把握的道和以精神本身爲道是兩個不同的概念。正是在這個意義上，羅欽順承認思維器官有認識能力和主觀能動性，但他堅決否定人之心是所謂虛靈明覺之本體。
羅欽順的人性論是建立在他的理氣思想的基礎之上的。在氣一元論的理論前提下，羅欽順提出了與心學不同、也與朱熹某些觀點有區別的心性思想。
羅欽順接受了朱熹”性即理“的觀點，但對”存天理、滅人慾“的思想卻提出了批評。他認爲既然”理氣爲一”，那麼理也不能離欲，理欲應是統一的。
朱熹的理欲說是建立在“天命之性”與“氣質之性”的基礎上的。朱熹把個體精神的“心”分成兩個部分，一個是“道心”即“天命之性”，另一個是“人心”即“氣質之性”，道心即理，人心即欲。朱熹認爲，“人心”應服從“道心”，人慾應服從天理。天理就是“性”，本來是至善的，但由於人們受了“氣”（肉體）所產生的“氣質之性”的限制，便有了善惡的區別。
羅欽順不同意理學家關於“天命之性”和“氣質之性”的說法。他認爲，性雖是理，但理者氣之理，故不能分爲二性。他對理學家的“二性說”提出了不同看法。他說：理一分殊，本程子論《西銘》之言，其言至簡而推之天下之理，無所不盡。
“在天固然，在人亦然，在物亦然，在一身亦然，在一家亦然，在天下亦然，在一歲亦然，在一日亦然，在萬古亦然。持此以論性（即人性），自不須立天命、氣質之兩名，粲然其如視諸掌矣。但伊川既有此言，又以爲才稟於氣，豈其所謂分之殊者專指氣而言之乎？朱子嘗因學者問理與氣亦稱伊川說得好，卻終以理氣爲二物，愚所疑未定於一者，正指此也。”在羅欽順看來，性只有一個，就是氣質之性，既然理氣不二，因此，理欲不是對立的，而是統一的。理就是在欲中，而不能離開人的形體慾望，另有所謂性。天地之性須就人身上體認。這是從“理氣爲一”的觀點出發，論證理欲統一。天地之性氣質之性，宋諸君子始有此言。夫性一而已矣。苟如張子所言，“氣質之性君子有弗性”，不幾於二之乎？此一性而兩名，僕所以疑其詞之未瑩也。羅欽順將兩性視爲一體。是對宋理學家們一貫主張的人性論的突破和發展。
羅欽順反對朱熹及宋理學家們的天地之性和氣質之性的觀點，但他又接受了“道心”和“人心”的論述。他將“道心”解釋爲“性”，將“人心”解釋爲情，這兩者是體用關係，不可分離。他說：“人心、道心只是一個心。道心以體言，人心以用言。體用原不相離。如何分得？道心，寂然不動者也，至精之體不可見，故微。人心，感而遂通者也，至變之用不可測，故危。⑤道心，性也；人心，情也。心一也，而兩言之者，動靜之分，體用之別也。凡靜以制動。則吉。動而迷復，則兇。惟精所以審其幾也，惟一所以存其誠也。允執厥中，從心所欲不逾矩也，聖神之能事也。在“道心”與“人心”的問題上，羅欽順又接受了朱熹的心性理論，把道心作爲主宰，當作本體。他與朱熹一樣，也主張通過個人修養的途徑，達到以道心制約人心，以性制約情的目的。
朱熹通過道心與人心關係的論述，提出“存天理，滅人慾”的基本命題。
羅欽順雖然也主張以道心制約人心，以性制約情，但他在天理人慾的問題上卻作了與朱熹有所不同的解釋。羅欽順認爲，欲並不是惡，因此不可去。這是對理學的一個大膽挑戰，他說：“《樂記》‘人生而靜，天之性也，感於物而動，性之慾也’一段，義理精粹，要非聖人不能言。陸象山乃從而疑之，過矣。彼蓋專以欲爲惡也。夫人之有欲，固出於天，蓋有必然而不容已，且有當然而不可易者。於其所不容已者而皆合於當然之則，夫安往而非善乎？惟其恣情縱欲而不知反，斯爲惡爾。先儒多以去人慾遏人慾爲言，蓋所以防其流者不得不嚴，但語意似乎偏重。夫欲與喜怒哀樂，皆性之所有者，喜怒哀樂又可去乎？”在羅欽順看來，欲和情一樣，都是性之所有，情不可去，欲也不可去。
羅欽順的論說帶有自然人性論的傾向。他認爲，欲出於天，既是“必然”，又是“當然”人皆有慾望，這是自然而然的，不是人力所能取消的。既然如此，如果硬要人們去掉慾望，那就違反了自然，事實上是辦不到的。
羅欽順雖然肯定了人慾的合理性，但他並不主張縱慾，而是主張以理節慾。他認爲，欲雖出於性，不是惡，然而如果恣情縱欲，不知自反，社會流於惡。所謂反者，就是迴歸到理，以理節慾。他說：“《樂記》所言欲與好惡，與《中庸》喜怒哀樂，同謂之七情。其理皆根於性者也。七情之中，欲較重，蓋惟天生民有欲，順之則喜，逆之則怒；得之則樂，失之則哀。故《樂記》獨以性之慾爲言，欲未可謂之惡，其爲善爲惡，繫於有節無節爾。”欲出於性，故稱性之慾；理與欲統一，因此，欲不是惡。在羅欽順看來，善惡不是絕對的，以理節慾就是善，無節縱慾便是惡。同理氣等問題上的思想一樣，羅欽順的心性理論也有重要意義。他的思想成爲王夫之、戴震等人思想上的重要啓蒙。
羅欽順他那本窮盡一生心學所著有的哲學著作《困知記》四卷，也被人評價爲“是一部直接批判王守仁的主觀唯心主義的唯物主義哲學著作”。羅欽順的思想亦如同王守仁的心學思想那樣遠傳日本，影響了日本德川時代一些著名哲人的思想。如貝原益軒說：“羅整庵以理一分殊說性，而不分天地氣質，雖與先正之說稍異，可謂有所發明也。蓋本然者理一也，天下之人所稟受者皆一也。氣質者分殊也，衆人所稟各不同，羅氏此論後出者，可謂巧也。羅整庵立理一分殊說，是簡要之言，不要分析而發明性字。愚謂性者一而已矣，不可分天地，氣質之性爲二。”明末清初思想家黃宗羲認爲羅欽順“大有功於聖門”。羅欽順於嘉靖二十六年卒於家，享年高達八十三歲年，贈太子太保，諡文莊。