倭國，姫路城。
因爲兵力的劣勢，河合操與金谷範三最終沒能擋住宮崎光輔的薩摩軍，再次傷亡過半後，不得不向鳥尾小彌太麾下的大部靠攏，宮崎光輔遂迂迴至討逆軍背後，與八重英三郎前後夾擊，激戰十數日後，討逆軍傷亡超過千人，薩摩軍則傷亡了三千多，但大多是裹挾來的流民，精銳傷亡並不多，還減少了後勤壓力。
八重英三郎與宮崎光輔一商議，由前者繼續攻城，後者則向東挺進，兵鋒直指神戶、大阪及京都。
大阪與京都不僅是商業中心，現在還是鐵路樞紐，當然不能有失，光靠兩地的守備軍根本無法抵擋宮崎部。
鳥尾小彌太無奈下留下河合操與金谷範三斷後，他率旅團主力追擊宮崎光輔，誰知卻中了埋伏，在明石以北損失了近兩千人。
倉惶逃脫後，鳥尾小彌太一點人數，出發時近八千人，現在也就三千出頭，算上斷後的兵力，也就四千來人了。傷亡過半！
按說鳥尾小彌太不會犯這種低級錯誤，但派出的斥候都被獵殺了，他又恐大阪、京都有失，再反覆察探勢必耽擱時間，他偏偏沒多少時間了，這纔不得不冒險追擊，結果杯具了。
而斷後的河合操與金谷範三則更杯具，領着不到一個大隊的兵力對上八重英三郎派出的五千人，拼掉近三千炮灰後全軍覆沒，金谷範三戰死，河合操剖腹自盡。
八重英三郎留下兩千人看守城內糧食物資，率餘下五千人與城外人馬匯合一處，共七千人，與宮崎光輔的近萬人前後夾擊鳥尾小彌太所部。
後者只有三千來號，即使再精銳，對上五、六倍的敵人也無濟於事，何況薩摩軍也遠非西南戰爭時可比，同樣有優秀的指揮官和炮兵、工兵，激戰五天後，除了少數逃脫外，連同鳥尾小彌太盡沒此役之中。
隨後如同鳥尾小彌太擔心的那樣，宮崎光輔與八重英三郎一南一北，分別攻下了神戶、大阪與鳥取、舞鶴，在京都重新匯合一處，至此，薩摩軍攻下了本州島三分之一區域，更是繳獲了大量輜重物資。
但這個時候，九州島又傳來了消息，從寶島歸來的近衛第二旅團以金剛號重傷、筑紫號及幾艘魚雷艇沉沒爲代價，拖住了薩摩軍艦隊，由川內城北部的阿久根附近登陸，之後一舉攻下川內城，隨後兵逼鹿兒島。
這時水戶彌彥率艦隊擊沉了已重創的金剛號，及時趕到鹿島城西側海域，用艦炮逼退了近衛第二旅團。
爲避免傷亡過大，指揮官北白川宮能久親王命軍隊撤至霧島山一帶，轉而攻擊九州島北部。
這時回援老巢的島津忠久部返回九州島，在熊本與近衛第二旅團遭遇，一場遭遇戰下來，忠久部傷亡近千，近衛第二旅團損傷兩百出頭。
看似後者佔了偏宜，實則不然，前者損失的大多是炮灰，而且是主場作戰，兵員、物資隨時可以補充，又有艦隊相助，而昔日強大的倭國聯合艦隊如今只剩下小貓兩三隻。
這時在海戰中逃得一命的樺山資紀建議，派敢死隊潛入海中炸船。只要能解決薩摩藩艦隊，鹿兒島指日可破。
敢死隊付出九成傷亡後，終於將炸藥包吸在了一艘排水量五百噸的炮艦上。
但這艘船竟是全鐵甲覆蓋，而不是什麼鐵脅木殼船，引爆之後，船身劇烈地晃了晃，隨後一切如故。
炸船失敗了，水戶秀賴被驚出一身冷汗，隨後加強了戒備，但有人或船隻接近，立即會受到炮艦或護衛艇的攻擊，第二旅團再未找到機會。
但這時鎮守老巢的島津忠義卻做出一個意外之舉：令鹿島城所有軍隊、族人撤出，在艦隊護衛下，沿海邊一路退到了鹿兒島南部的枕崎城。
這下機會來了，北白川宮能久不顧樺山資紀勸說，堅持率軍追擊，後者只好退而求其次，要求率一隊人馬斷後。
北白川宮能久親王也知道後路不能有失，給了樺山兩個大隊的兵力，也就是三分之一的兵力，這可比鳥尾小彌太厚道多了。
分兵後，北白川宮能久親王率四個大隊兵不血刃地攻下了鹿島城，但裡面的糧食物資早就被搬運一空，除了一些不願走的人外，相當於一座空城。
位於熊本以北的島津忠久見狀也分兵了，近五千人纏住樺山部，其餘七千來人繞城而過，這時北白川宮能久親王留了兩個中隊留守鹿島城，其餘兵力銜尾追擊島津忠義部，一直追到了枕崎城下，這才發覺竟分兵兩次了。
還沒等他做出應對，艦炮轟鳴聲響徹了天地，還未散開陣形的軍隊立時死傷大片；炮擊剛停，城內的薩摩軍趁機突襲，一番苦戰下來，雙方各傷亡數百，雙方偃旗息鼓；但這時艦炮又響了起來。
北白川宮能久親王被這種無賴打法打得毫無脾氣，這才後悔沒聽樺山資紀的勸說。
炮擊停下後，雙方再次交火，這回北白川宮能久親王命部下且戰且退，島津忠義命部下銜尾追擊，由於艦炮的威懾，北白川宮能久親王不敢耍什麼半道設伏之類，一路退回了鹿島城下。
這時島津忠久所部七千人馬已經奪回了鹿島城，北白川宮能久親王留下的兩個中隊在炮灰消耗、內應發難、精兵突擊下幾乎損失殆盡。
這時北白川宮能久親王部下已不足兩千，面對一萬多人的兩面夾擊，硬抗的話唯有敗亡一途。
這時樺山資紀率兩個大隊強行突破了堵截，將北白川宮能久親王部接應出去，但也只是暫時的。
島津忠久這回不正面攔截了，卻將對方東側死死堵住。原因嘛，西邊靠海唄，艦炮開兮轟他娘。
偏偏這時，第二旅團又出現了新的麻煩：彈藥不足了。
遭受了N次艦炮轟擊後，北白川宮能久親王命僅剩的一千餘人向島津忠久部發起決死衝鋒。
薩摩軍打空彈倉之後，也挺着刺刀衝了上去，兩撥小鬼子開始了白刃戰。
近衛師團的兵員都是從各個師團選拔出的精銳，白刃戰也是其特長之一，但全身是鐵又能捻幾根釘？在一比十的懸殊兵力下，很快被淹沒在刺刀叢中。
最後，薩摩軍傷亡數千，近衛第二旅團全軍覆沒，北白川宮能久親王被俘，樺山資紀飲彈自盡。
他不自殺都不行，作爲薩摩藩出身的將領，攻打鹿兒島無異於背叛舊主，即使島津忠義能饒他，事後也會死於暗殺，大久保利通就是個活生生的例子。
後顧之憂解除，宮崎光輔、八重英三郎如釋重負，攻下紀伊半島後，向島津忠義請示，要求休整半月，補充兵員物資。
島津忠義欣然同意，並授命兩人就地籌集物資、犒賞士兵、激勵士氣。
這下打開了潘多拉盒子，倭人的劣性在本土開始上演，奸銀擄掠燒殺，神戶、大阪、京都以及周邊町、村頓時變成了人間地獄。
薩摩軍是暢快了，但不巧的是，一個小隊在“狂歡”中找到了一個鼠疫感染者隔離區，看守的鄉兵見叛軍殺來，哪會留下等死？紛紛作鳥獸散。
薩摩軍也不追擊，像發現了寶藏似的衝了進去，在一片尖叫聲中，將一個個腮幫腫大、紅斑點點、全身發燙甚至昏迷不醒的女人撲倒在地……
隔離點可不止這一處，有的看守還與薩摩軍發生了衝突，結果自然是被屠戮殆盡，然後染指其中的被隔離者，一週下來，不知多少人與鼠疫病患親密交流過。
一週後，八重英三郎、宮崎光輔的部下紛紛出現了發燒、淋巴腫大、呼吸困難的症狀，受感染者達到了總數的三分之一。
兩人可不是一點見識都沒有，何況這一路過來，見得黑死病人也不少，馬上將之聯繫起來，果斷隔離了所有感染者。
但發病者卻不斷地出現，弄得人人自危，兩支近萬人的大軍頓時人心惶惶，完全沒有了十來天前勢如破竹般的氣勢，連自保都成了問題。
在這個時代，一旦感染黑死病必死無疑，哪怕目不識丁的流民也深知這個道理，於是，逃兵出現了，一開始，軍官們還試圖阻攔，但當火併發生後，這種情況愈演愈烈，最終所有流民連死帶跑，走了個乾乾淨淨。
但疫情繼續在軍中蔓延，即使採取了隔離措施，也擋不住所有傳播途徑。老鼠、跳蚤，沾染病菌的肉類、呼吸時的飛沫…
查明緣由後，八重英三郎與宮崎光輔追悔莫及，早知道這樣，還不如約束部下、秋毫無犯呢！但世上沒有後悔藥，這就是典型的樂極生悲吧！
消息傳到九州島，島津忠義也大爲震驚，隨後派人詢問了長崎港的英國人，補充了防範措施，比如禁食兔肉、松鼠肉，屋舍、兵營消毒、消滅老鼠跳蚤、每天洗澡、所有人戴口罩、以班爲單位隔離觀察，一週後沒有症狀纔可與他人接觸…
疫情終於控制下來，但薩摩軍從開始的兩萬來人銳減至五千來號，連一個旅團都不夠了。本來可以就地徵兵，但薩摩軍的暴行將京都、大阪等地惹得天怒人怨，別說徵兵，抓壯丁都困難。
八重與宮崎進退兩難，無奈下又請示家主，島津忠義訓斥了一通後，命兩人率軍退回九州島，只有五千來號人了，打下去是自取滅亡，還是退一步海闊天空吧。
明治天皇得知情況後，大呼“神明佑我”，但高興得有些早了。
薩摩軍是退了，但鳥取一帶又發生了大規模暴亂，是饑民發起的，隨後席捲了附近的倉吉、米子、津山與福知山，先前逃亡的薩摩軍炮灰見狀也加入其中。
在後者的指引下，叛軍迅速攻佔了薩摩軍造成的真空地帶，搶掠一番後，帶着大量物資鑽入了附近山林或島嶼。
至此之後，每過一段時間就出來幹一票，化整爲零四處流竄，將新招募的倭軍、鄉兵們耍得團團轉。
當後者懈怠時，叛軍又會合兵一處，集中攻擊一點，狠狠咬一口後迅速逃離，政·府軍空有強大的火力與戰力無無從下手。
消息傳到東京，陸軍大臣高島兩之助提議增兵、堅壁清野，雙管齊下，首相黑田清隆則建議剿撫並舉。
明治天皇果斷選擇了後者，但安撫是需要錢糧的，這個難題又交給了黑田清隆，以及外務大臣小村壽太郎。
國庫僅有的幾百萬兩白銀不翼而飛，只能向外借款了。這意味着英國軍艦從此可以長駐橫須賀港以及沖繩了。
沖繩，也就是琉球島是薩摩藩的地盤，廢藩置縣後實際還是後者掌控，要讓英軍佔去，還不如讓薩摩藩繼續佔着。
因此，黑田清隆及小村壽太郎與英國領事反覆交涉，最終以土佐灣、伊勢灣及佔領的半島國釜山港爲代價，代替了沖繩。
英方早已準備好了，條約簽署後，相當於兩千萬兩白銀的四百萬英鎊立即交付，很快變成了武器彈藥、糧食以及藥品，剿撫並舉終於可以實施了。