日本政府再次失去了登陸艦隊的消息以後，沒有像前一次那樣低調處理，因爲他們被嚇壞了。前後兩次派遣的船隻，超過了日本艦隊的多一半，再加上兩個師團的陸軍，就這樣莫名其妙的神秘失蹤了，這在任何一個政府裡也不是一個小問題，整個日本政府和軍部都炸窩了。
先是氣急敗壞的質問了清政府，要求清政府徹查這兩次失蹤事件，併爲此負責，賠償日本的損失。然後又照會了英法德俄幾國，要求聯合調查在臺灣海域日本海軍艦隊無故消失事件。
清政府被罵了個糊塗，北洋水師都全軍覆沒了，遼東和臺灣也割讓了，現在日本海軍失蹤了，不過這個事和大清朝有毛的關係啊？李鴻章立刻約見了各國大使，請求各國出面，阻止日本人再次敲詐大清朝。
各國政府先後接到日本和清政府的要求和懇求，剛開始也是覺得日本人在敲詐，是爲了出歸還遼東被佔領土的惡氣。俄國人德國人當時便以臺灣已經割讓，交接手續都辦了，不歸清政府管爲由，拒絕了日本人的抗議。英國人和法國人倒是沒直接拒絕，不過也私下警告日本人不要得寸進尺，佔了地方還得了賠款，別沒完沒了的。
不過在日本人再三懇求下，英法兩國也覺得有些蹊蹺，臺灣獨立的事情他們知道，並沒有往心裡去。哪裡已經是日本人的領地了，他們也不打算去摻乎。但是如果說日本艦隊多艘主力艦被無聲無息的消滅在了臺灣附近，英法兩國還是不太相信，南海一直是英國人和法國人的後花園，在這裡有這樣一個厲害的海軍勢力存在，會讓兩國的艦隊和政府都睡不着覺。
打着協助調查的名義，英法兩國先後派船前往臺灣近海，打算弄清楚日本人到底是撒謊還是真的有這種事情。
1896年7月，由英國的“Constance”號鐵甲巡洋艦爲旗艦，加上“Linnett”號炮艇和法國“阿塔朗特”號鐵甲巡洋艦3艘軍艦組成一個艦隊，正式進入臺灣附近海域執行調查任務。
英法艦隊出發前，英國駐香港的“中國艦隊”司令部就電告了臺灣新政府，聲稱只是做例行調查，並無惡意。劉芾也接到了這封電報，連夜和參謀部的人員一起商量了如何對待這次英法艦隊插手的問題。商量了半宿，也沒商量出一個結果來，大部分外國籍參謀都主張給英法艦隊調查權，因爲如果硬頂，會惹惱他們，無謂的又增加了2個強敵；而中國籍參謀都主張堅決回絕，作爲交戰區域，一切未經批准進入的船隻都是敵人。
劉芾個人傾向於外籍參謀的觀點，因爲站在他們的立場上，雖說有些保守，但還是比較客觀的；而那些中國籍參謀由於這兩次伏擊日本艦隊的大勝，過於高估了臺灣的實力，把潛艇這個武器看得無比神奇，都期待着一下子推翻以前的所有壓迫者，立刻翻身做主人。
“通電英法聯合艦隊，由於臺灣港口和近海都佈設了水雷，且情況比較混亂，我方無法保證他們的航行安全，請他們儘量不要在未通知我方的情況下，接近任何港口和靠近港口的水域，否則他們的安全我方不能保證，並提醒他們，最好保持聯絡。”劉芾吩咐着，把這條命令發給英法聯合艦隊。
“我們雖然這兩次都大勝日本艦隊，不過大家不要過於樂觀。我們只是佔了敵人不瞭解我們的便宜，如果大家擺好陣勢，我們的損失會很大。而且我們有一個致命的弱點，就是我們的陸軍，雖然新軍改編的很快，也很努力，但是如果被敵人登陸，咱們那些沒見過血的新軍是否能抵擋住還是個問題。所以，現在我們還得忍着，不要輕易樹敵，先專心來對付日本人。”劉芾對着在做的參謀人員解釋到。
“艦長，我們收到臺灣新政府的電報了，他們告訴我們這裡的港口都有水雷，讓我們不要隨意接近港口。”在英法聯合艦隊的旗艦“Constance”號上，大副正拿着一封電報對艦長彙報着。
“水雷。。。真是一個完美的理由啊，你覺得呢？”“Constance”號的艦長瑞德爾叼着一個大號的菸斗，緩緩的說道。
“那我們應該怎麼辦？就不去港口檢查了？”年輕的大副好像有些不甘心。
“哦，親愛的查理，這不是我們的戰爭。這是日本人的戰爭，我們沒有必要用英國小夥子的性命去爲他們證明什麼，我只希望能帶着你們這些好小夥子安全的回家。”瑞德爾拿掉菸斗，一臉嚴肅的對身邊的大副說。
“命令艦隊，不要靠近臺灣，我們圍着它轉一圈就可以了。”
隨着瑞德爾的命令，三艘英法艦艇緩緩的轉向，向着臺灣外海開去。
15天以後，英法調查的結果就通過日本駐清公使林董傳回了日本。這個調查結果裡稱，英法艦隊圍繞着臺灣進項了細緻嚴謹的調查，並沒有發現任何一支可以威脅到英法艦隊的海上武裝的存在，但是發現了在臺灣衆多港口附近的海域裡都佈設有水雷，所以最終結論是日本登陸艦隊在臺灣附近被偷襲和殲滅是無稽之談。
這個結果也得到了德、美、俄等國的認可，日本人雖然對調查結果心存疑慮，但是也無計可施，總不能再排一支艦隊自己去調查吧，況且日本短期內已經派不出艦隊了，不說軍艦，就是運兵船都抽調不出來了。況且臺灣已經和日本宣戰，任何日本船隻靠近臺灣海域，都將會被攻擊。
既然靠武力暫時解決不了臺灣的問題，那就靠外交渠道吧。日本政府電令駐清公使林董聯繫英法等國公使，請求英法出面，幫助日本聯絡臺灣，看看是否能用談判解決問題。
英法等國對於談判解決爭端最是熱心，又不用自己出兵出錢出力，動動嘴皮子，就能在談判桌上撈到好處，這樣的事情誰不願意幹啊，不撈白不撈啊。於是，英國駐華艦隊司令部向臺灣政府發出正式邀請，希望臺灣政府派人到香港與日本人坐下來，就臺灣問題舉行談判，並由英法美三國進行調停。