在第一船俘虜上岸之後，十個審訊小組就同時運轉起來，開始對各路海盜進行訊問，然後將得到的消息彙總起來。兩天之後，舟山羣島的情況就完全呈現在了自衛隊的面前。
鄭老三原是鄭芝龍手下的一個掌櫃，他們來這裡攻佔舟山羣島的原因同樣與日本航線受到的威脅有關，就是要阻斷從青島南下廣東的貿易路線。
鄭芝龍已經意識到青島互助會對他們的巨大威脅，除了派艦隊扮作海盜，試圖切斷黑水洋航線之外，他們還打算切斷長江口附近的海上交通線，來限制青島的發展，順便也切斷南通與青島的聯繫。
在進攻黃梅島之前，鄭老三已經襲擊奪佔了舟山島，將島上的寧波水師趕回了大陸，只要再攻下黃梅島和鹽灘島，這片羣島就完全屬於他們了。唯一比較悲劇的事情就是鄭老三在舟山艦隊的炮擊中當場陣亡了。
得到這些消息之後，伍興與胡以誠稍做商量，便決定在基本穩定黃梅島的形勢之後立即出兵舟山島。現在他有了進攻舟山島的充足理由——從海盜手中收復舟山島，無論如何在官府那邊也解釋得過去了。
收復舟山島的過程可謂波瀾不驚，島上留下的海盜只有兩百多人，也沒有什麼重武器，自衛隊在近防炮和歩槍的掩護下輕鬆登陸，然後海盜們就投降了。
隨後自衛隊又登陸舟山海盜盤踞的那些島嶼，將海盜們辛苦積攢起來的財物全部收攏起來。這項工作進行得更是順利，鄭老三已經提前幫他們完成了絕大部分，現在這些金銀和物資還都堆積在舟山島上的一個倉庫內，沒來得及整理呢。
舟山島的面積比起其他島嶼來大得多，島上的居民也有幾千人。這些人多數都是漁民，不過這裡名義上雖然處於寧波衛的水師管理之下，但這些島民多數也不是什麼好鳥，出海打漁的過程中如果遇到合適的機會，他們也不介意客串一把海盜。
自衛隊佔領舟山島之後，對這些島民也沒有客氣，一股腦將他們集中起來進行管理，只是條件上比那些被關押在俘虜營的的海盜稍稍寬鬆一些而已。
下一步就是將黃梅島上關押的海盜轉移到這舟山島上來，黃梅島是章家食品廠的生產基地，島嶼又小，這些海盜關在島上也沒有什麼事情給他們幹，反而影響得食品生產都無法正常進行了。
舟山島就不同了，這裡有面積廣大的土地可以耕種，互助會又要在這裡修建軍事和民用碼頭，還有大量的地面建築需要修建，這些海盜正好可以充當免費勞動力，也省得他們每天吃飽了飯無所事事無事生非。
既然要在島上大興土木，那麼開挖地基、加深港口、採石伐木之類的工作總不會少，那些喜歡鬧事的俘虜和一些在以往的海盜生涯中惡名昭彰罪孽深重的海盜們便有了用武之地。同時普通海盜也有了一個可以參照的懲罰性重犯營便順利地建立了起來。
島上最先建起來的建築就是俘虜營，然後則是軍港和自由貿易區。
考慮到這裡原本就是江浙一帶的走私貿易中轉基地，有着強大的貿易基礎，章澤天當然不會浪費這種資源，便打算在這裡建設起來一個功能類似的自由貿易區。
這個貿易區是一個相對封閉的區域，其中建設了幾排商業用房，以及一片倉儲區，可供到這裡交易的商人們租用。
按照章澤天的想法，將來在這裡交易的所有商品都不會有人追究其出處，也不會收取任何稅收。對於進場交易的人員，若不租賃房屋攤位的，會收取每人十元的入場費，便再不會有其他費用了。
作爲管理方的互助會也只對到港的船隻收取相應的服務費，包括引水、泊位、補給等。當然，這裡也會同時提供客棧、酒樓、貨物裝卸、船隻維修等服務。
考慮最初到這裡交易的海商數量不會太多，爲了集中交易資源，更加有利於達成交易，開始時這裡不會每天都開放交易，而只會在逢二逢七日開放交易區，也就是每五天開放一天。其他時間若想進行交易，就只能與開在這裡的那些常設店鋪進行了，否則即爲非法交易，一旦被發現，則會被處以沒收交易物資或罰款等處罰。
互助會也會爲這裡的交易提供安全保障，事實上，這裡能否真正成爲附近的交易中心，最終也只能取決於自衛隊的武力能否保證這裡的安全。
章澤天建立這個自由貿易區，一方面是想通過這裡出售一些不方便放在大陸上明目張膽銷售的東西，比如槍炮弓弩等武器，或者銅鐵硫硝等比較敏感的戰略物資。
另外，如果這個貿易區能夠成功建立起來，章澤天也希望它能夠帶動一種新的商業模式，就是市場主導的貿易模式，而不是此時大文朝通行的行會壟斷控制價格。
最大的好處並不止以上方面，互助會將會打破由鄭氏集團完全壟斷的大文朝的進出口貿易模式，把浙江沿海的大宗進出口貿易集中到這裡，最終有可能將舟山島建設成爲東亞地區的商貿中心。
章澤天最早時候是打算把這個商貿中心放在青島的，只是青島的地理位置太過靠北，經濟更發達的南方商人和西方商人如果要到港貿易，就需要航行更遠的距離，這一點在事實上阻礙了青島對外貿易的發展。
另外，同樣是因爲地理位置靠北，青島的冬天實在太冷，使一些南方海商望而生畏。可是在南方海域，冬天卻正是大海上沒有颱風，相對比較安全的黃金貿易時間。
舟山自由貿易區的建立，將會使互助會與鄭氏集團之間的矛盾直接暴發，章澤天相信，任何試圖打破鄭家對海貿的壟斷的勢力，都會被鄭氏全力攻擊的。這個自由貿易區建立起來的前提，武力上至少要能夠與鄭氏集團正面抗衡才行，甚至要擁有對鄭氏集團一擊而勝的能力纔可以，否則鄭氏集團即使就是長期的騷擾，也會令這裡的貿易難以順利開展。
要抵擋甚至擊敗鄭氏，僅憑現在的舟山艦隊當然無法完成。但是即將在一個多月後南下的南征艦隊，最終將會是舟山羣島安全的最終保障。他們在完成對劉香集團的剿滅作戰之後留在舟山羣島，成爲最後的舟山艦隊。