就在孔有德與努力安撫手下衆人之時，開始時說要代他去賠罪的千戶突然縱馬而出，高聲說道：“孔大哥不可親自冒險，那王家態度如何，待小弟先去試探一番。”不待孔有德回話，已經帶着他手下的幾十名親兵揚長而去。
孔有德待要阻攔時，手下一干將領卻都勸他，大意都是不肯讓他親自冒險，那千戶卻早已去得遠了。
不久之後，只見遠方那王家莊院方向有濃煙升起，又有火銃打放之聲，孔有德心道不好，率領部下趕到近前看時，只見那千戶已經從莊中出來，頭臉衣甲上滿是噴濺的血跡。
見了孔有德，那千戶丟了手中的長刀，下馬跪在孔有德馬前，說道：“那王家絲毫不肯鬆口，他既然不給我們留活路，弟兄們一怒之下殺進了他們的莊子，將王家人殺了個乾淨。只是可惜王象春那老兒不在莊中，卻是去了吳橋縣城。事情已經做下，小弟甘受孔大哥處置。”
孔有德在馬上良久不語，最後說道：“既然事情已經到了這個地步，我等還能如何？便反了吧。我們這一千四百遼東鐵騎，這大文朝的軍隊又有哪支能奈何我等？現在咱們商議一下，下一步該當如何。”
當即分派人手，先將王家莊中的糧草銀兩取出，衆軍飽餐之後回師山東，與落在後面的輜重匯合，直撲濟南。
女真南侵，並未進入山東便已經在河北一帶搶得盆滿鉢滿，回師北返，那正是孔有德部到達吳橋之前的事情。
孔有德造反時，山東各地尚未接到後金撤兵的消息，仍然處於戒備之中，是以從德州到濟南一路上沿途州縣並未被孔有德部攻破。當然也與孔有德急於突襲濟南，沒有集中力量攻城有關。
孔有德原也沒有打算在這些縣城上浪費兵力，只是將沿途的村寨一掃而空，取了糧食金銀牲畜等物，然後逼迫村中青壯幫他們運輸搶掠到的物資。
一路上也有一些衛所，卻根本沒有人能抵擋叛軍哪怕一天，衛所的指揮使，以及千戶百戶軍官被叛軍一掃而空，那些平日被軍官奴役的軍戶們紛紛加入叛軍隊伍，等叛軍到達濟南城外時，已經從開始時的1400人擴張到近萬人，聲勢大振。
山東總兵朱大典聽說過遼東鐵騎的威名，不敢出戰，只是下令緊閉四門，只求與叛軍對耗，等待援軍。
濟南城高大堅固，孔有德嘗試幾次攻城不利之後，也不敢在城下多做盤桓。濟南是溝通南北的要衝，又緊貼華北平原，一旦朝廷援軍到來將他們圍住，遼東鐵騎即使戰力再強，也不過一千餘人，其他烏合之衆根本不能指望，到時就是死局。
是以叛軍試攻濟南不下之後，便一路東進，進攻青州、萊州。他的戰術意圖極爲清晰，就是要拿下萊州和登州，藉助半島東部多山的地形據守，與朝廷周旋，爭取割據山東半島，或者等官府久攻不下之後招安。
至於登州那些與遼東兵不合的山東兵，孔有德並沒有放在眼中。孫元化編練的新軍軍官多有遼人，他們造反之後，那些遼人軍官已經無法獨善其身，否則朝廷平叛之後必然清算這些遼人。
孔有德在決定造反之後已經在第一時間派人聯絡登州軍中的遼人起事，同時派出小股精銳突襲沿途驛站，殺人奪馬，阻止他們造反的消息向登州方向傳播，避免孫元化得知消息後有所準備。
叛軍快馬東進，青州被他們成功突襲破城，成爲叛軍攻陷的第一座城池。只是叛軍並未在青州久留，將城內物資掠奪一空後便棄城而走。
就在青州被攻破之後，孔有德叛亂的消息終於傳向山東其他州縣，等叛軍來到濰縣的時候，濰縣縣城已經戒備森嚴。
馮闖縣令在濰縣聲望極高，僅僅兩天時間，就將城外較大的村寨人員物資都撤入縣城之中，並由手持長槍的民壯上城值守。教諭龔其賢受章澤天影響，平時教授學生隊列刺槍和弓箭之術，此時城上的弓箭手竟然不弱於邊境強軍。
叛軍見濰縣城牆較低，連續攻城兩天，在城外丟下遍地屍首，竟然連一次都沒有攻到城上，只好放棄濰縣，撲向萊州。
就在叛軍圍攻濰縣不成的時候，登州新軍主將耿仲明已經接到孔有德傳信，在孫元化召集衆將議事時發動兵變，將一衆將官一網打盡。
孫元化平時對這些遼東軍還是不錯，他看中這些人有面對女真人的實戰經驗，對他們一直比較信重，平時的餉銀待遇也不差，所以被擒之後並未受到苛待，只是被關在巡撫衙門的一座小院之中，由叛軍在四周看守。孫家原本負責照顧孫元化的那些婢僕仍舊被派過來照顧他，飲食等事也未受限制，只是不讓他隨便見人而已。
孫元化在東三府的威望夠高，因此以耿仲明爲首的叛軍將領在他被抓之後輪番前來勸降，想要讓他做叛軍的首領，都被孫元化一一拒絕了。
至於同時被抓的山東本地將領就沒有那麼好運了。這些人平時對遼東兵之間的積怨很深，被抓之後當天就被一一拉出來殺掉泄憤。
只一天時間，登州叛軍就完全控制了登州城，城內水軍三千餘人，火器新軍不到兩千人都掌握在耿仲明手中。同時，城內尚有山東兵三千多人，由於將官被殺，羣龍無首之下被全部繳械，由遼東將領張燾帶一千新軍押送着去進攻附近州縣，黃縣、龍口望風而降。
叛軍則繼續西進，與孔有德率領的西路叛軍同時抵達萊州城下。
那萊州知府王念祖已經提前得知遼東兵叛亂之事，他無他法可想只是趁叛軍圍困濰縣的時候收攏周邊鄉民和糧草物資，打造守城器具，等叛軍兵鋒到來時閉門死守。
王念祖本指望叛軍久攻不下便會像在濰縣時那樣放棄攻城，只是沒想到東西兩路叛軍會師之後，便將萊州城圍得像鐵桶也似，每天逼迫山東兵和抓捕來的附近百姓不斷攻城。這一番攻城戰一下子便持續了近兩個月時間。