理論可以信口說，事實上，是辦不到只顧一方面的。只顧一方面，一定行不通。所以先秦時已有所謂雜家之學。《漢志》說：雜家者流，出於議官。可見國家的施政，不得不兼顧到各方面了。
情勢如此，學術自然不得不受其影響，而漸趨於會通，古文之學初興時，實系兼採異家之說，後來且自立新說，實亦受此趨勢所驅使。儻使當時的人，痛痛快快，說儒家舊說不夠用了，我所以要兼採異說；儒家舊說，有所未安，我所以要別立新說；豈不直接？無如當時的思想和風氣，不容如此。
於是一方面說儒家之學，別有古書，出於博士所傳以外（其中最重要的，便是孔壁一案，參看第十六章），一方面，自己研究所得，硬說是某某所傳（如《毛詩》與《小序》爲一家言。《小序》明明是衛宏等所作，而毛公之學，偏要自謂子夏所傳），糾紛就來得多了。
流俗眩於今古文之名，以爲今古文經，文字必大有異同，其實不然。今古文經的異字，備見於《儀禮》鄭《注》（從今文處，則出古文於注。從古文處，則出今文於注），如古文位作立，儀作義，義作誼之類，於意義毫無關係。他經度亦不過如此。有何關係之可言？今古文經的異同，實不在經文而在經說。
其中重要問題，略見於許慎的《五經異義》。自大體言之：今文家說，都系師師相傳。古文家說，則自由研究所得。不爲古人的成說所囿，而自出心裁，從事研究，其方法似覺進步。但（一）其成績並不甚佳。又（二）今文家言，有傳訛而無臆造。傳訛之說，略有其途徑可尋，所以其說易於還原。一經還原，即可見古說的真相（其未曾傳訛的，自然更不必說）。古文家言，則各人憑臆爲說，其根源無可捉摸。所以把經學當作古史的材料看，亦以今文家言價值較高。
然古學的流弊，亦可說仍自今學開之。一種學術，當其與名利無關時，治其學者，都系無所爲而爲之，只求有得於己，不欲眩耀於人，其學自無甚流弊。到成爲名利之途則不然。治其學者，往往不知大體，而只斤斤計較於一枝一節之間。甚或理不可通，穿鑿立說。或則廣羅異說，以自炫其博。引人走入旁門，反致拋荒正義。從研究真理的立場上言，實於學術有害。但流俗的人，偏喜其新奇，以爲博學。此等方法，遂成爲譁世取寵之資。漢代此等風氣，由來甚早。
《漢書·夏侯勝傳》說：“勝從父子建，師事勝及歐陽高，左右採獲。又從五經諸儒問與《尚書》相出入者，牽引以次章句，具文飾說。勝非之曰：建所謂章句小儒，破碎大道。建亦非勝爲學疏略，難以應敵。”專以應敵爲務，真所謂徇外爲人。此種風氣既開，遂至專求聞見之博，不顧義理之安；甚且不知有事理。如鄭玄，遍注羣經，在漢朝，號稱最博學的人，而其說經，支離滅裂，於理決不可通，以及自相矛盾之處，就不知凡幾。此等風氣既盛，治經者遂多變爲無腦筋之徒。雖有耳目心思，都用諸瑣屑無關大體之處。
而於此種學問，所研究的，究屬宇宙間何種現象？研究之究有何益？以及究應如何研究？一概無所聞見。學術走入此路，自然只成爲有閒階級，消耗日力精力之資，等於消閒遣興，於國家民族的前途，了無關係了。此等風氣，起於西漢中葉，至東漢而大盛，直至南北朝、隋唐而未改。漢代所謂章句，南北朝時所謂義疏，都系如此。讀《後漢書》及《南北史》《儒林傳》，最可見得。
古學既繼今學而起，到漢末，又有所謂僞古文一派。據近代所考證：王肅爲其中最重要的一個人。肅好與鄭玄立異，而無以相勝。乃僞造《孔子家語》，將己說竄入其中，以折服異己，經學中最大的《僞古文尚書》一案，雖不能斷爲即肅之所造，然所謂《僞孔安國傳》者，必系與肅同一學派之人所爲，則無可疑（《僞古文尚書》及《僞孔安國傳》之僞，至清閻若璩作《古人尚書疏證》而其論略定）。僞之者爲那一派人，至清丁晏作《尚書餘論》而其論略定。此即由當時風氣，專喜廣蒐證據，只要所蒐集者博，其不合理，並無人能發覺，所以容得這一班人作僞。
儒學至此，再無西漢學者經世致用的氣概。然以當時學術界的形勢論，儒學業已如日中天。治國安民之責，在政治上，在社會上，都以爲惟儒家足以負之。這一班人，如何當得起這個責任？他們所想出來的方案，無非是泥古而不適於時，專事模仿古人的形式。這個如何足以爲治？自然要激起有思想的人的反對了。於是魏晉玄學，乘機而起，成爲儒佛之間的一個過渡。
魏晉玄學，人多指爲道家之學。其實不然。玄學乃儒道兩家的混合。亦可說是儒學中注重原理的一派，與拘泥事蹟的一派相對立。先秦諸子的哲學，都出自古代的宗教哲學，大體無甚異同，說已見前。儒家之書，專談原理的是《易經》。《易》家亦有言理言數兩派。言理的，和先秦諸子的哲學，無甚異同。言數的，則與古代術數之學相出入。
《易》之起源，當和術數相近；孔門言易，則當注重於其哲學；這是通觀古代學術的全體，而可信其不誣的。今文《易》說，今已不傳。古文《易》說，則無一非術數之談。《漢書·藝文志》：易家有《淮南·道訓》兩篇。自注雲：“淮南王安，聘明《易》者九人，號九師說。”此書，當即今《淮南子》中的《原道訓》。今《淮南子》中，引《易》說的還有幾條，都言理而不及數，當系今文《易》說之遺。然則儒家的哲學，原與道家無甚出入。不過因今文《易》說失傳，其殘存的，都被後人誤認爲道家之說罷了。
如此說來，則魏晉玄學的興起，並非從儒家轉變到道家，只是儒家自己的轉變。不過此種轉變，和道家很爲接近，所以其人多兼採道家之學。觀魏晉以後的玄學家，史多稱其善《易》《老》可知。儒學的本體，乃以《易》言原理，《春秋》則據此原理，而施之人事。魏晉的玄學家，則專研原理，而於措之人事的方法，不甚講求。所以實際上無甚功績可見，並沒有具體可見之施行的方案。
然經此運動之後，拘泥古人形式之弊遂除。凡言法古的，都是師其意而不是回覆其形式。泥古不通之弊，就除去了，這是他們摧陷廓清莫大的功績（玄學家最重要的觀念，爲重道而遺蹟。道即原理，跡即事物的形式）。
從新莽改革失敗以後，徹底改變社會的組織，業已無人敢談。解決人生問題的，遂轉而求之個人方面。又玄學家探求原理，進而益上，其機，殊與高深玄遠的哲學相近。在這一點上，印度的學術，是超過於中國的。佛學遂在這種情勢之下興起。
佛，最初系以宗教的資格輸入中國的。但到後來，則宗教之外，別有其學術方面。
依近來的研究：佛教在印度的興起，並不在其哲學的高深，而實由其能示人以實行的標準。緣印度地處熱帶，生活寬裕，其人所究心的，實爲宇宙究竟，人生歸宿等問題。所以自古以來，哲學思想即極發達。到佛出世時，各家之說，所謂外道。已極高深，而其派別亦極繁多了。羣言淆亂，轉使人無所適從。釋迦牟尼出，乃截斷無謂的辯論，而教人以實行修證的方法。從之者乃覺得所依歸，而其精神乃覺安定。
故佛非究竟真理的發見者（中國信佛的人，視佛如此）。而爲時代的聖者。佛滅後百年之內，其說無甚異同。近人稱爲原始佛教。百年之後而小乘興，五六百年之後而大乘出，則其說已有改變附益，而非復佛說之舊了。然則佛教的輸入中國，所以前後互異，亦因其本身的前後，本有不同，並非在彼業已一時具足，因我們接受的程度，先後不同，而彼乃按其深淺，先後輸入的了。此等繁碎的考據，今可勿論。但論其與中國文化的關係。
佛教把一切有情，分爲十等：即（一）佛，（二）菩薩，（三）緣覺，（四）聲聞，是爲四聖。（五）天，（六）人，（七）阿修羅，（八）畜生，（九）餓鬼，（十）地獄，是爲六凡。輾轉於六凡之中，不得超出，謂之六道輪迴。
佛教的宇宙觀，系以識爲世界的根本。有眼、耳、鼻、舌、身、意，即有色、聲、香、味、觸、法。此爲前六識，爲人人所知。第七識爲末那，第八識爲阿賴耶，其義均不能譯，故昔人惟譯其音。七識之義，爲“恆審思量，常執有我”。我們念念以自己爲本位（一切現象，都以自己爲本位而認識。一切利害，都以自己爲本位而打算），即七識之作用。至八識則爲第七識之所由生，爲一切識的根本。必須將他滅盡，才得斬草除根。
但所謂滅識，並不是將他剷除掉，至於空無所有。有無，佛教謂之色空。色空相對，只是凡夫之見。佛說則“色即是空，空即是色”（如在晝間，則晝爲色，夜爲空。然夜之必至，其確實性，並不減於晝之現存。所以當晝時，夜之現象，雖未實現，夜之原理，業已存在。凡原理存在者，即與其現象存在無異。已過去之事，爲現在未來諸現象之因。因果原系一事。所以已過去的事，亦並未消滅）。所以所謂滅識，並非將識消滅，而系“轉識成智”。善惡同體。佛說的譬喻，是如水與波。水爲善，動而爲波即成惡。
按照現在科學之理，可以有一個更妙的譬喻，即生理與病理。病非別有其物，只是生理作用的異常。去病得健，亦非把病理作用的本體消滅，只是使他回覆到生理作用。所以說“真如無明，同體不離”（真如爲本體，無明爲惡的起點）。行爲的好壞，不是判之於其行爲的形式的，而是判之於其用意。所以所爭的只在迷悟。迷時所做的事，悟了還是可以做的。不過其用意不同，則形式猶是，而其內容卻正相反，一爲惡業，一爲淨業了。喻如母親管束子女，其形式，有時與廠主管理童工是一樣的。所以說：“共行只是人間路，得失誰知霄壤分。”
佛教爲什麼如此重視迷悟呢？因爲世界紛擾的起因，不外乎（一）懷挾惡意，（二）雖有善意，而失之愚昧。懷挾惡意的，不必論了。失之愚昧的，雖有善意，然所做的事，無一不錯，亦必伏下將來的禍根。而愚昧之因，又皆因眼光只限於局部，而不能擴及全體（兼時間空間言）。所以佛說世俗之善，“如以少水而沃冰山，暫得融解，還增其厚。”此悟之所以重要。
佛教的人生問題，依以上所說而得解答。至於你要追問宇宙問題的根源，如空間有無界限，時間有無起訖等，則佛教謂之“戲論”，置諸不答（外道以此爲問，佛不答，見《金七十論》）。這因爲：我們所認識的世界，完全是錯誤的。其所以錯誤，即因我們用現在的認識方法去認識之故。要把現在的認識方法放下，換一種方法去認識，自然不待言而可明。若要就現在的認識方法，替你說明，則非我的不肯說，仍系事之不可能。
要怎樣才能換用別種認識方法呢？非修到佛地位不可。佛所用的認識方法，是怎樣的呢？固非我們所能知。要之是和我們現在所用，大不相同的。這個，我們名之曰證。所以佛教中最後的了義，“惟佛能知”，探求的方法，“惟證相應”。這不是用現在的方法，所能提證據給你看的。信不信只好由你。所以佛教說到最後，總還是一種宗教。
佛教派別很多，然皆小小異同，現在不必一一論述。其中最有關係的，（一）爲天台、惟識、華嚴三宗。惟識宗亦稱相宗，乃就我們所認識的相，闡發萬法惟識之義。天台亦稱性宗，則系就識的本身，加以闡發。實爲一說的兩面。華嚴述菩薩行相。即具體的描寫一個菩薩的樣子給我們看，使我們照著他做。此三宗，都有很深的教理，謂之教下三家。
（二）禪宗則不立文字，直指心源，專靠修證，謂之教外別傳。（甲）佛教既不用我們的認識，求最後的解決，而要另換一種認識方法，所謂轉識成智。則一切教理上的啓發、辯論，都不過把人引上修證之路，均系手段而非目的。所以照佛教發達的趨勢，終必至於諸宗皆衰，禪宗獨盛爲止。（乙）而社會上研究學問的風氣，亦是時有轉變的。佛教教理的探求，極爲煩瑣，實與儒家的義疏之學，途徑異而性質相同。中唐以後，此等風氣，漸漸衰息，諸宗就不得不衰，禪宗就不得不獨盛了。（三）然（子）禪宗雖不在教義上爲精深的探討，煩瑣的辯論，而所謂禪定，理論上也自有其相當的高深的。（醜）而修習禪定，亦非有優閒生活的人不能。所以仍爲有閒階級所專有。
然佛教此時的聲勢，是非發達到普及各階層不可的。於是適應大衆的淨土宗復興。所謂淨土宗，系說我們所住的世界，即娑婆世界的西方，另有一個世界，稱爲淨土。諸佛之中，有一個喚做阿彌陀佛的，與娑婆世界特別有緣。曾發誓願：有一心皈依他的，到臨終之時，阿彌陀佛便來接引他，往生淨土。往生淨土有什麼利益呢？原來成佛極難，而修行的人，不到得成佛，又終不免於退轉。如此示人以難，未免使人灰心短氣。然（A）成佛之難，（B）以及非成佛則不能不退轉，又經前此的教義，說得固定了，無可動搖。於是不得不想出一個補救的方法，說我們所以易於退轉，乃因環境不良使然。倘使環境優良，居於其中，徐徐修行，雖成佛依舊艱難，然可保證我們不致中途墮落。
這不啻給與我們以成佛的保證，而且替我們祛除了沿路的一切危險、困難，實給意志薄弱的人以一個大安慰、大興奮。而且淨土之中，有種種樂，無種種苦，也不啻給與祈求福報的人以一個滿足。所以淨土宗之說，實在是把佛教中以前的某種說法取消掉了的。不過其取消之法很巧妙，能使人不覺得其立異罷了。其修持之法，亦變艱難而歸簡易。
其法：爲（A）觀，（B）想，（C）持名，三者並行，謂之念佛。有一佛像當前，而我們一心注視著他，謂之觀。沒有時，心中仍想象其有，謂之想。口誦南無阿彌陀佛，自然心也要想著他。謂之持名。
佛法貴止觀雙修。止就是心住於其所應住之處，不起妄念。觀有種種方法。如（A）我們最怕死，乃設想尖刀直刺吾胸，血肉淋漓，又人誰不愛女人，乃設想其病時的醜惡，死後的腐朽，及現時外觀雖美，而軀殼內種種汗穢的情形；以克服我們的情意。（B）又世事因緣複雜，常人非茫無所知，即認識錯誤，必須仔細觀察。如兩人爭鬥，粗觀之，似由於人有好鬥之性。深觀之，則知其實由教化的不善；而教化的不善，又由於生計的窘迫；生計的窘迫，又由於社會組織的不良。如此輾轉推求，並無止境。要之觀察得愈精細，措施愈不至有誤。這是所以增長我們的智識的。
止觀雙修，意義誠極該括，然亦斷非愚柔者所能行，淨土宗代之以唸佛，方法簡易，自然可普接利鈍了。所以在佛教諸宗皆衰之後，禪宗尚存於上流社會中，淨土宗則行於下流社會，到現在還有其遺蹟。
佛教教義的高深，是無可否認的事實。在他，亦有種種治國安民的理論，讀《華嚴經》的五十三參可知。又佛學所爭，惟在迷悟。既悟了，一切世俗的事情，仍無有不可做的，所以也不一定要出家。然佛教既視世法皆非了義，則終必至於捨棄世事而後止。以消滅社會爲解決社會之法，斷非社會所能接受。於是經過相當的期間，而反動又起。
佛教反動，是爲宋學。宋學的遠原，昔人多推諸唐之韓愈。然韓愈闢佛，其說甚粗，與宋學實無多大關係。宋學實至周張出而其說始精，二程繼之而後光大，朱陸及王陽明又繼之，而其義蘊始盡。
哲學是不能直接應用的，然萬事萬物，必有其總根源。總根源變，則對於一切事情的觀點，及其應付的方法，俱隨之而變。所以風氣大轉變時，哲學必隨之而變更。宋儒的哲學，改變佛學之處安在呢？那就是抹殺認識論不談，而回到中國古代的宇宙論。