上岸的水匪只有二十多人，加上留守在船上的也不過三十多人，兩個班的民團新兵在岸上列陣衝鋒，往復兩個來回就將岸上的水匪殺得大敗，最後只有少數幾個人逃跑，其餘水匪被刺殺了一多半，還俘虜了七八個。
開始的時候，船上的水匪用弓弩射擊，支援岸上的同夥，結果被兩個班長用手中的線膛槍連續擊斃了幾個之後就不敢露頭了，留在小船上的另外一個班自衛隊員摸到船上，將剩餘的人連船一起抓住了。
稻穀並不易燃，水匪們放火時雖然在幾個糧囤上澆了油，也沒能讓火勢失控，在民團控制住形勢，又喊來附近的村民救火之後就被撲滅了，糧倉裡面的兩萬多石稻穀只被燒燬了不到四分之一。
事實證明，水匪們並不傻，放火只是爲了吸引一直停泊在縣城東門外碼頭邊的自衛隊的注意力，他們沒有想到剛剛組建一個多月的民團竟敢出手，而且輕鬆擊敗了數量相等的水匪。
在南崗的戰鬥開始後不久，東門碼頭便爆發戰鬥，幾艘中型船靠近停泊在這裡的寶應號，並向寶應號上發射火箭，另有兩艘船快速靠近，看樣子像是要靠幫後攻上船來。
此時高郵號已經卸載了船上的貨物，裝載了一批銀子和稻穀，帶領着從附近徵集的幾艘運輸船和幾艘繳獲的水匪船，組成首批運糧船隊，返回青島去了。
寶應號和高郵號來時帶領的人數不多，分出一個班北上打聽徐州號的消息，一個班保護章維的安全，又有一個班做新兵教官之後，還剩下三個班，根本分不出人手駕船回青島。好在此時新兵已經訓練得有點樣子，這些在水鄉長大的新兵們操船都不是外行，最後才決定出一個班的自衛隊員，帶領二十名新兵，以及從當地徵集起來的一批水手，駕船返回青島去了。
這些人離開之後，留守在寶應號上面的自衛隊員只有三個班，而此時朝船隻發動進攻的水匪至少有上百人，自衛隊顯然是寡不敵衆的局面。
此時自衛隊已經藉着黑暗的掩護從船上開槍，朝敵船上射擊，很快將水匪的弓箭壓制下去了。線膛槍發射的11公毫覆銅鐵芯尖頭彈，光是彈頭就有成人小指般大小，發射動能極大，敵人無論被擊中身體的任何部位，肯定會瞬間失去活動能力。巨大的動能同樣也賦予彈頭強大的穿甲能力，水匪船舷近一尺厚的木板根本擋不住，被擊中之後便會從後面射出扇形的碎木屑，對躲藏在後面的水匪形成面狀殺傷，幾艘敵船很快就失去了戰鬥力。
就在此時，趁着夜色衝近的兩艘稍小的船上忽然冒出火光，然後很快就燒成兩個大火堆，藉着慣性繼續朝寶應號撞過來，原來竟然是兩艘火攻船。
這種火攻船是此時大文朝水戰的主要進攻方式之一，船隻上面裝載狀大量柴草，上面又澆着油和硫磺等易燃物，船上裝有長釘，藉助撞擊的力量與敵船連接在一起，將敵船點燃。在這種碼頭停泊狀態下，被攻擊的大船基本無法閃避，這種火攻船的威力極大。
寶應號上面的自衛隊員都在朝敵船射擊，開始時以爲衝過來的兩艘船是要跳幫作戰的，沒有太理會，跳幫近戰他們不怕任何敵人。等船上點起火來的時候，距離已經相當近了，他們在戰鬥中從來沒有遇到過這種火攻船的戰法，雖然有過針對性的訓練，此時的反應還是慢了一步。
好在作爲排長的侯成心思靈活，臨時喊了兩個人與他一同操縱寶應號上兩門滑膛炮中的一門，朝衝得最快的那艘火船連發了兩炮，將火船船頭附近的水線擊穿，那船的船頭漸漸沉入水中，速度越來越慢，同時將後面的一艘船也擋住了。
寶應號上，後裝銅殼定裝彈賦予的高射速和手搖炮架帶來的快速而又精準的瞄準能力不斷刷新着水匪們對火炮的認知，這時，寶應號上的另一門火炮也發出怒吼，將停留在幾十公尺外指揮的一艘船的艉樓直接打穿，然後又開始轟擊那船的艏樓。那船上有人搖動大櫓，想駕船逃走，被這邊的自衛隊員用線膛槍一一點名，然後就沒有人再敢出現在甲板上了。
至此，戰鬥已經基本結束，來襲的水匪死傷慘重，剩下的人也不敢再亂動，涉及到近十條船隻的戰場一時陷入寂靜。
自衛隊人少，也分不出人手到各艘船上去搜檢戰果，或者接收俘虜。過了一會，寶應號上面有人開始喊話：“左邊這艘船，慢慢靠岸，船上的人都上岸！”那船上還有不少沒有受傷的水匪，但是卻沒人敢動。寶應號上的喊話又進行了一遍，隨後警告道：“不聽命令的話，就直接擊沉你們！”
聽到擊沉的威脅，那船上的人終於動了，慢慢靠到岸邊，然後船上的人在寶應號的命令下一個個地下船集中，抱頭蹲在碼頭上的一片空地上。
就在水匪的船一艘艘地被清理的時候，遠處那艘指揮船上面的四條大櫓忽然一齊划動，船漸漸加速，朝遠處駛去，顯然是想要趁這邊忙於接收俘虜時逃跑。
寶應號上面的兩門火炮沒有遲疑，在第一時間開炮，連續射擊逃跑那船上的水線附近。此時兩船相距只有幾十公尺，火炮射擊就採用直瞄平射。要逃走那船還沒有來得及轉過方向，已經被接連十幾發圓彈擊中，水線附近很快被撕開一個巨大的口子，河水飛快地灌進去，那船就這樣快速下沉。
這裡的水不是太深，那艘船沉沒之後並沒有完全沒入水下。船上的人跑到甲板上面，便可以不被淹死。只是這邊十幾支線膛槍守住了那邊的甲板，對露頭出來的人一一點名，直到最後再也沒有人出來。
那船開始逃走的時候，這邊尚未上岸投降的船也有一艘蠢蠢欲動，但是看到那艘指揮艘的慘狀之後，便再也不敢動了。遠處的殲滅戰結束之後，這邊的受降工作顯然比開始時順利了不少，水匪們上岸投降的動作也流暢起來，碼頭上很快就集中了上百人，而那些水匪開來的船隻也都被集中到了一側。
船上的自衛隊分出一個班的人到各艘船上清查了一遍，將留在船上的水匪無論死活都補上一刀，最後讓俘虜將屍首擡到岸上。